1903 – в первых трех номерах "Нового пути" публикуется "Судьба Гоголя". Помимо того, наличие "своего" журнала позволяет Мережковскому опубликовать "крамольный" реферат "Толстой и Русская Церковь" (№ 2). Выходит отдельное издание второго тома "Л. Толстого и Достоевского" и переиздается первый том. В этом же году трактат "Л. Толстой и Достоевский" издается и во Франции (перевод М. Э. Прозора). Мережковский напряженно работает над "Петром и Алексеем" и публикует отрывок из романа в очередном выпуске "Северных цветов". В марте против Религиозно-философских собраний выступает о. Иоанн Кронштадтский. 2 апреля в газете "Заря" появляется статья писательницы Н. А. Лухмановой "Кто дал им право?" с требованием запретить Религиозно-философские собрания. 3 апреля (Великий четверг) Мережковский, пытаясь уладить дело, посещает Александро-Невскую лавру и на лестнице проваливается в стеклянный люк, сильно порезавшись. 5 апреля Мережковским сообщают о намерении властей запретить Религиозно-философские собрания, и 19 апреля проходит последнее, двадцать второе заседание. Протоколы заседаний до конца года появляются в "Новом пути", однако и издание журнала "повисло на волоске": П. П. Перцов заявил о своем желании "ликвидировать дело". В середине мая Мережковский и Гиппиус посещают В. Я. Брюсова в московском издательстве "Скорпион". Летом Мережковские снимают дачу под Лугой по соседству с Поликсеной Соловьевой-Allegro. Дмитрий Сергеевич много беседует с ней о ее покойном брате-философе (В. С. Соловьев скончался в 1900 году). В начале июля Дягилев предлагает Мережковским объединить "Мир искусства" и "Новый путь", создав новый "большой" журнал. Для переговоров Мережковские приезжают в Петербург, где встречаются с Дягилевым, Философовым и А. П. Чеховым, однако данный "проект" не состоялся из-за нежелания Чехова сотрудничать с проповедниками "неохристианства". Во второй половине июля на даче у Мережковских гостит П. П. Перцов, которого они убеждают в необходимости продолжить работу в "Новом пути". В сентябре Мережковские возвращаются в Петербург. 10 октября скоропостижно умирает А. С. Гиппиус, теща писателя. Во время похорон Мережковскому и Гиппиус много помогает Философов, который теперь окончательно остается в их "орбите". "Дягилевский кружок" к этому времени распался и журнал "Мир искусства" прекратил существование. "Новый путь", несмотря на трудности, решено продолжать: подписку спасает обещанный в новом году роман "Петр и Алексей".
1904 – 14 января японский флот атаковал русские корабли "Варяг" и "Кореец", началась война России с Японией. В Петербурге война в первые месяцы не ощущается и продолжается мирная жизнь. В "Новом пути" публикуется "Петр и Алексей" (№ 1–5 и № 9– 12). Помимо того в журнале в этом году выходят статьи Мережковского "Новый Вавилон" (№ 3) и "О свободе слова" (№ 10). Зимой Мережковский много общается с вдовой Достоевского, которая соглашается отдать в "Новый путь" неизданные материалы писателя и его записные книжки. Это придает журналу особый "академический" статус. Однако все треволнения этих месяцев пагубно сказались на здоровье Мережковского: у него начала развиваться нервная болезнь и по совету известного врача-психиатра И. С. Мержеевского он уезжает из Петербурга. В начале февраля Мережковские в сопровождении Философова отбывают на Иматру. После возвращения восстановленного "троебратства" в Петербург Философов занимает в редакции "Нового пути" (переехавшей