27 августа 1901 года под председательством ректора Московской духовной академии епископа Волоколамского Арсения состоялось заседание Совета академии, посвященное защите диссертации иеромонаха Фаддея «Единство книги пророка Исаии» на соискание степени магистра богословия. Официальными оппонентами выступили экстраординарные профессора академии по кафедре пастырского богословия и педагогики Александр Павлович Шостьин и по кафедре Священного Писания Ветхого Завета Василий Никанорович Мышцын.
Профессор Шостьин писал о работе иеромонаха Фаддея: «Печать серьезного и добросовестного изучения предмета лежит на всем труде отца Фаддея. Очень внимательно и всесторонне исследована самая книга Исаии, что особенно ценно; почти также тщательно изучена и обширная немецкая литература (не говорим о русской) по избранному вопросу. Язык отличается точностью и ясностью. Даже и в полемических частях он дышит тоном спокойствия и ученого беспристрастия». Совет академии единогласно признал эту работу заслуживающей присвоения ученой степени. 19 октября Святейший Синод утвердил иеромонаха Фаддея в степени магистра богословия.
Иеромонах Фаддей жил в то время, когда наука в глазах людей имела большой успех, за ней мыслилось едва ли не будущее всего человечества, на нее смотрели как на спасительницу и почти мессию. Он отлично понимал, что роль, которую приписывают люди науке, ей не соответствует и превращает ее в идола. Живя в Уфе, где в благоприятной духовной атмосфере с наибольшей полнотой стали раскрываться его способности, а сердце наполняться христианской любовью ко всем, иеромонах Фаддей в одной из проповедей сказал: «Посмотрите, говорят они, какие тайны природы открыла наука, какие победы над природой совершила, как усовершенствовала жизнь, и это ли не свидетельствует о могуществе человеческого разума? И зачем после этого стеснять его непонятными и невосприемлемыми для него церковными догматами? Посмотрите, как проникла наука в тайны жизни, и не настанет ли скоро время, когда она не только успешно будет бороться с разными неизлечимыми болезнями, но даже с самой смертью? Зачем же говорят, что не может наука дать счастья человечеству, и зачем заставляют человека отказывать в требованиях своей природы, обещая какое-то невероятное блаженство в будущей жизни?
Таковы глаголы современных людей. Мнимым блеском земной мудрости хотят они затмить свет Божественной истины, хранимой в основанной Господом Иисусом Христом Церкви. Но тщетны эти их усилия. Ибо какое постижение тайн природы может дать то, что составляет основу всякого земного счастья мир совести? Пусть наука исследовала не только то, что находится на земле, но и рассмотрела всё, что находится на высотах неба, пусть от нее не сокрылось то, что находится во внутренностях земли, но исследовала ли она все сокровенные движения души, из которых слагается жизнь ее? Пусть наука исследовала все тончайшие нити тела и рассмотрела всё, что находится внутри его, но открыла ли она в душе то, что составляет основу счастья или несчастий жизни? Пусть она почти проникла в самую тайну жизни, но какое уяснение тайны телесной жизни может предотвратить страх смерти? И какие успехи науки могут тогда водворить мир в душе человека, если он не нашел мира совести? Пусть люди науки считают этот мир благом мнимым и мечтательным, но многовековой опыт жизни человечества показал, что без него все поиски счастья напрасны.
Посему с более полным сердцем и душой ныне прибегаем к Церкви, в которой одной можем найти мир и которая одна есть на земле столп и утверждение истины! Возлюбим ее поклоны, которыми смиряется ум, ее посты, через которые получает дух власть и силу побеждать страсти, ее молитвы, которыми дух возносится к Богу и от земли восторгается к Небу, покаяние, которым омываются скверны души, причащение Святых Таин, которыми питается душа от самого Источника жизни. Ныне, в день торжества веры Церкви, воззрим на тех, которые были свидетельствованы в сей вере, которые, по слову апостола, побеждали царства, творили правду, получали обетования (Евр. 11: 33). Жизнь многих из них была исполнена лишений, скорбей и озлоблений, но они многих обогащали, исполняли утешением и радостью духовной. Многие из них жили в вертепах и пропастях земных, но были известны миру. Многих из них современники считали невежественными мечтателями, но на них с удивлением смотрел мир, и они заграждали уста львов, рыкавших на Церковь. Итак, возлюбим эту веру Церкви, которая одна может возвести на Небо, куда Предтечей за нас взошел Иисус и все жившие верой праведники!»
