Важную роль в розыске вражеской агентуры, снабженной радиостанциями, играла радиоконтрразведывательная служба. Ее подразделениями за годы войны было перехвачено большое количество радиодонесений действовавших в советском тылу агентов немецкой разведки. Для фиксации работы агентурных радиостанций противника на территории, занятой советскими войсками, формировались специальные разыскные радиопеленгаторные группы. Служба радиоконтрразведки оказывала эффективную помощь органам безопасности и военной контрразведки в организации и проведении радиоигр с разведкой противника. Кроме того, подразделения радиоконтрразведки органов безопасности осуществляли разведку в эфире, пеленгование радиостанций, радиоперехват и дешифровку радиограмм военного командования и разведывательных органов противника. За годы войны военному командованию были переданы тысячи расшифрованных радиограмм о дислокации и численном составе основных группировок немецких войск, готовящихся наступательных операциях противника, сосредоточении резервов и прочем, что помогало советскому военному командованию принимать правильные решения при разработке боевых операций.
Эффективным оружием в арсенале органов военной контрразведки стали перевербовка задержанной и явившейся с повинной агентуры и внедрение ее в разведорганы и разведшколы противника, а также ведение радиоигр. Они начали применяться особыми отделами НКВД уже в 1941 г. В ходе радиоигр удавалось перехватывать каналы связи разведывательных органов противника со своими агентами, выводить на нашу территорию вражеских шпионов и захватывать их. Одну из первых радиоигр органы военной контрразведки провели в сентябре 1941 г., в ходе которой особый отдел Северо-Западного фронта задержал 10 вражеских агентов.
Радиоигры с противником вели в 1941 г. как территориальные органы государственной безопасности, так и органы военной контрразведки. Во избежание противоречий в дезинформации, которые могли вызвать подозрения у немецко-фашистской разведки и гитлеровского командования, работа по использованию захваченных вражеских агентов с радиостанциями была централизована. Тексты радиограмм разрабатывались органами контрразведки совместно с Генштабом Красной армии и утверждались руководством Генштаба, а особенно важные Ставкой ВГК. Все сеансы связи контролировались радиоконтрразведывательной службой. К участию в радиоиграх привлекались задержанные и перевербованные немецкие агенты-радисты, а также агенты органов госбезопасности, внедренные в германские разведорганы и переброшенные затем противником на советскую территорию с радиостанциями. Сотрудники особых отделов тщательно следили за реакцией противника на передаваемые ему сообщения. При малейших признаках недоверия с его стороны в радиоигру вносились соответствующие изменения.
Существенную роль в разоблачении агентуры неприятеля и других преступных элементов в начальный период войны сыграла проводимая органами безопасности фильтрация советских военнослужащих, вышедших из окружения или бежавших из фашистского плена. Механизм этой работы складывался постепенно. В первые месяцы войны, когда глубокий тыл быстро превращался в передовую, эту работу особым отделам НКВД приходилось налаживать на ходу. Между тем по состоянию на 29 сентября 1941 г. только на Юго-Западном фронте из окружения вышли 9084 человека: младших командиров и рядовых 6766, среднего комсостава 2227, старшего комсостава 76, высшего комсостава 15 человек. За это же время вышли из окружения 116 сотрудников особого отдела НКВД Юго-Западного фронта. Все вышедшие из окружения были проверены особыми отделами.
С первых дней войны в соответствии с военно-стратегическими планами фашистского командования по захвату Москвы и Ленинграда основные силы немецкой разведки были сконцентрированы на центральном и северном направлениях. Осенью 1941 г. только на московском направлении действовали три абверкоманды, 19 абвергрупп, особая команда полиции безопасности и СД «Москва», около 10 особых и оперативных команд и другие разведывательные и карательные органы гитлеровцев.
В противоборстве с сильными спецслужбами противника летом осенью 1941 г. особые отделы НКВД постепенно приобретали опыт ведения контрразведывательной работы в условиях боевых действий. Несмотря на имевшиеся трудности, уже в период битвы за Москву органами военной контрразведки был разоблачен ряд немецких агентов, прошедших специальную подготовку в городах Борисове и Смоленске и переброшенных в советский тыл на тульском участке фронта с заданием внедриться в штабы и воинские части. Кроме того, агентам поручалось проникнуть в Москву для сбора сведений о расположении минированных участков, ходе эвакуации, дислокации аэродромов, эффективности бомбардировок города немецкими самолетами и многом другом. Арестованные агенты назвали еще 65 советских военнопленных, завербованных немецкой разведкой и частью уже заброшенных в советский тыл.
