Летом и осенью 1918 года, казаки Дона и Кубани, ещё с охотой шли служить в красные отряды, даже после кровавого разгрома казачьих отрядов под Ейском, потому что красные стали платить военнослужащим жалованье большее, чем в «Добровольческой армии» у Деникина, у большевиков был для этого солидный финансовый ресурс. При эвакуации из Петрограда в Москву большевиками было вывезено и оборудование «Печатного двора», которое позволяло печатать царские деньги.
Суточное жалованье немецких солдат, из числа оккупационных войск составляло в пересчёте с марок, 200 рублей в месяц, офицеры получали 750 рублей в месяц. Лев Троцкий постоянно требовал и добивался увеличения выплат красноармейцам. Дивизия неполного состава у красных, численностью в 4500 человек, требовала месячных расходов в 150200 тысяч царских рублей.
В первых числах июня из столицы в Новороссийск прибыл с пакетом секретных документов заместитель наркома по морским делам Иван Вахрамеев. В документах морской штаб описывал перспективы захвата немцами кораблей флота, а заканчивались они резолюцией Льва Троцкого немедленно потопить корабли. Резолюция произвела гнетущее впечатление на командующего флотом. Адмирал Саблин выехал в Москву с намерениями добиться отмены приказа Льва Троцкого «о затоплении» и восстановления снабжения флота, оставив за себя командовать, командира линкора «Воля» капитана 1-го ранга Тихменева.
Михаил Саблин по прибытии в Москву, был арестован. Ему удалось бежать из-под ареста с помощью левых эсеров и он был переправлен в Великобританию, откуда возвратился в январе 1919 года в Таганрог, где в это время уже расположилась ставка генерала Деникина. Саблин был назначен генералом Деникиным командующим кораблями «Вооружённых Сил Юга России», ВСЮР.
Назначенный Совнаркомом исполнять обязанности командующего Черноморским флотом, капитан 1-го ранга Тихменев, получил от Ленина и Чичерина официальный приказ, «привести корабли флота из Новороссийска в Севастополь, где передать их немецкому командованию».
8 июня, Тихменев и другие старшие офицеры отправили Совнаркому телеграмму с просьбой, «отозвать резолюцию и подождать дальнейшего развития событий».
В этот же день 8 июня, в Самаре, после того, как её заняли войска «белочехов», 5 депутатов эсеров, разогнанного Лениным «Учредительного Собрания», образовали «Комитет членов Учредительного собрания», КОМУЧ, куда вошли эсеры и социал-демократы, члены РСДРП, под председательством эсера Владимира Вольского. Собравшиеся делегаты, объявили КОМУЧ, «Всероссийским Временным органом власти» и пригласили депутатов «Учредительного Собрания», кроме большевиков и левых эсеров, съезжаться в Самару. В сентябре, численность делегатов КОМУЧ в Самаре достигла 93 человек.
9 июня, 1918 года, генерал Людендорф составил развёрнутый меморандум о силовом отстранении большевиков от власти, а 12 июня статс-секретарь фон Кюльман представил Адольфу Иоффе, ставшему с конца апреля советским послом в Берлине, ультиматум, согласно которому, если советские войска не прекратят нападения на германские части, дислоцированные в районе Таганрога, а Черноморский флот не вернётся в Севастополь к 15 июня, то «германское командование будет вынуждено предпринять дальнейшие меры для выполнения условий Брестского соглашения».
Ленин принял к исполнению условия ультиматума, что помогло ему избежать катастрофических последствий и лично для себя. Многие экипажи Черноморского флота, которые должны были вернуть свои корабли из Новороссийска, в занятый германской армией Севастополь, затопили их в Новороссийске, не допустив передачи своих кораблей Германской империи.
10 июня, в Новороссийске получили ряд телеграмм от Совнаркома, в том числе одной шифрованной. В них говорилось, что в ходе киевских переговоров немцы поставили ультиматум вернуть корабли в Севастополь до 19 июня, иначе они продолжат наступление вглубь России. Открытая телеграмма приказывала отвести флот в Севастополь и сдать немцам, а шифрованная, требовала потопить корабли. Тихменев раскрыл экипажам содержание телеграмм и противоположных приказов, и в следующие дни прошли собрания в экипажах для обсуждения дальнейшей судьбы кораблей. Слух, что немцы высаживают в Тамани двадцатитысячный корпус, деморализовал флот, начались дезертирство и непрерывное митингование экипажей. Прибыла делегация «Кубано-Черноморской республики», которая просила объединиться с республикой и не выполнять большевистские приказы. Вопрос о выделении сухопутных частей для обороны города делегация обещала обсудить в столице республики, Екатеринодаре, куда делегаты вернулись и больше не появлялись.
Капитан Тихменев надеялся, что команды, как в конце апреля с Саблиным, придут просить его взять на себя полное командование эскадрой, а потому выжидал и не появлялся на многочисленных заседаниях экипажей.
