Спустя два года Я. Ганнеман представил на рассмотрение проект частичной засыпки Екатерининского канала, чтобы по его руслу провести линию электрического трамвая, но и этот проект как «не разработанный в техническом отношении» также отвергли.
Особое место в истории Петербургского метрополитена занимают работы гражданского инженера Петра Ивановича Балинского. В 1898 г. он, пользуясь поддержкой министра внутренних дел И. Горемыкина, представил свой проект подземного метрополитена, который был отклонен по причине отсутствия финансовой поддержки. Тогда Балинский отправился в Англию, где сумел договориться об авансе в 25 млн рублей, но вскоре министра Горемыкина сняли с поста и снова отклонили проект.
В 1901 г. Балинский вместе с американским инженером Марри А. Вернером подготовил проект «внеуличной электрической железной дороги большой скорости». Он предлагал соединить все столичные вокзалы особой дорогой, устроенной на насыпях и эстакадах на высоте от 5 до 10 м над уровнем улиц. На всем пути метрополитена предполагалось соорудить небольшие станции, а для подъема на них пассажиров построить лифты и крытые металлические лестницы.
Проектом инженера Балинского предусматривалось строительство большой внешней и трех малых внутренних кольцевых линий, а также трех ответвлений: к Новому порту, на остров Голодай (Декабристов) и к Пороховым заводам.
П. И. Балинский
На месте Обуховской больницы на Загородном проспекте предполагалось построить уникальный трехэтажный Центральный вокзал, к которому примыкало Большое кольцо. Его трасса проходила вдоль Фонтанки, по Забалканскому (Московскому) проспекту, пересекала Сенную площадь, а затем, пройдя по набережным Екатерининского, Крюкова и Новоадмиралтейского каналов и реки Мойки, по узкому железнодорожному пути над Невой попадала на 12-ю линию Васильевского острова. Далее трасса Большого кольца пересекала Петербургскую сторону, Крестовский и Каменный острова, Новую Деревню, Выборгскую сторону, Полюстрово, Большую и Малую Охту, по мосту в районе Александро-Невской лавры возвращалась на левый берег Невы, а затем по эстакаде над Обводным каналом доходила до Центрального вокзала.
Проект метро П. И. Балинского
Первое внутреннее кольцо тянулось от Лиговской улицы по Суворовскому проспекту, вдоль Летнего сада и в районе Поцелуева моста соединялось с внешним кольцом. Второе внутреннее кольцо планировалось провести по Васильевскому острову, а третье по Петербургской стороне.
Длина всей дороги составляла 102 км (95,5 версты). Для перехода через Неву и другие водные преграды предлагалось построить 11 мостов, произвести засыпку некоторых низменных частей Петербурга (Смоленское поле, Гавань и др.) для ослабления действия наводнений.
Проект предусматривал движение на электрической тяге, с интервалом между поездами 2,5 минуты и скоростью движения до 70 верст (75 км) в час. Строительные работы оценивались в 190 млн рублей, но уже в первый год работы чистый доход мог составить 2,5 млн рублей. При этом под эстакадами планировалось устройство складов и магазинов, увеличивающих прибыль.
Этот проект нашел себе много сторонников, но Городская дума отклонила его, сочтя «убыточным для жителей столичного города». Кроме того, проведение скоростной дороги по территории исторических районов Санкт-Петербурга на уровне второго и третьего этажей жилых зданий не только затемнило бы улицы и жилые помещения в домах, но и ухудшило бы условия проживания в них горожан. К тому же невыносимый грохот и шум от непрерывного движения пассажирских поездов в непосредственной близости к жилым строениям мог привести к их преждевременному разрушению от постоянного сотрясения.
В 1902 г. Балинский вместе с инженером Транссиба Евгением Карловичем Кнорре представил проект строительства метрополитена в Москве. Его презентация состоялась в большом зале Московской городской думы. Авторы украсили стены зала картинами популярного художника Николая Каразина, представлявших футуристические виды Москвы с уже построенным метрополитеном. Авторы проекта предлагали проложить 67 км путей на эстакадах и 16 км в тоннелях, сметная стоимость проекта составила 155 млн рублей.
В объяснительной записке Балинский писал: «В наше тяжелое время невозможно заставлять бедного и среднего обывателя тратить на одни только передвижения в течение суток столько времени И вот этому-то классу и должно прийти на помощь метро, и помощь эту можно оказать только постройкой железных дорог большой скорости, так как отсутствие удобных и быстрых средств сообщения окраин с центром поглощает все сбережения у этого неимущего класса».
Это предложение встретило ожесточенное сопротивление. Балинского и Кнорре даже прозвали аферистами, поскольку высказывалось предположение, что инженеры вовсе и не собираются строить железную дорогу, а хотят таким образом получить крупную сумму денег и скрыться. Дума постановила: «Господину Балинскому в его домогательствах отказать».
Русские инженеры думали не только о подземном, но и о надземном метро. В 1900 г. инженер-изобретатель Ипполит Владимирович Романов подготовил проект монорельсовой дороги, после чего подал прошение на имя императрицы Марии Федоровны, чтобы та дала разрешение построить опытную трассу монорельса в Гатчине на Дворцовой площади, рядом с дворцовой электростанцией. В мае разрешение было получено, и началось строительство первой в России электрифицированной монорельсовой дороги. Длина двухпутной трассы составляла всего 200 м, вагоны на конечных остановках разворачивались на петле, подобно трамваю. В июне провели испытания, которые прошли успешно, и Романов создал новый проект кольцевой подвесной дороги вокруг Петербурга. Трудно сказать почему, но такая дорога не появилась, а ведь монорельс оказался бы просто незаменимым в условиях наводнений.
