Успех приносили не только торпедные атаки. Подводники применяли артиллерию, а со временем и мины, которые ставили у неприятельских баз. Три раза подводные лодки – "Малютки" скрытно проходили в порт Петсамо. Все больше неприятельских судов выходило из строя, пока гитлеровцы не наладили систему охранения. Со временем подводники начали отмечать потопление неприятельского судна выстрелом из орудия возвращающейся подводной лодки. Первый такой выстрел 19 октября 1941 года из орудия подводной лодки К-2 вызвал недоумение командующего, однако со временем традиция прижилась, а команду лодки-победительницы на берегу ждал жареный поросенок.
16 сентября 1941 года А.Г. Головко произвели в вице-адмиралы.
Несмотря на текучку, командующий оставлял время на раздумья. В дневнике военного времени он отражал свои мысли: "Надо снова продумать всю боевую работу наших лодок. Надо осмотреться, возможно, многое упускаем, что немцы предприняли какие-то меры ПЛО, которые мы не установили, – это ясно. Надо разгадать, какие именно. Боюсь, что тут мины. Глубины позволяют ставить мины у всего побережья. В некоторых местах мины нужны специальные – глубоководные, но все же постановка возможна. Если ориентироваться на мины, то вдоль всего норвежского побережья нельзя плавать. Проще говоря, тогда надо отказаться от боевых действий. Это невозможно. Ведь немцы-то плавают. Стало быть, и нам надо продумать свои действия, просмотреть, изучить пути, по которым ходят корабли противника. И ходить теми же самыми путями".
Со временем, кроме проводки конвоев вдоль своих берегов, в том числе и по Северному морскому пути, флоту пришлось взять на себя охранение внешних конвоев, прибывавших из-за границы с грузами для Советского Союза. Летом – осенью конвои шли на Архангельск. Однако порт замерзал, и пришлось избрать Мурманск.
До конца 1941 года в Кольский залив заходили лишь военные корабли англичан. Союзники 30 июля совершили налет авианосными самолетами на Киркенес и Петсамо, но понесли значительные потери без особых результатов. В августе в Полярное прибыла постоянная английская военно-морская миссия; представители миссии были направлены в Мурманск, доступный из-за теплого течения круглогодично, и Архангельск. Англичане в ноябре 1941 года интересовались возможностями Мурмайского порта. Все это явилось подготовкой к отправке конвоев.
10 декабря Головко записал в дневнике: "Дело явно идет к тому, что конвои будут приходить в Мурманск; отсюда же станут промышлять рыболовные суда. Нужны серьезные мероприятия, чтобы сделать положение коммуникаций более устойчивым. Для конвоев мал запас угля и мазута в Мурманске; его хватает только для нужд самого флота, снабжать из этого количества торговые суда будет очень трудно. В общем, трудностей предвидится много…"
25 декабря он добавил: "Судя по всему, транспортные суда пойдут в Мурманск. Забот теперь не оберешься. Особенно после сообщения о том, что гитлеровцы собираются перебросить на север девять подводных лодок с опытными командирами. Много хлопот доставит снабжение англичан продуктами и нефтью, поскольку самим не хватает".
Первый конвой из 9 судов прибыл 12 января. Так как из порта оборудование вывезли в начале войны и подготовки к приему судов не вели, выгрузка еще не завершилась 17 января, когда прибыл второй конвой. Тогда же появились первые суда, получившие попадания торпед с немецких подводных лодок. Кроме подлодок, германское командование перебросило в порты Норвегии тяжелые корабли, которые использовало против конвоев зимней ночью.
Северный флот располагал небольшими силами. Тем не менее в своей зоне ответственности он обеспечивал безопасность конвоев как надводными и подводными силами, так и авиацией.
Весной и в начале лета 1942 года конвои продолжали идти. Не раз советские моряки вместе с англичанами вступали в бой с неприятельскими кораблями и самолетами, заранее наносили удары по неприятельским базам и самолетам с воздуха.
Удивляясь, как легко союзники принимают решение топить суда с грузами для Советского Союза, получившие повреждения, Головко в дневнике привел пример с транспортом "Старый большевик", который после бомбежки отстал от конвоя, погасил пожар, исправил повреждения и дошел до порта, и написал: "Что же, да послужит этот факт примером всем в союзных конвоях. Ибо он красноречиво отвергает инструкцию об уничтожении поврежденных транспортных судов. Не уничтожать, а защищать, отстаивать и спасать – вот чем следует руководствоваться в своих действиях каждому, кто назвался союзником в совместной борьбе".