к этому времени в Саперный переулок, 10) место отошедшего от дел Перцова. В марте секретарем редакции "Нового пути" вместо Е. А. Егорова становится поэт Г. И. Чулков. В мае Мережковские уезжают в Берхтесгаден (Австрия) и по пути заезжают на два дня (11–12 мая) в Ясную Поляну, где беседуют с Л. Н. Толстым. В Россию они возвращаются в августе и сразу уезжают на дачу в Гатчину. Сестры Гиппиус Татьяна и Наталья переселяются после смерти матери в дом Мурузи, поэтому вернувшиеся в город в октябре Мережковские занимают здесь новую, более просторную квартиру. Осенью – зимой особо активизируется их общение с "апокалиптиками" Блоком и Андреем Белым (последний во время частых поездок из Москвы в Петербург останавливается у Мережковских). Если начало японской войны Мережковский встретил равнодушно, то теперь его и Гиппиус охватывает предчувствие грядущей революционной катастрофы. В этот сезон фактическое руководство журналом "Новый путь" переходит к группе молодых философов-идеалистов во главе с Н. А. Бердяевым (на следующий год они попытаются продолжить журнал под новым названием – "Вопросы жизни"; февраль-декабрь 1905). Оставив издательские хлопоты, Мережковские начинают сотрудничать в брюсовских "Весах". В этом году отдельными изданиями переизданы переводы греческих трагедий и романа Лонгуса "Дафнис и Хлоя", а также переиздана книга "Любовь сильнее смерти". В "Скорпионе" выходит "Собрание стихов" Мережковского.
1905 – 5 января Философов окончательно переезжает в дом Мурузи. 9 января после расстрела шествия рабочих Мережковские, Философов и гостивший у них Андрей Белый устраивают с помощью студентов "протест" в Александринском театре, а затем – слушают речь Г. А. Гапона в Вольно-экономическом обществе. Несколько дней после этого Мережковский ожидает ареста. В журналах "Полярная звезда" и "Вопросы жизни" на протяжении года появляются первые из его "мистико-революционных" статей, среди них – "Грядущий Хам". 1–2 мая русский флот разгромлен японским в Цусимском сражении. В мае "троебратство" едет в Крым, откуда Философов возвращается в Петербург, а Мережковские отправляются в Константинополь, затем – на Принцевы острова. В Одессе, куда они прибывают из этого морского путешествия, Мережковский встречает раненых офицеров-портартурцев и потрясен их "ненормальным" видом. Летом Мережковские и Философов живут в имении Кобрино под Петербургом. Под воздействием событий лета, прежде всего – поражения России в войне с Японией, Мережковский стремительно "левеет". 29 июля в беседе с Гиппиус он говорит, что окончательно уверился в "антихристианской" сущности русского самодержавия. Тогда же он высказывает мысль, что для "переоценки ценностей" "троебратству" необходимо на несколько лет покинуть Россию. Осенью в Петербурге Мережковские и Философов ведут бурную общественную жизнь, знакомятся с революционерами, в том числе – с А. М. Коллонтай. 17 октября Мережковский приветствует введение гражданских свобод, однако симпатии его уже на стороне "радикальных" революционеров, прежде всего – эсеров. С октября начинает функционировать салон на "башне" Вяч. И. Иванова, который посещают Мережковские. На эту осень приходится и внезапный роман Мережковского с "оргиасткой" Л. Н. Вилькиной, из-за которого вновь чуть не рухнуло "троебратство". В конце года ведется работа над поэмой "Старинные октавы", публикация которой состоится в московском журнале "Золотое руно" (№ 1–4) в следующем, 1906 году.
