Окончательное формирование инстанционного порядка рассмотрения дел завершилось в ХVI веке с принятием Земским Собором Уложения, в котором были кодифицированы все ранее изданные судебники, указные книги приказов, царских указов и думских приговоров, решения Земских соборов. Дифференциация общества способствовала созданию специализированных судов для каждого сословия "служивых", "пашенных", "торговых людей" и "государевых богомольцев", что, в свою очередь, обусловило становление института подведомственности и подсудности. Детализируется порядок пересмотра судебных решений. Уложение закрепило условие приемлемости жалобы на судебное решение, согласно которому прошение о пересмотре дела подается непосредственно в суд, его вынесший, "в каком приказе ведом", "а не бив челом в приказе, ни о каких делах государю челобитен не подавати". Лишь в случае невозможности разрешения дела в приказе, оно направлялось на доклад государю или уполномоченным им лицам "и к его государевым бояром и околничим и думным людем". Таким образом, устанавливался порядок последовательного обжалования решения суда, предусматривающего запрет непосредственного обращения населения с жалобами на судебные решения к главе государства, минуя обычные судебные инстанции. Пересмотр дел осуществлялся коллегиально в случае неправосудного решения или в случае пробелов или противоречий в праве "вершити будет не мощно, и в том деле дати суд 3 головы". При этом рассмотрение дела заново осуществлялось в пределах первоначальных требований и оснований иска, новые доводы оставлялись судом без внимания. Жалобы докладывались непосредственно государю только в случае затруднений в разрешении дела нижестоящей судебной инстанцией или ее отказа в правосудии, или же в случае несправедливости решения. Суд бояр эволюционирует в судебную коллегию. Намечается тенденция делегирования государем части своих полномочий осуществления правосудия.
Указом от 22 февраля 1711 года Петр I учреждает Правительствующий Сенат как чрезвычайный орган "для управления" государственными делами в случае "отлучек Наших". Позднее уточняется его компетенция, к которой относятся судебная и организационно-судебная деятельность, финансовый и налоговый контроль, внешнеторговые и кредитные полномочия. С учреждением Правительствующего Сената количество судебных инстанций возросло с трех до четырех: ландрихтеры, надворные суды, Сенат в лице коллегии и общего собрания, монарха как высшей инстанции; а для "торговых людей" – до трех судебных инстанций. Вводятся единые правила судопроизводства, кодифицируется законодательство. Устанавливается порядок ревизии дел после апелляционного рассмотрения, в случае несогласия стороны по делу с постановленным судом решением. Проверка правосудности судебных актов осуществлялась в пределах доводов жалоб. Император выступал в роли судьи лишь по политическим делам и в качестве апелляционной инстанции по отношению к решениям Сената. Указом от 27 апреля 1722 года "О должности Сената" устанавливался порядок подачи обращений, согласно которому жалобы "за неправый суд" подавались рекетмейстеру или в коллегию Сената, к компетенции которой относится конкретный спор. К каждому делу канцелярия составляла краткую выписку, по которой дело докладывалось государю, а случае его отсутствия – Сенату. При ревизии дела каждый сенатор мог высказать свое мнение, которое заносилось секретарем в протокол заседания и подписывалось ими. В случаях сложности дела или срочности допускалось рассмотрение одного дела до трех часов. Решение ставилось на голосование. С учреждением в 1722 году прокуратуры круг лиц, наделенных правом обжаловать судебные решения, в том числе Сената, расширился.
Впоследствии создание Верховного тайного совета в 1726 году увеличило количество судебных инстанций до пяти и четырех соответственно. Изменился порядок направления жалоб на судебные акты, которые направлялись непосредственно в Сенат. В период постоянных смут и народных волнений возникла необходимость непосредственного разрешения дел сувереном при участии ему приближенных лиц. Однако этот порядок просуществовал недолго. После упразднения Верховного тайного совета жалобы снова адресовались государю, которого уже тяготило их непосредственное рассмотрение. Свидетельством этого является установленная система наказания кверулянтов, согласно которой за игнорирование порядка подачи жалоб в учрежденные судебные инстанции и обращение непосредственно к государю в первый раз каралось каторгой в течении месяца, второй раз – публично отсылали на годовую каторгу, а третий раз – публичное наказание плетьми и ссылкой на каторгу навечно "в Нерчинск, с зачетом крепостным помещикам их в рекруты".
С изменением административного деления государства в 1775 году реформируется и судебная система, которая уже состоит из шести инстанций: уездный суд в качестве суда первой инстанции, земский суд, палаты губернского суда, Сенат в лице коллегий и общего собрания, император как высшая инстанция. В губерниях палаты проверяли решения по уголовным и гражданским делам в апелляционном и ревизионном порядке. Ревизия отличалась от апелляции тем, что дела рассматривались с точки зрения соблюдения установленных законом форм и порядков судопроизводства, а по уголовным делам еще и "для оправдания невинности, столь для приведения в ясность преступления, или для обличения преступника". Впервые устанавливается срок для принесения жалоб, который был равен одной неделе. Вместе с жалобой подлежала уплате госпошлина. Основанием ревизионной проверки решения суда служило его несоответствие законам и регламентам, т. е. нарушение норм материального и процессуального права. Прокуроры и губернаторы также наделялись правом опротестования судебных решений. Учреждение палат губернского суда децентрализовало судебный контроль. Противоречивая судебная практика и медлительность движения дел в судах вызывали недовольство общества, и как следствие – отрицание им такой организации судебной системы.
