Конечно, отношение лидеров Русской православной церкви к мусульманским духовным лидерам «старого» и «нового» поколений заметно различалось. Расколы и свержения уважаемых муфтиев не прошли незамеченными православной общиной, тем более что гонимые представители «старого» поколения временами были вынуждены просить православных братьев о помощи как это, например, сделал верховный муфтий Талгат Таджуддин осенью 1994 г. Кроме того, руководство Московского патриархата не могла не огорчать и оскорбительная критика в адрес своих давних партнеров по межрелигиозному диалогу, инициаторами которых выступали предавшие их ученики и сподвижники. В конце концов, большие сомнения у православных вызывала и легитимность новых муфтиев, многие из которых выглядели откровенно криминальными элементами или экстремистами. Все это в совокупности сильно затрудняло установление отношений с Высшим координационным центром духовных управлений мусульман России, а затем и с Советом муфтиев России.
Со своей стороны, новые лидеры российского ислама не скрывали враждебного отношения к православным. Пока Русская православная церковь вела переговоры с мусульманами Кавказа об урегулировании чеченского кризиса, муфтий Равиль Гайнутдин давал интервью следующего содержания: «К сожалению, высшие иерархи наших церквей в основном встречаются, декларируют, а на деле не осуществляются те достигнутые договоренности. И я хотел бы показать на примере. И Святейший Патриарх Московский и Всея Руси, и другие руководители, встречаясь с мусульманскими религиозными деятелями, говорят, что на территории Чечни ведется конфликт не на религиозной основе. Мы уважаем друг друга и призываем наших верующих, чтобы они встали на путь мира и согласия. В то же время Русская православная церковь направляет своих священнослужителей в войсковые части, которые ведут войну на территории Чечни. Отправляя воинов на войну, они благословляют их на убийство. И мусульмане, увидев, что священник Русской православной церкви благословляет на убийство и освящает оружие, спрашивают: а где же та искренность, а где же те договоренности, которые были заявлены, что мы не будем поощрять войну, убийства наших граждан?». В марте 2000 г. в Мемориальной синагоге на Поклонной горе, на третьем заседании Межрелигиозного совета России муфтий Равиль Гайнутдин устроил скандал по причине присутствия на нем верховного муфтия Талгата Таджуддина и покинул заседание, изложив свою позицию в статье «Кому выгоден раскол мусульман?», напечатанной его советником Вячеславом-Али Полосиным в «Мусульманской газете».
Главная мысль этой статьи заключалась в том, что у мусульман России есть один законный лидер Равиль Гайнутдин, поэтому Православная церковь поступила провокационно, позвав в МСР также «запыленную фигуру прошлого» верховного муфтия Талгата Таджуддина. «А кому вообще было нужно приглашать альтернативное Совету муфтиев России Уфимское центральное духовное управление? Как отреагировал бы сам митрополит, если бы, придя на заседание МСР, он увидел бы рядом с собой анафематствованного им священника Глеба Якунина, киевского патриарха, епископов Зарубежной и Катакомбной церквей? Имеет ли сам митрополит полномочия представлять интересы самой древней христианской церкви в России старообрядческой?» вопрошал автор статьи.
С 2005 г. Совет муфтиев стал резко критиковать инициативы Русской православной церкви по введению в школах основ православной культуры и возрождению института военных священников, невзирая на то, что ранее муфтий Равиль Гайнутдин собственноручно подписал обращение Межрелигиозного совета России к министру образования В.М. Филиппову о раздельном преподавании в средних школах основ четырех традиционных религий России. Апогеем антиправославных заявлений Равиля Гайнутдина стали его высказывания на пресс-конференции в феврале 2006 г., когда он обвинил православных иерархов в сознательном занижении численности мусульман, которых на самом деле в семь раз больше, чем православных христиан.
С 2005 г. Совет муфтиев стал резко критиковать инициативы Русской православной церкви по введению в школах основ православной культуры и возрождению института военных священников, невзирая на то, что ранее муфтий Равиль Гайнутдин собственноручно подписал обращение Межрелигиозного совета России к министру образования В.М. Филиппову о раздельном преподавании в средних школах основ четырех традиционных религий России. Апогеем антиправославных заявлений Равиля Гайнутдина стали его высказывания на пресс-конференции в феврале 2006 г., когда он обвинил православных иерархов в сознательном занижении численности мусульман, которых на самом деле в семь раз больше, чем православных христиан.
В одном ключе со своим лидером выступали и другие представители Совета муфтиев России. Сопредседатель Совета, муфтий Саратовской области кардинальным образом ухудшил отношения с Саратовской епархией Русской православной церкви, сначала написав хвалебное предисловие к антихристианской книжке «Евангелие глазами мусульманина», а затем резко выступив против установки поклонных крестов. Представитель Совета муфтиев в Дальневосточном федеральном округе муфтий Абдулла-Дамир Ишмухаммедов в начале 2009 г. заявил, что православие может вызвать социальный взрыв в Приморском крае, после чего получил гневную отповедь Владивостокской епархии, которая прекратила с ним все отношения.
