Два первых года царствования Бориса Годунова оказались лучшим временем его правления. Обстоятельства благоприятствовали ему, страна успокоилась и признала нового царя. Не возникло сложностей и с признанием его царского титула прежними союзниками, для извещения которых были отправлены специальные посольства. В мае 1600 года в наказе послу Григорию Микулину, отбывавшему в Англию, весь процесс передачи власти Годунову от умершего царя Федора Ивановича был описан во вполне устоявшихся формулах. Все происходило "по Божией воле и по его царскому приказу и по благословению сестры нашие, великие государыни благоверные и христолюбивые царицы великой княгини иноки Александры Федоровны всеа Русии, и по челобитью и по прошенью святейшаго Иова, патриарха Московскаго и всеа Русии, и митрополитов, и архиепископов, и епископов, и всего освященного вселенского собора; также царей и царевичей и многих государских детей розных государств, которые ныне под нашею царскою высокою рукою нам служат; и бояр наших и околничих, и князей, и воевод, и дворян, и приказных людей и детей боярских, и всяких служилых людей всех государств Росийского царствия; и гостей и всего народа крестьянского". Здесь перечислены все, кто согласился и принял Бориса Годунова как своего царя: вдова царя Федора Ивановича, патриарх с "вселенским" собором, "царевичи", участвовавшие в Серпуховском походе, члены Боярской думы, все служилые "чины", приказные судьи, гости и весь народ. Именно поэтому царь Борис Федорович "по древнему обычаю" учинился "самодержцом и венчался царским венцом и диадимою" и принял "скифетро Росийского царствия".
Как именно управлять страной после многих лет фактического правления, не представляло для Бориса Годунова никакого секрета. Просто теперь, став царем, он действовал решительнее, без всякой оглядки на тех, кто мог не соглашаться с его решениями. И он сделал так, чтобы никто не остался без его благодеяний. Кроме упоминавшегося расширения состава Боярской думы, увеличения жалованья служилым людям, были приняты и другие меры. Для патриарха и всего духовного чина, сыгравшего особую роль в избрании Бориса Годунова на царство, настало время подтверждения прежних льгот и получения новых. Царь Борис Федорович отменил ограничительные постановления о "тарханах", принятые на соборах последних лет царствования Грозного царя. Множество иммунитетных грамот, "подписанных" на имя царя Бориса, долгое время сохранялось в архивах епархий и монастырей.
1 апреля 1599 года царь Борис Годунов издал указ, "как ему, государю, своего дела и земскова беречи от крымские украины". Он решительно изменил порядок назначения на службу в полки, ежегодно весной выдвигавшиеся по линии городов на юго-западе и юго-востоке государства для защиты столицы от возможных набегов крымского царя. Царь отказался от прежнего порядка организации полков, с помощью которого он одержал свои "серпуховские" победы. Отныне распределение полков "берегового" разряда в Серпухове, Алексине, Калуге, Коломне и Кашире уходило в прошлое ("а на берегу вперед розряду не быть"). Новый царь почувствовал себя в силах отодвинуть передовую линию дальше от Москвы. Со времени указа 1599 года центром сбора нового Украинного разряда стала Тула, где располагался Большой полк. Передовой полк назначался в Дедилов, а сторожевой - в Крапивну. Главное преимущество такой системы состояло в том, что центром сбора войск становился город, имевший - в числе немногих - каменные укрепления. Кроме того, тульские оружейные мастера получили неиссякаемый рынок сбыта за счет заказчиков, каждое лето тысячами съезжавшихся на службу в полки поместной конницы. Позднее распределение полков Украинного разряда было подкорректировано. Появилось его разделение на "Большой разряд" и собственно "украинный разряд". По-прежнему Большому полку велено было быть на Туле, полк "правой руки" стоял в Крапивне, полк "левой руки" - в Веневе, передовой полк остался в Дедилове, а сторожевой поставили в Епифани. Большой, передовой и сторожевой полки "украинного разряда" перемещались еще дальше на линию Мценск - Новосиль - Орел.
В 1600 году началось "посадское строенье" в Московском государстве. Многие жители городов и купцы, торговавшие в городах различными товарами, страдали от конкуренции со стороны живших на посадах крестьян привилегированных землевладельцев и монастырей. Царь Борис стремился упорядочить уплату налогов, переводя таких "беломестцев" на посаде в "черные", то есть тягловые, сотни. Именно со времени его царствования стало понятно, кого считать горожанами и каковы "признаки городского сословия". Такими признаками стали "посадская старина", длительное проживание на посаде или родство с городскими жителями, наличие в городе торга и промысла.
