Разумеется, что, войдя в подчинение ВЧК, матросы Попова продолжали вести себя в лучших традициях анархизма. Служебными обязанностями себя они особо не утруждали. Поповцы, в принципе, выполняли рутинную комендантскую работу: производили аресты, конвоировали арестованных, что-то и кого-то охраняли. Однако делали это матросы только тогда, когда им этого хотелось самим. Если же им что-то приказывали, а желания исполнять приказ не было, то поповцы могли легко куда подальше послать даже самое высокое начальство. По этой причине руководство ВЧК старалось Попова и его буйную вольницу лишний раз нигде не задействовать. Более того, с поповцами всячески заигрывали. Так, Л. Д. Троцкий, по своей личной инициативе, торжественно вручил Д. И. Попову и его матросам Красное отрядное знамя на Красной площади.