Лодки эти находились в районах Маршалловых, Каролинских и Японских островов, в Восточно-Китайском море, а также на переходе из Пирл-Харбора в районы патрулирования и обратно. Пять эскадренных подводных лодок, вышедших из Фримантла, действовали в Южно-Китайском море и в районе Голландской Индии. Лодка "Спирфиш" оставила Коррехидор 3 мая, имея на борту сверх комплекта 25 человек. Подводная лодка "Сейлфиш" шда на Коррехидор с боеприпасами, когда последний был сдан. Четыре лодки типа "S", базировавшиеся на Брисбен, патрулировали в водах архипелага Бисмарка и в Коралловом море.
О первых подводных лодках, вышедших в море с началом войны, известно немного; считали, что половина из них не вернется. К 1 мая в юго-западной части Тихого океана США потеряли четыре подводные лодки, в то время как в центральной части Тихого океана потерь не было. Стало очевидным, что подводная война, вопреки прогнозам, которые делались на основании итогов проводившихся в мирное время маневров, не так уж страшна. В основе такой оценки лежало использование лодками радиолокационной станции воздушного обнаружения. Правда, первые радиолокационные станции на лодках не могли обнаружить надводный корабль, но они позволяли обнаруживать не видимые с мостика самолеты. Кроме того, станция давала возможность лодке, находившейся у неприятельского берега, производить навигационные обсервации. Операторы на радиолокационных станциях были еще сравнительно неопытными, а приборы требовали постоянного внимания и регулировки, но наличие станций на лодках делало надводные действия лодок куда менее опасными.
Начальник штаба командующего подводными силами Тихого океана неизменно верил в эффективность торпед, несмотря на известный скептицизм со стороны Уилкса, который командовал подводными лодками, базировавшимися на Фримантл. Главное управление вооружения ВМС в ответ на один из запросов Уилкса признало, что действительная глубина хода торпеды "Мк-14" на 1,2 метра больше заданной. Командующий подводными сипами Тихого океана (Уйтерс) приказал своим лодкам учесть это обстоятельство и рекомендовал устанавливать торпеды с расчетом на их прохождение на глубине 1,5 метра под килем корабля, с тем чтобы обеспечить взрыв торпеды от магнитного поля корабля. К протестам командиров лодок, доказывавших, что подобная практика лишает их возможности использовать многие выгодные ситуации, штаб остался глух.
Нехватка торпед все еще была ощутимой. Однако, несмотря на это, штаб командующего подводными силами Тихого океана пришел к выводу о необходимости стрельбы веером. Дело в том, что в силу неизбежной ошибки в измерении расстояния до цели, а также быстроты, с какой японские корабли выполняли противолодочный маневр, стрельба одиночными торпедами привела к тому, что большое число выпущенных торпед не достигло цели и процент попадания оказался невысоким. Поэтому командующий подводными силами Тихого океана отменил имевшиеся инструкции и приказал вести залповую стрельбу двумя или более торпедами с растворением торпед в залпе с целью обеспечить по крайней мере одно попадание. Исходя из опыта самых ранних выходов лодок на патрулирование, Уитерс настаивал на том, чтобы лодки большую часть времени проводили в надводном, а не в подводном положении. Это, по его мнению, позволяло эффективнее использовать район действия лодки и сохраняло инициативу, которую давала им большая скорость надводного хода. Правильность данного положения подтверждал накопленный опыт боевого использования лодок и технические возможности радиолокационной аппаратуры. Командующий Тихоокеанским флотом США и его штаб продолжали давать указания по развертыванию подводных лодок на Тихом океане и утверждали приказы на патрулирование для каждой лодки.
Командующий подводными силами Тихого океана Уитерс не располагал свободой действий в выборе районов для подводных лодок. Однако хорошая связь позволяла ему руководить деятельностью подводных лодок, находившихся на патрулировании. Поврежденный в бою в Коралловом море японский авианосец "Сёкаку", возвращаясь в Японию, вынужден был следовать через все районы действия лодок, что давало Уитерсу возможность загнать его в ловушку.
Преследование авианосца "Сёкаку"
Самолеты с авианосцев "Лексингтон" и "Йорктаун" видели "Сёкаку", когда он, охваченный дымом и пламенем и имея большой крен, следовал из Кораллового моря на север. Авианосец в бою получил попадания бомб с пикирующих бомбардировщиков. Эскадрильи самолетов-торпедоносцев тоже доносили о попадании в него четырех торпед. Но авиационные торпеды были не лучше корабельных, и, несмотря на смелые атаки самолетов-торпедоносцев, "Сёкаку" не имел пробоин в подводной части. Уитерс считал, что авианосец поврежден торпедой, идет на сниженной скорости и является подходящим объектом для подводных лодок. Однако авианосец шел, по-прежнему хорошо выполняя противолодочное маневрирование. Уитерс организовал преследование авианосца. Он считал, что поврежденный японский авианосец зайдет на острова Трук, чтобы произвести там аварийный ремонт. Поэтому следовало прикрыть подходы к островам Трук.
Подводная лодка "Тотог" находилась на пути из Пирл-Харбора во Фримантл для смены одной из действующих в юго-западной части Тихого океана лодок, которая направлялась в США для капитального ремонта. Полагая, что бой в Коралловом море окажет влияние на обстановку у островов Трук, Уитерс приказал "Тотогу" следовать в район к югу от островов Трук с задачей уничтожения транспортов в проходе Отта. 9 мая, находясь в районе Понапе, лодка получила несколько сообщений о событиях в Коралловом море. Командир лодки Уиллинхэм пришел к выводу, что ему следует выйти на позицию как можно скорее, и потому решил, несмотря на то что в упомянутом районе активно действовали японские силы, сделать это в дневное время в надводном положении. Ведя тщательное наблюдение за воздухом и надеясь на свою радиолокационную станцию, командир вел лодку на скорости 15 узлов и 10 мая прибыл в назначенный район. Надеясь перехватить поврежденные в Коралловом море японские корабли, Уиллинхэм патрулировал у прохода Отта. Рано утром 17 мая он обнаружил на дистанции 15 кабельтовых японскую подводную лодку типа "I", которая в надводном положении шла в северном направлении. На "Тотоге" сыграли боевую тревогу. Гидроакустик доложил, что японская подводная лодка ведет поиск гидролокатором, затем сообщил, что лодка выпустила торпеду. Уиллинхэм тотчас скомандовал "к погружению" и ушел на глубину. Только после этого командир понял, что гидроакустик принял шумы, которыми сопровождалась подготовка к стрельбе носовых торпедных аппаратов на своей лодке, за выстрел торпеды японской лодкой. Но уже было поздно. Момент был упущен. Когда "Тотог" всплыл на перископную глубину, японская лодка была уже вне дистанции стрельбы. В течение следующего часа тем же курсом проследовала вторая японская подводная лодка типа "I". Вскоре после ее обнаружения "Тотог" выстрелил две торпеды и погрузился на 46 метров, чтобы избежать ответного удара. Уиллинхэм услышал взрыв торпеды. Пятью минутами позже лодка всплыла на перископную глубину. Осмотр в перископ показал, что на поверхности ничего нет. На этом основании командир решил, что японская лодка потоплена. Но он ошибся.
Около 11.00 того же дня "Тотог" обнаружил еще одну японскую подводную лодку. Очевидно, эта лодка возвращалась в базу тем же путем, каким пользовались другие японские лодки, возвращавшиеся из района патрулирования в Коралловом море.