Несмотря на открывшиеся новые обстоятельства и общественный интерес к этому делу, в начале 1910 года судебный следователь прекратил его – за "необнаружением" виновных и за смертью их руководителя. Тогда возмущенный Витте в мае 1910 года отправил П.А. Столыпину письмо, в котором не только подверг критике отношение правительства к расследованию, но и фактически обвинил представителей власти в причастности к организации покушения. Составителем послания был известный присяжный поверенный П.Е. Рейнбот. Предварительно Витте ознакомил с письмом, а также с трехтомным делом о покушении известных юристов, членов Государственного совета А.Ф. Кони, С.С. Манухина, графа К.И. Палена и Н.С. Таганцева.
В письме к Столыпину опальный министр давал понять, что владеет большим объемом информации о высокопоставленных "заказчиках" преступления и только сановный статус удерживает его от обнародования этих данных:
Если бы я был частным лицом, я бы обратился к общественному мнению, напечатал бы акты следственного производства и комментировал их. Положение, которое я занимаю, и все мое прошлое, конечно, совершенно исключают возможность такого образа действий. Но я смею думать, что ‹…› вы примете меры к прекращению террористической и провокационной деятельности тайных организаций, служащих одновременно и правительству, и политическим партиям, руководимым лицами, состоящими на государственной службе, и снабжаемым "темными" деньгами, и этим избавите и других государственных деятелей от того тяжелого положения, в которое я был поставлен.
Иначе говоря, Витте фактически обвинил главу правительства в том, что покушение совершалось с его ведома. По мысли графа, настоящие виновники злодеяния так и не были найдены именно потому, что "правительственные органы обнаружить их и судить не желали". До этого времени сановник не выражал своей позиции открыто. Теперь же он, по-видимому, действительно разуверился в возможности объективного официального расследования, если позволил себе столь резкие выражения. Многие были осведомлены о письменной перепалке председателя правительства и его предшественника. Согласно мемуарам Витте, Столыпин лично подошел к нему в Государственном совете и прямо спросил: "Из вашего письма, граф, я должен сделать одно заключение: или вы меня считаете идиотом, или же вы находите, что я тоже участвовал в покушении на вашу жизнь?" Граф предпочел уклониться от ответа. И хотя, по мнению камергера И.И. Тхоржевского, хорошо знавшего обоих, Столыпин, сам не ладивший с крайними правыми, таких упреков в свой адрес не заслуживал, в результате этого столкновения, по выражению одного из журналистов, "всему Петербургу стало ясно, что бомбу подкинул Столыпин по приказу свыше".
Действительно ли император дал распоряжение взорвать дом опального реформатора? Исходя из показаний от 1917 года Пруссакова, секретаря Дубровина, последний незадолго до покушения несколько раз просил его раздобыть подробный план дома графа. Якобы это было желанием некоей "августейшей особы", которую интересовали компрометирующие документы из библиотеки Витте. Хотя в 1909 году секретарь не мог открыто назвать следствию заказчика преступления, Временному правительству он признался, что под "августейшей особой" подразумевал не кого иного, как Николая II. За выполнение этого поручения Пруссакову была обещана награда в 1 тыс. рублей или звание потомственного почетного гражданина. И от того, и от другого секретарь Дубровина отказался. Когда же случилось происшествие с Витте, Пруссаков убедился, что план был нужен вовсе не для обыска, а для закладывания бомб. Достоверность подобного свидетельства нельзя проверить на основании имеющихся источников. А потому мне эти показания представляются сомнительными. Более того, в 1917 году новой власти было выгодно представить бывшего царя в неприглядном свете. Но нельзя отрицать, что император внимательно следил за ходом судебного процесса над убийцами Иоллоса и Герценштейна и потворствовал руководству "Союза русского народа", препятствуя объективному расследованию.