Служение в Уфе после минских скорбей стало для иеромонаха Фаддея большим утешением. «Мы не принадлежим к числу людей, собственными очами видевших Господа, сказал он в одной из проповедей. Но мы должны быть в числе тех, о которых сказал Господь: блаженны невидевшие и уверовавшие (Ин. 20: 29). Вера наша подтверждена многочисленными доказательствами. Ибо в Евангелиях мы имеем свидетельство непосредственных очевидцев Господа, которых не можем заподозрить в обмане. Мы видели, как сила Божия через Евангелие преобразовала и преобразовывает нравы народов, видели, какие многочисленные воздвигала она и воздвигает сонмы подвижников и мучеников за Христа. И однако, хотя вера наша имеет столь твердые основания, она иногда колеблется. Бывают в жизни нашей времена, когда нам начинает казаться, что слишком велика сила зла в жизни людей, что гораздо более увлекаются люди учениями, противными Евангелию, чем учением, содержимым в Церкви; что молитвы наши о людях остаются неуслышанными, ибо даже те люди, которых мы более любили и за которых полагали душу свою, оставляют нас и что гораздо более следуют люди не за проповедниками преследуемой и ненавидимой ими истины, а за теми, которые кажутся сильнее в глазах мира. В унынии духа мы начинаем тогда думать, что не может сила Евангелия изменить людей, и что пути к блаженству, указываемые в Евангелии, мечтательны, и что более надежны те, которые проверены будто бы постоянным опытом жизни людей. Тогда прежние доказательства веры начинают казаться нам недостаточными, подобно тому, как апостолы забыли о многочисленных чудесах Господа и исполнившихся на Нем пророчествах.
Но как в апостолах воскресли прежние их надежды, когда они увидели Господа, так и нам снова в путях жизни нашей явится Господь, дабы отогнать овладевшее нами мрачное уныние. Мы увидим, как велика сила добра, которое было поругано, как многих людей привлекает к нам любовь к людям и молитвы о них, как эта любовь соединяет с нами даже тех, которых мы не знали и с которыми видимого общения не имели. Тогда мы не только очами веры узрим Господа, управляющего путями нашей жизни, но и опытно познаем Его водительство и пребывание с нами. Тогда сердце наше исполнится радости и мы снова готовы будем воскликнуть Ему вместе с Фомою: Господь мой и Бог мой! (Ин. 20: 28)».
С сентября 1901 года по март 1902 года иеромонах Фаддей исполнял в семинарии должность надзирателя. Во время отъездов ректора, архимандрита Андроника (Никольского)9, он исполнял должность ректора семинарии.
5 марта 1902 года иеромонах Фаддей был возведен в сан архимандрита и 15 марта назначен на должность инспектора Уфимской духовной семинарии.
«Вступал я в новую должность без особенной охоты, писал он епископу Арсению, потому что хотя она и соединена с возвышением по службе, но трудности ее еще так памятны по Минску. Правда, в Минске не забыли о моем пребывании там, но всё же, как кажется, очень мало исполняются те желания, которые я с надеждой имел, пребывая там. Так и здесь: многие воспитанники весьма привязаны ко мне, но все-таки это не всегда-то располагает к свободному послушанию. Претыкания приходится встречать по временам от самых приятных и испытывать скорби от них».
Вручая ему архимандритский жезл, епископ Антоний сказал: «Возлюбленнейший отец архимандрит Фаддей! Мне предстоит вручить тебе последнее богослужебное украшение твоего сана архимандритский жезл. Ты знаешь, что различные украшения иереев и иерархов были усвоены им римскими императорами по подобию украшений военачальнических и царских, но смиренные пастыри и архипастыри, тяготясь такими знаками отличия, истолковали их значение в совершенно ином, духовном смысле: украшения военачальнические они приняли как знамение борьбы с врагом и искусителем, роскошные царские далматики, головные повязки и государственные гербы под ногами своими истолковали в смысле духовного возношения, в смысле нищенского рубища и тернового венца. Исполняя глагол Христов: больший из вас да будет вам слуга, они оправдывали своею жизнью подобные значения одежд, ибо на высоте святительских престолов они не умаляли своего монастырского правила, своих поклонов и постов, но умножали сии подвижнические труды множеством пастырских трудов и скорбей. Кто не слышал о рубищах Василия Великого, о посте святого Иоанна Златоуста, о бдениях Григория Богослова? Но зачем говорить о древности? И в настоящее время властные настоятели Афонских обителей предупреждают братию свою в подвигах умерщвления тела и во множестве трудов, так что поистине не на груди своей только имеют они изображение креста, но неизменно носят его тяжесть на раменах своих, а на главах своих венец терновый Впрочем, согласимся с тем, что в настоящее время немногие из нас, носящих золотой венец, могут называть его венцом терновым
Однако снова повторяю, что, конечно, не все мы и менее всех я, говорящий тебе это, могу похвалиться, что возлагаю на себя терновый венец. Зато также искренне, с такою же правдою могу сказать, что на тебя сегодня я возложил поистине венец терновый. Буду говорить об этом дальше, не опасаясь возмутить твоего смирения, ибо слова мои предлагаются не для прославления тебя, а для назидания вручаемых твоему надзору питомцев. Поистине ты можешь сказать о своем отношении к жизни то, что говорил пророк Иеремия: Ты, Господи, знаешь, что не сидел я в собрании смеющихся и не веселился: под тяготеющею на мне рукою Твоею я сидел одиноко (Иер. 15: 17).
