В воспоминаниях, возвращаясь к Одессе, Н.Г. Кузнецов считал ее примером "тесного взаимодействия вооруженных сил": "Можно с уверенностью сказать, что Приморская армия не удержала бы Одессу столько времени без моряков, но и сравнительно малочисленные флотские части тоже не смогли бы заполнить всю линию обороны и долго защищать город. Я не говорю уже о том, что значили в те дни боеприпасы и продовольствие, которые доставляли сражавшимся черноморцы…"
Первоначально существовало два командования: Отдельной Приморской армии, подчиненной Южному фронту, и командования Одесской военно-морской базы. Даже когда в начале августа Приморская армия была отрезана от главных сил Южного фронта и Кузнецов предложил назначить руководителем обороны командира военно-морской базы Г.В. Жукова, решение не приняли. Лишь 19 августа, после того как вновь Кузнецов предложил объединить командование, решили организовать Одесский оборонительный район (OOP) под руководством контр-адмирала Жукова. В его подчинении оказались и Приморская армия, и военно-морская база. Благодаря такой структуре город получал всемерную помощь флота. Корабли поддерживали огнем действия сухопутных войск, перевозили подкрепления, с них высадили десант под Григорьевкой 22 сентября. Своевременно принятые меры помешали противнику захватить город и в августе, и в сентябре 1941 года. Одесса могла продолжать оборону. Однако появилась угроза Крыму и Севастополю.
Угроза Крыму возникла уже 12 сентября 1941 года, когда морская батарея у Перекопа сделала первые выстрелы по войскам 11-й армии неприятеля. Главную базу флота с моря обороняли береговые батареи и минные заграждения. Сухопутную оборону города начали строить только летом 1941 года. В сентябре были готовы сотни дотов, дзотов и окопов, но для их обороны следовало иметь 10 тысяч человек. Флот мог выделить половину. Севастополю требовались сухопутные войска. Именно такие обстрелянные войска и могла предоставить Приморская армия. 29 сентября Ставка приняла решение оставить Одессу. В тот же день Кузнецов передал Военному совету Черноморского флота приказ приготовиться к эвакуации, 30 сентября послал телеграмму с рядом практических указаний, основанных на опыте Таллинского прорыва. Так как приказ поступил заблаговременно, эвакуация прошла удивительно спокойно и незаметно. Почти без потерь последним рейсом вывезли более 30 тысяч войск прикрытия. Кузнецов вспоминал: "Войска отошли настолько скрытно, что, когда последний эшелон уже вышел из порта, румыны все еще боялись двинуться к городу".
Пока Приморская армия не прибыла, частям 51-й армии, занимавшим оборону на Перекопском перешейке, флот предоставил зенитную и береговую артиллерию, поддержку авиации и Азовской флотилии, 7-ю бригаду морской пехоты. Так как моряки играли большую роль в Крыму, в трудный период Ставка назначила командующим войсками Крыма заместителя наркома ВМФ вице-адмирала Т.П. Левченко. Но исправить критическую ситуацию не удалось. Кузнецов сетовал: "Перечитывая документы того периода, относящиеся к обороне Крыма, я снова и снова прихожу к выводу, что мне, как Наркому ВМФ, надлежало более настойчиво ставить перед правительством вопрос об организации единого командования в Крыму на случай войны".
Когда войска 11-й немецкой армии прорвали Ишуньские позиции, 51-я армия отступила на Керченский полуостров под давлением противника, который старался отрезать пути отхода советских войск. 28 октября командующий Черноморским флотом Ф.С. Октябрьский отбыл на Кавказ, чтобы готовить базы для перевода кораблей. Приморская армия еще двигалась к Севастополю. Так как наличных сил на позициях (около 12 тысяч человек) оказалось недостаточно, пришлось сформировать батальоны на базе училищ и эвакуированных гарнизонов Евпатории и Тендры.
