Историкам становилось всё более очевидным, что Годунова судят по приписываемым ему намерениям, а не в связи с фактами или доказательствами его вины. Казалось бы, услышано давнее восклицание Николая Михайловича Карамзина, высказанное в "Исторических воспоминаниях… на пути к Троице": "Что если мы клевещем на сей пепел, если несправедливо терзаем память человека, веря ложным мнениям, принятым в летопись бессмыслием или враждою?" Однако и тех, кто оставался при своем мнении, устоявшемся за долгое время, тоже было немало. Талантливо и стилистически ярко писал о правлении Бориса Годунова историк Казимир Валишевский в книге "Смутное время" (1905). Впрочем, созданный им портрет властолюбца на троне, в каждом шаге стремившегося упрочить свое положение, уже не добавлял ничего нового к привычной исторической картине.
С. Ф. Платонов еще раз обратился к биографии Бориса Годунова в 1920-е годы, поэтому можно проследить развитие взглядов историка на этого незаурядного правителя и политика, высказанных под влиянием пережитой большевистской Смуты 1917 года. В итоге Сергей Федорович Платонов даже ставил задачу "моральной реставрации" облика Бориса, считая ее "прямым долгом исторической науки". Историк писал, продолжая давний спор (а по сути, как оказалось, ставя точку в столкновении мнений по поводу Бориса Годунова в дореволюционной историографии): "Борис умирал, истомленный не борьбою с собственной совестью, на которой не лежало (по мерке того века) никаких особых грехов и преступлений, а борьбою с тяжелейшими условиями его государственной работы. Поставленный во главе правительства в эпоху сложнейшего кризиса, Борис был вынужден мирить непримиримое и соединять несочетаемое. Он умиротворял общество, взволнованное террором Грозного, и в то же время он его крепостил для государственной пользы".
В советской историографии психологические изыскания и реконструкции облика исторических героев, особенно царей, надолго оказались на обочине научного интереса. Официальный глава советских историков Михаил Николаевич Покровский вспоминал о нем прежде всего как об основателе крепостного права, выбранном на царство "помещиками". По мнению Покровского, историческое возмездие настигло царя Бориса в лице "названного Дмитрия", отменившего крепостнические указы прежних лет и начавшего "крестьянскую революцию". Однако посмертный остракизм и разоблачение "взглядов" настигли самого М. Н. Покровского. Одним из следствий отказа от "идей Покровского" стало переиздание "Очерков по истории Смуты" С. Ф. Платонова в 1937 году. В результате снова появилась возможность сверить новейшие представления историков советской школы с лучшим научным опытом освещения событий рубежа XVI–XVII веков. Показательно, что в самом первом выпуске "Исторических записок", в том же 1937 году, была опубликована статья Константина Васильевича Базилевича об образе Бориса Годунова "в изображении А. С. Пушкина".
И все же на долгие годы история Бориса Годунова стала частью темы "отмены Юрьева дня". Сказалось искажающее вторжение в науку идеологии и навязывания ей исключительно истории борьбы "классов". Хотя в результате в работах Степана Борисовича Веселовского и особенно Бориса Дмитриевича Грекова старая тема о влиянии Годунова на закрепощение крестьян была рассмотрена всесторонне, почти с исчерпывающей полнотой. Их вывод о превращении временной меры об отмене Юрьева дня в постоянное правило очень хорошо соответствует известным особенностям русской истории. Впоследствии поиски особого указа, которым было введено крепостное право, продолжил Вадим Иванович Корецкий. Однако при всех признанных археографических талантах историку удалось лишь немного уточнить картину закрепощения в новгородской земле и на юге государства в конце XVI века, но не поколебать взгляды о безуказном введении крепостного права. К Борису Годунову как главному крепостнику Корецкий, естественно, относился отрицательно, показывал недальновидность и противоречивость годуновской политики: "Вышедший из опричной "школы" Ивана IV, он, широко используя демагогию и противопоставляя одних феодалов другим, в значительной мере шел по стопам грозного царя. Однако опричная политика раскола и противопоставления дала трещины уже при Иване IV, а в начале XVII века вообще не могла иметь никаких перспектив на успех".
