Наконец, больше всего М. П. Погодин стремился "очистить" облик Годунова от самых тяжелых исторических обвинений в вечном прикреплении крестьян к своим владельцам. Историк отрицательно отвечал на вопрос, сформулированный им в заголовке статьи "Должно ли считать Бориса Годунова основателем крепостного права?". По мнению М. П. Погодина (не столь далекому от истины), в закрепощении крестьян на рубеже XVI–XVII веков были виноваты "обстоятельства", никакого закона о прикреплении крестьян к земле, принятого при участии правителя Бориса Годунова, не существовало. Статья М. П. Погодина была ответом исторического публициста, включившегося в обсуждение великой Крестьянской реформы 1861 года. Историк прежде всего использовал удобный повод, чтобы защитить своего любимого исторического героя.
Две линии восприятия Бориса Годунова - обвинительная и оправдательная - часто пересекались друге другом. Дмитрий Петрович Бутурлин, автор первой "Истории Смутного времени в России", вслед за Погодиным, тоже считал эпоху царя Федора Ивановича "счастливейшим" временем для России. Однако Борис Годунов у него все-таки "хитрый и честолюбивый вельможа", по "воле" которого был убит царевич Дмитрий и введено крепостное право. В "Повествовании о России" Николая Сергеевича Арцыбашева разноречивые сведения источников складываются в более чем благоприятный портрет Бориса Годунова, но историк не умолчал и об отрицательных чертах "Правителя": "Он - одаренный превосходными красотою, умом и весьма сильным красноречием - властвуя, делал много удивительного, и никто из вельмож Российских не мог уподобляться ему ни телесной наружностью, ни рассуждениями; однако был лукав, властолюбив". Восстанавливая историческую канву событий, связанных со смертью царевича Дмитрия, Н. С. Арцыбашев полностью доверился Угличскому следственному делу, присоединившись к версии о случайной гибели последнего сына Ивана Грозного.
С темой магистерской диссертации "Об историческом значении царствования Бориса Годунова" вступил в 1849 году на историческое поприще Платон Васильевич Павлов. Он предложил по-новому посмотреть на Годунова как на правителя, в определенный момент решавшего самые насущные задачи. В соответствии с обсуждавшейся тогда концепцией перехода родового быта в государственный, П. В. Павлов последовательно показывает, как внутренняя и внешняя политика Бориса Годунова привела "к благосостоянию той державы, над которой он властвовал". Все это позволяло сделать итоговый вывод о том, что Годунов "превосходно выполнил свое призвание". В ряду тех, кто стремился "очистить" облик Годунова, может быть назван и Николай Полозов. Он признавался, что всегда со скорбью смотрел на "полуразрушенную, сиротеющую и как бы отверженную гробницу Годуновых" в Троице-Сергиевом монастыре. Но чувство сострадания, конечно, не может заменить отсутствия исторических аргументов при решении старого вопроса о "вине" Бориса Годунова в убийстве царевича Дмитрия.
Новой вехой в изучении годуновской эпохи стала "История России с древнейших времен" Сергея Михайловича Соловьева. В 7-м и 8-м томах его труда, впервые опубликованных в 1857–1858 годах, Борису Годунову уделено немало страниц. С. М. Соловьев изначально оговаривается, что "считает непозволительным для историка приписывать историческому лицу побуждения именно ненравственные, когда на это нет никаких доказательств". Следуя своему правилу, Соловьев сомневался во многих обвинениях, адресованных Борису Годунову. Однако ссылаясь на летописи, автор "Истории России" вынужден был говорить, что на пути к власти правитель "пролил много крови неповинной". Соблюдая, насколько возможно, беспристрастность, С. М. Соловьев приводил благоприятный отзыв современника о Борисе Годунове. Но дальше, подробно, с опорой на архивные документы характеризуя "правительственную деятельность" времен царя Федора Иоанновича, историк показал, как "честолюбие" Годунова все больше влияло на дела государства.