1906 – в январе Мережковский живет в санатории "Каскад" близ Иматры, где, по заказу А. Г. Достоевской, пишет вводную статью для готовящегося юбилейного собрания сочинений Ф. М. Достоевского – "Пророк русской революции". 24 января он возвращается в Петербург на премьеру "Антигоны" в Александринском театре. 18 февраля Мережковский читает статью "Пророк русской революции" в зале Тенишевского училища, после чего возмущенная Анна Григорьевна аннулирует заказ. Статья публикуется в "Весах" (№ 2, 3), а после издается отдельной брошюрой. Выходят книга "Гоголь и черт" и сборник статей "Грядущий Хам", а также переиздаются прежние издания: "вся" трилогия "Христос и Антихрист", "Вечные спутники", переводы (ежегодные переиздания разных произведений Мережковского с этого времени вплоть до 1917 года становятся регулярными, поэтому далее упоминаться не будут). В первые месяцы года Мережковские, Философов, Бердяев и С. Н. Булгаков пытаются создать группу "Меч" и проектируют издание одноименного журнала на базе брюсовских "Весов". В. Я. Брюсов такой проект вежливо отклоняет. Весной Мережковские и Философов осуществляют прошлогодний план: в конце февраля Философов уезжает во Францию, чтобы найти жилье (он снимает квартиру на rue Theophile Gautier, 15-bis), а в марте Мережковский и Гиппиус отправляются в "добровольное изгнанье". В квартире в доме Мурузи остаются сестры Гиппиус и А. В. Карташев. В Париже Мережковские и Философов до конца марта обустраивают новое жилье, а на апрель все трое уезжают на Ривьеру, в Сан-Рафаэль и Канны. Здесь втроем встречают Пасху "на горе над морем" ("было жутко и одиноко до ужаса", как вспоминал Философов). В начале мая "троебратство" возвращается в Париж и приступает к осуществлению "миссии в Европе". За границей Мережковские пытаются создать собственную редакцию "Анархия и Теократия" и в процессе этой работы создают коллективный сборник "Le Tsar et la Revolution" (выйдет в Париже в 1907 году). Второй проект – сборник "Меч" ("Der Schwert") в мюнхенском издательстве Пипера – остается неосуществленным. Тогда же Мережковские и Философов начинают сотрудничать в журнале "Mercure de France". В это время они посещают А. Франса и деятелей католического "модернизма". В июле ненадолго уезжают в Бретань, а осенью снимают виллу в Pierrefond в Компьенских лесах. Здесь завершается работа над сборником "Le Tsar et la Revolutions В ноябре в Париже к Мережковским и Философову присоединяется Андрей Белый, переживающий глубокий душевный кризис после драматической любовной истории с Л. Д. Блок. Осенью – зимой Мережковский знакомится с П. А. Кропоткиным, Г. В. Плехановым, встречается и с "рядовыми" революционерами-эмигрантами, беглыми солдатами, матросами-"потемкинцами" и др.
1907– "европейский" новый год начинается с трагикомического визита к Мережковским Н. С. Гумилёва 7 января (н. ст.), закончившегося изгнанием поэта. 17 февраля Андрей Белый знакомит Мережковских с лидером французских социалистов Ж. Жоресом, с которым соседствовал в парижском пансионе. Мережковские активно общаются с русским литературно-художественным Парижем – К. Д. Бальмонтом, Н. М. Минским, А. Н. Бенуа, М. С. Безобразовой. У них часто бывают Б. В. Савинков и И. И. Фондаминский; общение с этими представителями эсеровского террористического подполья подвигает Мережковского на выступление с лекцией "О насилии", которую он с огромным успехом читает 21 февраля в Salle d'Orient. Весной Мережковские посещают лекцию Р. Штейнера, а после встречаются с основоположником антропософии у М. А. Волошина (Мережковский спорил со Штейнером о Евангелии). Пасху "троебратство" встречает на этот раз по-православному, с куличом и крашеными яйцами. Мережковский начинает вплотную работать над пьесой "Павел I" – первой частью новой трилогии "Царство Зверя". В июле Мережковские и Философов едут в Германию: "в горы, потом в Баден, потом в Гамбург". В августе Мережковский и Гиппиус поддерживают бойкот журнала "Золотое руно", объявленный "группой Брюсова", и посылают в редакции крупнейших русских газет письма об отказе сотрудничать в издании Н. П. Рябушинского. Летом – осенью Мережковский, Гиппиус и Философов пишут драму о русской революции и эмиграции "Маков цвет", которая выходит в "Русской мысли" (№ 11). До того в этом же журнале Мережковский опубликовал статью "Революция и религия" (№ 2, 3) и исследование о Серафиме Саровском "Последний святой" (№ 8, 9). На осень приходится и "голубая любовь" Мережковского к "Марусе" (М. П. Данзас). В конце года Мережковский читает вторую публичную лекцию – "О самодержавии". Несмотря на успех выступления, он начинает ощущать исчерпанность "миссии в Европе".