Для лучшего управления государственными делами учреждаются 8 министерств, в числе которых Министерство юстиции. В его компетенцию входило право надзора за правильностью разрешения споров и движением дел в судах, составление статистических и аналитических отчетов, содержащих причины динамики роста дел. В результате этого преобразования прокуроры вошли в систему органов юстиции, а министр юстиции одновременно являлся Генерал-прокурором. Принятые государством меры не улучшили ситуацию в судах, а способствовали лишь уяснению причин нарушения закона и судебной волокиты. Поэтому через четверть века снова меняется порядок направления донесений о нарушении законов империи и жалобы на судебные постановления с упразднением Особенной канцелярии Министерства внутренних дел и учреждением "Собственная Моя Канцелярия". Правом обращения в Канцелярию обладали лица, участвующие в деле, и их представители. Предусматривались требования к форме и содержанию жалобы. Основаниями к оставлению без движения жалобы, помимо несоблюдения ее формы и содержания, было истечение установленного указом срока обращения, а также "писанные безпорядочно или безсмысленно, на клочках бумаги или с неприличными выражениями". Для исправления выявленных недостатков прошений назначался срок, который не мог превышать одного месяца. Надлежаще оформленные жалобы направлялись в Особое Государственное Присутствие для предварительного рассмотрения.
Несмотря на то, что главой государства уделялось внимание вопросам надлежащего осуществления правосудия, принимаемые им меры не были достаточно эффективны. Они напротив, порождали еще большие трудности. Так, например, Манифестом "о всемилостивейшем даровании крепостным людям прав состояния свободных сельских обывателей, и об устройстве их быта" от 18 февраля 1861 года приветствовалось создание в каждой губернии и уезде Мировых Посредников и Мировых Съездов для рассмотрения на местах споров в связи с исполнением нового Положения о крестьянах, вышедших из крепостной зависимости. Однако их создание на местах не было повсеместным и стремительным, что обманывало ожидания общества в сникании справедливого правосудия более быстрым и простым способом.
В 1864 году был введен институт мировых судей, что повлияло на количество судебных инстанций, которое возросло до семи: мировые судьи, съезды мировых судей, уездные суды, палаты губернского суда, Сенат в лице кассационных департаментов и общего собрания, император как высшая судебная инстанция. Принимаются процессуальные кодексы, регламентирующие в том числе апелляцию, кассацию и пересмотр судебных актов. При этом рассмотрение дела по существу допускалось лишь в двух инстанциях (в суде первой и апелляционной инстанций). Сенат не рассматривал дела по существу, а наблюдал "за охранением точной силы закона и за единообразным его исполнением всеми судебными установлениями Империи", и осуществлял, по сути, также функции конституционного суда. Уставы (гражданского и уголовного) судопроизводства предусматривали виды просьб об отмене решения суда: о кассации, пересмотре решения, а просьбы не участвующих в деле лиц были знакомы лишь гражданскому процессу. Основанием к отмене решения (приговора) суда в кассационном порядке являлось явное нарушение смысла закона или неправильного его толкования, несоблюдение подведомственности рассмотрения спора. Поводом для пересмотра судебного решения являлось обращение сторон по делу либо протест прокурора. Пределы проверки были ограничены доводами кассационных жалоб (протестов). Отличия реформенного суда от прежнего заключались в том, что упразднялась сословная подсудность дел вместе с соответствующими судебными инстанциями, а судебный процесс строился на демократических принципах: равенство и состязательность сторон, устность, непосредственность, гласность и право на защиту.
Однако нарастающие революционные настроения в обществе и практика мировых судей, которая складывалась не в пользу сюзеренов, обусловили проведение властями контрреформы уже через 7 лет после ее начала. В число ее мер вошли ограничение демократических институтов судопроизводства: независимости и несменяемости судей, гласности и состязательности процесса, рассмотрение уголовных дел присяжными заседателями, а также ограничение права подсудимого на защиту, изменение порядка расследования и рассмотрения политических дел, почти сведена на нет компетенция мировой юстиции. Значительный рост количества политических дел привел к изменению правил их подсудности, которые теперь передавались судебным палатам губернского суда от Сената, с которыми последний не справлялся. Создание специального верховного суда по уголовным делам в 1878 году окончательно нивелировало достижение реформенного суда, равного для всех.
Массовое недовольство медлительностью осуществления правосудия и его качеством, множественностью судебных инстанций снова привело к отрицанию обществом такой судебной системы. Воплощением общественных настроений того периода можно считать "Революционный катехизис русского эмигранта" М. Бакунина. Критикуя новый подход к решению имеющихся проблем, В.П. Безобразов писал, что в "самых "передовых" (?) современных революционных учений, прямо и буквально заявлено, что "истинный революционер должен отказаться от всякой науки нынешнего мира, предоставить ее будущим поколениям. Он должен знать только одну науку разрушения. <…> Конечно, нельзя себе вообразить, чтоб какая бы то ни была человеческая мысль могла дойти до более крайнего самоотрицания. ужасен этот умственный хаос в понятиях, нельзя однако не радоваться, когда зло в человеческом обществе достигает последней ступени логического абсурда, когда оно доходит до подобного самоотрицания или внутреннего противоречия. Эту неизбежную логическую и историческую последовательность революционных движений, разлучившихся с успехами наших наук в самом ее существе, – можно только приветствовать как добрый признак времени, как предвестие может быть близкого криза в недугах нашего времени". Его слова как нельзя точно отражают нарождающуюся тенденцию отрицания существующей системы государственного управления, в том числе судебной системы. Учитывая то, что они были изложены за тридцать восемь лет до полного крушения государственной системы органов власти, можно утверждать, что философия разрушения самодержавного уклада управления государственными делами прочно вошла в сознание революционеров и позиционировалась ими как новая идеология.