30 октября береговая батарея № 54 открыла огонь по немецкой танковой колонне. Началась оборона города. В ноябре неприятель наступал на Севастополь, но его отражали защитники. Постепенно к городу прибывали измотанные войска Приморской армии. Несколько дней потребовалось на переформирование. 9 ноября оборона была организована. Левченко назначил командовать Севастопольским оборонительным районом командующего Приморской армией И.Е. Петрова, хотя командующий флотом Ф.С. Октябрьский уже прибыл в главную базу. В начале ноября вице-адмирал Октябрьский получил разрешение Главного морского штаба и наркома ВМФ перевести все силы, не нужные для обороны Севастополя, на Кавказ. Но Октябрьский 4 ноября послал Сталину и Кузнецову телеграмму, в которой официально предлагал перенести командный пункт в Туапсе, оставив руководителем обороны Севастополя Г.В. Жукова. 6 ноября в телеграмме Сталину он сообщал, что вывел основные силы флота из Севастополя. В тот же день поступила телеграмма Левченко об организации Севастопольского и Керченского направлений; на обоих направлениях командование он передал армии и считал допустимым, чтобы Военный совет флота руководил с кавказского побережья.
Кузнецов выступил против смены командования перед штурмом главной базы; он считал, что только командующий флотом способен руководить обороной Севастополя, и послал соответствующую телеграмму в Генеральный штаб. Б.М. Шапошников согласился с ним. 7 ноября завизированный им и Кузнецовым проект директивы был подписан Сталиным и направлен на имя Левченко. В соответствии с директивой Левченко следовало оставаться в Керчи, а руководство обороной Севастополем возлагали на Ф.С. Октябрьского, которому следовало иметь в Туапсе начальника штаба флота. Главной задачей флота стала активная оборона Севастополя и Керченского полуострова, чтобы связать силы неприятеля и не позволить ему переправить войска на Таманский полуостров. Старым крейсерам и эсминцам следовало действовать под Севастополем и в Феодосийском заливе для поддержки сухопутных войск. В помощь армии было разрешено использовать линкор, новые крейсера и Азовскую флотилию. Большую часть авиации следовало перевести на аэродромы Северо-Кавказского военного округа и действовать с них по целям в Крыму. Предстояло эвакуировать из Севастополя и Керчи все лишнее для обороны. Сам нарком ВМФ 7 ноября послал телеграмму Военному совету Черноморского флота с призывом защищать упорно главную базу флота.
В своих воспоминаниях Н.Г. Кузнецов особо остановился на боязни командующих различными флотами потерять дорогостоящие корабли. В результате такой боязни противник получал преимущество, активно используя свои силы. Потому Николай Герасимович считал вполне правильным рисковать линкором и крейсерами для обороны Севастополя, тогда важнейшей задачи. Разумеется, следовало использовать их разумно. Крейсер "Червона Украина" погиб от налета германской авиации после того, как несколько дней стоял на одном месте в бухте, тогда как другие корабли, появлявшиеся в Севастополе для обстрела и сразу уходившие в море, не получали заметных повреждений от действия авиации. Кузнецов писал: "…Мне представлялось правильным артиллерийские корабли уводить в последнюю очередь, хотя их и могла уничтожить авиация противника. Впоследствии, когда военные годы остались позади и оборона Севастополя стала историей, а опытом уже было проверено, как в свое время нужна была корабельная артиллерия для защиты побережья Кавказа, приходилось выслушивать по этому поводу критику в свой адрес. Но я и теперь считаю, что действовал правильно".
11 ноября 11-я немецкая армия предприняла решительный штурм Севастополя. Защитники при поддержке с моря успешно выдержали натиск, и 21 ноября штурм прекратился. Противник не смог взять город с ходу и приступил к осаде.
В ходе кампании 1941 года потребовалось широко использовать для взаимодействия с сухопутными войсками флотилии, как те, что существовали до войны, так и заново организованные.