Говоря о роковой для династии Рюриковичей гибели царевича Дмитрия, историк определенно оказывается на стороне обвинения, хотя читатель подводится к этой мысли только исподволь. Соловьев считал, что достичь могущества Годунову помогла определенная работа "сосредоточения власти", проведенная "прежними государями". Однако будущее было "страшно" для "достигшего первенства" Бориса: "тем страшнее, чем выше было положение его настоящее. У Феодора не было сына, при котором бы Годунов, как дядя, мог надеяться сохранить прежнее значение…" При этом Борис Годунов не был единственным, кто должен был "бояться за свое будущее". Среди них оказывались те, кто был "обязан выгодами своего положения Годунову", и другие вельможи, по решению которых царевич Дмитрий и его родственники Нагие были отправлены "в изгнание". Следствие по делу о гибели царевича Дмитрия Соловьев считал "недобросовестным". "Не ясно ли видно, - писал он в "Истории России", - как спешили собрать побольше свидетельств о том, что царевич зарезался сам в припадке падучей болезни, не обращая внимания на противоречия и на укрытие главных обстоятельств". Поэтому Соловьев склонен был согласиться с отразившимся в летописях общим указанием на Годунова как виновника смерти царевича: "Собор обвинил Нагих; но в народе винили Бориса, а народ памятлив и любит с событием, особенно его поразившим, соединять и все другие важные события".
Взойдя на трон, Борис Годунов, с точки зрения С. М. Соловьева, оказался недостоин царского венца, был "подозрителен", "мелкодушен" и не ценил силу народного избрания. Ему недоставало "нравственного величия". В начале царствования он еще успел что-то сделать и "был всем любезен", но в итоге пал "вследствие негодования чиноначальников Русской земли". Общая оценка Соловьева неутешительна: "Годунов не мог уподобиться древним царям, не мог явиться царем на престоле и упрочить себя и потомство свое на нем по неуменью нравственно возвыситься в уровень своему высокому положению". Историк по-новому размышлял о причинах потрясений начала XVII века, думая, что уже в характере Бориса Годунова "заключалась возможность начала Смуты". Однако Соловьев не торопился связывать Смутное время с "запрещением крестьянского выхода, сделанным Годуновым". Все основные события Смуты произошли позднее и были обусловлены другими обстоятельствами, на которые царь Борис Федорович уже не влиял.
Погодинская линия оправдания Бориса Годунова, от которой отказывался Соловьев, хотя и была основательно поколеблена, но не исчезла вовсе. В опубликованных в журнале "Русская беседа" отзывах Константина Сергеевича Аксакова на 7-й и 8-й тома "Истории России с древнейших времен" С. М. Соловьева были справедливо подчеркнуты известные противоречия в подходах историка к годуновской эпохе. Знаменитый упрек публициста-славянофила К. С. Аксакова автору "Истории России" - "не заметил одного: Русского народа" - предопределил критические оценки соловьевского труда. Константин Аксаков писал о том, что Соловьев фактически прошел мимо вопроса о закрепощении крестьян. Рассматривая следствие по делу о гибели царевича Дмитрия, рецензент, напротив, был убежден, что оно сумело разобраться в случившемся: "царевич убился сам". Это уже дальше родилось "убеждение народное" о насильственной смерти царевича Дмитрия, в итоге сокрушившее династию Годунова. Аксаков не соглашается с отзывами Соловьева, даже там, где тот, по своему обыкновению, следует за источниками и пересказывает их: "Мнение почтенного профессора о Борисе носит характер какого-то предубеждения, и, странно, предубеждения тревожного. Он преследует его, как личный враг, ловит его на словах, привязывается к нему на каждом шагу". Константин Аксаков обращает внимание на другое - Борис оказался на вершине власти в совершенно особое время, и оказался достоин задач своего века. Привлекательным, с точки зрения Аксакова, было стремление Бориса Годунова к "общению" с другими державами, хотя, по большей части и не принятое ими. С увлечением Константин Аксаков говорит о движении к "просвещению", намечавшемся в годуновское царствование. Общий вывод Аксакова: "Борис невиновен в злодействе, которое ему приписывают, - и это главное".