1908 – в январе в Париж приезжает Н. А. Бердяев, который видится с Мережковскими, рассказывает об общественно-политической ситуации в России, о создании Религиозно-философского общества и зовет их на родину. 17 марта в Петербурге умирает отец писателя – Сергей Иванович Мережковский (похоронен на кладбище Новодевичьего монастыря в Петербурге); Мережковский узнает об этом из телеграммы сестер Гиппиус. После завершения работы Мережковского над "Павлом I" решено возвращаться домой. В апреле Мережковские и Философов уезжают в St. Jean (близ Биаррица), затем через Германию едут в Россию. В Петербург прибывают 11 июля и сразу уезжают к сестрам Гиппиус на дачу в Суйду (под Гатчиной). В августе у них гостит Андрей Белый. В город возвращаются в сентябре. Начинается так называемый "сезон о Боге". Мережковский активно участвует в работе Религиозно-философского общества, где, в частности, встречается со своим бывшим оппонентом – архимандритом Михаилом, который перешел в старообрядчество и возглавил группу "голгофских христиан". 12 сентября в распоряжение "троебратства" ненадолго переходят журнал "Образование" и газета "Утро". Помимо этих изданий в течение года статьи Мережковского публикуют "Русская мысль" и "Речь". В конце года статьи Мережковского последних лет издаются двумя отдельными сборниками: "Не мир, но мечь. К будущей критике христианства" и "В тихом омуте". Отдельным изданием выходят "Маков цвет", а также "Павел I", однако книга была сразу конфискована. Зимой Мережковский пишет "исследование" о Лермонтове для "Весов" (оно выйдет в первом номере журнала за 1909 год, затем будет переиздано в третьем номере "Русской мысли", а потом выпущено отдельной книгой "М. Ю. Лермонтов. Поэт сверхчеловечества"). С подачи П. Б. Струве Мережковский в конце года становится заведующим литературным отделом "Русской мысли", но вскоре оставляет пост из-за несогласия с главным редактором в оценке произведений А. А. Блока. Зимой Мережковские знакомятся с A. И. Введенским, будущим "живоцерковником".
1909 – стараниями Мережковского в "Русской мысли" (№ 1) появляется роман Б. В. Савинкова "Конь бледный" (под псевдонимом B. Ропшин), ставший сенсацией сезона. Однако о Савинкове приходят тревожные слухи из Франции: он пытается оправдать провокатора Е. Ф. Азефа и возобновить террор. Мережковский пишет много статей для газеты "Речь", которые выходят с января по ноябрь, а также собирает материалы для романа "Александр I". 15 марта выходит сборник "Вехи". 21 апреля Мережковский обрушивается на авторов сборника с разгромной речью на заседании Религиозно-философского общества. Всю зиму и весну Мережковский тяжело болеет, жалуется на боли в сердце. В конце мая Мережковские и Философов уезжают во Фрейбург, затем в Лугано, где получают телеграмму от Савинкова и едут в Париж; безуспешно уговаривают Савинкова отказаться от планов возобновления террора. Лето Мережковский, Гиппиус и Философов проводят в имении Семенцово Новгородской губернии. Здесь Мережковский вплотную приступает к работе над "Александром I". Осенью Мережковские снова в Петербурге. 14 декабря у баронессы Икскуль на вечере в пользу А. М. Ремизова (в организации которого активное участие принимал Мережковский) давались сцены из "Павла I". 24 декабря у Мережковского происходит сильнейший сердечный приступ. Доктор Н. Ф. Чигаев ставит диагноз: органические изменения в сердце.