Проходку осуществляли практически при полном отсутствии механизации, в наличии имелись лишь лопата, ломик, кирка, кувалда, бадья да тачка для вывоза отработанной породы. Главным инструментом метростроителей с самого начала стал отбойный молоток. С помощью таких средств предстояло соорудить три десятка стволов глубиной около 30 м.
О том, что встретят на своем пути проходчики, имелись самые смутные представления, и оказалось, что с такими сложными горно-геологическими условиями в практике отечественного метростроения встречаться еще не доводилось. Поначалу пошли обильно насыщенные водой пески и суглинки, которые быстро ломали временное крепление. Приходилось по всему контуру ствола делать специальную обшивку из шпунтовых досок, которые вгоняли в грунт кувалдами.
После преодоления водоносного слоя наткнулись на так называемые ленточные глины, настолько липкие, что стоит постоять минуту на одном месте, как сапоги не оторвать. В конце концов прошли и этот слой, но тут же уткнулись в русло древнего ледника с огромными 6-тонными валунами. Чтобы подготовить их к подъему, требовалось каждый окопать, а потом умудриться с помощью лебедки поднять на поверхность. И уже на подходе к проектной отметке встретились с метровым слоем песчаника, от которого отбойные молотки отскакивали, как от гранита. Пришлось производить взрывные работы.
В канун Первомая 1941 г. удалось пройти ствол первой шахты у Кировского завода, а к июню метростроевцы прошли одиннадцать шахтных стволов, проложили 645 м штолен к будущим путевым тоннелям и успели вырыть котлован под оголовок наклонного хода станции «Кировский завод».
22 июня 1941 г. началась Великая Отечественная война. 27 июня на заседании Военного совета фронта принимается постановление о прекращении строительства Ленинградского метро с передачей всей высвобождающейся рабочей силы, технического персонала, механизмов и автотранспорта на оборонительные работы. Забои стволов закладывались мешками с песком, в штольнях выполнялось бетонирование, производилось дополнительное крепление. Но полностью завершить работы по консервации не удалось, поэтому принимается решение о затоплении шахт. Вода могла защитить подземные выработки от обрушения.
29 июня метростроевцы направляются на возведение оборонительных сооружений вокруг Ленинграда. До 5 июля строятся укрепления на линии Парголово Сестрорецк, затем, с 6 по 12 июля, под Выборгом на участке Перкярви Мусла, а уже в середине июля строители участвуют в сооружении Лужского оборонительного рубежа.
29 июня метростроевцы направляются на возведение оборонительных сооружений вокруг Ленинграда. До 5 июля строятся укрепления на линии Парголово Сестрорецк, затем, с 6 по 12 июля, под Выборгом на участке Перкярви Мусла, а уже в середине июля строители участвуют в сооружении Лужского оборонительного рубежа.
8 сентября 1941 г. враг сомкнул кольцо блокады на суше, заняв город Шлиссельбург. Бывшие проходчики подземных сооружений наводили мосты и переправы, бетонировали доты и рыли траншеи, настилали рельсы в болотных низинах и строили на Ладоге пристани для приема грузов.
Батальон 4 на правом берегу Невы под непрерывным обстрелом противника устанавливает бронированные пулеметные точки, доставленные из Ленинграда. В ноябре отряд метростроителей в количестве 1200 человек направляется на строительство Осиновецкого порта, где проходила «Дорога жизни», спасшая множество жизней от голодной смерти во время блокады.
Между тем положение на Ленинградском фронте все усложнялось. В декабре 1941 г. командование принимает решение отбить у врага участок левого берега в районе 8-й ГРЭС. Коллективу строительства 5 НКПС поручается создание надежной переправы через Неву, чтобы обеспечить доставку техники. На строительстве погибла пятая часть всего подразделения, но наши танки смогли прорваться к «Невскому пятачку». При сооружении танковой переправы в районе Невской Дубровки был ранен и контужен начальник строительства 5 НКПС И. Г. Зубков, который наотрез отказался от госпитализации и продолжал руководить выполнением заданий Военного совета Ленинградского фронта.
В трудные дни первой блокадной зимы в январе 1942 г. принимается решение об организации управления военно-восстановительных работ 2, в которое вместе с военными железнодорожниками вошел коллектив строительства 5 НКПС. И сразу же метростроевцы получают новое боевое задание построить железную дорогу Жихарево Кобона Коса протяженностью 34 км с выходом к восточному берегу Ладожского озера.
Истощенным до предела людям приходилось работать в невероятно трудных условиях. Коллектив строителей справился с поставленной задачей на неделю раньше установленного срока. Теперь продовольствие, топливо и боеприпасы везли по железной дороге, а затем грузили на машины, которые отправлялись в осажденный город по льду Ладожского озера.
Блокада серьезно осложнила топливное положение города. Основные силы метростроителей направляются на строительство угольных шахт Комаровского бассейна в Боровичском районе. За год в тяжелых условиях, при почти полном отсутствии механизации, метростроители сдали в эксплуатацию 12 шахт с годовой производительностью 360 тыс. т топлива.
