Брав Петро Дорошенко участь і в поході гетьмана Юрія Хмельницького та воєводи Шереметева під Чуднів, який відбувся 1660 року. Відомо, що після того як верхівкою козацького війська було вирішено йти на переговори з поляками, саме Дорошенко вів перемовини з провідником польського війська Єжи Любомирським і готував підґрунтя Слободищенського трактату.
Продовжилося кар'єрне зростання майбутнього гетьмана і в подальшому. За часів гетьманування Павла Тетері, 1663 року, Петро Дорошенко вже перебував на посаді генерального осавула, а з 1665 року, на додаток до цієї посади, він удруге отримав пернач черкаського полковника.
Народні повстання, від яких захиталася влада Тетері в Правобережжі, безумовно зіграли на користь Петра Дорошенка. Одразу після втечі Павла Тетері, коли медведівський сотник Степан Опара, спираючись на підтримку загонів повсталого селянства, проголосив себе гетьманом, Дорошенко дістав нагоду показати себе як хороший політик і розважливий державний діяч. Відомим є той факт, що Опара, не розраховуючи на підтримку лівобережних полків і гетьмана Брюховецького, шукав допомоги в Криму, для чого й почав переговори з ханом. Але в дорозі від Перекопу до Богуслава, де стояв на той час табором Степан Опара, татарських мурз, яких було уповноважено вести переговорний процес з козацтвом, перехопив і схилив на свій бік Петро Дорошенко. Внаслідок цього виступ Степана Опари був приречений на поразку. Одразу після зради татар, які й захопили гетьмана-невдаху в полон, його, разом із кількома найближчими старшинами, видали польському уряду. Після арешту Опара деякий час перебував в ув'язненні в Марієнбурзькій фортеці, а в середині жовтня 1665 року був страчений у Варшаві або, згідно зі свідченнями інших джерел, у королівській ставці під містечком Рава Мазовецька.
Не краща доля очікувала й на іншого претендента на гетьманську булаву – вже згадуваного нами Василя Дрозденка. Після того як останній оголосив себе правонаступником Павла Тетері й підняв повстання на Правобережжі, він був взятий у полон козаками Дорошенка і розстріляний.
Нарешті 10 жовтня 1665 року правобережні полковники, зібравшись на малу старшинську Раду, обрали Петра Дорошенка наказним гетьманом Правобережної України. А вже на початку січня 1666 року загальна козацька Рада в Чигирині підтвердила вибір старшини. Булава правобережного гетьмана остаточно залишилася за Дорошенком, на якого в Україні, розірваній на шматки громадянською війною, покладалися великі надії.
І мусимо сказати, що значною мірою новий гетьман ті надії виправдав. Українська Гетьманщина, фактично розірвана на дві частини і вкрай спустошена військовими діями, які тут безкінечно точилися протягом останніх 17 років, раптом відчула на чолі держави сильну людину. І не лише сильну, а таку, яка дбає про неї, а не лише про свої власні амбіції. Реально оцінюючи своє становище, Петро Дорошенко вважав першочерговим завданням домогтися зміцнення своєї влади на Правобережжі і лише після цього повернути свої погляди на лівобережну частину Гетьманщини. Для цього він мав на меті заручитися підтримкою з боку народних мас, передусім козацтва, яке на той час, безумовно, становило в Україні домінуючий клас. Невдовзі зусиллями гетьмана і його прибічників, з метою стабілізувати внутрішнє становище Правобережної України, було створено регулярне двадцятитисячне військо з найманих частин – так зване сердюцьке військо. Зауважимо, що створення піхоти сердюків було своєрідним ноу-хау гетьмана Петра Дорошенка. Ці полки набиралися з козаків та інших охочих людей, в тому числі іноземців – найчастіше сербів чи молдаван. Є підстави вважати, що сердюки були особистою гвардією гетьмана Дорошенка і одержували платню безпосередньо від нього, а гетьман, у свою чергу, міг спиратися на цю військову силу не менш безпечно, аніж польська корона покладалася на своє знамените кварцяне[1] військо. У середньому в кожному сердюцькому полку налічувалося від чотирьохсот до п'ятисот козаків і несли вони службу по охороні гетьманської резиденції, військових складів і військової артилерії, а також виконували накази гетьмана. Заради справедливості мусимо зауважити, що в міру зростання неприязні до Петра Дорошенка з боку народних мас, сердюків часто-густо почали використовувати для придушення народних виступів. Саме через цей факт, до якого приєдналося невдоволення від високих витрат на утримання цього війська, ставлення до сердюків в Україні було далеким від ідеалістичного. Однак навряд чи створення сердюцької піхоти можна записати до прорахунків гетьмана Дорошенка – адже важкі часи вимагають жорстких рішень, а користь від появи цілком дієздатної армії, яка могла протистояти ворогам гетьмана, значно перевершувала шкоду від недоліків її організації.
