В 1527 году он увез своих последователей в Саламанку, где тоже был университет, и история повторилась почти в точности. Церковь опять взяла кружок Лойолы на карандаш, и опять последовал арест. Ситуация усугубилась тем, что Лойола, постоянно искавший спонсоров, слишком хорошо разагитировал двух знатных вдовствующих сеньор – мать и дочь, которые решили по его примеру переодеться нищенками и жить святой жизнью. Женщины сбежали из дома, и Лойолу держали в тюрьме, пока они после месяца скитаний не вернулись домой.
Вновь над Лойолой нависла грозная тень инквизиции, и вновь ему удалось отделаться обещанием не проповедовать до получения диплома. Теперь Лойоле стало ясно, что в Испании ему делать нечего, и он перебрался в Сорбонну, чтобы вербовать спонсоров и учеников там.