Директор-распорядитель товарищества «Железобетон» инженер Рязанско-Уральской железной дороги Генрих Антонович Гиршсон в 1901 г. предложил проложить под Невским проспектом двухпутный тоннель для скоростного электрического транспорта, считая, что железные эстакады или каменные виадуки несовместимы с архитектурой лучшей улицы столицы.
Инженерные сооружения, простроенные по проектам Г. А. Гиршона, сохранились в Петербурге до нашего времени. Это здание паровой мельницы акционерного общества Санкт-Петербургских товарных складов, холодильников и элеваторов на проспекте Обуховской Обороны, Большой Ильинский мост через реку Охту, железобетонный навес на Каменном острове, изготовленный специально для Международной строительно-художественной выставки, проводившейся летом 1908 г. на набережной Большой Невки.
Под Невским проспектом Гиршсон планировал построить девять станций: «Дворцовая площадь», «Адмиралтейский проспект», «Большая Морская», «Казанская площадь», «Гостиный двор», «Екатерининский сквер», «Литейный проспект», «Николаевская улица», «Знаменская площадь» и «Лиговка». У Адмиралтейства и Московского вокзала метрополитен выходил на поверхность и вливался в общую сеть городских наземных дорог. По проекту станции отделывались белой изразцовой плиткой, освещались электрическими лампами, оборудовались скамейками для ожидающих пассажиров и маршрутными указателями; над входами возводились стеклянные павильоны с уходящими вниз винтовыми лестницами.
Проходку тоннеля под Фонтанкой, Екатерининским каналом и Мойкой предлагалось осуществить под давлением при помощи проходческого механизированного щита Брюнеля. Чтобы дно этих протоков не прорвалось от давления сжатого воздуха, Гиршсон предложил его забетонировать над трассой тоннеля.
Проходку тоннеля под Фонтанкой, Екатерининским каналом и Мойкой предлагалось осуществить под давлением при помощи проходческого механизированного щита Брюнеля. Чтобы дно этих протоков не прорвалось от давления сжатого воздуха, Гиршсон предложил его забетонировать над трассой тоннеля.
Но и этот проект не нашел поддержки, и Гиршсон, убедившись в неготовности города к подземному метро под Невским проспектом, вновь вернулся к идее соединить все городские вокзалы надземной линией метро, начинавшейся от вокзалов Балтийской и Варшавской железных дорог и далее проходящей по Измайловскому проспекту и реке Фонтанке. В районе Юсуповского сада начинался подземный участок с выходом на мост через Неву. Далее линия по эстакадам проходила по Петербургской стороне вдоль Каменноостровского проспекта, по мосту через Большую Невку и по Флюгову переулку (ныне Кантемировская ул.) до соединения с Финляндской железной дорогой.
Несколько интересных предложений подготовили инженеры путей сообщения. Автор проекта Московской окружной железной дороги Петр Иванович Рашевский в 1901 г. предложил построить две наземные линии метрополитена, которые связали бы центр города и вокзалы. Одна соединяла Сестрорецкую железную дорогу с Балтийской, другая Николаевскую железную дорогу с Финляндской через Малую и Большую Охту и Полюстрово.
В том же году Владимир Николаевич Печковский подготовил проект комбинированной подземно-наземной трассы, соединяющей центральный («дачный») вокзал на Невском проспекте у Казанского собора с Балтийским и Варшавским вокзалами. А в 1902 г. Сергей Николаевич Кульжинский предложил связать все вокзалы надземной линией, идущей вдоль Обводного канала и Лиговского проспекта. Александр Александрович Лешерн фон Герцфельд ходатайствовал о проведении через центр города надземной электрической железной дороги. Все эти проекты так и остались на бумаге.
В 19061907 гг. появились предложения о засыпке Екатерининского канала и организации по нему скоростной железной дороги. В 1907 г. предприниматель и журналист Иероним Павлович Табурно проектировал скоростную дорогу на эстакадах над каналом. Проект скоростной дороги по Екатерининскому каналу и реке Таракановке до Нарвских ворот разработали бельгийские инженеры И. Гюле и П.-Ф. Лево, инженер путей сообщения В. Н. Беляев, техник М. П. Мульханов и предприниматель Г. Т. Полипов.
В 1909 г. Комиссия по выработке мероприятий для улучшения условий движения на казенных железных дорогах Санкт-Петербургского узла под председательством главного инспектора Министерства путей сообщения А. Н. Горчакова рассмотрела перспективы развития Петербургского железнодорожного узла и строительства нескольких надземных линий городских дорог с небольшими тоннелями под Невским проспектом. Комиссия, обобщив многие прежние разработки, предложила прокладку трех линий метрополитена. Первую линию планировалось вести по Обводному каналу, Лиговскому проспекту, мимо Таврического сада к Финляндскому вокзалу, вторую от Балтийского вокзала по Лермонтовскому проспекту, по Екатерининскому каналу через Летний Сад, Петербургскую сторону и Аптекарский остров к Лесному, третью линию через Васильевский остров, Ждановскую набережную, Елагин и Аптекарский острова к Сестрорецкой железной дороге. Для организации движения поездов предполагалось использовать энергию гидроэлектростанций на реках Волхов, Вуокса и Нарва, которые также планировалось построить. Однако этот проект не нашел поддержки в Городской думе, после продолжительных оживленных дискуссий его отклонили.