Зайцев и Карпухин пытались с самого начала добиться закрепления юридического статуса за «Альфой», и даже существовало положение о группе антитеррора, утвержденное Президентом России; однако многие политики настолько широко трактовали обязанности группы, что она могла стать инструментом в политических играх. В 1992 году «Альфа» и «Вымпел» были введены в состав Главного управления охраны Российской Федерации, созданного на базе Девятого главного управления КГБ СССР, но в 1993 году были выведены из его состава и переданы в ведомство МВД РФ. Летом 1996 года группа «А» вошла в состав Антитеррористического центра ФСБ России. В июне 1997 года Управление «А» было передано в подчинение Департаменту по защите конституционного строя и борьбе с терроризмом ФСБ России. 8 октября 1998 года группа «А» по инициативе занимавшего тогда пост директора ФСБ В. В. Путина вошла в состав Центра специального назначения Федеральной службы безопасности Российской Федерации на правах одного из четырёх оперативно-боевых управлений. Процесс объединения завершился к 2000 году. По словам генерала Владимира Козлова от 1999 года, помещения территории управления «Альфа» не показывались ни на одной съёмке, объясняя это их ужасным состояние.
Северный Кавказ. События октября 1993 года: После распада СССР группа «А» не только продолжила борьбу против террористов-одиночек и против организованной преступности, но и стала заниматься операциями против чеченских сепаратистов на Северном Кавказе. Оперативники группы участвовали в операциях против банд, куда входили бывшие военнослужащие спецназа Вооружённых сил СССР и внутренних войск, а также боксёры, тяжелоатлеты и культуристы. МВД Российской Федерации обращалось к группе «А» в тех ситуациях, когда силами обычной милиции было невозможно справиться с подобными бандами. Также в 1990-е годы группа участвовала в обеспечении безопасности во время визита Патриарха Московского и Всея Руси Алексия II во время его поездок в Прибалтику, на Западную Украину и на юг России. Из первых примеров участия в борьбе против террористов уже в новой России выделяется следующий. В ночь с 7 на 8 декабря 1992 года самолёт Ил-86 с 347 пассажирами на борту, следовавший рейсом Минеральные Воды Москва, был захвачен 44-летним жителем Ярославля по фамилии Захарьев. Он требовал организовать встречу с Борисом Ельциным или Александром Руцким, угрожая взорвать самолёт. Самолёт сел в 1:39 по расписанию в аэропорту Внуково, и прибывшие на место оперативники группы «А» задержали захватившего самолёт человека: пострадавших не было, взрывчатку не обнаружили. Как потом выяснилось, некоторое время назад под колёсами поезда погиб 13-летний сын Захарьева, но уголовное дело в ярославской прокуратуре не возбудили, постановив, что имел место несчастный случай; отчаявшийся Захарьев решил привлечь к себе внимание таким образом.
Зимой 1992 года группа «Альфа» была направлена в зону осетино-ингушского вооруженного конфликта совместно с сотрудниками «Вымпела» для выполнения оперативных задач, группой в той операции руководил Г. Н. Зайцев. 1 августа 1993 года в Тарском ущелье (под Владикавказом) был обстрелян служебный автомобиль «Волга», в котором находились глава временной администрации Северной Осетии и Ингушетии В. П. Поляничко и командир 42-го армейского корпуса генерал-майор А. Г. Корецкий; их охрану обеспечивали оперативники группы «А». В результате нападения погибли Поляничко, Корецкий и ещё один человек сотрудник группы «А» в составе Главного управления охраны ФСК России, старший лейтенант В. Д. Кравчук (кавалер Ордена Мужества посмертно). Четверо человек были ранены. Убийство не было раскрыто, хотя в феврале 2000 года был задержан главарь некоего чеченского бандформирования Юрий Хицкиев, подозреваемый в организации нападения.
Одним из важнейших дней в истории группы стало 4 октября 1993 года, когда группа «А» и группа «В» участвовали в разрешении острейшего политического кризиса, приведшего к массовым акциям протеста и боевым действиям в центре Москвы. Группе за сутки до этого был дан приказ взять штурмом Белый дом, причём некоторыми утверждалось, что в приказе были слова «вести огонь на поражение». Бойцы «Альфы» отказались от идеи штурмовать и по собственной инициативе вступили в переговоры с руководством Верховного Совета и оппозиции. Переговоры вёл полковник В. И. Келехсаев, убедивший около 1000 защитников Белого дома сложить оружие и обеспечивший эвакуацию людей из горящего здания. Тем не менее, большого числа жертв среди гражданских избежать не удалось. Также, спасая раненого солдата у стен Белого дома, смертельное ранение получил младший лейтенант Г. Н. Сергеев, которому позже было присвоено звание Героя России посмертно. По воспоминаниям полковника ФСБ Ю. Н. Торшина, он с Геннадием Сергеевым и оперативником Финогеновым выехали на БМП в тыл Белого дома, приняв на борт женщину в милицейской форме в кителе без погон и девочку, которые спасались от стрельбы из соседних домов. Они обнаружили раненого в бедро солдата и попытались его эвакуировать, когда по ним открыли огонь снайперы. Пуля попала Сергееву в левый бок, причём выстрел был сделан не из Белого дома, а одного из соседних домов. Сергеева загрузили в БМП, однако по дороге к автомобилям «скорой помощи» боец скончался от полученного ранения. Группой в той операции руководил Г. Н. Зайцев, которого после октябрьских событий 1993 года чуть не уволили с должности командира (он прослужил до марта 1995 года, когда ушёл в отставку).
