1 июня "Триггер" атаковал торпедами и потопил транспорт, и поэтому японское командование знало, что у Токийского залива действуют подводные лодки, но оно, по-видимому, все еще считало большую скорость кораблей достаточной для их защиты. В ночь на 10 июня "Триггер" установил радиолокационный контакт с двумя авианосцами на расстоянии 12 миль. Подводная лодка "Сэмон", патрулировавшая в соседнем районе, уже имела контакт с упомянутым оперативным соединением и донесла об этом, но "Триггер" оповещения не получил. "Сэмон" все еще преследовал соединение (о чем Бенсон не знал), но безнадежно отстал от него. Бенсон включил все четыре двигателя на полную мощность, однако авианосцы прошли мимо него за пределами дальности хода торпед.
Следующей ночью к заливу приближался 22-узловой скоростью авианосец "Хийо" с эскадренными миноносцами в охранении впереди - слева и справа по носу. Это был тот самый авианосец, скорость хода и удачный зигзаг которого при возвращении с линейными кораблями из района островов Трук спасли его 22 мая от непосредственной угрозы со стороны "Триггера". Но на этот раз счастье не сопутствовало "Хийо", а большая скорость хода только ускорила вхождение его в зону досягаемости торпедного оружия "Триггера". Бенсон наблюдал, как авианосец, делая резкие зигзаги, приближался. На полной скорости он форсировал зону ближнего охранения и произвел 6-торпедный залп с дистанции 6 кабельтовых. С выпуском последней торпеды "Триггер" оказался на носовых курсовых углах одного из эскадренных миноносцев. Бенсон стал уходить на глубину и во время погружения, до того как на него начали сбрасывать глубинные бомбы, услышал четыре взрыва от попадания торпед в авианосец. Но "Хийо" не был потоплен. Торпеды взорвались преждевременно вблизи корпуса авианосца. Легкий крейсер "Исудзу" отбуксировал авианосец в Йокосуку, где его поставили в сухой док. В то время Япония сильно нуждалась в кораблях с полетной палубой для обучения летчиков авианосной авиации, и "Хийо" использовался для таких целей. Только из-за плохого качества взрывателей торпед, выпущенных подводной лодкой "Триггер", авианосец уцелел и со временем снова принял участие в боевых действиях.
Японские подводные лодки в районе Алеутских островов
В связи с ближней блокадой Алеутских островов американскими воздушными и надводными силами японское командование сделало попытку связаться с островом Кыска и эвакуировать его гарнизон на подводных лодках. Подводная лодка "I-9" совершила один успешный рейс с острова Парамушир на остров Кыска и обратно. 9 июня она вышла с Парамушира во второй рейс и с тех пор японцы не слышали о ней. 13 июня "I-9" была потоплена вблизи острова Кыска эскадренным миноносцем "Фрэзьер".
В конце мая с Парамушира вышла подводная лодка "I-24" с приказом снять с Атту оставшихся в живых японцев, избегая при этом встреч с американскими силами. После трех безуспешных попыток установить связь с японцами на острове Атту этот приказ отменили, но "I-24" исчезла. 11 июня неподалеку от острова Атту она встретилась с охотником за подводными лодками "РС-487", который установил гидроакустический контакт с погруженной лодкой и атаковал ее глубинными бомбами, после чего "I-24" всплыла "РС-487" таранил подводную лодку "I-24", и она затонула.
Не имея радиолокаторов, японские подводные лодки испытывали навигационные трудности в условиях туманов, господствовавших в районе Алеутских островов. 16 июня подводная лодка "I-157", имея скорость хода 14 узлов, в тумане прочно села на скалы острова Малый Ситхин около острова Амчитка. Подводная лодка выбросила за борт все, что можно было сбросить: торпеды, дизельное топливо, смазочное масло.
Лодка не сдвинулась с места Тогда командир приказал вскрыть аккумуляторные ямы, вытащить аккумуляторы через входной люк наверх н освободиться от тяжелых банок. После того как за борт выбросили более сотни тяжелых банок батареи, "I-157" всплыла. Но теперь она сделалась слишком легкой, чтобы иметь возможность произвести погружение. Поэтому "I-157" пришлось оставаться в надводном положении. В любой момент ее мог атаковать самолет или надводный корабль. Однако под прикрытием тумана "I-157" благополучно возвратилась в Курэ.
Подводная лодка "I-2" села на мель на юго-восточной оконечности острова Кыска, но ей удалось сняться с мели с небольшими повреждениями. Без радиолокатора японские подводные лодки иногда внезапно оказывались под обстрелом. 20 июня подводная лодка "I-7" имела боевое соприкосновение со сторожевым катером на небольшом удалении от якорной стоянки в заливе Вега (остров Кыска). После этого "I-7" села на мель. На следующий день она была разгружена и снялась с мели, а ночью легла на курс в Йокосуку. Из-за полученных повреждений она, очевидно, не могла погружаться.
Рано утром 22 июня в 10 милях к югу от острова Кыска "I-7" неожиданно встретилась с эскадренным миноносцем "Монагхэн". Экипаж подводной лодки думал, что "I-7" начала бой с тремя кораблями, и это понятно: они не видели своего противника. "I-7" сражалась так, как могла в сложившейся обстановке, - вела ответный огонь по орудийным вспышкам, мерцавшим в туманной ночи.
22 июня в 01.35 "Монагхэн" установил радиолокационный контакт с подводной лодкой с дистанции 70 кабельтовых, затем сократил ее до 11,5 кабельтова. С этой дистанции эскадренный миноносец и открыл артиллерийский огонь по невидимой цели, руководствуясь лишь данными радиолокатора. Лодка ответила артиллерийским огнем. После 8-минутного боя с эскадренного миноносца в темноте увидели яркие вспышки от попаданий в подводную лодку. Затем радиолокатор эскадренного миноносца обнаружил скалы впереди по курсу, и "Монагхэн" прекратил бой, а "I-7" села на мель. Впоследствии "I-7" была уничтожена японцами.
В течение июня японские подводные лодки эвакуировали с острова Кыска около 800 солдат и перебросили 120 тонн продовольствия, но это обошлось им слишком дорого: три подводные лодки погибли и три другие получили повреждения. Японское командование пришло к выводу, что эвакуация войск с острова Кыска на подводных лодках чревата серьезными последствиями, и поэтому решило прекратить использование подводных лодок для этой цели.
Несмотря на то что Атту был занят американскими войсками, а Кыска находился под неослабным наблюдением с моря и воздуха, Япония решила пойти на риск эвакуации оставшейся части гарнизона надводными кораблями. 28 июля, воспользовавшись туманом, японское оперативное соединение в составе трех крейсеров и двенадцати эскадренных миноносцев вошло в гавань острова Кыска. В ходе этой операции корабли сняли с острова Кыска японский гарнизон и возвратились на Курильские острова, не встретив противника. Не зная об этой эвакуации, американское командование усилило удары по острову Кыска с моря и воздуха и 15 августа высадило на него превосходящие силы. Однако японцы уже покинули остров.
Алеутская авантюра дорого обошлась японским подводным силам. За год оккупации Япония потеряла на севере шесть подводных лодок. Пять сверхмалых подводных лодок, доставленных на остров Кыска и базировавшихся там, также погибли, ничего не добившись. Экипажи японских подводных лодок относили на свой счет потопление в районе Алеутских островов четырех транспортов, двух легких крейсеров, гидроавиатранспорта и неопознанного судна. Их действительные успехи были намного меньше. Они потопили лишь армейский транспорт "Арката" и повредили небольшую плавучую базу гидросамолетов "Каско".