В середине 20-х годов предприятия Юнкерса оказались связаны и с Советским Союзом. В 1922 году советское правительство заключило с Юнкерсом договор о концессии на производство самолетов и авиамоторов, для чего Юнкерсу передавался завод в Филях (позже авизавод № 22, в настоящее время Государственный космический научно-производственный центр имени М.В. Хруничева). Сотрудничество длилось до 1927 года, его эффективность оказалась, впрочем, ниже ожидаемой, несмотря на создание ряда самолетов для советских ВВС.
Однако к боевым самолетам, ставшим символом нацистского «блицкрига» в Европе, наносившим бомбовые удары по Лондону и Ковентри, Москве и Сталинграду, профессор Хуго Юнкерс уже не имел никакого отношения. В отличие от Вилли Мессершмитта, Юнкерс не питал симпатий к нацистам, и покровителя в борьбе с Мильхом у него не оказалось. Практически сразу после прихода Гитлера к власти на 74-летнего Хуго Юнкерса началось давление с требованием передачи прав на основные патенты, авиастроительное и моторостроительное предприятия. Ряд ведущих сотрудников компании был арестован, против самого Юнкерса выдвинули обвинения в шпионаже, пособничестве коммунистам, передаче документации иностранным государствам. В результате Юнкерс 2 июня 1933 года подписывает соглашение о передаче прав на 170 патентов компаниям «JFA» и «JUMO», а 18 октября 1933 года – о передаче 51 % акций его компаний государству.
Конструктор и предприниматель Х. Юнкерс умер 3 февраля 1935 года, в день своего 76-летия, а через месяц его вдова дала согласие на полную передачу акций предприятий «Юнкерс» государству.
Тем не менее во Второй мировой войне все же принял участие самолет, к созданию которого сам Х. Юнкерс имел прямое отношение, – ставший основным транспортным самолетом люфтваффе созданный еще в 1930 году под руководством Э. Цинделя «Junkers» Ju.52/3 м, получивший прозвище «Tante Ju» («Тетушка Ю»). Трехмоторный самолет с гофрированной обшивкой и неубирающимся шасси был способен поднять 18 пассажиров или 1500 кг груза. В 1940 году Ju.52 применялся для высадки воздушных десантов в Норвегии, Бельгии и Голландии, в мае 1941 года около 1300 солдат и 130 артиллерийских орудий было перевезено при захвате острова Крит. Активную роль играли транспортные «юнкерсы» и на Восточном фронте. Всего было выпущено более 4800 машин, эксплуатировавшихся в ряде стран до конца 70-х годов.
Работу над транспортными самолетами компания «Юнкерс» продолжила и впоследствии. В 1941 году под руководством Э. Цинделя и Крафта был создан трехмоторный транспортный самолет Ju.252, оснащенный герметичной кабиной, рассчитанной на перевозку 32 пассажиров. «Junkers» Ju.252 и его модификация Ju.352, перевозящие более 4 тонн груза или до 35 пассажиров и выпущенные общей численностью 60 машин, строились до осени 1944 года и использовались до самого конца войны.
Транспортным самолетом Ju.90 стал еще в 1937 году и несостоявшийся дальний бомбардировщик, создававшийся в рамках программы «Uralbomber». Выпущенная в количестве десятка экземпляров машина проявила себя в основном тем, что на первых порах использовалась в качестве буксировщика тяжелых грузовых планеров.
Несмотря на действующие ограничения Версальского договора, с приходом к власти национал-социалистов началось возрождение немецкой военной авиации, хотя до времени – под видом развития гражданского воздушного флота, и одна из ключевых ролей отводилась в этом процессе компании «Юнкерс».
Одним из первых шагов стало создание самолетов двойного назначения, способных выполнять функции как коммерческой машины, так и бомбардировщика.
Уже 4 ноября 1934 года в небо поднялся созданный Э. Цинделем самолет «Юнкерс» Ju.86. В отличие от предыдущих самолетов компании «Юнкерс», для которых были характерны прямоугольный в сечении фюзеляж и гофрированная обшивка, новый самолет имел фюзеляж овального сечения с гладкой обшивкой. Серийный выпуск начался уже в конце 1935 года. В гражданском варианте самолет мог перевозить десять пассажиров, военный вариант имел экипаж из четырех человек, нес три 7,9-мм пулемета МG 15 и мог поднять восемь 100 кг бомб, размещенных во внутренних бомбоотсеках. Дизельные двигатели «Jumo-205С» мощностью 600 л.с. обеспечивали скорость до 320 км/ч. Уже осенью 1938 года Ju.86 постепенно начали выводить из состава боевых частей, но тем менее он принял участие в Польской кампании, ограниченное число машин успело повоевать и на Восточном фронте, в частности 58 машин находилось в составе сил люфтваффе в декабре 1942 года под Сталинградом, но уже через два месяца 42 из них были потеряны. Позже, в 1943–1944 годах самолет применялся для борьбы с партизанами на Балканах и в Белоруссии, использовался также в качестве ночного бомбардировщика. Общий выпуск вместе с гражданскими машинами составил менее 500 самолетов.