В январе-феврале 1942 года германская авиация наносила такие удары по транспортам, идущим в Севастополь, что пришлось доставлять грузы и пополнения в осажденный город на боевых кораблях. К этому времени возникли проблемы с управлением действиями флота, ибо штаб находился на Кавказе, а командующий Черноморским флотом – в Севастополе. В начале марта Н.Г. Кузнецов доложил лично Сталину о необходимости назначить руководителем обороны Главной базы человека, знакомого со спецификой флота, и предложил направить командующим Севастопольским оборонительным районом генерала С.И. Кабанова, ранее руководившего обороной Ханко. Верховный главнокомандующий уклонился от ответа. В начале апреля начальник Генерального штаба Б.М. Шапошников предложил кандидатуру И.Е. Петрова. В конце апреля Ф.С. Октябрьский на вопрос Кузнецова, согласен ли он, что во главе СОР должен быть моряк, после раздумий ответил отрицательно. И позднее этот вопрос вызывал споры. В воспоминаниях Н.Г. Кузнецов отмечал, что общевойсковой начальник может командовать обороной морской базы, если большая часть действий происходит на суше. Так было на Ханко. В Одессе руководство оставалось за моряками. Кузнецов делал вывод, что успех зависел от личных качеств военачальника, а не от рода войск, к которому он принадлежал.
23 апреля 1942 года Кузнецов вылетел в Краснодар с С.М. Буденным, которого назначили главкомом Северо-Кавказского направления. Прибывший на следующий день Ф.С. Октябрьский доложил о состоянии Черноморского флота. По его мнению, Севастополь должен был устоять, и командующий просил лишь не отвлекать значительные силы Приморской армии для наступления на Симферополь. Побывав в Новороссийске, нарком с Буденным 27 апреля вылетел на Керченский полуостров. Командовавший войсками генерал-лейтенант Д.Т. Козлов доложил о состоянии дел, но вскоре в разговор вмешался представитель Ставки Л.3. Мехлис. Он полностью отрицал возможность успешного наступления немцев и отхода наших войск. К этому времени уже дважды была изменена дата наступления в Крыму. Не хватало транспортных средств, медленно шла разгрузка.
Пока продолжалась подготовка, противник сам перешел в наступление на Керченском полуострове. Кузнецов узнал об этом 8 мая в Поти. Немедленно нарком вылетел на гидросамолете в Новороссийск, затем выехал в Краснодар. Член Военного совета Северо-Кавказского направления адмирал И.С. Исаков сообщил ему, что части 11-й германской армии стараются ликвидировать Керченский плацдарм, чтобы повернуть все силы на Севастополь. Сталин 11 мая через Шапошникова вызвал Кузнецова в Москву. Он приказал Буденному и Исакову выехать на Керченский полуостров. Подступы к плацдарму не были укреплены так, как в Севастополе, и штабу пришлось укрыться в каменоломнях. Так как войска не имели резервов, они не смогли долго сопротивляться натиску противника. Сразу же после прибытия в Керчь после совещания с командующим фронтом Д.Т. Козловым, Мехлисом и другими было принято решение прекратить перевозки грузов для Крымского фронта, весь свободный тоннаж с конвоем из катеров и тральщиков направить в Керчь, немедленно начать эвакуацию тяжелой артиллерии. Исаков распорядился выслать все суда, находившиеся поблизости, вне зависимости от ведомственной принадлежности. 19 мая через Керченский пролив переправили последние части из 120 тысяч эвакуированных войск. Однако в Аджимушкайских каменоломнях до октября 1942 года продолжали сражаться тысячи бойцов.
Ожидали, что противник сразу постарается форсировать Керченский пролив и вторгнется на Таманский полуостров. Однако немецкое командование решило сначала окончательно овладеть Крымом. 7 июня начался третий штурм Севастополя. Неприятель располагал большим превосходством в силе и технике. Перед наступлением неприятельская авиация и артиллерия пять дней наносили удары по позициям защитников. Несмотря на такую подготовку, гитлеровцы не могли первые дни заметно продвинуться. Захваченные ими пункты севастопольцы отбивали в контратаках, восстанавливали разрушенные укрепления.