В июле 1942 года конвой PQ-17 был обнаружен неприятелем и понес значительные потери. В большей части они стали следствием того, что под угрозой появления линкора "Тирпиц" английское командование приказало охранению конвоя отойти, а судам следовать поодиночке. В итоге многие беззащитные суда стали жертвами авиации и подводных лодок. Советские моряки сделали все возможное, чтобы спасти торговые суда и их моряков. Но для английского правительства этот случай послужил предлогом для прекращения конвоев в самые тяжелые дни боев на советско-германском фронте. Головко считал, что союзники специально позволили германским кораблям прорваться из французских портов, чтобы устранить угрозу их на коммуникациях в Атлантике.
Позднее стало известно, что конвой англичане хотели использовать как приманку, чтобы истребить "Тирпиц" подобно "Бисмарку"; однако германская эскадра, когда стало ясно, что она обнаружена и даже атакована советской подводной лодкой К-21, стрелявшей по "Тирпицу" торпедами, вернулась в базу, и ловушка не сработала.
Летом, пользуясь тем, что Северный флот занимался поиском рассеянных судов PQ-17, германское командование направило подводные лодки для действий на советских коммуникациях в Арктике. Они обстреливали полярные станции на Новой Земле, потопили несколько судов. Еще большей угрозой стал "карманный линкор" "Адмирал Шеер". Он пытался прорваться в Карское море для истребления конвоев, но после боя с "Сибиряковым" 25 августа и защитниками острова Диксон 27 августа отказался от дальнейшего крейсерства и ушел ранее, чем авиация и подводные лодки смогли его атаковать.
К приходу первого осеннего конвоя PQ-18 командование Северного флота приготовилось заранее, развернув на позициях подводные лодки и нанося удары по базам и конвоям противника. В результате принятых мер из 13 погибших судов только одно приходилось на зону ответственности Северного флота. В бою 18 сентября 1942 года у Канина Носа, продолжавшемся 2,5 часа, советские моряки вместе с союзниками отразили атаки бомбардировщиков и торпедоносцев, истребив 15 машин.
Головко на флагманском командном пункте руководил охранением конвоя. Он получал известия о появлении неприятельских подводных лодок, авиации, о движении судов и принимал решения. 19 сентября командующий записал в дневнике:
"Конвой PQ-18 прибыл к месту назначения – на Северодвинский рейд. Из 40 транспортных судов достигли конечного пункта 27. Потеряны: до начала сопровождения нашими кораблями – 12 транспортов, из них 9 были лишь подорваны торпедоносцами и подводными лодками противника, но добиты и уничтожены эскортными кораблями; в операционной зоне Северного флота – один транспорт, также добитый английским эскортным кораблем. Цифры сами говорят за себя…
Два с половиной часа боя у Канина Носа окончательно решили судьбу конвоя. Вечерний налет бомбардировщиков, когда конвой транспортов уже стоял на Мудьюгском рейде, не помог противнику. 24 "юнкерса" были встречены нашими истребителями и в беспорядке сбросили бомбы в воду. Не пострадало ни одно из транспортных судов. Противник потерял два самолета".
14 октября А.Г. Головко встречал лидер "Баку" и эсминцы "Разумный" и "Разъяренный", которые пришли с Тихого океана по Северному морскому пути. Так исполнилась мечта С.О. Макарова и других русских флотоводцев о возможности маневра силами между морскими театрами России.
Прибывшие корабли оказались необходимым подкреплением. Они могли сменить эсминцы, которые не выдерживали штормы на Баренцевом море. В мае у эсминца "Громкий" оторвало носовую оконечность, в ноябре у "Сокрушительного" оторвало корму и в шторм он погиб; удалось снять большую часть экипажа. Этот эпизод, в котором командир корабля Курилех и большинство офицеров оставили эсминец до того, как был спасен экипаж, оказался единственным на Северном флоте и дал основания Головко для заключения: "Поступок Курилеха больше чем личная трусость; это преступление командира, презревшего свой долг – священный долг: думать не о себе, а прежде всего о корабле и людях".
