1896 – в январе Мережковский читает в "Литературном фонде" доклад о Пушкине. В апреле-мае Мережковские и "друг семьи" Волынский совершают давно задуманное путешествие по Италии и Франции "по следам Леонардо да Винчи". 5 апреля они посещают селение Винчи. 6-18 апреля Мережковские находились во Флоренции, 19 апреля осмотрели селение Фаэнци. Далее они следовали по маршруту Форли – Римини – Пезаро – Урбино – Равенна – Мантуя – Павия – Симплоне и завершили путешествие в Амбуазе, побывав в комнате, где умер Леонардо. В ходе этого путешествия произошел первый в ряду скандалов, которые затем будут полтора года сопутствовать Мережковским из-за настойчивой ревности Волынского, решившего "выяснить отношения" с Гиппиус и ее мужем. Волынский оставляет своих спутников на полпути и возвращается в Петербург. Летом, в отсутствие Мережковских и Волынского, происходит конфликт редактора "Северного вестника" Л. Я. Гуревич с цензурным комитетом, после чего журнал начинает рушиться из-за непомерных цензурных требований. В Россию Мережковские возвращаются в начале июля и оказываются вовлеченными в "двойную" личную и издательскую интригу, которая продолжается и во время пребывания на даче "Аврора" в имении Дылицы под Петербургом. Осенью происходит сближение Мережковских с сестрой В. С. Соловьева По-ликсеной (она писала стихи под псевдонимом Allegro) и начинаются встречи с самим философом у баронессы В. И. Икскуль и у графа М. Э. Прозора, где они часто бывают в это время. В этом году впервые в жизни Мережковского его книги преобладают над публикациями в периодике (среди последних перевод "Эдипа в Колоне", появившийся в седьмом номере "Вестника Европы"). Помимо сборника Перцова "Философские течения в русской поэзии", появившегося в марте, выходят: отдельным изданием "Юлиан Отступник" (под журнальным названием "Отверженный"), сборник "Новые стихотворения" и перевод романа Лонгуса (Лонга) "Дафнис и Хлоя".
1897 – главное событие в литературной жизни Мережковского – выход книги его статей о литературе и культуре "Вечные спутники", а в личной – противостояние с А. Л. Волынским, которое постепенно приобретает откровенно уродливые формы. В июне-сентябре Мережковские живут в имении Шевино возле станции Преображенская (близ Сиверской). В июне их навещает там поэт Вл. В. Гиппиус, который восхищен трудоспособностью Мережковского: работа над "Леонардо да Винчи" идет полным ходом. Однако в сентябре в "Северном вестнике" появляется статья А. Л. Волынского "В поисках за Леонардо да Винчи". В октябре Мережковские возвращаются в Петербург. В середине октября З. Н. Гиппиус заболевает сильнейшим плевритом, и Мережковский решает ехать с ней за границу, но денег на путешествие нет. В ноябре на банкете в редакции "Северного вестника" Мережковский и З. Н. Гиппиус знакомятся с Максимом Горьким, хотя Мережковский уже исключен из списка сотрудников журнала и вынужден публиковать путевые заметки о прошлогоднем путешествии в журнале "Cosmopolis", куда их пристроил заведующий русским отделом этого международного издания Ф. Д. Батюшков. 27 декабря Мережковские принимают участие в вечере, посвященном 20-летию со дня смерти Н. А. Некрасова, в зале Кредитного общества; вечер имеет большой успех.
1898 – 27 января Мережковский и Волынский обмениваются крайне резкими письмами, после чего все отношения между ними расторгаются. 12 марта в "Новом времени" (№ 8275) публикуется анонимное письмо, в котором Волынский обвиняется в плагиате материалов Мережковского. В свою очередь, Волынский активно интригует против Мережковского и З. Н. Гиппиус, используя для этого все свои литературные связи. Из-за травли, развернутой Волынским, для Мережковского закрываются не только "Северный вестник", но и практически все толстые петербургские журналы. В марте Мережковские смогли, наконец, вырваться на две недели в Италию, в Таормину, где на вилле Рейф Гиппиус знакомится с композитором Елизаветой Овербек. Лето Мережковские проводят в имении Елизаветино. 18 октября умирает Я. П. Полонский (его похоронили в Рязани), а с его смертью уходят в прошлое и "пятницы". С другой стороны, после окончательного распада старых знакомств в этом году Мережковский формирует новый круг литературного общения. Он сходится с В. В. Розановым (с которым познакомился еще в апреле 1897-го) и группой С. П. Дягилева, создающей журнал "Мир искусства". Тогда же начинается сближение Мережковских с Д. В. Философовым, которого прочат на должность заведующего литературным отделом нового журнала. 8 декабря Мережковские впервые встретились с приехавшим в Петербург В. Я. Брюсовым, хотя их заочное знакомство состоялось еще в 1895 году. В декабре прекращает свое существование журнал "Северный вестник".