Севастопольская авиация действовала под огнем артиллерии и бомбежками. Неприятельские торпедные катера и самолеты блокировали Севастополь с моря. В результате значительных потерь в судах грузы и пополнения доставляли на боевых кораблях, потом пришлось ограничиться доставкой самого необходимого на быстроходных кораблях, самолетах и даже подводных лодках. Флот мог принять на свои аэродромы сотню самолетов, перевезти танки, но их недоставало: начиналось наступление неприятеля в направлении Сталинграда. О трудностях с вооружением свидетельствует телеграмма Н.Г. Кузнецова в Ставку с просьбой выслать 5 тысяч винтовок для моряков.
30 июня Кузнецов получил телеграмму Ф.С. Октябрьского о том, что в Севастополе идут уличные бои и более 2–3 дней продержаться невозможно. Нарком ВМФ связался по телефону со Сталиным и получил его разрешение на эвакуацию. 1 июля Военный совет Черноморского флота вылетел в Новороссийск с последнего аэродрома. Однако до 12 июля не имевшие возможности эвакуироваться защитники Главной базы продолжали вести бои.
Позднее И.С. Исаков сказал в разговоре Н.Г. Кузнецову, что, если бы эвакуацию продумали и подготовили заранее, вероятно, удалось бы спасти больше людей и ценностей. Однако возможно ли было в условиях того времени заранее ставить вопрос о подготовке эвакуации, когда следовало драться до последней возможности? Только героическая оборона смогла удержать надолго 11-ю германскую армию в Крыму и не позволить использовать ее при наступлении на Кавказ и к Волге. А это сыграло важную роль в крушении гитлеровских планов.
В условиях господства противника в воздухе невозможно оказалось повторить тот вариант, который получился в Одессе. К моменту эвакуации из Одессы защитники еще далеко не исчерпали возможности обороны. Севастопольцы обратились с телеграммой именно тогда, когда дальнейшую борьбу продолжать стало невозможно. Они выполнили приказ драться до последнего. Возможности прикрыть эвакуацию у них не оставалось. Поэтому спастись и добраться до Кавказа удалось немногим.
После взятия Севастополя германские войска развернули наступление на Кавказ и Сталинград. Важнейшими целями для них стали Новороссийск и Туапсе – порты, необходимые для снабжения. Однако здесь гитлеровцев ждало разочарование. Несмотря на то что германская авиация еще с весны бомбила Новороссийск (один из этих налетов видел сам Кузнецов 26 апреля 1942 года), неприятель не заставил отказаться от использования порта. Неудачные бои на Керченском полуострове побудили Ставку принять меры к обороне Таманского полуострова и подступов к Новороссийску и Туапсе. И хотя неприятель не форсировал пролив вслед за отступившими войсками Крымского фронта, укрепления пригодились в августе, когда встала угроза Кавказу. Сталин сказал Кузнецову: "Немцы не должны завладеть Новороссийском". 17 августа был создан Новороссийский оборонительный район (НОР), а в конце месяца ему уже пришлось принять натиск противника. Город защищали совместно войска армии и моряки. Ценой больших потерь гитлеровцам удалось взять почти весь город, но советские войска удержали берег Цемесской бухты на окраине Новороссийска. Артиллерия простреливала акваторию. Из-за этого противнику так и не удалось воспользоваться портом. Туапсе гитлеровцам вообще не удалось взять. Их остановили на Гойтхском перевале.
На Севере фронт стабилизировался. Более того, для отвлечения внимания противника от проведения наступательных операций на других участках фронта, в первую очередь в Крыму, наметили провести небольшое наступление: силами 14-й армии прорвать фронт на рубеже реки Большая Лица и двинуться на запад. Для содействия наступлению 28 апреля высадили десант на мысе Пикшуев, который занял значительный плацдарм. Однако 14-я армия не смогла продвинуться, и десанту пришлось перейти к обороне. Флот продолжал артиллерийским огнем кораблей и береговых батарей поддерживать сухопутные войска.
Так как оборону Полярного и Кольского заливов Ставка возложила по предложению Наркомата ВМФ на Северный флот, в конце июля 1942 года организовали Северный оборонительный район под командованием генерал-лейтенанта береговой службы С.И. Кабанова. Организация СОР способствовала улучшению взаимодействия с 14-й армией. Линия фронта практически не менялась. Это позволило флоту заниматься традиционными задачами.