В качестве противоположного примера он привел случай с подводником Ф.А. Видяевым. В походе его подводная лодка подорвалась на мине. Однако моряки держались в море, двигаясь под импровизированным парусом, пока не пришла помощь. Только приказ заставил Видяева оставит обреченную лодку, и уходил он последним. Вторым примером стал случай с летчиком Курзенковым, который был сбит, упал в сугроб без парашюта, но все же смог выйти к своим.
В январе-марте 1943 года на Северный флот прибыло 5 подводных лодок, которые пришли с Тихого океана, обогнув половину земного шара. Подводники сразу включились в боевые действия. Л.М. Сушкин, к примеру, успешно применял тактику торпедного залпа сразу по двум целям.
Успешно действовали и другие тихоокеанцы. В то же время то одна, то другая лодка не возвращалась из похода.
За 9 месяцев 1943 года Северный флот совершил несколько набегов эсминцами и катерами на коммуникации противника. Постоянно дежурили на позициях подводники. Авиация завоевала господство в воздухе на морских коммуникациях противника, а сухопутный фронт окончательно стабилизировался. Однако, после того как весной 1943 года союзники вновь прекратили посылать конвои, а грузы доставляли одиночные суда, для их обеспечения пришлось распылить силы флота. Воспользовавшись этим, германские подводники прорвались в Карское море, ставили мины и действовали торпедами.
Так как организация движения судов в этом районе оставляла желать лучшего, командующий Северным флотом добился упорядочения судоходства, что позволило представлять себе положение судов и организовать их защиту. В частности, посланная к мысу Желания (остров Новая Земля) подводная лодка С-111 капитана 3-го ранга П. И. Егорова обнаружила и потопила германскую субмарину U-639.
Летом 1943 года Северный флот организовал переход группы речных судов из устья Печоры к устью Оби, вывод нескольких групп судов из Арктики в Белое море почти без потерь. Однако в Арктике флот не располагал достаточным числом самолетов и противолодочных кораблей. 10 октября 1943 года Головко вызвали в Ставку, чтобы обсудить предложения по выводу транспортных судов из Арктики и причины гибели судов в Карском море. Командующий объяснил те трудности, с которыми встречается флот в охранении коммуникаций, особенно после прекращения движения союзных конвоев, и предложил оставить транспортные суда в Арктике на зимовку, выведя только ледоколы. На следующую кампанию Северному флоту обещали подкрепление противолодочными кораблями и самолетами. Это было особенно важно, ибо флот не мог выделять более 1–2 кораблей эскорта на 2–3 судна, тогда как германские конвои имели 10–11 эскортных судов на каждый транспорт.
Как бы доказывая, что конвой под охранением кораблей Северного флота доходит до цели безопасно, в октябре-ноябре из Архангельска до губы Белушья под прикрытием двух эсминцев прошел транспорт "Марина Раскова". Несмотря на шторм и потерю руля судном, командир конвоя капитан 2-го ранга А.И. Турин благополучно доставил его к цели. Позднее под конвоем кораблей флота из Карского моря вывели в Архангельск ледоколы.
В ноябре обещания Москвы начали исполнять. Флот получил свыше сотни самолетов, из США прибыли 7 тральщиков и 9 больших охотников. Узнав, что катера пойдут через океан своим ходом, старый моряк-американец сказал: "Только железные люди способны идти осенью через океан на таких утлых, к тому же деревянных суденышках".
Моряки-североморцы уже ранее на деревянных судах добивались успеха. Если до войны считали, что в условиях Севера торпедным катерам действовать невозможно, то практика показала ошибочность прежних взглядов. Начав с 2 катеров, североморцы увеличили их численность до бригады. Расположившись в базе недалеко от фронта, они по сигналу о появлении неприятеля срочно выходили, невзирая на дурную погоду, и наносили неожиданные удары по конвоям противника. Со временем было налажено взаимодействие катеров, подводных лодок и авиации в атаках на неприятельское судоходство.
При методе "нависающей завесы" подводные лодки располагались на позициях вдоль неприятельского побережья и атаковали неприятельские конвои по информации, полученной от воздушной разведки. После атак подводников на конвой нападали катерники и торпедоносная авиация. Эта тактика значительно увеличила эффективность действий на коммуникациях.