11 июня, в сельской местности на всей территории «Р.С.Ф.С.Р» начались образовываться «Комитеты бедноты», Комбеды, перед которыми была поставлена задача вести борьбу с кулаками, а фактически обеспечивать информацией продотряды где крестьяне прячут зерно, лошадей, скотину и прочие запасы фуража и продовольствия.
К ноябрю 1918 года уже насчитывалось более 100 тысяч Комбедов, но вскоре они были распущены ввиду их малой эффективности, из-за стремления комбедовцев обеспечить продовольствием сначала лично себя, а не пролетариат и РККА.
13 июня 1918 года, был «ликвидирован», расстрелян в Перми, младший брат императора, Михаил Александрович, который отказался принимать «трон» от Николая II до решения «Учредительного собрания», расстреляли его вместе с его секретарём-камердинером Николаем Джонсоном. Николай Джонсон, рождённый в семье английских эмигрантов и выросший в России, имел английское гражданство. Он стал личным камердинером Михаила Александровича с декабря 1912 года, после Октябрьского переворота добровольно сопровождал Михаила по всем местам его заключения, несмотря на попытки революционеров не допускать этого. Контролируя непрерывно таким образом брата российского императора, Джонсон и сам попал под ликвидацию.
14 июня, постановлением ВЦИК исключили из Советов всех уровней правых эсеров и меньшевиков, «за контрреволюционную деятельность, за образование КОМУЧ».
В этот же день 14 июня, в Новороссийске, исполняющий обязанности командующего флотом, капитан 1 ранга Тихменев выпустил приказ командам проголосовать за один из двух вариантов, идти в Севастополь или затопить корабли. Вариант, остаться ожидать дальнейшего развития события или сражаться, Тихменев не предлагал, но именно так проголосовали около 1000 моряков. 900 проголосовали за Севастополь, 450 за затопление.
15 июня, командующий Тихменев объявил, что референдум выступил за Севастополь, отбросив голоса выбравших, «ожидать или сражаться» как уклонившихся. Хотя большая часть офицеров его поддержала, меньшая, во главе с командиром эсминца «Керчь», старшим лейтенантом Кукель, посчитала сдачу кораблей немцам высшим позором, и стала агитировать за затопление. Результаты голосования они оценивали, как «большинство против сдачи».
В этот же день 15 июня, команды, ввиду грядущего уничтожения флота получили из корабельных касс жалование за 5 месяцев вперёд и пенсии, а вечером Тихменев приказал начать подготовку к отплытию. Команды некоторых миноносцев, в частности Ушаковского дивизиона, проигнорировали приказ, другие начали готовиться, но продолжали сомневаться в решении. Многие противники похода в Севастополь, ночью покинули корабли и уехали по домам железной дорогой, благо деньги были получены.
16 июня утром, было приказано развести пары, чего не выполнили многие миноносцы. Узнавшие о решении идти в Севастополь, горожане заполнили порт и молы, призывая команды остаться. Одновременно с манифестациями начались попытки мародёрства на кораблях, где численность экипажей, после дезертирства, сократилась во много раз. С целью оборвать контакты с манифестантами, несколько миноносцев отчалили на внутренний рейд к линкору «Воля». Акваторию заполнили малые суда, на которых манифестанты подходили к кораблям и уговаривали команды изменить решение. На «Волю» такие делегации не допускались, но машинная команда линкора «Свободной России» поддалась агитации и отказалась готовиться к отплытию, что парализовало корабль. Линкор получил это имя в мае 1917 года от Александра Керенского, перед этим он именовался «Императрица Екатерина Великая» и был самым мощным дредноутом флота Российской империи.
В час дня Тихменев приказал всем кораблям выйти на внешний рейд, за «Волей» последовали миноносцы «Поспешный», «Беспокойный», «Дерзкий», «Живой», на буксире у которого был «Жаркий», команда которого разбежалась, вспомогательный крейсер «Троян», а позже и «Пылкий».
Вскоре главные представители Совнаркома, Глебов-Авилов и Вахрамеев, прибыли на «Волю», но не смогли убедить Тихменева затопить корабли. Тот назначил уход на 10 вечера, пытаясь увести также «Свободную Россию». Попытки заменить её машинную команду офицерами и гражданскими мастерами потерпела неудачу. Вышедший вечером на рейд миноносец «Громкий» не собирался присоединяться к уходящим, а был вскоре затоплен своей малочисленной командой. Ночью, соединение Тихменева, «Воля», миноносцы «Дерзкий», «Поспешный», «Беспокойный», «Пылкий», «Живой», «Жаркий» на буксире у вспомогательного крейсера «Троян» и плавучая база быстроходных катеров «Креста», ушло в Севастополь.
К утру 18 июня на «Керчи» оставалась полная команда, около 130 человек, на «Лейтенанте Шестакове» были собраны до полусотни моряков с разных судов, на остальных миноносцах, менее 10 человек на каждом. «Фидониси» был полностью покинут командой, офицеры миноносца ушли на катере в Керчь. Также сбежали все команды катеров, буксиров порта и флотских транспортов, которые тоже собирались затопить, транспорты Черноморского флота представляли собой в основном иностранные пароходы, оказавшиеся в российских портах Черного моря в начале Первой мировой войны. При затоплении использовали «Лейтенанта Шестакова» как буксир, а «Керчь», как торпедоносец.
