В 14 в. между феодалами Японии проходили междоусобные войны. Юго-западные феодалы, возглавляемые Кусуноки Масасигэ и Нитта Ёсисада, захватили Киото и привлекли на свою сторону императора Годайго. Однако камакурский лагерь, возглавляемый сиккэнами Ходзё, был всё же очень силен. Исход войны решила измена одного из главных военачальников Ходзё Асикага Такаудзи, открывшего фронт наступающим на Камакура войскам Нитта Ёсисада. В 1333 г. Камакура, последний оплот Ходзё, был взят. Однако власть перешла не в руки победителей. Асикага Такаудзи, сохранивший в целости свои войска, быстро двинулся на юго-запад и занял Киото, где провозгласил себя сёгуном (1335 г.). Этот акт немедленно столкнул его со всем лагерем юго-западных феодалов. Война возобновилась, причём лагерь юго-западных феодалов считал императором Годайго, бежавшего из Киото при занятии этого города войсками Асикага Такаудзи, а феодалы, поддерживавшие последнего, провозгласили императором одного из оставшихся в Киото принцев. Так началась эпоха, которую японские исторические памятники назвали "периодом двух правительств" северного и южного. Борьба двух групп феодалов продолжалась с 1335 по 1392 гг. Она истощила обе стороны, и они стали обнаруживать склонность к примирению. Эта тенденция крепла по мере того, как заканчивался начавшийся в этой войне передел владений. Утвердившиеся в новых местах феодалы нуждались в мире для того, чтобы окончательно закрепить за собой свои владения. В 1392 г. третьему сёгуну из дома Асикага Ёсимицу подчинились все феодалы. Южный император при этом отрёкся от престола в пользу северного. Так в Японии установилась новая сёгунская династия Асикага. Резиденцией правительства стал район Муромати в Киото, по которому время нахождения у власти дома Асикага получило в японской историографии наименование периода Муромати.
С появлением европейцев стало распространяться огнестрельное оружие. Спрос на него был настолько велик, что скоро началось изготовление оружия и в самой Японии. Распространение огнестрельного оружия произвело переворот в военном деле. Изменилась техника боя: первую роль стали играть не всадники, а пехотинцы. Князья стали формировать свои отряды из солдат-профессионалов, обычно выходцев из крестьян.
Европейцы принесли с собой и свою культуру. Среди японцев стали распространяться новые знания: расширился географический горизонт, развилось судостроительное искусство, навигационное дело; возникла новая медицина. Явившиеся вслед за купцами миссионеры-иезуиты начали распространять католичество. Южные князья давали им разрешения на проповедь, на открытие школ и типографий. Более того, они сами начали принимать христианство. Причина такого успеха миссионеров состояла в том, что князья надеялись при посредстве европейцев расширить морскую торговлю, привлечь в Японию побольше португальских и испанских торговых судов. Кроме того, каждый из князей рассчитывал на поддержку европейцев в борьбе с соперниками, другими феодалами.
В результате всех этих событий укрепились позиции купечества. Купцы в Нагасаки, Киото, Сакаи, Хаката получали от феодалов ряд привилегий и льгот. Усилилось проникновение торгового капитала на внешние рынки, строительство факторий в разных странах Тихого, океана. В условиях непрекращавшихся в стране крестьянских восстаний среди класса феодалов усилилась тенденция к объединению государства, созданию сильной центральной власти. Торговый капитал также добивался устранения феодальных перегородок внутри страны. Полководец Ода Нобунага (15341582 гг.) выходец из среды мелких феодалов предпринял походы для объединения всей страны. В завоёванных районах он уничтожал внутренние заставы, местные налоги, местные суды, проводил дороги, ввёл строжайшие наказания за разбой на больших дорогах. Эти меры должны были освободить внутреннюю торговлю от некоторых условий, препятствовавших её развитию. Нобунага был убит и не успел закончить объединение. Оно было завершено Тоётоми Хидэёси (15361598 гг.), ставшим диктатором страны. Тоётоми Хидэёси провёл ряд реформ, направленных на укрепление феодального строя. В 1588 г. был издан указ об изъятии оружия у крестьян, была осуществлена перепись земельных владений, крестьянам было запрещено уходить с земли. С именем Тоётоми Хидэёси связана крупная внешняя военно-политическая авантюра, организованная феодалами, жаждавшими колониальных захватов, поддержанными купечеством, обогащавшимся на внешней торговле. Хидэёси предпринял в 1592 г. завоевательный поход за пределы страны. В его программу входило завоевание Кореи, континентального Китая, острова Тайвань и Филиппин. Японские войска заняли почти всю Корею. Сопротивление, оказанное корейским народом, выступление Китая, пославшего на помощь Корее свою армию, ряд поражений, понесённых японцами на море от корейского флота и на суше от китайских войск, заставили японцев покинуть Корею (1598 г.). Корейская экспедиция Хидэёси является одним из звеньев цепи событий всемирной истории 1516 вв., характеризовавшейся вступлением ряда государств на путь колониальных захватов. Экспедиция Хидэёси явилась продолжением и завершением предшествующих действий японских корсаров и торговцев в районе Тихого океана. Неудача попытки вступить на путь колониальных захватов была обусловлена тем, что японские феодалы столкнулись с одной из сильнейших держав того времени Минской империей в Китае. Неудача Экспедиции Хидэёси имела поэтому особые последствия для страны: японские феодалы вынуждены были принять меры для ограждения собственной безопасности. Главными из них были: изгнание португальцев и испанцев, решительное выкорчёвывание всех корней их влияния в самой Японии и прекращение не контролируемых правительством связей с внешним миром с максимальным ограничением этих связей вообще. Эти меры проводились последовательно (указы 1633 и 1636 гг.), но окончательно страна была закрыта для внешних сношений в 1639 г., при Иэмицу третьем сёгуне из дома Токугава, захватившего (в лице своего основателя Иэясу) после смерти Хидэёси в свои руки власть в стране после победы над соперниками из феодальных князей в битве при Сэкигахара (1600 г.) Последним и самым важным толчком к этому закрытию послужило мощное восстание в самой Японии, разразившееся в 1637 г. в Симабара и Амакуса на Кюсю районах наибольшего португальского и испанского влияния, центре пропаганды католичества и насаждения европейских знаний.