В ответном письме от декабря 1910 года (спустя семь месяцев) Столыпин опроверг выдвинутые графом обвинения. Тогда же, в декабре, Витте послал Столыпину новое письмо, в котором, ввиду разногласий между ними, предложил устроить сенаторскую ревизию. Председатель правительства перенаправил запрос министру юстиции И.Г. Щегловитову, решив, как он выразился, "положить конец этой комедии". Дело было передано на рассмотрение императора: "…пускай резолюция Его Величества поставит наконец на этом деле точку". Рассмотрение в Совете министров состоялось в январе 1911 года, а 22 февраля на соответствующем Особом журнале Совета министров Николай II наложил резолюцию: "Никаких неправильностей в действиях властей административных, судебных и полицейских я не усматриваю. Дело это считаю законченным". С тактической точки зрения ход Столыпина был беспроигрышным. Зная неприязнь императора к отставному реформатору, а также позицию Николая II по отношению к расследованию иных преступлений черносотенцев, предугадать его реакцию не составляло труда.
Витте, в отличие от монарха и премьера, не считал дело о покушении законченным. Оспаривать вердикт императора он не мог, поэтому перешел к тактике закулисной борьбы, действуя через журналистов. В мае 1911 года он отправил документы, касавшиеся их переписки со Столыпиным, сотруднику "Нового времени" Меньшикову. Тот откликнулся: "Очень благодарю Вас ‹…› за документы. Они в бытовом отношении и политическом очень интересны. Признаю, что Вы обижены, и вспоминаю, как прав я был, советуя Вам в свое время притянуть к суду с полдесятка клеветников". Весной 1912 года, накануне выборов в IV Государственную думу, граф решил действовать публично.
В мае 1912 года редакция газеты "Биржевые ведомости" планировала опубликовать ряд статей о покушении и ходе его расследования. 10 мая вышла первая из них, объемом в целый газетный лист и озаглавленная "Граф С.Ю. Витте и юстиция. История покушения на графа Витте". В этом сенсационном материале подробно излагалась суть дела и, кроме того, говорилось: "Прошло некоторое время, вдруг судебное следствие, начатое столь энергично и давшее такие интересные результаты, внезапно прекратилось, чтобы уж более не возобновляться. Что же такое случилось? А случилось вот что… Дело грозило разоблачениями такого характера, таким громким скандалом, что решено было его потушить".
Должно было выйти еще несколько статей, однако эта газетная публикация привлекла внимание ДП как имеющая целью "дискредитировать в глазах общества действия правительства" и спровоцировала судебное расследование. Сотрудникам департамента удалось установить, что автором заметки, заявленной как редакционная, являлся журналист А. Стембо. Он был арестован, в ходе дознания выяснилось, что материалом для его публикации послужили рукописи чиновника земского отдела Министерства внутренних дел Б.П. Башинского. При обыске у Стембо были обнаружены и черновики еще не вышедших статей, в которых приводились доказательства того, что убийства Иоллоса, Герценштейна и взрыв в доме графа Витте были организованы с ведома правительства.
Материалами для публикации послужили и сообщения газеты "Русь" от 1906 года, а также данные, собранные адвокатом вдовы Герценштейна. Собирая сведения об убийстве депутата, адвокат попутно составил материал и о покушении на графа Витте и передал ему для разработки. Выяснилось, что материалы для наиболее острой статьи (единственной напечатанной из трех) Стембо получил лично от графа Витте через А.В. Руманова, заведующего петербургским отделом газеты "Русское слово". В ноябре 1912 года Руманов также подвергся аресту. Реформатор же в духе тактики "закулисных влияний" ничем не выдал своей причастности к произошедшему. Напротив, в письме своему секретарю, Н.С. Поморину, граф утверждал, будто бы сам он не в курсе этой истории: "Что насчет Руманова, то мне его жаль. Конечно, он не революционер, он даже искренний слуга правительства и человек доброжелательный. Он, наверное, попался на репортерских и корреспондентских хитростях, которые и я несколько раз имел случай подчеркивать. Тут он мог явиться некорректным – и попался. Так, по крайней мере, я думаю, насколько его понимаю". Предположение о причастности руководства "Союза русского народа" к покушению на Витте так и осталось в обществе на уровне основной, но официально не признанной версии.