Одной из важнейших явилась борьба по пресечению коммуникаций противника. В условиях бездорожья грузы и подкрепления германским войскам можно было подвозить только морем. Для борьбы с судоходством использовали в первую очередь подводные лодки, сведенные в бригаду из четырех дивизионов во главе с опытными командирами. Подводники, действуя вдоль широкой полосы побережья, вынуждали противника распылять противолодочные силы. Они не только патрулировали на позиции в море, но и прорывались в неприятельские базы. Подводные лодки Северного флота пользовались торпедным оружием, ставили мины на фарватерах, которыми ходили вражеские суда, а при необходимости использовали и корабельную артиллерию. Подводные лодки Д-3, К-22, М-171, М-174 первыми в советском ВМФ получили звания гвардейских. Наряду с подводниками на коммуникациях противника действовали торпедные катера, эсминцы, а также авиация. Уже к зиме 1941/42 года неприятель почувствовал необходимость защищать свои перевозки. С декабря он начал минные постановки, чтобы преградить путь подводным лодкам к судоходным путям. Суда стали идти под прикрытием кораблей и авиации. В результате советские подводники, в 1941 году не имевшие потерь, за 1942 год лишились девяти подводных лодок.
Зимой 1941/42 года германское командование перевело на Север линкор "Тирпиц" и другие крупные корабли, увеличило до 520 число самолетов. Однако вырос и состав Северного флота за счет кораблей и самолетов, переброшенных с других флотов. Соотношение сил менялось в пользу Северного флота. Все было сделано, чтобы флот мог выполнять наиболее важную теперь задачу – обеспечение проводки конвоев. Кроме внутренних конвоев, позволявших доставлять необходимые грузы в заполярные порты Сибири, предстояло охранять конвои, прибывавшие из-за границы с военными грузами.
1942 год стал началом массовых перевозок военных грузов союзников через северные моря. В этот период Кузнецову не раз приходилось разговаривать с английскими и американскими морскими представителями. Все чаще разговоры касались конвоев. Для обеспечения их переходов в Архангельске и Мурманске работали английские и американские представители.
Конвои 1941–1943 годов формировали в портах Лox-Ю, Скапа-Флоу (Англия) и Рейкьявик (Исландия). В 1942 году численность судов в конвоях доходила до сорока. Конвои шли мимо островов Ян-Майен и Медвежий в Мурманск и Архангельск. Корабли от эсминца и ниже осуществляли круговое охранение судов от нападения подводных лодок и авиации. Ближнее прикрытие от надводных кораблей противника осуществлял обычно отряд крейсеров. При необходимости защитить конвой от нападения крупных кораблей неприятеля создавали отряд дальнего прикрытия из крейсеров, линкоров и авианосцев. Союзники обеспечивали переход до подступов к советским портам. Осенью 1942 года была установлена разграничительная линия по меридиану 18 (позднее 20) градусов, за которой лежала зона ответственности Северного флота. Командование флота самостоятельно решало конкретные вопросы движения конвоев с отделениями английской морской миссии в Полярном и Архангельске; те имели свои радиостанции и сообщали советскому командованию о выходе и перемещении конвоя.
С наступлением весны и полярного дня потери возросли до 10 процентов состава судов, тем более что гитлеровцы, понявшие, что блицкриг не получился, выделили значительные силы для борьбы с северными конвоями. Черчилль считал, что необходимо прервать отправку конвоев до наступления полярной ночи. Под его влиянием британское адмиралтейство пыталось прекратить посылать суда. Кузнецову не раз приходилось сообщать в Ставку Верховного Главнокомандования о таких попытках. Он же готовил проекты телеграмм советскому представителю в Англии или непосредственно Черчиллю.
