Комнаты Александра VI напоминают 6 огромных драгоценных раскрашенных шкатулок, стены и потолки которых поблескивают золотом это ещё отголоски стиля интернациональной готики. Художники использовали яркие, дорогие краски в технике темперы по влажной штукатурке, которая сохраняется на века и не блекнет со временем. Мастера применили много позолоты, лепнины и изобилие декоративных деталей в испанском стиле. Фресками украшены не только стены, но и своды, и люнеты комнат.
Сцены и орнаменты от зала к залу разные, но они связаны между собой одним общим стилем. В первом зале Сивилл предсказательницы изображены попарно с пророками в люнетах на фоне ярко-синей ляпис-лазури. Свод украшен сложной системой геометрических позолоченных кессонов с эмблемами Борджа и короной Арагона, от которой разливаются лучи солнца, символизирующие «солнечную роль» понтифика в мире. В верхней части находятся тондо (круглые картины) со сценами римских жертвоприношений и с гибридными существами, которые переплетаются растительными мотивами. В перемычках изображены фантастические существа на синем фоне, в шестиугольниках аллегории астрономии и планет.
Зал Веры аналогичен предыдущему, только в люнетах изображены пророки и апостолы, что символизирует связь Ветхого и Нового завета. В зале Свободных искусств потолок украшен золотой лепниной на розовом и голубом фоне, а на больших люнетах изображены аллегории наук: астрономия, арифметика, геометрия, музыка, риторика, диалектика и грамматика. Зал Святых символизирует божественную справедливость по отношению к личности папы. В этом зале на сцене: «Диспут Святой Екатерины Александрийской» самая интересная фигура это сама Святая Екатерина. Её лицо, предположительно, портрет самой Лукреции Борджа в возрасте 1213 лет. На фреске изображена нежная, тоненькая, коленопреклоненная молоденькая девушка со светлыми волнистыми волосами и голубыми глазами, в синем платье с золотыми рукавами, расшитом геометрическими мотивами. На её плечи наброшен красный плащ, а на голове небольшая шапочка, украшенная драгоценными камнями.