Книга Хаммера оказала очень сильное воздействие на умы и на протяжении почти полутора веков была главным источником широко распространенного образа ассасинов. Тем временем научный поиск продолжался, особенно во Франции, где шла большая работа по обнаружению, редактированию, переводу и использованию арабских и персидских текстов, имеющих отношение к истории исмаилитов в Сирии и Персии. Среди самых важных были труды двух персидских историков монгольского периода Джувейни и Рашид ад-Дина; оба они имели доступ к документам исмаилитов из Аламута и, используя их, получили возможность составить первый связный рассказ о государстве исмаилитов в Северной Персии.
Важный шаг вперед стал возможен благодаря появлению материалов нового рода. Использование мусульманских источников многое добавило к знаниям, полученным из средневековых европейских произведений, но и они имели в основном суннитское происхождение. И хотя мусульмане были лучше информированы, чем западные хронисты и путешественники, они, возможно, даже еще враждебно относились к вероучению и целям исмаилитов. Теперь впервые на свет божий вышла информация, которая напрямую отражала точку зрения самих исмаилитов. Уже в XVIII веке путешественники отмечали, что в некоторых деревнях в Центральной Сирии все еще живут исмаилиты. В 1810 году генеральный консул Франции в Алеппо по фамилии Руссо, поощряемый Сильвестром де Саси, опубликовал очерк о современных ему сирийских исмаилитах, включив в него географические, исторические и религиозные данные. Источники не указаны, и, по-видимому, они были местными и устными. Сам Сильвестр де Саси снабдил его некоторыми дополнительными поясняющими комментариями. Руссо стал первым европейцем, который привлек таких местных информаторов и впервые привез в Европу обрывки сведений, полученных от самих исмаилитов. В 1812 году он опубликовал отрывки из книги исмаилитов, которую раздобыл в Масьяфе одном из главных центров исмаилитов в Сирии. И хотя в ней содержится мало исторических данных, она проливает некоторый свет на религиозные догматы этой секты. В Париж нашли дорогу и другие тексты из Сирии; там они и были позднее опубликованы. В XIX веке ряд европейских и американских путешественников посещали деревни исмаилитов в Сирии и коротко сообщали о развалинах и их обитателях.
Меньше информации поступало из Персии, где все еще стоит то, что осталось от огромной крепости Ала-мут. В 1833 году в «Журнале Королевского географического общества» британский офицер полковник Уильям Монтейт описал путешествие, в ходе которого он добрался до входа в Аламутскую долину, но не достиг крепости или не опознал ее. Это удалось сделать другому офицеру подполковнику cэру Джастину Шейлу, отчет которого появился в этом же журнале в 1838 году. Третий британский офицер, Стюарт, посетил этот замок несколько лет спустя, после чего прошел почти целый век, прежде чем исследования Ала-мута возобновились.
Но не только развалины могли увековечить прошлое величие исмаилитов в Персии. В 1811 году консул Руссо из Алеппо во время путешествия в Персию расспрашивал всех об исмаилитах и с удивлением узнал, что в этой стране все еще есть много тех, кто верен имаму из рода Исмаила, которым был шах Халилуллах, проживавший в деревне Кехк неподалеку от города Кум, который находится на полпути между Тегераном и Исфаханом. «Могу добавить, пишет Руссо, что шаха Халилуллаха его последователи почитают почти как бога, приписывают ему дар чудотворца, нескончаемо обогащают его тем, что завещают ему свое имущество после своей смерти, и часто награждают его пышным титулом халифа. Исмаилиты есть даже в таких далеких краях, как Индия, и они регулярно приезжают в Кехк с берегов Ганга и Инда, чтобы получить благословение имама в обмен на благочестивые и внушительные приношения, которые они везут ему».