Понимая, что одного категоричного утверждения в защиту Годунова недостаточно, Константин Аксаков стремится объяснить, как все-таки случилось, что при всех известных добродетелях "народ" отверг царя Бориса. Упоминая о подозрительности и преследовании Борисом Годуновым своих врагов, Аксаков склонен объяснять их обстоятельствами времени. Сам же царь Борис у него досужий государь, то есть способный к делу: "Поставленный на историческом пути, на одном из крутых его поворотов, умный, строгий, деятельный Борис понес на себе все следствия такого положения своего, понес на себе историческое подозрение и историческую клевету - плоды тогдашней преходящей минуты. Сделав добро, какое мог, и желав сделать еще более, чего не успел сделать, Борис пал, сшибленный с ног потоком событий, и увлек за собою все свое прекрасное семейство: и просвещенного, высоконравственного сына, и дочь, и жену".
В представлении К. С. Аксакова получалось, что время управляло Борисом Годуновым, а не он влиял на него. Публицист, увлеченный общей идеей о значении Земли в русской истории, ранее полемизировал с С. М. Соловьевым по поводу земских соборов, но о соборе 1598 года почему-то не вспомнил. То, как был организован этот избирательный собор, обвинители царя Бориса Федоровича всегда считали доказательством общего, неискреннего направления годуновской политики. Ярко об этом сказал Иван Дмитриевич Беляев в речи о земских соборах в 1867 году (при праздновании столетнего юбилея екатерининской "Уложенной комиссии"): "Борис Феодорович, избранный в цари наружно подстроенным собором, а отнюдь не голосом всей Русской земли, в продолжение всего своего царствования ни разу не осмелился обратиться к этому голосу, хотя в наставшие смутные времена, очевидно имел нужду в этом голосе, и с тем погиб, а за ним погибло и все его семейство".
В 1860-е годы происходил явный всплеск интереса к фигуре Бориса Годунова. Конечно, это можно связать с общим историческим ренессансом, когда пали табу на освещение многих тем и появилась возможность открытого обсуждения прежних династических тайн. В такие времена театр обычно опережает исследования историков, не стали исключением фигуры царя Федора Ивановича, его жены царицы Ирины, Бориса Годунова, князей Шуйских. Все они стали персонажами великой исторической трилогии Алексея Константиновича Толстого "Смерть Иоанна Грозного", "Царь Федор Иоаннович", "Царь Борис". Обладая тонким пониманием русской истории, автор сумел показать совершенно новых, непривычных для публики героев, хотя и с давно знакомыми именами. Годунов в начале трилогии предстает у А. К. Толстого "гениальным честолюбцем"; драматург раскрыл его характер в замечаниях, адресованных постановщикам и актерам: "Честолюбие Годунова столь же неограниченно, как властолюбие Иоанна, но с ним соединено искреннее желание добра, и Годунов добивается власти с твердым намерением воспользоваться ею ко благу земли. Эта любовь к добру не есть, впрочем, идеальная, и Годунов сам себя обманывает, если он думает, что любит добро для добра. Он любит его потому, что светлый и здоровый ум его показывает ему добро как первое условие благоустройства земли, которое одно составляет его страсть, к которому он чувствует такое же призвание, как великий виртуоз к музыке" (Проект постановки на сцену трагедии "Смерть Иоанна Грозного"). Все три пьесы выстроены вокруг действий главного героя - Годунова, объясняя его путь к власти.