Имя Бориса Годунова неизбежно упоминалось и при рассмотрении еще одного сюжета - истории гибели царевича Дмитрия. Сопровождавшее эти события выступление угличан, поддержавших Нагих, хорошо вписывалось в общепринятую концепцию классовой борьбы, в соответствии с которой оно считалось восстанием и рассматривалось как проявление социальной розни. Именно от угличской истории 1591 года в итоге был сделан шаг к появлению первой, после полувекового перерыва, биографии Бориса Годунова, написанной Русланом Григорьевичем Скрынниковым в 1978 году. Конечно, советский историографический поворот не прошел бесследно, тем ценнее этот опыт Р. Г. Скрынникова, "возвращавший" из забвения одного из самых ярких героев русской истории. "Кем же в действительности был Борис Годунов? - спрашивал историк. - Какое значение для истории России имела его деятельность?"
Р. Г. Скрынников рассматривал традиционные биографические сюжеты на фоне более общих проблем внутренней и внешней политики Русского государства. Используя научно-популярный жанр, автор "Бориса Годунова" стремился добавить психологизма и яркости в портрет своего героя, то есть сделать то, чего давно не было в советской исторической науке. Книга была встречена с большим интересом, она показала, как велик был запрос на такого рода издания. Однако Скрынников, хотя и был первопроходцем, все-таки стремился развивать слегка подправленную советскую парадигму освещения событий классовой или "социально-политической борьбы". Кроме того, он выстраивал дистанцию между собой и читателем, не всегда раскрывая источник тех или иных своих наблюдений. Заметна и обличительная тенденция, которой отдал дань Р. Г. Скрынников: "Сыграть зловещую роль крепостника суждено было Борису Годунову…" Подводя итоги событиям годуновского правления, историк писал о "крутом переломе", произошедшем в это время: "В стране утвердилось крепостное право. Законы против Юрьева дня доставили Борису поддержку феодальных землевладельцев. Но против него восстали социальные низы. Падение династии Годуновых послужило прологом к грандиозной крестьянской войне, потрясшей феодальное государство до основания".
В продолжение биографической работы о Борисе Годунове Р. Г. Скрынников опубликовал в 1980 году книгу "Россия накануне "смутного времени"". В этой книге многие проблемы истории 1584–1598 годов получили новое освещение. Среди них политическая борьба наследников власти Ивана Грозного, реформа Государева двора, "внешнеполитические успехи", Земский собор 1598 года. Отдал дань Скрынников и традиционным темам борьбы боярства и дворянства, закрепощения крестьян. Дело о гибели царевича Дмитрия, выражаясь юридическим языком, историк "переквалифицировал" в "дело Нагих". Однако концептуально книга Р. Г. Скрынникова об эпохе Бориса Годунова оставалась прежней, она находится в ряду многих обличений этого правителя.
Работы Р. Г. Скрынникова интересно сопоставить с вышедшей посмертно книгой выдающегося знатока русского Средневековья Александра Александровича Зимина. В 1978 году он закончил книгу "В канун грозных потрясений", посвященную событиям последней четверти XVI века, связанным с возвышением и "упрочением власти" Бориса Годунова. Оба историка придерживались сходных взглядов на то, что именно закрепощение крестьян подготовило крестьянскую войну (книга А. А. Зимина даже имела подзаголовок: "Предпосылки первой крестьянской войны в России"). Но Зимин делал акцент на исследование политической борьбы, Борис Годунов у него всегда находится в центре повествования, поэтому его с полным основанием можно назвать главным героем книги. В результате Зимину удалось создать убедительный и в чем-то даже более доказательный, чем у других историков, образ Бориса Годунова (в книге "В канун грозных потрясений" содержится полемика со взглядами Р. Г. Скрынникова). Зиминский Борис Годунов - это, действительно, сложный исторический герой, для характеристики которого мало одних темных красок. Историк сумел объяснить величие Годунова: "Успеху правительственных начинаний в большой мере способствовало то, что управление страной находилось в руках дальновидного и волевого государственного деятеля. Лицемерный и жестокий, когда это вызывалось государственной необходимостью, Годунов мог быть также обаятельным и щедрым. Не спеша, но неуклонно шел Борис к полной концентрации власти в своих руках, завершившейся его восшествием на трон. Он отлично разбирался в тех задачах, которые встали перед страной после того, как Иван Грозный оставил ее в состоянии почти полного разорения. Не торопясь с преобразованиями и во многом продолжая традиции конца предшествующего царствования (создававшиеся при его участии), Годунов основное внимание уделял поискам путей оздоровления экономики и укрепления внешнеполитических позиций страны. Много в этом направлении ему удалось достичь еще до того, как он стал государем "всея Руси"".