Опальный реформатор не умерял своей активности. Очередная статья о покушении, на этот раз целиком основанная на материалах графа, была опубликована журналистом Львовым (Клячко) в 1914 году. Тремя годами ранее, в 1911-м, диктуя стенографистке текст своих мемуаров, Витте выразил готовность опубликовать переписку со Столыпиным еще при собственной жизни, так как после кончины Столыпина она "не составляет уже такого особого секрета". Однако политическая конъюнктура, а также надежды на новое возвышение заставили его изменить намерения. Позднее Клячко признался, что во время работы над статьей он был связан с Витте непосредственно. Более того, граф ознакомил его с содержанием уже полностью готовых к тому времени мемуаров. Опальный реформатор дал Клячко возможность снять копию с переписки со Столыпиным, но взял с него слово пока не пользоваться этими документами в печати. Витте готовил еще ряд подобных публикаций (которые, однако, не дошли до печати), стремясь действовать и через других своих агентов, и даже поддерживал среди верных ему журналистов своего рода конкуренцию.
История с разоблачениями, связанными с покушением на Витте, продолжилась после его смерти в 1915 году. Уже в марте того же года (одновременно с опубликованием некрологов отставному реформатору!) в журнале "Русская мысль" вышла еще одна статья Львова, в которой содержались выдержки из имеющихся у него копий переписки двух премьеров. Одновременно этой темы коснулся и приближенный к Витте американский журналист Г. Бернштейн. В еврейской газете "The Day" (Нью-Йорк) в конце того же месяца появилась большая статья (опубликованная в нескольких номерах) с сенсационным заголовком "Письма графа Витте открывают строжайшие секреты кабинетов высших сановников в России! Царский первый министр обвиняет Столыпина в организации заговора убить его". Бернштейн публиковал выдержки из своей многолетней переписки с отставным министром, в том числе цитировались слова Витте о закулисной стороне событий восьмилетней давности: "Русские сановники, принимавшие участие в этом заговоре, не дерзают открыть аттентат ‹…› прижатые к стене доктор Дубровин со своей кликой вынуждены будут назвать премьера Столыпина и других государственных сановников как лиц, хотевших устранить меня с дороги. Вот, как теперь видите, в данном случае открыть истину – далеко не в интересах господствующих классов".
Можно утверждать, что между Витте и близкими к нему журналистами существовала договоренность, согласно которой подобные материалы можно было опубликовать только после его смерти. Появление похожих публикаций в двух разных концах света свидетельствует в пользу этой версии. Обнародование откровенно скандальных и неприятных для императора материалов при жизни Витте поставило бы крест на его надеждах вновь вернуться в политику. С другой стороны, вероятно, что у Клячко был и свой расчет: статья в "Русской мысли" отражала оппозиционные тенденции в общественных настроениях.
Антиправительственная заостренность этого дела привлекала не только либералов. Уже после Февральской революции 1917 года была организована Чрезвычайная следственная комиссия (далее – ЧСК) по расследованию преступлений свергнутого режима, и сюжет с покушением на Витте (а особенно – с судебным расследованием) стал удобен для дискредитации системы царского правосудия. В ходе дознания подтвердилась версия о причастности Петербургского охранного отделения к организации попытки взорвать дом Витте, а также выяснились некоторые неизвестные до того времени детали. Это дело привлекло внимание и в СССР: оно идеально подошло для иллюстрации злоупотреблений "полицейско-монархического режима", ведь целью террористов при попустительстве властей в данном случае был один из столпов дореволюционной государственности – царский министр Витте. В 1926 году выдержки из материалов перепечатал один из популярных журналов, а в 1929-м материалы расследования ЧСК, а также переписка Витте и Столыпина вышли в рамках издания о черносотенных организациях.