Активная работа по розыску вражеской агентуры проводилась и на других фронтах. Так, согласно сообщению НКВД СССР в ГКО от 29 ноября 1941 г. особым отделом НКВД Северо-Западного фронта в октябре 1941 г. была выявлена и арестована переброшенная через линию фронта в районе Кресцы Валдай группа агентов немецкой военной разведки из 17 человек. Арестованные показали, что имели задание по сбору сведений о расположении штабов, аэродромов, складов с боеприпасами и продовольствием, передвижениях артиллерийских и танковых частей Красной армии.
В тылу страны контрразведывательные подразделения территориальных органов и особых отделов НКВД во второй половине 1941 г., занимаясь преимущественно борьбой с разведывательно-подрывной деятельностью спецслужб фашистской Германии, обратили внимание на некоторую активизацию работы с легальных позиций английских спецслужб. 25 сентября 1941 г. 3е управление НКВМФ СССР направило сообщение народному комиссару Военно-морского флота СССР Н.Г. Кузнецову о проведении разведывательной деятельности на Черноморском флоте представителями английской военно-морской миссии. Находившиеся на Черноморском флоте члены миссии Фокс и Эмброуз путем личного наблюдения и бесед с командным составом пытались подробно выяснить, какое вооружение имеется на том или другом корабле, каковы их тактические и ходовые качества и т. д. В начале ноября 1941 г. сходное сообщение об активизации разведывательной деятельности сотрудников английской военно-морской миссии в Архангельске направил в Москву 3й отдел Беломорской военной флотилии.
Поступавшая по этим и другим каналам информация о деятельности англичан стала основанием для издания указаний НКВД СССР от 27 ноября 1941 г. начальникам УНКВД по Архангельской и Мурманской областям, начальникам третьих отделов Северного флота и Беломорской военной флотилии об агентурно-оперативных мероприятиях по пресечению шпионской деятельности английской разведки на севере СССР. В нем констатировалось, что английские разведывательные органы внедряют в число официальных военных и экономических представительств в СССР крупных разведчиков, которые используют для сбора шпионских сведений кадры офицеров и унтер-офицеров английской армии и флота, находящиеся на территории СССР. Требовалось улучшить взаимодействие в работе по пресечению шпионской деятельности англичан между КРО УНКВД по Архангельской и Мурманской областям, третьими отделами Северного военного флота, Беломорской флотилии и особым отделом Архангельского военного округа. Перед названными органами ставилась задача выявлять из числа союзников, находящихся на нашем Севере, занимающихся разведывательной деятельностью лиц, устанавливать их подозрительные связи среди личного состава флота и частей Красной армии, а также среди местного населения и т. п.
Однако главные события, связанные с противоборством спецслужб, развивались на фронтах Великой Отечественной войны. Только в ходе битвы под Москвой в зоне боевых действий и в тылу войск Западного фронта органы военной контрразведки во взаимодействии с территориальными органами безопасности обезвредили свыше 200 фашистских агентов и более 150 диверсионно-разведывательных групп противника.
К концу 1941 г. фронтовые органы военной контрразведки подвели первые итоги борьбы с вражеской агентурой и диверсантами с начала войны. Так, согласно спецсообщению особого отдела НКВД Ленинградского фронта от 16 декабря 1941 г. 145636, направленному в адрес члена Военного совета Ленинградского фронта, секретаря ЦК ВКП(б) и Ленинградского обкома и горкома ВКП(б) А.А. Жданова, контрразведчиками фронта за этот период были «арестованы и репрессированы за шпионаж, диверсионную деятельность и других лазутчиков германской разведки 143 человека, из них: а) агентов германской разведки, завербованных до войны 27 человек; б) резидентов германской разведки 2 человека; в) агентов из числа быв. военнослужащих, находившихся в плену, 84 человека; г) агентуры из жителей местностей, занятых противником, 24 человека; д) агентов из жителей прифронтовой полосы 6 человек».
Военные контрразведчики к этому времени установили, что основной «базой» германских разведорганов до начала войны являлись антисоветские зарубежные организации, в том числе ОУН, и специально подготовленные шпионские группы из числа лиц немецкой национальности. С началом боевых действий они составили костяк агентов, засылавшихся в советский тыл в составе групп с разведывательными заданиями. Так, в конце июля 1941 г. в Лужском укрепрайоне были задержаны два немецких агента: Я. Карафиат студент Пражского медицинского института, и К. Шункару украинец, румынский подданный. В ходе следствия было установлено, что группа агентов германский разведки, в которую входили арестованные, в красноармейской форме была переброшена за линию фронта с задачей пробраться в район Пулково, откуда по радио передавать сведения о передвижении частей Красной армии. Группа была снабжена радиопередатчиком, шифром и оружием.
С продвижением вражеских войск в глубь советской территории немецкая разведка перешла к упрощенным методам работы и стала активно использовать в качестве агентов попавших в плен военнослужащих частей Красной армии, изменников Родины, перешедших на сторону врага, «враждебный элемент» из населения местностей, временно занятых противником, а в некоторых случаях и подростков. Подобного рода агентура в начальный период войны получала поверхностную подготовку и собирала сведения преимущественно в интересах военного командования тактического уровня.