Немало зробив Петро Дорошенко і для зміцнення економіки країни, яка потерпала від наслідків багаторічної війни. Для зміцнення фінансової системи Гетьманщини Дорошенко встановив на українському кордоні нову митну мережу, а в Чигирині було створено монетний двір, який почав карбувати власну монету. Крім того, успішно запроваджуючи політику колонізації незаселених земель, Дорошенко на степовому кордоні утворив новий полк, який дістав назву Торговицький. Загалом можна стверджувати, що гетьманування Петра Дорошенка могло б привести Гетьманщину до стабільності й процвітання. Але, як видно, не судилося цьому бути – у політику гетьмана несподівано втрутилися зовнішні чинники, першим із яких слід назвати Андрусівську угоду між Московським царством і Річчю Посполитою.
Назву Андрусівської угоди дістало підписане за спиною української влади перемир'я між Польщею і Москвою, яке мало на меті закінчити війну, почату Москвою проти Польщі в межах виконання Березневих статей 1654 року. Укладання Андрусівської угоди відбулося 30 січня 1667 року в селі Андрусове під Смоленськом.
Умови перемир'я викликали велике незадоволення серед українського суспільства. І якщо для поляків, які через заколот Єжи Любомирського проти королівської влади просто фізично не могли продовжувати війну, мир із Москвою був украй необхідний, – з боку Московського царства він став черговою спробою зменшити автономію Гетьманщини. Досить сказати, що Андрусівський договір, порушивши умови Переяславської ради 1654 року та інших договорів з гетьманами Б. Хмельницьким, Ю. Хмельницьким і навіть цілком лояльним до Москви І. Брюховецьким, офіційно закріпив насильницький поділ української етнічної території на дві частини – Правобережну і Лівобережну Україну, які мали відтепер перебувати у складі Московського царства і Речі Посполитої. Звісно, що проти Андрусівського миру рішуче виступив гетьманський уряд Петра Дорошенка. Але що залишалося гетьману, противниками якого раптом стали обидва значно могутніші за нього сусіди, як не розпочати пошук союзників серед інших сильних держав? Тож, напевне, не буде помилковим твердження, що саме Андрусівська угода і повне ігнорування інтересів української Гетьманщини урядами Московського царства і Речі Посполитої під час підписання перемир'я і стало головною причиною майбутньої експансії Оттоманської Порти в Україну, яка й призвела до Чигиринських походів 1677–1678 років.
Отже, після підписання між Московською державою та Річчю Посполитою Андрусівського перемир'я 1667 року Петро Дорошенко вирішив укласти союз із Кримським ханством і перейти разом з Правобережжям під політичний протекторат Османської імперії. Виконуючи розроблений план, у травні 1667 року гетьман Дорошенко активізував підготовку до походу проти Речі Посполитої. У полкові та сотенні міста були розіслані гетьманські універсали про мобілізацію козаків, місцем збору яких було призначено Корсунь. Крім того, до Стамбула вирушило посольство Дорошенка, яке мало намір засвідчити готовність Гетьманщини прийняти протекцію султана. Як і слід було очікувати, султан Магомет IV цілком позитивно поставився до такої пропозиції. У серпні того ж року гетьман Дорошенко застеріг Яна Казимира, щоб той не чинив шкоди козакам, котрі в минулому перебували в його підданстві, але тепер «заховалися під опіку султана». Розпочиналася чергова козацько-польська війна, цього разу з участю такого потужного гравця, як Османська імперія. І наслідки її початку не забарилися. Уже у вересні 1667 року об'єднане українсько-турецьке військо, розпочавши військові дії в Галичині, змусило польський уряд визнати широку автономію Правобережної України і встановити кордон між Гетьманщиною і Річчю Посполитою по річці Горинь. Тож не буде помилкою стверджувати, що кампанія по посиленню впливу гетьманської влади на Правобережжі закінчилася блискуче.
