Выше по рангу войсковых служителей считалась походная и паланковая старшина, хотя и действовала она за пределами центра запорожских земель. К походной старшине, действовавшей во время войны, относились: полковник, есаул и писарь. В каждой паланке избирались: полковник (глава паланки), есаул, писарь, подъесаул и подписарий. Они действовали аналогично сечевой администрации, обладая административной, судебной, финансовой и военной властью. Следует заметить, что вместе с казаками в паланках жили и крестьяне (посполитые), которые избирали своих атаманов. Такие атаманы были в подчинении паланковой старшины.
Развитая система управления Запорожской Сечи имела источник в народном самоуправлении. Поэтому наиболее детально мы рассмотрим деятельность высшего органа управления запорожских казаков – войскокой рады.
Общая войсковая рада проводилась в точно установленные дни каждого года: 1 января, 1 октября (праздник Покрова Пресвятой Богородицы) и второй или третий день после Пасхи. Но для решения очень важных и неотложных дел войсковые рады могли проводиться и в другое время. Войсковая рада сосредатачивала в своих руках всю полноту власти: она была высшим законодательным, судебным и исполнительным органом. Решения рады распространялись на все население Сечи и паланок.
Особого внимания заслуживает войсковая рада, проходившая 1 января, так как на ней происходил дележ земель и обычно выбирались должностные лица Запорожской Сечи. Например, И. В. Бенку в своем исследовании самоуправления запорожцев уделяет особое внимание январской раде, указывая на то, что это позволяет наиболее полно проследить систему самоуправления, сложившуюся в казачьей среде. К освещению этого вопроса обратимся и мы.
Историки по-разному оценивают процедуру проведения рад, но все они принимают тезис о том, что коллективное народное решение важнейших вопросов является фактом внутренней самостоятельности самоуправления Сечи. То мнение, которое определяет Запорожскую Сечь, как бандитскую организацию, представляется нам ошибочным. Так, например, показательным является случай, произошедший в 1675 году. Турецкий султан Мехмед IV решил уничтожить Запорожскую Сечь и для этого зимой направил 15 тыс. отборных янычар в Крым. Крымский хан Эльхадж-Селим Гирей должен был объединенными крымско-турецкими силами разрушить Сечь. Крымский хан решил напасть на Сечь на святках Рождества Господня, предполагая, что запорожцы все будут пьяны, и с ними будет легко расправиться. Но как справедливо заметил Д. И. Эварницкий: "Хотя хан и знал, что войско запорожское привыкло в праздничные дни подпивать и беспечно спать, но не припомнил того, что множество этого же самого войска имело обыкновение собираться в праздник Рождества Христова до Сичи со всех низовых днепровских лугов и что большинство из этого войска были трезвые, а не пьяные люди". Таким образом, крымский хан напал на запорожцев в ближайшие дни после проведения войсковой рады, когда Сечь была заполнена казаками. А о том насколько запорожцы были "пьяны" свидетельствует результат сражения: потери казаков составили 50 убитых и около 80 раненых. О потерях же турок и татар громко говорит тот факт, что, сделав шесть прорубей в Днепре, казаки сбрасывали трупы басурман под лед целых два дня, а войско янычар было практически полностью уничтожено.
Порядок проведения войской рады был следующим. Первого января празднично одетые сечевики и приехавшие из паланок казаки утром отправлялись в церковь. После церковной службы в каждом курене проходил праздничный обед. Затем казаки собирались на майдане (главной площади). По обычаю производился выстрел из самой большой пушки, имевшейся на Сечи. Из церкви, с разрешения кошевого атамана, выносились литавры и войсковой довбыш бил в них, знаменуя начало рады. Есаулом устанавливалось войсковое знамя, и в центр майдана выходили войсковые старшины, неся свои символы власти: кошевой атаман с булавой или палицей, есаул с малой палицей, куренные атаманы с тростями, войсковой судья с серебряной печатью, писарь с пером и серебряным калымарем (чернильницей). Они выходили с непокрытыми головами, так как шли на суд товарищества. Затем они кланялись на все четыре стороны. За каждым куренным атоманом выстраивались казаки его куреня, таким образом создавая коло (круг).
Рада начиналась с молебна, который служил сечевой священник. После молебна кошевой атаман обращался к казакам со словами: "Нынe молодцы! У нас новый год, надлежит нам по древнему нaшему обыкновению раз дел в Войске рекам и ypoчищам учинить".
Далее начинался жребий, проходивший ежегодно в январе. Войсковой писарь клал в шапку ярлыки, на которых указывались терриитории, владеть которыми полагалось один год, до следующего жребия. К писарю подходили представители разных групп казаков и зачитывали в слух вытащенный ими жребий в следующем порядке: курени, старшины, духовенство, женатые казаки. Споры по жребию были неуместны. Распределение промыслов и территорий посредством жребия выработалось в среде запорожцев ввиду неоднородности казачьих земель. Часть земель была богата, другая часть – бедна, еще часть граничила с крымскими татарами, что представляло опасность. Таким образом, жребий позволял избежать противоречий в вопросе землепользования.
Распределив земли и промыслы, запорожцы приступали к следующей части рады. Кошевой задавал вопрос: "… может быть будете новую старшину избирать, а старых кого низвергать по вашим обычаям".
Если старшины устраивали казаков, то рада заканчивалась. Старшины в таком случае оставались еще на один год, если, конечно, в течение этого года их не устраняла новая рада. Так, например, кошевой атаман И. Д. Сирко сохранял свою должность 8 лет подряд из общих 12 лет атаманства. Недовольство же старшинами приводило к их смене. В этом случае старшины оставляли свои знаки власти, благодарили товарищество за оказанную им ранее честь и уходили из центра майдана. Казаки также могли потребовать от них отчитаться о проделанной работе.