Эти слова прочитал я на твоем лице еще в то время, когда встретил тебя впервые девятнадцатилетним юношей, вступающим в число моих студентов Московской академии. Среди сотни молодых лиц, явившихся вместе с тобой, из которых одни носили на себе отпечаток беззаботной веселости, другие печать ученической любознательности или юношеской задумчивости, а некоторые, увы! и порочных страстей, твое лицо запечатлелось сразу в моей памяти, ибо оно поразило бы всякого соединением младенческой чистоты во взоре с некоторою почти дряхлостью кожи от беспощадного подвига труда и поста. Эти подвиги ты умножил, поступив в академию, а сверх того прилагал к ним еще один, отчасти облегчающий прочие, а отчасти еще более утруждающий душу. Удаляясь от праздных бесед и шумного товарищеского общения, ты, однако, духом своим не только не был чужд своих ближних, но, напротив, любил их так, как это свойственно душе, очищающей себя от себялюбия и чувственности и потому не тесно вмещающей скорби, сомнения, борьбу и падения своих ближних.
Наконец, окончились долгие дни твоего учения, и ты заявляешь о твоем желании быть монахом, отречься от мира, которому ты никогда не принадлежал, отречься от молодости, в которой ты не знал не только порочных наслаждений, но и невинных веселий той беззаботной радости этого возраста, которую многие считают лучшим украшением человеческой жизни. <> Тебя назначают учителем в одну семинарию, а через год в другую инспектором; ты усугубляешь и подвиг личного совершенствования, и подвиг любви к врученным тебе питомцам, ибо теперь ты взираешь на тот и другой как на данные тебе святые послушания, с которыми ты связан постригальными обетами.
Но ты не встретил сочувствия своим светлым, благородным начинаниям. Взамен благодарности встречал ты от своих сотрудников, пользовавшихся твоей безответностью, издевательства и оскорбления, и вот тебя присылают к нам снова в смиренном звании учителя. И что же? Ни одного слова ропота или осуждения не сошло с твоих уст. Но, может быть, ты был обильно награждаем любовью товарищей, учеников и воспитанников? Правда, с этой стороны, по-видимому, тебе оставалось ожидать только радости. Но не вполне было так на деле. <>
Конечно, и прежние твои питомцы, и теперешние не могут быть названы грешниками в преимущественном смысле этого слова. Напротив, молодость менее исполнена лжи, чем зрелый возраст и скорее может оценить чистоту сердца. Но в людях есть нечто демоническое, сатанинское и по временам оно восстает против тех, кто является в их сознании как вторая совесть, как обличение их внутренних помыслов. А когда подобное настроение охватывает целое молодое общество, не умеющее оглянуться на себя и проверить свои увлечения, то за него остается только молиться и плакать. Та должность, которая снова вручается тебе, имеет по преимуществу такое назначение быть живой совестью для питомцев духовного вертограда. <>
Но в таком случае знай, или лучше вспомни, что юношеская жестоковыйность и неблагодарность есть явление временное, даже кратковременное. Наступает для них время собственного жизненного опыта, и тогда добрые примеры и мудрые советы воспитателей приносят свой плод сторицею: это ты знаешь по собственной своей деятельности ведь бывшие ученики твои, ныне приходские священники, студенты академии, даже студенты университетов, даже те, которые колеблются в вере под влиянием неверующей среды, обращаются к тебе как к неизменному другу, отцу и советнику в затруднительных случаях своей жизни».
Это было благоприятное для Уфимской семинарии время, когда во главе епархии стоял епископ Антоний (Храповицкий), отличавшийся особым попечением о духовных школах, а в отношении к подчиненному ему духовенству мягкостью и простотой, когда ректором семинарии был пастырь-подвижник архимандрит Андроник (Никольский), а инспектором архимандрит Фаддей. Всюду, куда приходил епископ Антоний, он старался, насколько это было возможно, оживить церковную деятельность, побудить людей к активности, к исканию просвещения и знаний, для чего привлекал в духовные школы наставниками и преподавателями выпускников духовных академий.
Вскоре, 27 апреля 1902 года, епископ Антоний был назначен на Волынскую кафедру, и до архимандрита Фаддея стали доходить слухи, что и его могут перевести на другое место служения. 5 мая он написал епископу Арсению: «Теперь наши мысли заняты предстоящим вскоре отъездом (по-видимому, в середине мая) нашего, незаменимого для меня как духовного отца и руководителя, Владыки Антония. Правда, не в первый раз приходится нам провожать его, но всё же будущее покрывается каким-то облаком. Кроме того, ожидание, что могут куда-либо вскоре переместить, хотя оно и не нарушает почти моего душевного равновесия. Вообще своим положением я доволен».
И действительно, 8 января 1903 года архимандрит Фаддей был назначен ректором Олонецкой духовной семинарии. В тот же день товарищ обер-прокурора Синода В. К. Саблер телеграфировал об этом в Житомир епископу Антонию.
26 января Уфимская семинария прощалась с инспектором. Отслужив литургию в семинарском храме, архимандрит Фаддей обратился к присутствующим со словом, в котором искренне и просто открывал перед ними свой внутренний мир.