В ноябре 1941 года Кузнецов побывал в Архангельске. Кроме проблемы защиты союзных конвоев на переходе, потребовалось прикрывать грузы в портах Мурманске и Архангельске от германских атак с воздуха. Рано наступавшая зима потребовала срочно приготовить ледоколы. Этим занималась Беломорская военная флотилия, обеспечивавшая перевозки на севере.
Кроме Беломорской, в 1941 году действовало еще несколько военных флотилий. Одной из первых потребовалось восстановить Ладожскую военную флотилию, которую расформировали после заключения мирного договора с Финляндией. Первоначально флотилия взаимодействовала с сухопутными войсками, а с 12 сентября, когда начались перевозки для блокированного Ленинграда по Ладожскому озеру, основной задачей моряков стало поддержание Дороги жизни, как эту трассу, проходившую летом по воде, а зимой – по льду, называли ленинградцы. Только с 12 сентября по 1 декабря по ней перевезли 40 тысяч человек и более 60 тысяч тонн грузов. Уже налаживали ледовую трассу, а суда продолжали пробиваться сквозь замерзающие воды озера. Несмотря на обстрелы артиллерии и атаки авиации, несмотря на потери, моряки Ладожской флотилии выполняли свой долг. Суда флотилии в ноябре перебросили войска, которые позволили восстановить фронт у Волховстроя. Важность трассы оказалась такова, что ее действия проходили под контролем Ставки, а начальник Генерального штаба Б.М. Шапошников в октябре 1941 года передал Кузнецову слова Сталина, что необходимо увеличить перевозки и уменьшить потери.
С 7 августа до начала осеннего ледостава действовала Онежская военная флотилия, сформированная для поддержки сухопутных войск. Дунайская флотилия оказалась единственной, которая не только не отступала в первые дни войны, но даже перешла в наступление. После отхода с Дуная флотилия не исчезла, ее ядро послужило основой для Азовской флотилии.
Особенно сложно оказалось воевать морякам Пинской военной флотилии. Она была в 1939 году преобразована из Днепровской, когда границу переместили на запад после присоединения к СССР Западной Украины и Западной Белоруссии. По предложению Наркомата ВМФ речные корабли передвинули ближе к новой границе, а командование флотилии расположили в Пинске. Киев, который являлся прежней базой, считали тыловым городом. Морякам флотилии пришлось принять бой на стыке групп германских армий "Юг" и "Центр". Зачастую из-за ненадежной связи моряки флотилии под командованием Д.Д. Рогачева действовали самостоятельно, поддерживая части Красной армии. Последние бои флотилия вела 15–19 сентября под Киевом, в окружении. 5 октября Н.Г. Кузнецов с горечью подписал приказ о расформировании флотилии. Но ее личный состав продолжил борьбу. Расстреляв снаряды, моряки взорвали корабли, воевали на суше; часть их через линию фронта вернулась на флот.
Дальний Восток располагался вдали от линии фронта. Однако Тихоокеанский флот оставался в боевой готовности. Договор о нейтралитете с Японией, подписанный 13 апреля 1941 года, не мог служить гарантией безопасности, как и договор о ненападении с Германией. Только необходимость нанести поражение США и овладеть источниками природных ресурсов в Юго-Восточной Азии сдерживала японцев; на Советский Союз они планировали напасть после успешного завершения войны на Тихом океане. 8 декабря 1941 года Япония объявила о закрытии для мирного судоходства проливов Лаперуза, Сангарского и Корейского, которые она объявила "морскими оборонительными зонами". Японцы топили и захватывали советские суда. Поэтому тихоокеанцам следовало быть начеку. Кузнецову удалось добиться у правительства разрешения поставить минные заграждения; постановки у Владивостока и других военно-морских баз начали только после 12 июля. Минные постановки не привели к политическим осложнениям: Япония готовилась воевать против США. А командованию Тихоокеанского флота было спокойнее укрываться за минно-артиллерийскими позициями.
Нападение японцев на Пёрл-Харбор заставило США вступить в войну. Однако первоначально это мало повлияло на советско-германскую войну, да и опасность со стороны Японии хотя и ослабела, но не исчезла совсем.
