Несмотря на объединение Польши и Литвы, литовская шляхта ещё долгое время сохраняла стремление к государственной обособленности Великого княжества Литовского от Короны. Канцлер Великого княжества Лев Сапега стал инициатором создания важнейшего правового документа в Европе третьего Статута Великого княжества Литовского, в котором нашла отражение его широкая эрудиция, государственно-правовая мудрость, позволявшая Сапеге находить компромисс между различными социально-политическими силами, группами и личностями. Когда на престол Речи Посполитой избирался новый король Сигизмунд из семейства Ваза, литовские представители в начале 1588 года выдвинули своё условие: он должен утвердить новый Литовский Статут, в котором провозглашалась фактическая независимость Литвы от поляков. 28 января 1588 года король утвердил этот важный для литвинов документ и поручил подканцлеру Льву Сапеге издать его. Этот свод законов Великого княжества Литовского оставался затем в силе даже после падения самого государства
Статут стал, по сути, новой концепцией независимого литовского государства, гарантируя экономический, политический и культурный суверенитет страны, но в то же время усилил политическую зависимость Литвы от Польши как военного союзника. В предисловии к Статуту, написанному Сапегой, подчёркивается основная цель нового свода законов создание подлинного правового государства, где бы гарантировалась защита прав всех жителей Великого княжества. Сапега полагал терпимость основой единства общества и залогом справедливой социальной организации. В основе концепции Сапеги обоснование шляхетско-демократической структуры общества и, в то же время, защита всех слоёв населения, в том числе крестьянства. Чрезвычайно прогрессивными для того времени были такие принципы Статута, как презумпция невиновности и веротерпимость. В то же время Литовский статут окончательно закрепил крепостное право панов над их подданными и зафиксировал право шляхты следить за вероисповеданием своих крестьян.
В том же 1588 году Статут вышел из печати. Но Лев Сапега сознательно отпечатал кодекс на русском (литвинском) языке, объяснив это тем, что польский язык не может отразить все слова и выражения, которые существуют в Литве. По ІІІ Статуту оговаривалось, что нести службу и выполнять долг перед державой должен каждый землевладелец, в том числе представители шляхты и духовенства, кроме выпускников Виленской иезуитской коллегии. При этом быть солдатом посполитого рушения считалось большей честью, чем служить в рядах наёмных отрядов. По инициативе шляхты на сеймиках избирались поветовые хоругви. Их формирование происходило по такому же принципу, как и устройство государственной роты. Командовали поветовыми хоругвями ротмистры. Эту должность обычно предлагали профессиональным военным, которые отличились в боевых сражениях и имели награды. Но основную часть боеспособного войска княжества составляли наёмные солдаты.
В том же 1588 году Великое княжество Литовское испытало страшный удар от навалившегося голода и сопутствовавшей ему моровой язвы, которые вместе унесли множество человеческих жизней, выкосив значительную часть населения литвинских городов и деревень.
Влияние протестантов в Литве стало заметно снижаться. Знать Великого княжества Литовского стала в массовом порядке возвращаться в католическую веру. Такому переходу способствовали умелая деятельность иезуитов, покровительство им со стороны королей, сближение литовской и польской знати, война с Московским государством и давление со стороны Османской империи, которые укрепляли патриотические чувства литовской шляхты. Борьба с московитами и турками рассматривалась как своеобразный крестовый поход, направленный на защиту западно-христианского мира от варваров-иноверцев.
В 1588 году канцлер Литвы Лев Сапега также перешёл в католичество, но при этом он продолжал отстаивать принципы веротерпимости. По этой причине во времена канцлерства Сапеги в Великом княжестве Литовском начала осуществляться идея унии между православной и католической церковью, в результате чего, однако, не произошло слияние двух христианских религий в одну, а возникло новое религиозное направление.
На территории Великого княжества Литовского успеху католической пропаганды способствовали беспорядки, которые в то время господствовали в жизни православной церкви. Исходя из существования практики «подания» (то есть раздачи церковных должностей светскими лицами, в ведении которых они находились), церковные должности нередко рассматривались лишь как источник доходов. Те же, кто получал их в погоне за «достатком мирским» и «властительством», часто не только не являли собой образец христианских достоинств, но и не придерживались наиэлементарнейших моральных норм были, по выражению современника, не святителями, а «сквернителями». В этих условиях на защиту авторитета православия выступили городские организации братства, которые создавались при приходских церквях. Энергичное вмешательство патриархии в дела местной церкви и явная поддержка Константинополем братского движения вызывали недовольство верхушки духовенства. Уния гарантировала им полное освобождение из «неволи константинопольских патриархов», и потому идея перехода под верховенство римского папы начала постепенно овладевать умами православных владык. Инициатива в этом деле принадлежала владыке Гедеону Балабану, которого на съезде в Белзе поддержали луцкий, турово-пинский и холмский епископы, письменно засвидетельствовавшие свою приверженность унии (1590). Их намерения были одобрены Сигизмундом III. Объединительная идея была резко осуждена в послании Василия-Константина Острожского, в котором он призывал к решительному отпору действиям владык, которые стремились к унии.