В 1825 году английский путешественник Дж. Б. Фрейзер подтвердил существование исмаилитов в Персии и их поклонение главе своей секты, хотя они больше не совершают убийств по его повелению: «Даже в наши дни шейх или глава секты слепо почитаем теми исмаилитами, которые еще остались, хотя их религиозное рвение утратило глубину и страшный характер, когда-то ему присущие». Последователи этой секты были и в Индии, и они были «особенно преданны своему святому». Их предыдущий глава шах Халилуллах был убит в Йезде несколькими годами ранее (на самом деле в 1817 г.) мятежниками, восставшими против правителя города. Его преемником на религиозном посту стал один из его сыновей, который пользуется таким же уважением членов секты».
Но не только развалины могли увековечить прошлое величие исмаилитов в Персии. В 1811 году консул Руссо из Алеппо во время путешествия в Персию расспрашивал всех об исмаилитах и с удивлением узнал, что в этой стране все еще есть много тех, кто верен имаму из рода Исмаила, которым был шах Халилуллах, проживавший в деревне Кехк неподалеку от города Кум, который находится на полпути между Тегераном и Исфаханом. «Могу добавить, пишет Руссо, что шаха Халилуллаха его последователи почитают почти как бога, приписывают ему дар чудотворца, нескончаемо обогащают его тем, что завещают ему свое имущество после своей смерти, и часто награждают его пышным титулом халифа. Исмаилиты есть даже в таких далеких краях, как Индия, и они регулярно приезжают в Кехк с берегов Ганга и Инда, чтобы получить благословение имама в обмен на благочестивые и внушительные приношения, которые они везут ему».
В 1825 году английский путешественник Дж. Б. Фрейзер подтвердил существование исмаилитов в Персии и их поклонение главе своей секты, хотя они больше не совершают убийств по его повелению: «Даже в наши дни шейх или глава секты слепо почитаем теми исмаилитами, которые еще остались, хотя их религиозное рвение утратило глубину и страшный характер, когда-то ему присущие». Последователи этой секты были и в Индии, и они были «особенно преданны своему святому». Их предыдущий глава шах Халилуллах был убит в Йезде несколькими годами ранее (на самом деле в 1817 г.) мятежниками, восставшими против правителя города. Его преемником на религиозном посту стал один из его сыновей, который пользуется таким же уважением членов секты».
Следующий приток информации произошел из совершенно другого источника. В декабре 1850 года несколько необычное дело об убийстве было передано на рассмотрение уголовного суда в Бомбее. Четверо мужчины подверглись нападению и были убиты среди бела дня, что стало следствием расхождения во мнениях в религиозной общине, к которой они принадлежали. Перед судом предстали девятнадцать человек, и четверо из них были приговорены к смерти и повешены. И жертвы, и нападавшие были членами местной мусульманской секты ходжей общины, насчитывающей несколько десятков тысяч человек, в основном торговцев из Бомбейского президентства и других частей Индии.
Криминальный случай произошел в ходе спора, который продолжался более двадцати лет. Он начался в 1827 году, когда группа приверженцев секты ходжей отказалась сделать обычные взносы главе своей секты, проживавшему в Персии. Им был сын шаха Халилуллаха, который стал преемником своего отца в 1817 году. В 1818 году шах Персии назначил его правителем Мехеллата и Кума и дал ему титул Ага-хан. Именно по этому титулу известен он и его потомки.
Столкнувшись с неожиданным отказом части своих последователей в Индии платить свои религиозные взносы, Ага-хан отправил из Персии в Бомбей специального посланца, чтобы тот вернул их в ряды его паствы. Вместе с этим посланцем поехала бабушка Ага-хана, которая «сама выступила с речью перед членами бомбейской секты ходжей», попытавшись вернуть их лояльность. Большинство членов секты оставались верны своему вождю, но небольшая группа упорствовала в своей оппозиции, утверждая, что они не обязаны подчиняться Ага-хану, и отрицая, что секта ходжей как-то связана с ним. Последовавшие за этим конфликты вызвали сильные волнения у членов общины и в 1850 году завершились убийствами.