Во второй части трилогии царская семья показана в ранее не привлекавших внимания обстоятельствах семейной драмы. Происками князей Шуйских готовится развод царя с Ириной Годуновой ("Аринушкой") и устранение от власти ее брата Бориса (правда, вопреки историческим фактам, события эти перенесены в 1591 год, чтобы совместить их по времени со смертью царевича Дмитрия). Слабости и немощи царя Федора Иоанновича преображены силой его действий, соответствовавших нравственному долгу, "веданию сердца человека". Но ему трудно сопротивляться воле того, кому он сам поручил царство. "Я царь или не царь?" - вынужден спрашивать Федор Иоаннович Годунова. Царь Федор стремится помирить враждующих князей Шуйских и Годунова, он обращается к Борису Годунову:
Шурин, даже грустно
Мне слышать это: тот сторонник Шуйских,
А этот твой! Когда ж я доживу,
Что вместе все одной Руси лишь будут
Сторонники?
Борис Годунов показан А. К. Толстым умным, но все-таки расчетливым царедворцем, нарушающим клятвы, стремящимся подчинить своим интересам даже сестру, царицу Ирину Федоровну (конечно, их размолвка домыслена драматургом). В итоге, когда царь Федор Иванович пытается взять на себя управление страной, то не выдерживает тяжести этой ноши и вынужден возвратиться к прежнему порядку. Узнав о гибели князя Ивана Петровича Шуйского и царевича Дмитрия, царь Федор Иванович примиряется с Годуновым, но лишь потому, что Годунову в очередной раз удается вести себя так, чтобы добрый сердцем царь Федор ничего не заподозрил. А. К. Толстой не оставляет сомнений в неискренности решения Бориса Годунова послать князя Василия Шуйского для расследования дела о смерти царевича Дмитрия:
Шурин!
Прости меня! Я грешен пред тобой!
Прости меня - мои смешались мысли -
Я путаюсь - я правду от неправды
Не отличу!
Драма царя Бориса Годунова в последней пьесе, посвященной временам его царствования, оказывается связана со смертью царевича Дмитрия. Это то самое зло, в котором есть прямая вина Годунова. По крайней мере он не препятствовал совершиться угличскому убийству в оправдание принятой на себя миссии укрепления и защиты интересов царства. Автор трилогии очень искусно, со знанием многих исторических подробностей показывает Бориса Годунова как царя милостивого, щедрого, избегающего расправ, любимого подданными. Но его итог не утешителен: царь не выносит тяжести известий о появлении царевича Дмитрия; картина неискренней боярской присяги его сыну царевичу Федору завершает сцены "Царя Бориса", и Годунов умирает. Никакие государственные интересы и "земли русской слава" не отменят содеянного злодейства.
Осенью 1868 года Модест Петрович Мусоргский приступил к работе над либретто своей оперы "Борис Годунов". Он начал ее сценой избрания Бориса на царство в Новодевичьем монастыре, еще раз напомнив об одном из главных упреков Борису - организатору собственного избрания на Земском соборе. Согнанный приставами люд "рыдал", призывая на трон Годунова, не очень понимая, зачем нужна была эта комедия. И без того одинокие голоса защитников исторического наследства Бориса Годунова, конечно, окончательно поблекли на фоне оперных арий. Сначала великое слово пушкинской трагедии, а потом драматические сцены А. К. Толстого и музыкальные образы М. П. Мусоргского не оставили Годунову возможности оправдаться. Но парадокс в том, что они же подарили Борису Годунову то, к чему он стремился больше всего, - мирскую славу, обессмертив историю царя Бориса так, как сам он не мог бы себе и представить.
Одним из собеседников Мусоргского в период работы над либретто оперы "Борис Годунов" был историк Николай Иванович Костомаров. Его труд об эпохе Смутного времени дополнил новыми штрихами рассказ о последних годах правления царя Бориса. В период борьбы с самозванцем Борис Годунов уже не так деятелен и энергичен, как раньше. Его военные и дипломатические шаги неудачны, Борис сам жил затворником и хотел, чтобы в государстве никто не говорил о Дмитрии. Он учредил крепкие заставы, никого не пропускал из-за границы и верил по-прежнему одним доносам, из-за чего в государстве множились вражда и недоверие друг к другу. По словам историка, "притворяясь спокойным, Борис с каждым днем опускался. Могущество его падало - он видел: русская земля не терпела его, - он знал это и не старался более примириться с нею".