Ни в это время, ни в последующее, в развитии Великого княжества Литовского национальный фактор не играл ведущей роли по сравнению с религиозным и социальным. Главным для людей был не ответ на вопрос: «Кто ты русский, литвин или поляк?», а проблемы иного порядка: «Кто ты православный или католик? Шляхтич, чернец или быдло?». Именно это определяло мозаику конфликтов и специфику взаимоотношений.
В это время на том земельном наделе, что принадлежал Харитону Богдановичу Домановичу Диковицкому, проживали не только его сын и внуки, но уже и семьи внуков, у которых стали появляться на свет правнуки Харитона Богдановича Домановича Диковицкого. Не правда ли, довольно странно видеть такую длинную конструкцию фамилии? Это было характерной особенностью в Польше, а через неё порой и Литвы. Такие «дополнительные» фамилии назывались придомками. Из-за наличия в фамилиях «придомков» фамилии обрастали двойными, а то и тройными названиями. Итак, у старшего внука Харитона Богдановича Савы появились сыновья Иван, Роман и Димитр. Неизвестно, кто, где и как добывал средства на содержание своих семей, но совершенно ясно, что один земельный надел уже не мог прокормить всё разросшееся семейство. Скорее всего, что было в обычае небогатой шляхты того времени, Диковицкие «Дома Харитоновичей», кроме собственного труда на своей земле и эксплуатации небольшого числа подданных, группировались вокруг какого-либо из могущественных местных магнатов, составляя в мирное время его многочисленную шляхетную дворню, а в случае военных действий или вооружённых стычек с другими магнатами его собственную феодальную армию. За это они получали некоторые материальные «благодарности».
В 1580-х годах город Пинск, практически полностью построенный из дерева, пережил сильный пожар и был почти уничтожен. 15 июня 1589 года король Сигизмунд III подтвердил данное ранее городу магдебургское право, поскольку прежняя грамота об этом также погибла в огне. В 1592 году Сигизмундом вновь были подтверждены полученные ранее городом Пинском особые права. К этому году Сава Феодорович Доманович Диковицкий был уже не только женат, но и имел трёх сыновей Ивана, Романа и Димитра.
В начале 1590-х годов, в разгар религиозно-идеологических баталий, проходивших в Речи Посполитой между сторонниками католичества и православия, на небольшом наделе земли, доставшемся Феодору Харитоновичу от отца Харитона Богдановича Домановича Диковицкого, проживали уже не только дети Феодора Харитоновича, но и стали появляться его внуки. У одного только старшего сына Савы родилось трое сыновей Иван, Роман и третий Димитр. Поскольку празднование дня святого Димитрия Солунского приходилось на 25 октября по православному календарю, можно предположить, что третий сын Савы появился на свет именно в этот день. Но с определением года рождения несколько труднее, но произошло это не позже 1592 года. И крещён ребёнок был, как и его старшие братья Иван и Роман, по православному обряду. Вся многочисленная семья, включавшая, кроме братьев и сестёр, родителей и дядьёв с семьями, ещё и деда Феодора Харитоновича и даже прадеда Харитона Богдановича, ютилась на скромном клочке земли, принадлежавшем прадеду в селении Диковичи. Для того, чтобы добывать средства к существованию, Домановичи Диковицкие из размножившегося «Дома Харитоновичей» должны были предлагать свои воинские услуги какому-либо из магнатов, которые набирали из обедневшей шляхты собственные воинские отряды.
Несмотря на оскудение, в семьях шляхты неплохое по тем временам образование было далеко не исключением. И не только среди заможной, но и даже мелкой. Так что, вполне вероятно, все три брата, хоть и проживали в маленьком селе, не остались без Божьей милости и были достаточно образованными для своего времени людьми.
В 1592 году, после смерти отца, Сигизмунд официально был объявлен королём Швеции. При помощи части шведских феодалов ему удалось на время подчинить себе страну. Он пытался одновременно быть монархом двух крупных государств Швеции и Польши. Но и объективные, и субъективные обстоятельства не благоприятствовали этому плану. Внешнеполитические интересы Польши и Швеции находились в резком противоречии, оба государства ко времени воцарения Сигизмунда уже 30 лет боролись за обладание Ливонией. Сгладить это противоречие, объединить две столь различных державы было практически невозможно. Временно овладев шведским престолом, Сигизмунд III уже в том же 1592 году потерял его и вовлёк Речь Посполитую в войну со Швецией.