Настала пора втілювати в життя інші замисли гетьмана. А це, ні мало ні багато – об'єднання розірваних частин Козацької держави. Одразу ж після того, як позиції Петра Дорошенка на Правобережжі були зміцнені, він, виконуючи заздалегідь визначений план, звернув свій погляд на Лівобережжя, що його, за допомогою своїх ставлеників, все міцніше прибирало до рук Московське царство. На початку літа наступного 1668 року гетьман Дорошенко на чолі вірного йому війська вирушив на Лівобережжя. Слід зауважити, що час для наступу на Лівобережну Україну був обраний Дорошенком надзвичайно вдало. На Лівобережжі саме набирало обертів антимосковське повстання, викликане свавіллям царських воєвод і поведінкою Івана Брюховецького, який, будучи висуванцем козацької черні, зрадив її інтереси на користь московського нобілітету. В ході цього повстання, у військовому таборі під Опішнею, що на Полтавщині, козаки вбили гетьмана Брюховецького, і 8 червня 1668 року Петра Дорошенка було оголошено гетьманом всієї України.
Однак, незважаючи на таку швидку перемогу, гетьманування Дорошенка на Лівобережній Україні тривало не надто довго. Розуміючи, що відбувається зміцнення гетьманської влади в Україні, Московське царство і Річ Посполита, кожен зі свого боку, взялися підривати її шляхом підтримки численних суперників Дорошенка в боротьбі за гетьманську булаву, а також раптовою військовою агресією на правому боці Дніпра. Тож Дорошенку не залишалось нічого іншого, аніж, призначивши наказним гетьманом Лівобережжя Дем'яна Многогрішного, повернутися на Правобережжя.
Утім, як з'ясувалося, Многогрішний не був тією людиною, яка могла б якщо й не продовжити роботу Дорошенка на Лівобережжі, то принаймні втримати там військову присутність гетьмана. Наступ московських військ під командуванням Григорія Ромадановського на Ніжин і Чернігів призвів до того, що Многогрішний запанікував. Врешті, зваживши на відсутність військової допомоги від Петра Дорошенка, а також на тиск промосковськи налаштованої частини козацької старшини та православного духовенства, Дем'ян Многогрішний був змушений піти на переговори з царським урядом. У ході переговорів Многогрішний публічно відрікся від союзу з Петром Дорошенком і погодився співпрацювати з Москвою, завдяки чому 17 грудня 1668 року на старшинській Раді, що відбулась у Новгороді-Сіверському був обраний так званим «сіверським гетьманом».
Проте офіційна позиція, яку озвучив під час переговорів у Новгороді-Сіверському Дем'ян Многогрішний, зовсім не свідчила про фактичне припинення його зв'язків із Дорошенком. І не лише зв'язків, а й підтримки політики гетьмана. І такий стан речей підкреслили підписані за результатами переговорів між московським урядом і Многогрішним Глухівські статті 1669 року. Згідно з умовами статей, московські воєводи відтепер залишалися лише в п'яти українських містах – Києві, Переяславі, Чернігові, Ніжині й Остері. Крім того, під булавою козацького гетьмана мало перебувати реєстрове військо кількістю у тридцять тисяч козаків, а податки віднині мали збиратися козацькою старшиною, а не московськими урядовцями. І хоча гетьман України, як і раніше, не мав права зноситися самостійно з володарями третіх країн, а права селянства на отримання козацьких привілеїв було обмежено, можемо твердити, що Глухівські статті значною мірою повертали Московське царство і Гетьманщину до Березневих статей 1654 року, скасовуючи підписану Брюховецьким Московську угоду.