Царь Борис Федорович стремился упорядочить статус холопов в Московском государстве, так как многие свободные люди "по старине" служили добровольно в слугах у тех, кто их мог прокормить. Все это создавало угрозу для войска, основанного на принципе набора "поспевавших" в службу дворянских недорослей. Какая же выгода такому пятнадцатилетнему сыну боярскому начинать полную опасностей и превратностей воинскую службу, если есть возможность более сытного существования в крупных боярских и княжеских дворах? В последующем такие холопы из уездных детей боярских служили на административных должностях в крупных "боярщинах". Именно с этого времени принимаются специальные административные меры, которые под угрозой наказания вплоть до смертной казни запрещают верстание в дети боярские, то есть служилые люди "по отечеству", детей, братьев, племянников тех, кто не имел права служить в полках поместной конницы: "…и всяких холопей, и стрельцов, и казаков, и крестьянских, и стрелецких, и казацких детей и всяких неслужилых отцов детей одноконечно не верстать". Добровольных же холопов нужно было перевести на положение кабальных, что сильно понижало их статус в обществе.
Словом, политика царя Бориса Годунова в начале его царствования действительно сделала его популярным и привлекла к нему подданных. Даже те, кто потом "прозрел" и стал обвинять царя во всех мыслимых и немыслимых грехах, не могли скрыть того, что в Москву пришла пусть короткая, но все-таки эра благоденствия. "Двоелетнему же времяни прешедшу, - писал келарь Авраамий Палицын в своем "Сказании", - и всеми благинями Росия цветяше. Царь же Борис о всяком благочествии и о исправлении всех нужных царьству вещей зело печашеся, по словеси же своему о бедных и о нищих крепце промышляше и милость к таковым велика от него бываше, злых же людей лют изгубляше, - и таковых ради строений всенародных всем любезен бысть". Об этом же говорил в своей "Повести" князь Иван Михайлович Катырев-Ростовский: "И потом утвердися рука его на всем Московском царстве, и нападе страх и трепет велий на вся люди, и начата ему верно служити от мала даже и до велика".
Царь Борис Федорович оживил дипломатические контакты. Все иностранные державы давно привыкли иметь с ним дело - еще с тех пор, когда он был только "лордом-правителем" для западных дипломатов и "большим визирем" для восточных. В первые же годы царствования был осуществлен обмен посольствами с императором Священной Римской империи, Англией и другими странами. Английские торговые люди, которых представлял Иван Ульянов (Джон Меррик), получили подтверждение права на беспошлинную торговлю и новую грамоту, уже за "золотою печатью", отвезенную королеве Елизавете I. Как писал о годуновском царствовании тот же князь Иван Михайлович Катырев-Ростовский, "и подаде ему Бог время тихо и безмятежно от всех окрестных государств, мнози же ему подручны быша, и возвыси руку его Бог, яко и прежних великих государей, и наипаче".
Царь Борис Годунов набирал на службу иностранцев - докторов, рудознатцев, "которые знают находити руду золотую и серебряную", часовых дел мастеров. Он понимал, что могло привлечь их к нему, и потому смело зазывал в Московское государство только лучших специалистов, зная, что нигде в мире их не могли пожаловать таким сказочным богатством, как это делал русский царь. Уже в декабре 1598 года царь писал английской королеве Елизавете I об отпуске из ее государства "дохторов", "оптекарей", "мудрых и мастеровых людей". Однако добраться до Московского царства оказалось не так-то просто. Один из английских докторов, вынужденный оставить в дороге все свои снадобья и книги, объяснял в Посольском приказе: "Нас, дохторов, к Москве нигде не пропускают".
Особенно выделял Борис Годунов контакты с Любеком, одним из городов древнего торгового Ганзейского союза. В наказе Роману Бекману, отправленному 24 октября 1600 года в Любек "к бурмистром, и к ратманом, и к полатником", говорилось о том, чтобы разыскали и наняли на службу доктора Ягана Фазмана. Посланец царя должен был прежде всего разузнать: "каков он к дохтурскому делу с иными дохторы, гораздо ли навычен, и кто иных дохторов есть в Любке навычных, и есть ли того дохтора Ягана к дохторскому делу лутче или он изо всех лутчей? Да будет он лутчей и Роману об нем и говорить; а будет иные дохторы в Любке есть горазде его, и Роману по тому буймистром, и ратманом и полатником говорити, которой дохтор лутче, того б ко государю царю и великому князю Борису Федоровичу все Русии и послали". Действительно, после этого несколько докторов из Любека, Риги и Кёнигсберга приехали к царю Борису Годунову и составили небольшую, но привилегированную колонию царских медиков. "Немцы" в борьбе за места на придворной службе потеснили даже англичан. Приехавшие вместе с возвратившимся из Англии посланником Григорием Микулиным несколько серебряных дел мастеров вынуждены были уехать на родину летом 1602 года. Вопреки обещаниям, они получали только обычный корм и в итоге оказались "наги и босы". И всё по причине того, что, как им объяснили, их служба оказалась не нужна: у царя Бориса Федоровича "немец мастеров и золотых и серебряных гораздо много". Рассказали Борису Годунову и про жившего в Любеке некоего часовника, "родом агличенина", у которого предлагалось сторговать затейливые "часы боевые, стоячие, с бои, и с перечасьи, и с планитами, и с алманаками, бьют перед часы перечасья во многие колоколы, как бы поют многими гласы, а в те поры выходят люди, а стоят те часы в костеле". Давний друг и "любитель" англичан и других иностранцев хорошо знал, что больше всего страшило иноземцев или, как их обобщенно называли, "немцев", в России: потеря свободы и невозможность вернуться на родину. Поэтому докторам и другим набранным мастерам давалось царское обещание о "поволности": "приехать и отъехать волно без всякого задержанья". Опасная грамота была заранее послана и к часовщику, делавшему часы с движущимися фигурами: "что приехать ему и назад отъехать со всеми животы поволно без всякого задержанья".