В ноябре-декабре 1943 года по настоятельному требованию Сталина возобновились конвои союзников. Для обеспечения их безопасности советская авиация наносила удары по неприятельским аэродромам, подводные лодки развертывали завесой у берегов Норвегии, а надводные корабли обеспечивали непосредственное охранение.
К началу 1944 года Северный флот располагал 23 подводными лодками, лидером, 8 эсминцами, 20 сторожевыми кораблями, 14 торпедными катерами, 63 охотниками и сторожевыми катерами, 36 базовыми и 40 катерами-тральщиками, 353 самолетами. В течение нескольких месяцев поступили от отечественной промышленности и из-за границы по ленд-лизу корабли и самолеты, заметно увеличившие возможности флота. Была даже сформирована эскадра из старых линкора, крейсера и эсминцев, полученных от союзников в счет раздела итальянского флота. Боевую ценность эскадры Головко оценивал низко, а вот увеличение легких сил его радовало.
Чтобы всегда быть в курсе событий, динамик радиосвязи был установлен в кабинете командующего на флагманском командном пункте. По нему Головко следил за боевыми действиями и знал многое раньше, чем приходили донесения. Временами он и сам передавал указания по радио.
По предложению Головко часть торпедных катеров перебазировали к авиабазе в Пумманки, что позволило упростить взаимодействие летчиков и катерников. В результате их действий резко усложнились условия для передвижения германских конвоев в Петсамо.
Германское командование попробовало нанести удар по советским и союзным конвоям, используя новое оружие подводных лодок – шнорхель и акустические электроторпеды, наводящиеся на звук винтов судна. Было потоплено несколько судов и эскортных кораблей. Однако на ход боевых действий единичные успехи повлиять не могли. План перевозок по арктическим трассам был успешно выполнен.
Теперь уже гитлеровцы готовились к обороне заполярных никелевых рудников, обеспечивали свои перевозки.
Отмечая заслуги командующего Северным флотом, 31 марта 1944 года его произвели в адмиралы.
В сентябре-декабре 1944 года советские войска Карельского фронта во взаимодействии с Северным флотом развернули наступление по освобождению Печенгской области и части Северной Норвегии. 8 сентября военный совет флота в соответствии с замыслом наступления разослал директиву. Следовало содействовать наступлению 14-й армии для выхода на Петсамо (Печенгу). Был подготовлен план операции "Вест".
29 сентября Главный морской штаб прислал указание сформировать Печенгскую военно-морскую базу. Но Печенгу еще требовалось взять, и подготовка операции была в разгаре. Северному оборонительному району предстояло прорвать оборону противника на перешейке полуострова Средний и отрезать пути отхода на Петсамо, а для содействия наступлению следовало высадить десанты в тылу противника. 6 октября Петсамо-Киркенесская операция была подготовлена и началась 7 октября. После артподготовки 14-я армия перешла в наступление и продвинулась за день на 4–10 километров. Флот сосредоточивал силы для десанта. В ночь на 9 октября Головко перешел из Полярного на выносной пункт управления в Озерко. Ночью началось наступление морской пехоты. Первоначально был высажен отвлекающий десант в районе мыса Пикшуев Мотовского залива. Две группы десантников высадились при поддержке артиллерии кораблей и береговых батарей. Позднее часть 63-й бригады морской пехоты была высажена на берегу залива Малая Волоковая для наступления во фланг и тыл противника на Среднем и далее на Петсамо. Высадка была проведена с быстроходных катеров. Утром 10 октября десант выдвинулся во фланг противника, что позволило перейти в наступление 12-й бригаде морской пехоты, прорвать позиции врага на Мусту-Тунтури и заставить его начать отход. Высадившийся с 63-й бригадой разведывательный отряд И.П. Барченко-Емельянова прорвался на мыс Крестовый при входе в гавань Лиинахамари перед Петсамо. Десант захватил батареи. При поддержке авиации моряки отбили гитлеровские атаки. Это позволило до полуночи 12 октября высадить десант с быстроходных катеров непосредственно в Лиинахамари. Совместными действиями частей морской пехоты 15 октября город Петсамо (Печенга) был взят, а через сутки по радио передавали приказ Верховного главнокомандующего. В честь победителей салютовала Москва.
После освобождения Петсамо Головко прибыл на катере в порт, где сразу же начали развертывать военно-морскую базу.