1899 – в начале года Мережковским нанесла визит дочь настоятеля парижской русской церкви З. Васильева, которая перевела на французский "Юлиана Отступника" и хлопотала о его публикации во французском издательстве. С выходом в январе первого номера "Мира искусства" (в этом и последующем номерах помещена статья Мережковского "Я. П. Полонский") был преодолен "издательский кризис", возникший после катастрофы с "Северным вестником". В этом же журнале опубликованы статьи о Пушкине (№ 5) и о греческой трагедии (№ 7, 8). Помимо того, в этом году переизданы "Вечные спутники" и "Философские течения в русской поэзии". 12 января состоялась премьера "Антигоны" Софокла в переводе Мережковского в МХТ. Правда, была и крупная неудача с журналом "Начало", в первых номерах которого появились главы "Леонардо да Винчи" (под заголовком "Возрождение") и который затем бесславно закрылся. Тем не менее роман удается пристроить к осени в журнал "Мир Божий" (он заполнит беллетристический раздел всех номеров журнала в грядущем 1900 году). Весной Мережковский с женой уезжает в Бад-Гомбург (курорт близ Франкфурта). Здесь приступает к работе над трактатом "Л. Толстой и Достоевский", который поначалу называл "статьей". Июнь-сентябрь Мережковские проводят в Орлине под Сиверской, где в начале сентября у них гостил Розанов с женой. В октябре в Орлине Мережковский впервые высказал идею "новой церкви". В 20-х числах октября Мережковские уезжают в Петербург, откуда в ноябре, совершенно больные, отправляются в длительное европейское турне. Через Вену, где Гиппиус сделали небольшую операцию (вскрытие простудного нарыва), они едут в Рим, куда прибывают в начале декабря. В это время Мережковский уже полностью захвачен вопросами религиозными, которые он пытается разрешить, работая над трактатом о Л. Толстом и Достоевском.
1900 – в январе в Литературно-артистическом театре А. С. Суворина состоялась премьера "Антигоны" Софокла в переводе Мережковского. Мережковский с женой живет за границей: сначала в Риме (до 16 января), затем в Таормине (до мая), затем во Флоренции (до июня). Июнь и июль Мережковские проводят в Германии, в Гомбурге. "Юлиан Отступник" печатается в парижском "Journal des Debates" (перевод на французский З. Васильевой). В этом же году роман выпущен во Франции отдельным изданием в переводе Ж. Сорреза. Все "заграничные" месяцы Мережковский захвачен работой над "Л. Толстым и Достоевским", регулярно посылает в Россию новые части (которые публикуются в № 1–4 и 7-12 "Мира искусства"). Вернувшись из-за границы в середине июля, Мережковские живут до 14 сентября с семьей Гиппиус на даче под Сиверской, затем переезжают "на зимние квартиры". После возвращения Мережковских из-за границы в Москве скончался их близкий знакомый князь А. И. Урусов, и Дмитрий Сергеевич помещает в "Мире искусства" некрологическую статью. Осенью-зимой на квартире у Мережковских проходит ряд "мистических собраний" по организации "неохристианской общины", причем к своему "религиозному братству" Мережковский пытается привлечь "мирискусников", однако всерьез к этой затее относится только Д. В. Философов.