Через пару лет сам бургомистр Любека господин Конрад Гермерс прибыл в Московское государство с посольством - налаживать торговые дела и получить привилегии для Ганзы. 3 апреля 1603 года царь Борис Годунов встречал в Кремле в Золотой палате "послов любских немцев от ратманов да от полатников". Известие об этом приеме сохранилось также в "Отчете о поездке Ганзейского посольства из Любека в Москву и Новгород в 1603 году", составленном любекским секретарем Иоганном Брамберхом. Посольство успешно завершило свою миссию, при отпуске послы выслушали милостивую речь царя Бориса Федоровича, переданную через посольского дьяка: "а именно, что его царское величество, не в пример прочим народам всего мира, городу Любеку дарует свою милость и привилегии, согласно с нашим желанием, простирая над нами, наравне с своими подданными, свою царскую руку для нашей защиты, и что повелел он снабдить свою царскую привилегию большою золотою печатью". Все это обещало очень большую выгоду как для Любека, избранного царем Борисом в качестве "окна в Европу", так и для Московского государства, активно приглашавшего иностранцев на службу.
Свидетельства о принятии иноземцев на службу в России оставил немецкий наемник Конрад Буссов в "Московской хронике". Он описал свой приезд в Россию из Ливонии, где некоторое время был ревизором земель, отвоеванных Швецией у Речи Посполитой. Превратности новой польско-шведской войны заставили ливонских немцев искать счастья в Московском государстве. 13 декабря 1601 года Конрада Буссова и других выходцев из Ливонии принял сам царь Борис Годунов вместе со своим сыном царевичем Федором Борисовичем. В речи, обращенной к "иноземцам из Римской империи, немцам из Лифляндии, немцам из Шведского королевства", царь приглашал их на службу, обещая щедрое жалованье: "Мы дадим вам снова втрое больше того, что вы там имели. Вас, дворяне, мы сделаем князьями, а вас, мещане и дети служилых людей, - боярами. И ваши латыши и кучера будут в нашей стране тоже свободными людьми". Служилым иноземцам было обещано особое царское покровительство, они становились не обычными подданными, царь сам обещался судить их по разным делам, они могли сохранять свою веру и отправлять богослужения. Все, что им нужно было сделать, - так это принять присягу, причем ее текст, насколько можно судить по изложению Конрада Буссова, не отличался от той крестоцеловальной записи, на которой присягали царю Борису в Московском государстве при его вступлении на престол. Чтобы обаять иностранцев, Борис Годунов даже употребил почти тот самый жест с последней "срачицей", который когда-то неприятно удивил Авраамия Палицына. Только на этот раз, обещая покровительство иноземцам, царь, по словам Конрада Буссова, "прикоснулся пальцами к своему жемчужному ожерелью и сказал: "Даже если придется поделиться с вами и этим".
При царе Борисе Федоровиче первые русские дворяне поехали на Запад учиться наукам. Полагают даже, что Борис Годунов готов был завести университеты в России. Правда, восходит это мнение к письму лиценциата прав из Гамбурга Товия Лонциуса, процитированному впервые Н. М. Карамзиным в примечаниях к "Истории государства Российского". Услышав о желании царя нанять "ученых людей и художников", Товий Лонциус обратился с письмом к Борису Годунову 24 января 1601 года, предлагая свои услуги. Он учтиво хвалил намерение царя потратить "бочки золота" на учреждение "школ и университетов", однако судил об этом только со слов своего собеседника, выполнявшего поручение по набору специалистов в Европе. О том, что у иностранцев было достаточно смутное представление о намерениях Бориса Годунова, свидетельствует также доклад Луки Паули германскому императору Рудольфу II в 1604 году. О деятельности московского царя здесь говорилось так: "Кроме того, он хотел бы… после открытия доступа в свою страну, основать латинские школы, чтобы юноши городов изучали и упражнялись в латинском и других языках". Школы, в представлениях побывавшего в Москве современника, были только частью обширной программы намеченных реформ. Лука Паули писал в своем докладе о реформаторских намерениях Бориса Годунова, собиравшегося "привести свою обширную страну (которая во многих местах очень опустела) в лучшее состояние, освободить своих подданных и людей по немецким и другим обычаям от большой тяготы, ига и вялости, ввести и даровать старым и богатым городам свободу, полицию и порядок, а для поддержания суда и справедливости ввести гражданское управление.