Скандальный случай произошел летом 1942 года с конвоем PQ-17. 34 транспорта с охранением оставили Исландию 27 июня. Отряд адмирала Гамильтона из 4 крейсеров и 3 эсминцев прикрывал конвой от надводных кораблей. Для дополнительного прикрытия конвоя сосредоточили линкоры "Дюк оф Йорк" и "Вашингтон", авианосец "Викториес", 2 крейсера и 14 эсминцев адмирала Д. Тови. Советские подводные лодки развернули в линию на случай выхода "Тирпица" в море. Сил было достаточно даже на случай появления мощного германского линкора. Более того, существовал замысел заманить "Тирпиц" под удар линейных кораблей и авианосной авиации. Однако начальник английского морского штаба адмирал Д. Паунд не хотел рисковать крупными кораблями. Он запретил эскадре Тови заходить восточнее Медвежьего острова. Узнав о выходе в море "Тирпица", Паунд приказал силам прикрытия отойти на запад. Гамильтон перестарался и отозвал корабли непосредственного охранения конвоя. Позднее стало известно, что "Тирпиц" с прикрытием был обнаружен английской авиацией и советской подводной лодкой К-21, которая выпустила четыре торпеды. Германское командование приказало эскадре возвращаться. Но конвой оставался без прикрытия. В итоге тихоходные транспорты попали под удары подводных лодок и авиации. Погибло 24 судна. Уменьшить потери удалось лишь после вступления конвоя в зону действия Северного флота. Кузнецов заключил описание гибели конвоя: "Крупные потери транспортов в конвое PQ-17 не раз потом были предметом официальных и частных разговоров. Как я уже отмечал, наши союзники имели все основания не уклоняться от встречи с "Тирпицем" и, если потребуется, принять бой. Во время таких разговоров вспоминались и случаи оставления отдельных транспортов без достаточного прикрытия, имевшие место и в нашем флоте. Конечно, подходя к делу с чисто военной стороны, надо сказать, что обстоятельства иногда заставляют жертвовать отдельными кораблями, как транспортными, так и боевыми, чтобы не понести еще больших потерь. Но нельзя сбрасывать со счетов моральную сторону вопроса. Мы всегда придерживались принципа – не оставлять в беде товарищей по плаванию, особенно если они не вооружены".
Гибель конвоя PQ-17 вызвала понятное недовольство Сталина, которому Кузнецов доложил, что у англичан не было оснований оставлять конвой без охранения. Черчилль же воспользовался этим эпизодом, чтобы прекратить движение конвоев до осени, и предлагал увеличить поставки через Иран. Однако как раз в это время Советский Союз вел тяжелые бои с наступавшими германскими войсками и нуждался в притоке военных материалов. Поэтому 23 июля Сталин заявил в письме Черчиллю протест, он писал о том, что наша страна несет гораздо более тяжелые потери. Черчиллю пришлось реагировать. 31 июля прибыло письмо, в котором премьер-министр сообщал о том, что очередной конвой из 40 судов будет отправлен в начале сентября, но предупредил о возможных потерях двух третей судов.
Конвой PQ-18 вышел из Исландии только 7 сентября. В английской зоне обеспечения он потерял 13 транспортов, в советской – только 1. Тем не менее британское адмиралтейство отказалось посылать конвои, и по предложению советского командования перевозки производили одиночные транспорты, шедшие без охранения. С октября 1942 по февраль 1943 года из 40 одиночных судов погибло 6 союзных и 4 советских транспорта.
В конце 1942 года Кузнецов получил разрешение вновь побывать на Северном флоте. Он увидел, что флот основательно приготовился к борьбе с неприятелем. Командные пункты укрыли в скалах. Скалы служили маскировкой и некоторой защитой стоявшим у них кораблям. Полярная ночь способствовала проводке конвоев. Однако льды в Архангельске и неприятельские бомбардировки с воздуха Мурманска затрудняли разгрузку судов. В годы войны потребовалось организовать и конвойную службу для судов, переходивших из порта в порт у северных берегов Советского Союза. Перевозками в Арктике руководил уполномоченный Государственного Комитета Обороны и начальник Главсевморпути контр-адмирал И.Д. Папанин, известный полярник. Он не раз обращался за помощью к флоту. К весне 1942 года Беломорскую флотилию пополнили кораблями; для проводки судов в Карском море существовал отряд Карского моря из кораблей, береговых батарей и самолетов. Уже в начале войны Папанин просил у Кузнецова несколько пушек для защиты острова Диксон. В 1942 году эти пушки пригодились.