Труды Р. Г. Скрынникова и А. А. Зимина об эпохе Бориса Годунова продолжили прерванную академическую традицию; их книги, как некогда работы Соловьева и Костомарова в XIX веке, тоже стали вехами историографии своего времени. Подобных попыток всестороннего изучения политики Русского государства в конце XVI - начале XVII века больше не предпринималось. Хотя достижения последних десятилетий существования советской историографии этим не исчерпываются. Благодаря исследованию Виктора Ивановича Буганова, опубликовавшего разрядные книги, стало возможным подробно восстановить служилую и придворную биографию Бориса Годунова. Специальное исследование о Земском соборе 1598 года было создано Светланой Петровной Мордовиной, подробно раскрывшей состав представительства выборных при избрании царя Бориса на трон. Александр Лазаревич Станиславский разыскал и опубликовал новые источники по истории Государева двора: боярские списки и Роспись русского войска 1604 года, позволившие наглядно представить персональный состав не только Боярской думы, но и всего столичного дворянства времен Бориса Годунова. Большой интерес представляют труды Бориса Николаевича Флори о русско-польских отношениях конца XVI - начала XVII века. Не были забыты и традиционный сюжет закрепощения крестьян (В. И. Корецкий), а также история царевича Дмитрия, разные версии которой были подробно освещены Владимиром Борисовичем Кобриным.
В новейшей историографии наиболее важен труд Андрея Павловича Павлова, посвященный тщательному исследованию изменений в составе Государева двора 1584–1605 годов в связи с политикой Бориса Годунова. Историк начинал изучение эпохи с историографического анализа трудов о Борисе Годунове, всестороннего анализа Утвержденной грамоты 1598 года. А. П. Павлову удалось окончательно устранить старый миф о том, что Годунов опирался в своих расчетах на дворянство, в ущерб боярству. Напротив, оказалось, что Борис Годунов проводил политику в интересах "служилой аристократии", составлявшей большинство Боярской думы. Их функции во власти были не "парадными", а вполне реальными. "Суть политики Бориса Годунова, - пишет А. П. Павлов, - заключалась не в ограничении традиционных прерогатив Думы, а в привлечении на свою сторону бояр, в консолидации знати вокруг трона". В недавнее время историком опубликована работа о правящей элите времен Бориса Годунова и написан раздел об эпохе царя Федора и Бориса Годунова в многотомной Кембриджской "Истории России", изданной под редакцией английской исследовательницы Морин Перри. А. П. Павлов сформулировал концепцию политической борьбы после смерти Ивана Грозного, когда бояре боролись не просто за обладание властью, а за выбор дальнейшего политического развития. Борис Годунов отстаивал сформировавшуюся в годы опричнины "самодержавную" модель, а его противники думали о возвращении к "аристократическому" правлению, с симпатией глядя на порядки соседней Речи Посполитой. Борис Годунов, по справедливой оценке исследователя, был "мудрее" своих оппонентов, он стремился выстроить новую иерархию не на опричных началах, а возвращаясь к идеям "тысячной реформы" 1550 года (об этом говорит законодательство о землевладении московского дворянства конца 1580-х годов). Одновременно были предприняты меры к усилению приказного порядка и воеводского управления на местах. Главной целью внешней политики Бориса Годунова, как пишет Павлов, стало преодоление последствий неудачной Ливонской войны и возвращение престижа Московского государства. Завершая обзор событий правления царя Федора Ивановича и царя Бориса Федоровича, историк призывает помнить, что именно благодаря усилиям Годунова жители Московского государства имели почти двадцатилетний период политической стабильности, частично сопровождавшийся экономическим подъемом. Все это было ярким контрастом с "вакханалией" времен опричнины.