В январе 1943 г., сразу же после прорыва блокады, метростроевцы совместно с военными железнодорожниками начинают строительство железной дороги на отвоеванной узкой полоске земли вдоль южного берега Ладоги с двумя мостами через Неву и Назию. Работа велась в бураны и морозы, на заболоченной сплошь заминированной земле, под огнем и бомбежками противника.
Железную дорогу между станциями «Поляны» (Жихарево) и «Шлиссельбург» протяженностью 36 км героические строители построили всего за полмесяца. 7 февраля первый поезд с Большой земли прибыл на Финляндский вокзал. За героический труд многие метростроевцы были награждены орденами и медалями. Генерал-директору пути и строительства второго ранга И. Г. Зубкову за его деятельность на фронте присваивается звание Героя Социалистического Труда, редкая награда в годы войны.
С 1944 г. метростроевцы переключились на восстановление заводов, зданий, коммуникаций. Они строят дороги и станционные сооружения на Гдовском, Новгородском, Волховском, Псковском направлениях, вводят в строй железнодорожные коммуникации вслед за наступающим 3-м Украинским фронтом, сооружают Карпатские тоннели, ведут работы в районе Севастополя, порта Каунас.
Иван Георгиевич Зубков не дожил до конца войны, он погиб в 1944 г., обстоятельства его гибели до конца так и не выяснены. В ночь с 27 на 28 июня на ленинградскую квартиру Зубкову позвонил Л. М. Каганович и потребовал ускорить работы по восстановлению моста через Свирь. Иван Георгиевич Зубков ответил, что он завтра отправит туда двух своих заместителей. Каганович возразил: «Нет, нужно, чтобы вылетели именно вы!». Это выглядело странно. В конце июня 1944 г. в Ленинграде уже полным ходом шли работы по восстановлению поврежденных коммуникаций, и Зубков был крайне нужен именно в Ленинграде. Советские войска закончили форсирование реки Свирь к 23 июня 1944 г., и железнодорожный мост, для осмотра которого якобы был вызван Иван Зубков, тактического значения не имел.
Иван Георгиевич Зубков не дожил до конца войны, он погиб в 1944 г., обстоятельства его гибели до конца так и не выяснены. В ночь с 27 на 28 июня на ленинградскую квартиру Зубкову позвонил Л. М. Каганович и потребовал ускорить работы по восстановлению моста через Свирь. Иван Георгиевич Зубков ответил, что он завтра отправит туда двух своих заместителей. Каганович возразил: «Нет, нужно, чтобы вылетели именно вы!». Это выглядело странно. В конце июня 1944 г. в Ленинграде уже полным ходом шли работы по восстановлению поврежденных коммуникаций, и Зубков был крайне нужен именно в Ленинграде. Советские войска закончили форсирование реки Свирь к 23 июня 1944 г., и железнодорожный мост, для осмотра которого якобы был вызван Иван Зубков, тактического значения не имел.
Утром 28 июня на секретном аэродроме вблизи Лодейного Поля ждали самолет, на котором после осмотра с воздуха подлежащего восстановлению моста через реку Свирь должен был прилететь начальник Управления военно-восстановительных работ Ленинградского фронта Иван Георгиевич Зубков. Самолет задерживался, но это не вызывало особого беспокойства, поскольку линия фронта давно уже отодвинулась за Петрозаводск. Около десяти часов утра бортовой радист сумел передать не совсем понятное сообщение: «Нас обстреляли». Версия обстрела немецким истребителем маловероятна, так как к этому времени авиация противника оказалась блокирована на всем протяжении от Выборга до западного берега Онежского озера.
Около двенадцати самолет появился над секретным аэродромом совсем не с той стороны, с которой его ждали. За левым мотором отчетливо виднелась сизая полоса дыма. Не долетев нескольких сотен метров до посадочной полосы, самолет стал разваливаться на части и рухнул на землю, из членов экипажа и пассажиров не выжил никто.
Гроб с телом генерал-директора путей и строительства второго ранга И. Г. Зубкова, установленный на пушечном лафете, провожали к Александро-Невской лавре тысячи ленинградцев.
В 1985 г. на киностудии «Ленфильм» к 30-летию пуска Ленинградского метрополитена поставлен фильм «Встретимся в метро». Прототипом главного героя Андрея Ивановича Зарубина стал Иван Георгиевич Зубков. Лев Лурье в своей серии «Культурный слой» снял документальный фильм «Дорога Жизни Ивана Зубкова» о подвиге Ленинградских метростроевцев.
В 2014 г. топонимическая комиссия приняла решение присвоить имя Зубкова безымянному проезду в Автове, который начинается от дороги на Турухтанные острова, затем поворачивает на 90 градусов и идет до Кронштадтской улицы.
Еще не закончилась Великая Отечественная война, а бюро горкома ВКП(б) 23 ноября 1944 г. принимает постановление «О проведении подготовительных работ по возобновлению строительства метрополитена в Ленинграде». Многим тогда это казалось неактуальным, город нуждался в первоочередных восстановительных работах, а в самом Ленинграде после снятия блокады осталось лишь 546 тыс. жителей. А пока метростроевцы восстанавливали железнодорожные пути и линии связи, строили вокзалы, ремонтировали заводы и жилые дома, сооружали портовые причалы.