1901 – год проходит "под знаком" "Л. Толстого и Достоевского" ("Мир искусства", № 4-12). В то же время религиозные искания Мережковского, развивающиеся "параллельно" работе над трактатом, начинают приобретать "общественные" формы, особенно после нашумевшего доклада "Отношение Льва Толстого к христианству", прочитанного в Философском обществе при Петербургском университете 6 февраля. По стечению обстоятельств 23 февраля вышло "Определение Святейшего Синода за № 557 с посланием верным чадам Православной Греко-Российской Церкви о графе Льве Толстом", сообщающее о его отлучении от Церкви, и Мережковский теперь вынужден отстаивать "гражданскую непорочность" своих взглядов. В "Мире искусства" (№ 2, 3) появляется его "письмо в редакцию" "Отцы и дети русского либерализма". 29 марта (Великий Четверг) Мережковский, Гиппиус и Философов после совместной молитвы обменялись нательными крестами, "преломляли хлеб и пили вино": так возникло "троебратство". В начале апреля в Петербург приезжает почитательница Мережковского Е. И. Образцова, и он неожиданно завязывает с "поклонницей" любовный роман, оправдывая свое "падение" теорией о "святости плоти". Вместе с Образцовой Мережковский и Гиппиус уезжают на несколько дней в Москву. В мае, оставив жену в Петербурге, Мережковский опять уезжает в Москву на три дня, чтобы проводить Образцову в Крым; оскорбленная Гиппиус хочет "уйти" и от Мережковского, и от Философова. Вернувшись из Москвы, Мережковский, примирившись с женой, уезжает с ней и свояченицами в Италию, а затем – в полюбившийся ему Гомбург. В июне Мережковские возвращаются в Петербург через Москву и, как обычно, проводят лето и начало осени на даче, на этот раз – в Луге. Сюда приезжает Д. В. Философов, увлеченный как "неохристианской" проповедью Мережковского и обетом "троебратства", так и обаянием Гиппиус. В "мужском союзе" "Мира искусства" такое поведение Философова расценивают как "измену", и с этого момента начинается конфликт Мережковских с редакцией журнала (с Дягилевым прежде всего). 1 и 2 сентября Гиппиус высказывает идею Религиозно-философских собраний, "ядром" которых должно стать "троебратство". В начале октября Мережковские уезжают из Луги в Петербург. 8 октября Мережковский получает разрешение на проведение собраний у обер-прокурора Синода К. П. Победоносцева и у митрополита Петербургского Антония. 27 ноября Мережковский читает лекцию "Любовь и смерть у Льва Толстого" в Неофилологическом обществе. 29 ноября в Малом зале Географического общества на Фонтанке проходит первое Религиозно-философское собрание, имеющее сенсационный успех и общероссийский резонанс. 3 декабря в Литературном обществе Мережковский повторяет лекцию "Любовь и смерть у Льва Толстого". Всю осень и зиму Мережковские и Философов еженедельно встречаются для совместной молитвы. 5 декабря Мережковский предлагает Философову переехать в дом Мурузи и зажить "общиной". Вечером того же дня Мережковский и Гиппиус с "миссионерской" целью едут в Москву. 6 декабря они встречаются с московскими литераторами на квартире О. М. Соловьевой, где, в частности, знакомятся с Андреем Белым. 8 декабря в Московском университете Мережковский читает реферат "Русская культура и религия", вызвавший оживленные прения (выступили Н. В. Бугаев, В. И. Герье, С. Н. Трубецкой, Г. А. Рачинский). В конце года первый том "Л. Толстого и Достоевского" выходит отдельным изданием. В Лондоне и Нью-Йорке выходит английский перевод "Юлиана Отступника", сделанный Г. Тренчем. В Милане "Юлиан Отступник" и "Леонардо да Винчи" издаются на итальянском языке в переводе Н. Романовской.
1902 – 1 января Мережковские и Философов в доме Мурузи готовятся к намеченной на завтрашний день "агапе", которая должна знаменовать создание "неохристианской общины". Для этого события Гиппиус шьет "красные одежды" всем троим. 2 января Мережковский и Гиппиус, заготовив "хлебы и вино", напрасно ждут Философова: он проигнорировал "агапу". Утром 3 января Мережковский приходит к Философову на службу в Публичную библиотеку, однако тот отказывается дать какие-либо "объяснения". Вечером того же дня проходит Религиозно-философское собрание, на котором Мережковский читает реферат "Об отлучении Толстого"; Философов присутствует на этом собрании в компании Дягилева и "мирискусников". 5 января на вечере в доме Мурузи Розанов сообщает Мережковским, что Дягилев везет Философова за границу "лечиться". 6 января Философов присылает Мережковским записку: "Я выхожу из нашего союза не потому, что не верю в дело, а потому, что я лично не могу в этом участвовать". 