Тогда же с подачи Бориса Березовского на антисемитствующего генерала резко наехал Сергей Доренко в своей авторской программе на Первом канале, что вызвало ярость & уныние а рядах макашовских поклонников. Сам ведущий вспоминал об этом эпизоде в одной из своих радиобесед: «Я критиковал генерала Макашова, готов повторить свою критику при встрече. В тот день, когда он предложил квоты, национальные квоты в органах госуправления, мы сделали обширнейшее исследование, мы, наша съемочная группа. Мы ездили в патологоанатомический центр, в морг, мы ездили к патологоанатомам, знаете, мы объездили все, институт антропологии, где подняли работы, кстати, нацистов гитлеровских, все, как все-таки выявить, кто, понятно, если квоты, мы сделали, мы сработали, как инженю, как будто мы наивные. Макашов сказал – давайте делать. А мы думаем – хорошо, вдруг я скажусь бурятом, вдруг на бурята есть квота, а как меня, подлеца, изобличить, что я не бурят? Мы были в морге, мы были в патологоанатомических центрах, мы были в музее антропологии, мы поднимали нацистские документы, нет объективного критерия. Поскольку это невозможно, мы это все таким образом высмеяли и категорически критиковали. Сегодня я также категорически критикую эту позицию, другие позиции генерала мне что-то на память не приходят. Вы знаете, я считаю, что Россия – империя, и в отличие от генерала Макашова я считаю, что Россия – великая империя, а в великих империях высшая честь – быть солдатом империи, высшая доблесть – быть солдатом империи. У солдата империи никто не спрашивает его национальность, право погибнуть за родину – высшая награда империи, дается каждому.
Взгляды Макашова дикие. Я не знаю, в какой степени серьезно к этому надо относиться. Я сейчас объясню почему. Потому что эти взгляды, такие взгляды Макашова и Крутова сознательно пропагандируются сейчас Кремлем, потому что Кремль пытается выставить население России такое 145-миллионым конгломератом идиотов, которым правят европейцы, понятно, единственные европейцы в России – правительство. И это то же самое, что у Каримова. Каримов говорит – все, кто противостоят мне, фундаменталисты. То же самое у Путина. Путин говорит – все, кто противостоит мне, это жидомасоны и, наоборот, антисемиты и, наоборот, сталинисты и т.д., т.е. все опасные люди противостоят мне, поэтому помогайте мне, говорит Путин. Не надо ему подыгрывать. Если мы будем каждый день говорить о Макашове, мы будем подыгрывать».
В феврале 2002 года Макашов подписал открытое письмо президенту Путину «Кто ответит за развал?».
В сентябре 2003 года был включен в общефедеральный список избирательного объединения КПРФ под №6 в «Приволжскую» группу списка для участия в выборах в Государственную Думу четвертого созыва. Также выдвинут от КПРФ кандидатом в депутаты Государственной Думы по Промышленному одномандатному избирательному округу №152 (Самарская область). Как кандидат-одномандатник выборы 7 декабря 2003 года выиграл, за него проголосовали 80 тысяч 402 избирателя (33.09%). Вошёл во фракцию КПРФ. Член Комитета по обороне. Над телефоном в его думском кабинете висела табличка: «Вас прослушивает ЦРУ».
Про олигархов говорит: «Кого-то посадили, кого-то выслали, но если раньше олигархов был десяток, то теперь – 25. Делением они размножаются, что ли? Когда-то древние египтяне выгнали целое племя только за то, что оно захватило всю скупку хлеба в Египте, всю торговлю. Это, я понимаю, борьба с олигархами! А Путин только пощекотал Ходорковского. Конечно, Ходорковскому непривычно: в армии он не служил, на гауптвахте не сидел. Когда я отдыхал в санатории имени „Лефортово“, там света не было. Вставал на койку – лампочка под потолком была крошечная – и читал. Погубил зрение. Жена принесет хлеб и сало, прошу прапорщика порезать. Он все уносит с концами… Нельсон Мандела просидел 25 лет и стал президентом. Если Ходорковский хочет стать президентом, пусть сидит».