Наиболее тяжелые последствия для христианско-мусульманского диалога имела риторика главы ДУМ Азиатской части России Нафигуллы Аширова и главы ДУМ Нижегородской области Умара Идрисова. Сначала, 5 декабря 2005 г., на сайте Вячеслава-Али Полосина появилась подборка мнений ряда мусульманских деятелей, которые требовали убрать христианскую символику с Герба России. Причины, по которым верховный муфтий Нафигулла Аширов, карельский муфтий Висам Бардвил и глава аппарата ДУМ Нижегородской области Дамир Мухетдинов заметили на гербе кресты и святого Георгия Победоносца только через пять лет после его утверждения Государственной думой, так и остались неизвестными, однако резонанс их высказывания вызвали самый широкий. Дискуссия об изменении герба быстро переросла в скандал, в котором все ведущие СМИ подвергли резкой критике «гербофобов». Не менее резкие заявления сделали представители Русской православной церкви, ЦДУМ и КЦМСК, иудейских и буддийских центров. Муфтий Равиль Гайнутдин был приглашен в Администрацию Президента РФ, где ему напомнили о недопустимости подобных выступлений и настоятельно рекомендовали денонсировать сделанные его соратниками заявления. На следующий день московский муфтий заявил, что «мы живем в светском государстве и уважаем государственную символику Российской Федерации, принятую Государственной думой и утвержденную Президентом России», однако его сопредседатели остались при своем мнении.
В конце февраля начале марта 2007 г. Аширов сделал ряд резких заявлений в отношении православных, иудеев и госчиновников, особенно ополчившись на факультативное преподавание «Основ православной культуры» в школе при российском посольстве в Гаване. «Решение родительского собрания не может идти вразрез с Конституцией. Если завтра родители захотят, чтобы их дети изучали Майн кампф, это что, будет законно, и директор школы обязан будет идти у них на поводу? Есть же государственные нормы!» заявил «Интерфаксу» Н. Аширов, назвав свою аргументацию «железной». В итоге за антисемитские заявления верховного муфтия извинилась пресс-служба Совета муфтиев, а за сравнение Евангелия с «Майн кампф» сам Аширов лично. В марте 2008 г. Нафигулла Аширов переключился на «еврейскую» тему, развив свои высказывания на тему Израиля, сионизма и евреев как таковых. Иудеи на эти высказывания отреагировали вполне предсказуемо, в очередной раз потребовав от Совета муфтиев объяснений. Правда, на этот раз, не получив вразумительного ответа, Федерация еврейских общин России (ФЕОР) объявила о замораживании отношений с Советом.
Глава Совета муфтиев Равиль Гайнутдин, снова поставленный своими сподвижниками в крайне неудобное положение, первое время упорно отмалчивался. Действительно, осудить антисионистские заявления Аширова он никак не мог это означало бы политическое самоубийство как в арабском мире, так и среди большей части адептов Совета муфтиев. Поддержка же своего прямолинейного сопредседателя сулила Гайнутдину глубокое неудовольствие властей и автоматический выход из процесса межрелигиозного диалога. Поэтому московский муфтий молчал до последнего, а на его сайте повторялась дежурная фраза о том, что «официальная позиция Совета муфтиев России вырабатывается и принимается коллегиально и озвучивается Председателем СМР или уполномоченными на это лицами», а ответственность за этот конфликт возлагалась на журналистов и иных провокаторов, среди которых был назван почему-то епископ Егорьевский Марк, заместитель председателя Отдела внешних церковных связей Московского патриархата.
Развивающийся конфликт пыталась урегулировать Общественная палата, однако на посвященное ему заседание представители Совета муфтиев не пришли, что не помешало членам комиссии по межнациональным отношениям и свободе совести принять антиашировское заявление. Впрочем, в самый острый момент конфликта его стороны удалось помирить главный раввин России Берл Лазар и муфтий Равиль Гайнутдин при посредничестве целого ряда высокопоставленных лиц встретились и приняли совместное заявление, в котором даже никого не осудили. В обмен на прекращение конфликта муфтий Равиль Гайнутдин пообещал Берлу Лазару если не избавиться от Нафигуллы Аширова полностью, то хотя бы вывести его из числа сопредседателей Совета муфтиев.
Казалось, главе Совета муфтиев удалось сохранить лицо, с наименьшими потерями пережив столь щекотливую ситуацию, однако входящий в Совет муфтий Карелии Висам Бардвил имел особое мнение на этот счет. После долгожданного примирения он активно поддержал своего коллегу Аширова, с новыми силами обрушившись на «преступный сионизм». Возмущенные иудеи вновь запросили официальную реакцию Совета муфтиев, где им традиционно ответили «о лицах, имеющих право выражать официальную позицию Совета». Висама Бардвила не осудили, однако пообещали подобных высказываний впредь не допускать. Это обещание продержалось ровно сутки до того момента, когда Нафигулла Аширов расставил все точки над «i», заявив, что ФЕОР устроила провокацию против мусульман, ввела в заблуждение Равиля Гайнутдина, в то время как подавляющее большинство мусульман России искренне не любят сионистов. «Я уверен, что он (московский муфтий) никогда не будет осуждать тех людей, которые осуждают преступления сионизма», прямо заявил Аширов «Интерфаксу». В итоге ФЕОР официально прекратила отношения с Советом муфтиев России, о чем в январе 2009 г. упомянул его председатель, главный раввин Берл Лазар: «Мы полагаем, что в Совете муфтиев России есть радикальные силы, а г-н Гайнутдин, к сожалению, не контролирует ситуацию. Он заверял нас, что не согласен с муфтием Ашировым, мы это слышали многократно. Поэтому практически мы с Советом муфтиев не сотрудничаем. Когда мы получаем от них приглашения, мы их не принимаем. Я общаюсь с г-ном Гайнутдином, как с одним из муфтиев», заявил он в интервью газете «Известия».