Утром, руководить затоплением, в порт прибыл заместитель по морским делам, наркома Льва Троцкого, Фёдор Раскольников (Ильин). Он оперативно ускорил принятие мер по затоплению судов в тот же день.
Новый капитан линкора «Свободная Россия», чья команда разбежалась, Терентьев так же покинул корабль, отказавшись руководить затоплением судна. Раскольников сумел набрать команду для парохода, который взял линкор на буксир. К 4 часам дня все суда для затопления, подняв сигнал «Погибаю, но не сдаюсь!», были выведены на внешний рейд. Эсминец «Керчь» торпедой потопил «Фидониси», после чего в течение 35 минут все остальные суда были потоплены открытием кингстонов и подрывом ключевых механизмов. Затопление всех судов в краткий срок было вызвано не желанием не передавать их немцам, а необходимостью выполнить Лениным германские условия капитуляции по Черноморскому флоту. Подойдя к «Свободной России», «Керчь» выпустил несколько торпед для потопления линкора, линкор долго оставался на плаву. Быстроходные катера не были затоплены, их переправили по железной дороге в Царицын, на Волгу. В самом Новороссийске, капитан эсминца Кукель затопить «Керчь» отказался, а приказал идти в Туапсе. Утром, 19 июня, матросы экипажа затопили своё судно в Туапсе, а сами загрузились в поезд и разъехались кто куда.
Затопление части кораблей Черноморского флота в Цемесской бухте произошло 18 июня 1918 года.
Произошла катастрофа, Россия стала сухопутной державой. Такие же передачи морского флота Германии были произведены Совнаркомом и на Балтике. Большевики не были зачинателями уничтожения российского военно-морского флота, начало этому было положено ещё Временным Правительством Александра Керенского. В политике Временного правительства и свергнувших их большевиков наблюдались и некоторые совпадения.
Ушедший в Севастополь флот был передан под контроль германского командования. Большинство кораблей оставалось в Севастополе до поражения Германии в Первой мировой войне, после чего корабли перешли под контроль союзников. Союзники передали их генералу Деникину, и многие корабли вернулись в Новороссийск, и стали частью Русской эскадры «Вооружённых Сил Юга России» под командованием адмирала Саблина, вернувшегося из Англии и вновь вступившего в командование флотом.
24 июня в Ейск прибыл член Кубанской Рады, священник Алексей Кулабухов, ставший её министром внутренних дел. Кубанская Рада была представителем казацкой независимости от большевиков. Ейск в этот период входил в территорию Кубанской республики. Под предлогом того, что Ейск могут занять немцы, он склонили комиссара ссудной кассы Бориса Скворцова, к срочной эвакуации кассы в Екатеринодар. Правительству Кубанской народной республики также требовались денежные средства для борьбы с Советами. Во время перемещения эшелона с ценностями кассы из Ейска в Екатеринодар, все ценности, а в кассе были в закладе уникальные изделия из драгоценных металлов и драгоценных камней, принадлежавшие семейству Романовых и других высших лиц империи, оборудование для изготовления монет, пластины из меди, серебра и золота для изготовления монет, были разграблены по дороге, из железнодорожного состава, их перевозившего. Большая часть ценностей была изъята атаманом войска Донского, Африканом Богоевским, который затем вывез их в Константинополь. Остатки ценностей и средств Петроградской ссудно-сберегательной кассы достались Добровольческой армии генерала Деникина. Оборудование, прессы и формы, для изготовления монет, всё было разбросано вдоль железной дороги, кое-что попало и в руки местным жителям.
26 июня 1918 года, нарком «военмор» Лев Троцкий направил в Совнарком представление, «о привлечении соответствующих возрастов буржуазных классов в тыловое ополчение», для включения дополнения готовящегося Декрета «об установлении всеобщей воинской повинности».
Постановлением Совнаркома от 1 июля 1918 года, председатель Мурманского Совдепа Юрьев, перешедший на сторону англо-французских империалистов и участвующий во враждебных действиях против Советской Республики, объявляется врагом народа и становится вне закона. Тяжела была судьба у тайных агентов любой из сторон.
С 4 по 10 июля, в Москве проходил «V Всероссийский съезд Советов». В повестку съезда входило, «Отчёты ЦИК и Совнаркома, докладчики Яков Свердлов и Ленин, Продовольственный вопрос, докладчик Цюрупа, Организация РККА, докладчик Лев Троцкий, принимается Конституция «Р.С.Ф.С.Р», докладчик Михаил Стеклов (Нахамкес), выборы «Всероссийского Центрального Исполнительного Комитета», ВЦИК.
По конституции местные Советы избираются всеобщим голосованием, но в выборах могут участвовать только граждане, не эксплуатирующие чужой труд. Советская Конституция стала законом, который окончательно уничтожил демократию в России, сделав население страны заложником партии большевиков, созданной и возглавляемой Лениным.