По-прежнему в Европе Красная армия вела войну против гитлеровцев в одиночку. Но к новому году положение на фронтах было стабилизировано. Под Москвой германские войска отбросили далеко на запад. На Балтике с помощью флота возникла прочная оборона Ленинграда. На Севере удалось остановить наступление на Мурманск. Переоценив успехи и возможности, Ставка Верховного Главнокомандования сама решила перейти в наступление. Первой целью для флота стал Керченский полуостров.
Нарком ВМФ узнал о том, что намечено вторжение войск Закавказского фронта на Керченский полуостров, только в 20-х числах ноября. Главный морской штаб немедленно приступил к расчетам. Времени на подготовку оказалось недостаточно, но командование Закавказского фронта, Черноморского флота и Азовской флотилии подготовило план, утвержденный 7 декабря Ставкой. Кроме высадок десантов у Керчи и у горы Опук, по предложению флота наметили десант в порту Феодосии.
17 декабря гитлеровцы предприняли решительный штурм Севастополя. Защитникам при поддержке флота удалось остановить неприятельский натиск. Потребовалось отвлечь часть сил от десанта у Керчи и Феодосии для помощи Севастополю. Поэтому высадку пришлось проводить по частям: 26 декабря на северное и восточное побережье и у горы Опук, а 29 декабря – в Феодосии. В результате решительных действий войска 44-й армии освободили Феодосию, а 51-я армия оттеснила противника с Керченского полуострова. Командованию германских войск пришлось прекратить второй штурм Севастополя и перебросить подкрепления под Керчь. Н.Г. Кузнецов высоко оценил значение Керченско-Феодосийской десантной операции. Однако без резервов возможности развить успешную высадку не оказалось. Противник, подтянув войска, в январских боях вернул Феодосию и потеснил части 51-й армии. Кузнецов писал в мемуарах: "…Об этом поучительном примере полезно вспомнить. Внезапный захват города с моря – дело великое, но он далеко еще не венчает выполнения всего задуманного плана. Опыт показывает: удержать захваченный подобным образом город или район побережья иногда бывает не легче, чем занять".
Новый 1942 год Н.Г. Кузнецов встречал дома с женой, которая приехала из Куйбышева, и командующим ВВС Красной армии П.Ф. Жигаревым. Оба военачальника поздравили с Новым годом Сталина. Все были уверены, что впереди год перемен. Сталин в беседе с Г. Гопкинсом, специальным представителем президента США, назвал победу под Москвой началом коренного перелома в войне. Николай Герасимович, как и другие советские люди, был уверен, что Красная армия перейдет в наступление, и в первую очередь войска, высаженные на Керченском полуострове, смогут деблокировать Севастополь и освободить Крым. К началу года восстановили работу государственного аппарата. Главный морской штаб уверенно управлял действиями флота и готовил планы участия флота в намеченных наступательных операциях.
Однако у гитлеровского командования оказались прямо противоположные планы: как можно быстрее овладеть Севастополем, чтобы без помех развернуть наступление на юге. В результате не Красная армия, а германские войска весной 1942 года перешли в наступление, и пришлось от планов наступательных перейти к планированию обороны. Позднее Николай Герасимович писал: "События 1942 года показали, что при более осторожной и точной оценке сил противника, учете нехватки техники в нашей армии в начале 1942 года и уровня подготовки войск нам следовало планировать наступательные операции в более скромных масштабах и тщательнее готовиться к тому, чтобы измотать врага в оборонительных боях, если он предпримет наступление. Чего бывает достаточно для обороны, может оказаться мало на случай наступления! Переход Красной Армии к обороне летом 1942 года совершался в обстановке, не выгодной для нас, при значительном превосходстве сил противника. Потребовались огромные усилия, чтобы остановить его, разгромить под Сталинградом и вынудить к отступлению на других участках фронта. Возможности наших Вооруженных Сил в то время были еще недостаточными, чтобы вести стратегическую оборону и одновременно проводить крупные наступления".