На початку 1669 року Петро Дорошенко, що до цього часу домігся союзу з запорожцями та Іваном Сірком, який вкотре перебував на посаді кошового отамана Запорозької Січі, зміг розбити війська чергового кандидата на гетьманську булаву – колишнього висуванця від партії запорозької старшини Петра Суховія, а також союзних йому кримських татар. Ситуація складалася так, що слід було остаточно визначитися з протекцією Османської імперії, якої кілька років домагався Дорошенко, маючи на меті вберегти Україну від зазіхань Польщі та Москви. Тим часом в Україну із Стамбула повернулися посли гетьмана Дорошенка, разом з якими прибув турецький чауш. Одразу після прибуття делегації (орієнтовно 10–12 березня 1669 року) в Корсуні зібрали козацьку Раду, під час якої було ухвалено «держати з турками дружбу». Як зауважує потомок гетьмана, відомий український історик Дмитро Дорошенко, «справа турецького протекторату не йшла гладко, що й проти нього була опозиція, й що самі турки, так само як і Москва, не дуже раді були бачити на гетьманстві людину сильної волі й з твердими принципами; через те турки тримали в себе «про запас» Гедеона-Юрія Хмельницького, який попав був у татарський полон, і взагалі не дуже квапилися приймати Дорошенка в свою протекцію, хоч формально султан дав на це згоду, і тепер між Царгородом і Чигирином ішли живі дипльоматичні зносини, а при султанському дворі перебував постійний український резидент».
Не важко здогадатися, що в середовищі українського козацтва, яке значною мірою завдячує своєму виникненню саме боротьбі з мусульманською експансією, кроки гетьмана Дорошенка на зближення з Туреччиною вітали далеко не всі. Не додавали гетьману популярності в народі й чутки, поширювані московськими шпигунами. Ці чутки сповіщали, що Дорошенко продав Україну в турецьке ярмо, й закликали козацтво до опозиції гетьману. Літом 1669 року Петро Суховій, якого все ще не полишали думки про здобуття гетьманської булави, знову повернувся в Україну на чолі загонів кримських татар. Підлеглі колишнього запорозького писаря напали на Дорошенка й узяли його військо в облогу неподалік від села Кононча на Черкащині. Як оповідає літопис, з Дорошенком, який не сподівався нападу, було всього дві тисячі козаків і Петро Суховій мав того дня цілком реальні шанси здобути нарешті омріяну булаву. І лише присутність у ставці Дорошенка турецького посла, який наказав татарам негайно припинити бій, врятувала гетьмана. Щоправда, спроби відібрати владу у Дорошенка не припинились і надалі – вірні Суховієві козаки незабаром виголосили наказним гетьманом Михайла Ханенка, і протистояння продовжилось.
За таких умов стало зрозумілим, що подальше зближення з Османською імперією неминуче, навіть якщо для цього доведеться піти на певні поступки, долаючи недовіру султана до гетьмана Дорошенка. Однак, перед тим як зробити такий ризикований крок, Дорошенко провів ще одну спробу порозумітися з поляками. Слід сказати, що, незважаючи на протистояння з Річчю Посполитою, Дорошенко все ще підтримував певні відносини з її урядовцями, листуючись із коронним гетьманом Яном Собеським. Майбутній польський король віддавав військовому й політичному таланту Петра Дорошенка належне, тож до останнього намагався прихилити українського гетьмана на свій бік. Відгукнувшись на прохання Собеського, гетьман Дорошенко вислав восени 1669 року до Варшави на коронаційний сейм своїх послів, якими стали полковник Петрановський та генеральний осавул Тарасенко. Своїм посланцям гетьман доручив провести переговори з поляками, які по зреченні від престолу Яна Казимира вибрали нового короля Михайла Вишневецького. Під час переговорів старшини мали, за задумом Дорошенка, домагатися повної автономії України в складі Речі Посполитої, тобто повернення до статей Гадяцького трактату 1658 року. Однак місія Петрановського й Тарасенка, як невдовзі з'ясувалося, не мала жодної надії на успіх. Як доповіли гетьманові посли, повернувшись із Польщі, серед польського політикуму їхня місія викликала лише глуху стіну нерозуміння. Тож поляки, як оповідає Д. Дорошенко, «збули послів самими лише компліментами».