Аналогичная картина в целом складывалась и на западном направлении. В докладной записке особого отдела НКВД Западного фронта от 30 декабря 1941 г. 70991сч командующему фронтом Г.К. Жукову и члену Военного совета фронта Н.А. Булганину были приведены данные о результатах работы особых отделов фронта за период с 22 июня по 28 декабря 1941 г. Всего были арестованы и разоблачены 505 агентов немецкой разведки, из них: завербованных до войны 4, переброшенных через фронт из числа военнопленных 380, жителей временно занятых противником районов 76, жителей прифронтовой полосы 43, внедренной в штабы войсковых соединений агентуры 2. Особый отдел фронта сделал вывод о том, что немецкая разведка в условиях военной обстановки осуществляет массовую вербовку агентуры, особенно из числа военнопленных и добровольно перешедших на сторону врага. Особенно интересовало германскую разведку московское направление, куда забрасывалась основная масса завербованной агентуры.
Следует оговориться, что при оценке количественных показателей деятельности органов военной контрразведки в 19411942 гг. необходимо учитывать их относительную достоверность. В тяжелейших условиях первого периода войны, не владея в полной мере информацией о тактике противника, оперативные и следственные подразделения военной контрразведки и территориальных органов безопасности в ряде случаев допускали ошибки, которые трагически сказывались на судьбах конкретных людей. Среди руководства и оперативного состава порой складывалось искаженное либо преувеличенное представление о реальной направленности разведывательно-подрывной деятельности вражеских спецслужб.
После начала наступления под Москвой в конце 1941 начале 1942 г. были приняты меры по упорядочению фильтрационной работы органов военной контрразведки. Особыми отделами НКВД на освобожденной частями Красной армии территории было обнаружено значительное количество бывших советских военнопленных и лиц, находившихся в окружении противника. По мнению Л.П. Берии, эту категорию лиц необходимо было тщательно проверять и выявлять среди них «изменников Родины, шпионов и дезертиров». Об этом 25 декабря 1941 г. он написал И.В. Сталину, предложив создать специальные лагеря НКВД.
27 декабря было принято постановление ГКО, которым Наркомат обороны обязывался создать сборно-пересыльные пункты (СПП) для помещения в них бывших военнослужащих Красной армии, находившихся в плену и окружении противника, обнаруживаемых в освобожденных местностях. В этот же день был отдан приказ наркома обороны И.В. Сталина 0521 о формировании армейских СПП (один на армию) и фронтовых проверочно-фильтрационных пунктов (ФПФП), специальных лагерей для проверки военнослужащих, освободившихся из плена. Их число не было постоянным и колебалось в зависимости от обстановки на фронтах.
28 декабря 1941 г. появился приказ НКВД СССР, которым было поручено заместителям наркома внутренних дел СССР В.В. Чернышеву и И.А. Серову в трехдневный срок организовать специальные лагеря НКВД: Грязовецкий (Вологодская область), Южский (Ивановская область), Тамбовский (Тамбовская область), Новоаннинский (Сталинградская область). В последующем было создано еще шесть лагерей. В эти лагеря направлялись все военнослужащие, задержанные на освобожденной от противника территории для первичной проверки. В ходе фильтрации осуществлялся личный досмотр и бралось письменное объяснение об обстоятельствах пребывания в плену. Завершалась проверка во фронтовых фильтрационных лагерях и спецлагерях НКВД и сборно-пересыльных пунктах. На 29 января 1942 г. в спецлагерях НКВД содержались 32 147 бывших военнослужащих Красной армии и Военно-морского флота, ранее находившихся в плену и окружении противника. Спустя месяц, по состоянию на 23 февраля 1942 г., всего были освобождены из плена и собраны из находившихся в окружении лиц уже 128 132 человека.
В ходе наступления под Москвой в начале 1942 г. части Красной армии освободили ряд городов и районов, где в течение нескольких месяцев хозяйничали фашистские оккупанты. Первыми в освобожденные населенные пункты вместе с боевыми подразделениями вступали органы военной контрразведки. В отсутствие других правоохранительных органов и органов власти военные контрразведчики должны были принимать по горячим следам неотложные меры по задержанию агентуры спецслужб противника, немецко-фашистских пособников, выявлять и изымать оставленную немецкими разведорганами документацию. Таким образом, на период наступления наиболее актуальными задачами для органов военной контрразведки стали задержание на освобожденной территории лиц, активно сотрудничавших с оккупантами, а также борьба с разведывательной деятельностью спецслужб противника непосредственно на линии фронта и в прифронтовой полосе.