Затем начинались выборы новых должностных лиц. Проходили они путем выкрика кандидатур. Обычно, каждый курень старался выдвинуть своего кандидата. Каждый из тех, чье имя выкрикивали казаки, услышав свое имя уходил в курень к которому относился, дабы не оказывать влияния на выбор и не быть причиной раздоров. Раздоры возникали часто и могли затягиваться надолго. Могли происходить и драки, погромы, иногда и убийства, путем которых подавлялась часть мнений о кандидатах. В Российском государственном архиве древних актов (РГАДА) представлены случаи беспорядков при выборах нового кошевого атамана и старшин за 1748 год. Также могло происходить деление на группы, и спор решался их противостоянием. Так, например, Д. И. Эварницкий приводит свидетельство монаха Яцек-Зеленского, посетившего Сечь в 1750 году, о погромах и избиении есаула Клима на раде. Пьянство было одной из причин таких беспорядков. А усмирение запорожцев, которые переходили рамки дозволенного, входило в обязанность куренных атаманов, так как они обладали особым авторитетом в своих куренях.
Беспорядки, часто возникали из-за стремления подкупом решить исход выборов на раде со стороны запорожских старшин или правительств заинтересованных государств. И. В. Бенку в своем научном труде приводит архивные сведения о стремлении российского правительства устранить с должности кошевого атамана Константина Гордиенко. Подкуп часто осуществлялся через раздачу алкоголя. Следует отметить, что такие действия не имели успеха, так как, даже если и удавалось протащить своего кандидата, то он смещался из-за непопулярности его действий.
Таким образом, в итоге борьбы мнений определялся устраивавший всех кандидат. За новоизбранным атаманом отправлялась в курень часть казаков. Его вели на майдан, обращаясь с ним пренебрежительно. С. И.Мышецкий, например, приводит такие слова казаков: "Иды, скурвый сыну, бо тебе нам треба, ты теперь наш батько, ты будешь у наc паном". На майдане новому кошевому атаману вручали палицу. Он же по обычаям запорожцев дважды отказывался от нее, а на третий раз принимал. Затем старейшины мазали грязью голову атамана или сыпали на нее песок. Это делалось для напоминания кошевому о его происхождении, чтобы он не превозносился. После чего кошевой кланялся во все стороны под одобрительные крики казаков.
Аналогичным образом происходил выбор остальных должностных лиц: писаря, есаула, судьи. 2 января выборы проходили по менее важным должностям: кантаржего, обозного, пушкаря и др.
Подобным образом проходили и "спонтанные" войсковые рады, на которых казаки смещали войсковых старшин и избирали новых. Кроме того, на радах расматривались наиболее важные вопросы, касающиеся всех запорожцев. Войсковая рада по таким вопросам могла созываться в любое время и проходила иным образом. Самым важным из них был вопрос войны и мира. Поэтому целесообразно рассмотреть процедуру проведения войсковой рады, решавшей военные вопросы.
Собравшись на майдане, запорожцы заслушивали посла государства, которое предлагало проведение совместных военных действий. Если дело касалось обороны Сечи и ее земель, или военная инициатива исходила от самого товарищества, то перед казаками выступал с речью кошевой атаман. Речь мог держать и любой из запорожцев, пользовавшийся авторитетом товарищества. Затем проходило общее обсуждение. Если предложение не находило отклика у запорожцев, рада заканчивалась. Если же предложение поддерживала общая масса сечевиков, то они подбрасывали свои шапки вверх и отбирали 20 представителей, которые должны были обсуждать условия вступления в войну с послом или без него. После обсуждения оглашались его результаты перед всем товариществом и начиналось новое голосование посредством подбрасывания шапок.
У запорожцев существовали собрания и другого рода. К ним относятся старшинские сходки и паланочные рады. Старшинные сходки проводились по секретным, безотлагательным вопросам или для решения малозначительных вопросов, по которым было не целесообразно созывать раду. Паланочные рады собирались в запорожских паланках для решения вопросов местного значения.
Историки по-разному оценивали роль войсковой рады. Так, например, В. А. Голобуцкий возвышал роль старшинских сходок над радами. С этим утверждением довольно трудно согласиться. Особенно, если обратить внимание на исторические свидетельства об агрессивном поведении казаков в отношении старшин на радах и случаях проведения внеочередных рад, на которых управленческий аппарат Запорожской Сечи резко менялся.
Отдельно необходимо отметить роль старейшин в среде запорожцев. "Сивоусые диды" пользовались безмерным уважением и обладали огромным влиянием на радах. Они являлись хранителями обычаев запорожцев. Против их воли не мог принимать важные решения даже запорожский кош. Даже во второй половине XVIII в. старейшины сохраняли свое влияние. Примером этому может быть ответ посланца запорожцев А. А. Головатого в 1744 году на упреки князя Г. А. Потемкина, приведенный А. А. Скальковским: "…кошевой и старшина тому не причиною… кoшевoму и старшинам кучaть стapики, атаманы и войско…".
Судебная система и порядок судопроизводства в Запорожской Сечи были своеобразны. Запорожцы не имели письменных законов, полагаясь на устоявшиеся обычаи. Следует заметить, что наказания у сечевиков были достаточно суровыми. Решения принимались быстро и быстро исполнялись без оформления каких-либо документов. Соучастники наказывались одинаково с исполнителем. Тюрьмы находились как в самой Сечи, так и в паланках. Суд могли проводить: паланковый полковник, паланковая рада, куренной атаман, войсковой судья, кошевой атаман, войсковая рада. Субъект судопроизводства зависел от уровня совершенного преступления и сложности его расследования.