Тем временем сам Ага-хан покинул Персию, где он возглавлял не завершившееся успехом восстание против шаха, и после краткого пребывания в Афганистане нашел себе убежище в Индии. Услуги, оказанные им англичанам в Афганистане и Синде, позволили ему претендовать на их благодарность. Пожив сначала в Синде, а затем в Калькутте, он, наконец, поселился в Бомбее, где возглавил общину ходжей. В ней все еще были диссиденты, которые были против него и предпринимали попытки, используя закон, расстроить его притязания на власть. После некоторых предварительных действий в апреле 1866 года группа раскольников подала в Высокий суд Бомбея иск с просьбой запретить Ага-хану «вмешиваться в управление доверительной собственностью и дела общины ходжей».
Слушание дела длилось двадцать пять дней; в нем участвовали почти все бомбейские юристы. Обе стороны приводили тщательно изложенные и задокументированные аргументы, и судебное расследование глубоко окунулось в историю и генеалогию, богословие и законы. Наряду с многочисленными свидетелями сам Ага-хан тоже дал показания в суде и представил доказательства своего происхождения. 12 ноября 1866 года сэр Джозеф Арнольд вынес судебное решение. Он установил, что община ходжей в Бомбее была частью более крупной общины в Индии, члены которой являлись приверженцами исмаилитской ветви шиизма; это была «группа людей, предки которых были индусами по происхождению и которые приняли ислам и с тех пор исповедовали веру шиитов-исмаилитов, а она всегда была и по сей день связана узами духовной верности потомственным имамам исмаилитов». Они были обращены в ислам около четырехсот лет назад миссионером-исмаилитом из Персии и подчинялись духовной власти династии имамов-исмаилитов, последним из которых был Ага-хан. Эти имамы являлись потомками правителей Аламута и через них претендовали на происхождение от египетских халифов-Фатимидов, а в конечном счете от пророка Мухаммеда. В Средние века их последователи стали известны под названием «ассасины».
Судебное решение Арнольда, подкрепленное вескими историческими доказательствами, таким образом установило статус ходжей как общины исмаилитов наследников ассасинов и статус Ага-хана как духовного лидера исмаилитов и наследника имамов из Аламута. Впервые информация об этой общине была представлена в «Газеттере президентства Бомбея» в 1899 году.
Судебное решение Арнольда привлекло внимание к существованию общин исмаилитов в разных уголках мира, часть которых на самом деле тоже не признавала Ага-хана своим вождем. Эти общины обычно жили небольшими группами в отдаленных и обособленных местах, труднодоступных во всех смыслах, а их члены под угрозой смерти хранили тайну о своих верованиях и письменных источниках. Тем не менее некоторые эти источники в виде рукописей попали в руки исследователей. Сначала все они были из Сирии первый регион, на который был обращен интерес Запада к исмаилитам как в наши дни, так и во времена Средневековья. За ними последовали другие источники из регионов, далеко расположенных друг от друга. В 1903 году итальянский коммерсант Капротти привез около шестидесяти арабских рукописей из Саны (Йемен) первую из нескольких партий, которые были помещены в Амброзианскую библиотеку в Милане. После их изучения оказалось, что они включают несколько трудов об учении исмаилитов, написанных исмаилитами же, проживающими в регионах Южной Аравии. В некоторых рукописях содержались отрывки, написанные тайным шифром. На другом конце Европы русские исследователи, уже получившие несколько исмаилитских рукописей из Сирии, обнаружили, что исмаилиты проживают на территории их собственной империи, и в 1902 году граф Алексей Бобринский опубликовал отчет об организации и расселении исмаилитов в российской Центральной Азии. Приблизительно в это же время колониальный чиновник А. Половцев получил копию религиозной книги исмаилитов, написанной на персидском языке. Она была помещена в Азиатский музей при Императорской российской Академии наук. Затем появилась еще одна копия, и между 1914 и 1918 годами музей приобрел коллекцию исмаилитских рукописей, которые были привезены из Шугнана, что в верховьях реки Амударьи, востоковедами И.И. Зарубиным и А.А. Семеновым. Благодаря этим и другим впоследствии обретенным рукописям русские ученые получили возможность исследовать религиозную литературу и верования исмаилитов, проживающих на Памире и в прилегающих к Афганистану районах Бадахшана.