«Когда король, задержанный польскими делами, в 1593 году наконец приехал в Швецию, здесь уже произошли серьёзные перемены. До приезда короля в Упсале состоялся церковный собор, на котором были отменены церковные мероприятия Юхана III, сближавшие шведскую церковь с католицизмом, и было официально принято так называемое аугсбургское вероисповедание, то есть полностью восстановлено ортодоксальное лютеранское вероучение» (Кан А. С. и др.). Но всецело находясь под влиянием иезуитов во главе с П. Скаргой, Сигизмунд III окончательно перешёл на сторону Габсбургов, с которыми его связывали и родственные отношения (его жена Констанция была сестрой эрцгерцога Фердинанда Штирийского). Таким образом, Сигизмунд лишился поддержки морских государств Франции, Англии, Голландии, и, как союзник Австрии, вызвал войну Речи Посполитой с Турцией.
«В Польше господствовал дух своеволия. Законы действовали слабо, и вместо того, чтобы прибегать к их защите, люди, чувствовавшие за собой силу, сами расправлялись со своими соперниками. Знатные паны держали у себя вооружённые отряды из шляхты; наезды на имения и дворы были обычным делом. Паны самовольно вмешивались даже в дела соседних государств. Удальцы всякого рода составляли шайки, так называемые своевольные купы, и производили разные бесчинства» (Костомаров Н. И.).
Но в это время в южной Руси усилились казаки, особенно после ряда удачных походов в Крым и Молдавию. Свои боевые услуги казаки предлагали за надлежащее вознаграждение и императору германскому против турок, и своему польскому правительству против Москвы и Крыма, и Москве и Крыму против своего польского правительства. Ранние казацкие восстания против Речи Посполитой носили чисто социальный, демократический характер без всякого религиозно-национального оттенка. Они, конечно, зачинались в Запорожье. Но в первом из них даже вождь был чужой, из враждебной казакам среды, изменивший своему отечеству и сословию, замотавшийся шляхтич из Подляхии Крыштоф Косинский. Он пристроился к Запорожью, с отрядом запорожцев нанялся на королевскую службу и в 1593 году из-за того, что наёмникам вовремя не уплатили жалованья, набрал запорожцев и принялся разорять и жечь украинские города, местечки, усадьбы шляхты и панов, особенно богатейших на Украине землевладельцев, князей Острожских. Князь Константин Острожский побил его, взял в плен, простил его с запорожскими товарищами и заставил их присягнуть на обязательстве смирно сидеть у себя за порогами. Но месяца через два Косинский поднял новое восстание, присягнул на подданство московскому царю, осадил город Черкасы, задумав вырезать всех его обывателей со старостой города, тем самым князем Вишневецким, который выпросил ему пощаду у князя Острожского, и, наконец, сложил голову в бою с этим старостой (Ключевский В. О.) под этими самыми Черкасами.
Преемником ему в достоинстве гетмана был избран Григорий Лобода. «Тогда, кроме казаков, состоявших под начальством гетмана Лободы, явилось другое казацкое ополчение, своевольное, под начальством Северина Наливайко. Наливайко питал закоренелую ненависть к панству вследствие того, что пан Калиновский в местечке Гусятине отнял у Наливайкова отца хутор и самого хозяина так отколотил, что тот умер от побоев. Наливайко задумал продолжать дело Косинского в такое время, когда епископы собирались подчинить русскую церковь папе. Наливайко начал с Волыни и его восстание на этот раз получило несколько религиозный оттенок. Он нападал на имения епископов и мирян, благоприятствовавших унии, взял Луцк, где злоба казаков обратилась на сторонников и слуг епископа Терлецкого, повернул в Белую Русь, овладел Слуцком, где запасся оружием, взял Могилёв, который был тогда сожжён самими жителями, захватил в Пинске ризницу Терлецкого и достал важные пергаментные документы с подписями духовных и светских лиц, соглашавшихся на унию» (Костомаров Н. И.).
Самуил Маскевич, имевший поместья в Новогрудском, Пинском и Слонимском поветах, вспоминал: «В 1594 году в Литве явился Наливайко, казак запорожский, и наделал там много бед. С ним было несколько тысяч человек, к которым присоединились все негодяи для своеволия. Поветы выслали против него свои войска. Ротмистрам, состоявшим на жалованье, велено также выступить» («Сказания современников о Димитрии Самозванце»). В 1594 году на подавление восстания Наливайко был направлен литовский гетман Ян-Кароль Ходкевич.
Зимой 15951596 годов продолжавший свою войну против панов и сторонников церковной унии Наливайко соединился с казацким гетманом Лободой и восстание начало принимать угрожающий размер. Король выслал против казаков в помощь Ходкевичу гетмана Жолкевского. Война с бунтовщиками упорно продолжалась до конца мая 1596 года. Казаки, теснимые польскими войсками, перешли на левый берег Днепра и были осаждёны близ города Лубны. Наливайко убил гетмана Лободу и сам стал гетманом. Затем и он был низвергнут и выдан полякам.