11 января Философов и Дягилев уезжают из Петербурга. В этом году исполнилось 50 лет со дня смерти Н. В. Гоголя. Мережковский, откликаясь на знаменательную дату, работает над исследованием "Судьба Гоголя" и участвует в юбилейных мероприятиях. 17 февраля он читает в московском Историческом музее доклад о Гоголе, а вернувшись в Петербург, выступает с "гоголевской" лекцией в Тенишевском училище. В февральском номере "Мира искусства" (вышедшем только в апреле) завершается журнальная публикация "Л. Толстого и Достоевского". Вместе с ней прекращается и практическое сотрудничество Мережковских с журналом, прежде всего – из-за ревности Дягилева, стремившегося "отделить" от них Философова. Кроме того, в феврале скончалась А. А. Давыдова и для Мережковского окончательно закрылся и журнал "Мир Божий". Между тем 8 марта Мережковский завершает исследование "Судьба Гоголя", и вопрос о публикации заставляет его задуматься о собственном периодическом издании. В марте-апреле Мережковские и П. П. Перцов выступают с инициативой создания журнала для объединения "религиозной общественности". С помощью поэта К. К. Случевского и журналиста И. И. Колышко тогда же проходят переговоры с министром внутренних дел Д. С. Сипягиным, затем со сменившим его В. К. фон Плеве и с начальником Главного управления по делам печати Н. В. Шаховским; принципиальное согласие властей на издание журнала "Новый путь" получено. Начинанию способствовало и то, что всю первую половину года с огромным успехом проходят заседания Религиозно-философских собраний. 18 марта на десятом заседании Мережковский делает доклад "Гоголь и о. Матвей", вызвавший большой общественный резонанс. Обсуждение доклада тогда же состоялось и в резиденции петербургского митрополита Антония в Александро-Невской лавре, причем владыка с одобрением отозвался о "просветительской" миссии Мережковского среди отечественной интеллигенции. 26 марта Мережковским наносит визит А. А. Блок и скоро становится в их доме "своим". 29 марта Мережковский и Гиппиус отмечают годовщину возникновения "троебратства" вдвоем, поскольку отношения с Философовым разорваны ("Тьма внешняя с нами", – пишет об этом дне Гиппиус). 13 апреля (Великий четверг) они молятся, поставив к столу третий пустой стул. В начале июня Мережковские переезжают на дачу в имение Заклинье под Лугой. 12 июня Мережковский и Гиппиус с группой православных миссионеров едут на Светлое озеро в г. Семенов, где участвуют в полемике с сектантами. Под впечатлением от этой поездки у Мережковского возникает замысел "русского" романа "Петр и Алексей". В начале и конце поездки их принимает ярославский губернатор Б. В. Штюрмер, у которого они, отправляясь в обратный путь, знакомятся с о. Иоанном Кронштадтским. 3 июля, накануне возвращения Мережковских в Петербург, П. П. Перцов получил официальное разрешение Главного управления по делам печати на издание журнала "Новый путь". С 6 июля по 24 сентября Мережковские живут в имении Заклинье и работают над проектом будущего издания. 14 июля к ним приезжает книгоиздатель М. В. Пирожков, взявший на себя заботы по организации редакции журнала (в августе он снимает помещение в доме на Невском проспекте, 88, где находятся его издательство и книжная лавка). В эти месяцы Мережковские встречаются с П. П. Перцовым, А. А. Блоком, П. С. Соловьевой, издателем А. Е. Колпинским, пайщицей журнала В. А. Субботиной. В конце июля – начале августа в Заклинье из Москвы приезжает Е. И. Образцова, также пожелавшая стать пайщицей "Нового пути", однако подлинная цель ее визита – "романтическая", и, в конце концов, она со скандалом изгнана Гиппиус. В начале сентября на даче Мережковских навещает режиссер Ю. Э. Озаровский, которому поручена постановка трагедии Еврипида "Ипполит". 14 октября на сцене Александринского театра проходит премьера "Ипполита" в переводе Мережковского, а сам переводчик произносит вступительную речь "Новое значение старой трагедии", которая на следующий день выходит в газете "Новое время". Этой премьере способствовал искавший пути примирения с Мережковскими Дягилев (директор театра С. Волконский был его другом). В ноябре выходит первый номер "Нового пути". В декабре против Мережковского в прессе выступает архимандрит Михаил, однако затем он неожиданно переходит на сторону оппонента. Тем не менее резкая критика Религиозно-философских собраний нарастает. В этом году Мережковский издает отдельными книгами "Юлиана Отступника", "Леонардо да Винчи" (в издательстве М. В. Пирожкова – как первые две части трилогии "Христос и Антихрист"), все переводы греческих трагедий и сборник новелл "Любовь сильнее смерти". В Париже выходит "Леонардо да Винчи" на французском языке в переводе С. М. Пермского.