Одним из важнейших дней в истории группы стало 4 октября 1993 года, когда группа «А» и группа «В» участвовали в разрешении острейшего политического кризиса, приведшего к массовым акциям протеста и боевым действиям в центре Москвы. Группе за сутки до этого был дан приказ взять штурмом Белый дом, причём некоторыми утверждалось, что в приказе были слова «вести огонь на поражение». Бойцы «Альфы» отказались от идеи штурмовать и по собственной инициативе вступили в переговоры с руководством Верховного Совета и оппозиции. Переговоры вёл полковник В. И. Келехсаев, убедивший около 1000 защитников Белого дома сложить оружие и обеспечивший эвакуацию людей из горящего здания. Тем не менее, большого числа жертв среди гражданских избежать не удалось. Также, спасая раненого солдата у стен Белого дома, смертельное ранение получил младший лейтенант Г. Н. Сергеев, которому позже было присвоено звание Героя России посмертно. По воспоминаниям полковника ФСБ Ю. Н. Торшина, он с Геннадием Сергеевым и оперативником Финогеновым выехали на БМП в тыл Белого дома, приняв на борт женщину в милицейской форме в кителе без погон и девочку, которые спасались от стрельбы из соседних домов. Они обнаружили раненого в бедро солдата и попытались его эвакуировать, когда по ним открыли огонь снайперы. Пуля попала Сергееву в левый бок, причём выстрел был сделан не из Белого дома, а одного из соседних домов. Сергеева загрузили в БМП, однако по дороге к автомобилям «скорой помощи» боец скончался от полученного ранения. Группой в той операции руководил Г. Н. Зайцев, которого после октябрьских событий 1993 года чуть не уволили с должности командира (он прослужил до марта 1995 года, когда ушёл в отставку).
Захваты заложников в Ростове-на-Дону и Ставрополье: 23 декабря 1993 года в здании ростовской школы 25 были взяты в заложники 15 старшеклассников и учительница труда. Террористами были четверо людей из банды рецидивиста Мусы Алмамедова по кличке «Казак», который добрался до школы на угнанном автобусе ПАЗ-672 (у самого Алмамедова были ещё три сообщника). Алмамедов потребовал вертолёт Ми-8 для вылета в Иран, угрожая казнить заложников в случае отказа (сам он собирался скрыться в дагестанских горах). Силовики предварительно подготовили маршрут, проходивший через Краснодар, Минеральные Воды, Грозный, Махачкалу и Баку. Отпускать заложников в обмен на взятие сотрудников областного УВД бандиты отказались. Бандитам был передан вертолёт Ми-8 для вылета: в экипаж вошли военные лётчики В. Ф. Степанов и В. А. Падалка. Параллельно к операции по захвату заложников подключилась группа «Альфа»: были задействованы 53 её сотрудника во главе с командиром группы Г. Н. Зайцевым (группа вылетела в Ростов на самолёте Ту-134 и затем следовала за Алмамедовым на Ан-12 и ещё одном вертолёте). Когда вертолёт прибыл в Краснодар, бандиты выдвинули новое требование 10 миллионов долларов, угрожая взорвать Невинномысский технологический комбинат. Усилиями Валентины Петренко удалось освободить несколько заложников и передать сумму денег, но Алмамедов настаивал на вылете вертолёта в сторону Хасавюрта. В какой-то момент на борту завязалась потасовка между Падалкой и Алмамедовым: лётчик предотвратил столкновение вертолёта с топливозаправщиком. Вечером 27 декабря Алмамедов и его сообщники освободили всех заложников и поднялись в воздух, а Падалка убедил оперативников не проводить штурм вертолёта. Лётчики, рискуя жизнью, высадились на севере Махачкалы, успев сообщить группе «А» о местонахождении бандитов и о находящихся на борту деньгах в размере 500 тысяч долларов США. Мусу Алмамедова и его двоюродного брата Рафика арестовали на месте сотрудники МВД Дагестана и группы «Альфа», а Руслан Калмыкаев и Алискер Пириев скрылись с места преступления и были пойманы уже намного позже. Никто из заложников не пострадал.
Ещё один случай захвата заложников произошёл 26 мая 1994 года в районе посёлка Кинжал (Ставропольский край), когда четверо вооружённых чеченцев во главе с Магометом Бициевым захватили рейсовый автобус Владикавказ Ставрополь и взяли в заложники 36 человек: 33 пассажиров автобуса и 3 подростков, взятых по дороге. Среди находившихся в автобусе заложников были школьники, их родители и учителя. Террористы выдвинули свои требования: дозаправленный вертолёт без экипажа, оружие и 10 миллионов долларов. Для освобождения заложников в Минеральные Воды из Москвы вылетела группа «А» во главе с командиром Г. Н. Зайцевым, аналогично к операции подключилось и краснодарское отделение «Альфы». Вечером в Минводы самолётами было доставлено 64 спецназовца, руководство операцией осуществлял командующий внутренними войсками МВД генерал-полковник А. С. Куликов. 27 мая вертолёт поднялся в воздух и взял курс на Ичкерию, за ним последовали шесть вертолётов с 38 бойцами «Альфы», 24 сотрудниками ГУОП МВД и 20 военнослужащими спецназа ВВ на бортах. В результате нехватки горючего оперативниками была совершена вынужденная посадка в районе селения Бачи-Юрт. Бойцы под командованием офицера «Альфы» подполковника А. Е. Старикова начали преследование при воздушной поддержке, обезвредив всех боевиков через час. Один человек скрылся, забрав два автомата и 47400 долларов, но через год был арестован и осуждён.