Не вошедшие в Высший военный совет члены коллегии Наркомвоена продолжали исполнение своих обязанностей, распределение коих произошло еще в "домартовский" период. М.С. Кедров до мая 1918 года возглавлял Комиссариат по демобилизации, затем – одну из подведомственных ВВИ инспекций (в мае-августе); занимал комиссарские должности в действующей армии (в августе-сентябре 1918 г.). И.И. Юренев в апреле 1918 года стал председателем организованного им Всероссийского бюро военных комиссаров, ведавшего кадрами "политических контролеров" армии; главный комиссар И.Л. Дзевялтовский продолжал курировать военно-учебные заведения, а с 24 июня стал и комиссаром Всероссийского главного штаба; П.Е. Лазимир полностью сосредоточился на курировании центрального аппарата снабжения армии – т. е. эти члены коллегии остались в центральном военном аппарате, но в ином статусе. В отдельных случаях членом коллегии Наркомвоена продолжал выступать и В.А. Трифонов, формально вышедший из нее в "домартовский" период. После ухода из коллегии он был чрезвычайным представителем Наркомвоена на Южном (в апреле-мае) и Восточном (в июне-ноябре 1918 г.) фронтах. В марте 1918 года, когда Наркомвоен эвакуировался из Петрограда в Москву, А.Ф. Ильин-Женевский не захотел покидать Петроград и принял предложение К.С. Еремеева, ставшего еще ранее Главнокомандующим войсками Петроградского ВО: Ильин принял должность управляющего делами штаба округа. При этом Э.М. Склянский возложил на Ильина, "по совместительству", обязанности комиссара Главного военно-судного управления, которые он и исполнял вплоть до окончательного расформирования управления в июле 1918 года.
Л.М. Каганович в мемуарах подвел итоги перестановок в высшем военном руководстве: к июню 1918 года часть членов коллегии "перешла на общегосударственную и общепартийную работу, а часть осталась на разных работах в армии. Товарищ Крыленко, например, перешел на работу в прокуратуру, товарищ Подвойский – Высшую военную инспекцию. Товарищ Трифонов не остался в центральном аппарате военного ведомства, не желая, как он мне сказал, работать с Троцким, что и мне также советовал. […] Юренев (близкий к Троцкому еще по добольшевистскому периоду в межрайонной организации) был назначен руководителем бюро военных комиссаров".
Определенная корректировка: еще 8 апреля К.А. Мехоношин и В.А. Трифонов составили документ, свидетельствующий о принятии "нового курса" (на создание регулярной армии) – телеграмму В.А. Антонову-Овсеенко от имени Наркомвоена с запретом на "формирование отдельных небольших отрядов, не входящих в созданную схему формирований больших войсковых соединений", которое сбивает и дезорганизует уже налаженную работу.
В высшем военном руководстве к лету 1918 года окончательно оформились три группы. Главенствующую заняли сторонники жесткой централизации военного управления и строительства Красной Армии на принципах мобилизации и широкого привлечения военных специалистов – Л.Д. Троцкий, Э.М. Склянский. Из состава прежней коллегии Наркомвоена к ним также присоединился не отрицавший (на первых порах) элемента партизанства В.А. Антонов-Овсеенко, активно работавший в Высшем военном совете. В подчиненном положении оказались Н.И. Подвойский (сохранявший до сентября 1918 г. статус члена совета) и К.А. Мехоношин. Третьей группой можно считать не включенных в состав Высшего военного совета и оставшихся на прежних должностях членов коллегии Наркомвоена: В.А. Трифонова (до упразднения в июне 1918 г. возглавляемой им Всероссийской коллегии по формированию РККА), М.С. Кедрова (до упразднения возглавляемого им Демоба), П.Е. Лазимира, И.Л. Дзевялтовского, а также ставшего в апреле 1918 года председателем Всероссийского бюро военных комиссаров И.И. Юренева. Члены этой группы прежних военных руководителей достаточно быстро утрачивали остатки былого статуса и даже уходили с центральной военной работы.
Создание Высшего военного совета не сразу положило конец дезорганизации в работе Наркомвоена: один из ответственных работников уже 16 апреля предлагал "в скорейший срок" передать разрешение вопросов "непринципиального характера" в ведение соответствующих учреждений военного ведомства.
Официальное "разъяснение" компетенции коллегии Наркомвоена и Высшего военного совета было дано в постановлении Высшего военного совета 2 июля 1918 года. Согласно этому документу коллегия Наркомвоена объединяла деятельность: Военно-законодательного совета с функциями законодательными, финансовыми и контрольными; ВГШ; Центрального управления по снабжению армии, в свою очередь объединяющего деятельность всех главных довольствующих управлений; окружных военных комиссариатов (ее тыловым аппаратом). Последние подчинялись Наркомвоену по всем вопросам, кроме командования силами, предназначенными для определенных боевых задач (по ним – Высшему военному совету).
Высший военный совет признавался "органом, ведающим обороной государства", а именно: "а) высшим оперативным органом управления (Верховное командование армией); б) высшей инспекцией по всем военным делам; в) высшим органом идейной разработки плана войны и связанной с этим разработкой всякого рода основных мероприятий; г) единственным органом, ведающим назначениями высшего командного состава (от начальника дивизии и выше)". Высший военный совет непосредственно подчинялся СНК и в свою очередь руководил "в порядке Верховного командования" военными советами северного и западного участков Завесы, Московского района и Воронежского отряда. Право непосредственного сношения с Высшим военным советом признавалось за наркоматами по военным и по морским делам и указанными военными советами.
Постановление подписали Л.Д. Троцкий, М.Д. Бонч-Бруевич и Е.А. Беренс: таким образом, официальное разделение компетенции Высшего военного совета и коллегии Наркомвоена зафиксировали глава военного ведомства и два военных специалиста. Представители коллегии Наркомвоена в заседании не участвовали. Из числа центральных органов наркомата постановление получили лишь Центральное управление по снабжению армии и Военно-законодательный совет (правда, последний – для опубликования). Документ оформило сложившееся к июлю 1918 года положение: и с точки зрения разделения полномочий в структуре военного ведомства, и – позиции в этом ведомстве старых военных специалистов.
Высший военный совет окончательно "подмял" прежнюю коллегию Наркомвоена, хотя формально она сохранялась. Лишь четверо из прежнего состава (Э.М. Склянский, Н.И. Подвойский, В.А. Антонов-Овсеенко и К.А. Мехоношин) продолжали руководящую военную работу в качестве членов совета, остальные – остались на прежних должностях или вовсе ушли с центральной военной работы.
На руководящие должности в аппарат Высшего военного совета генералом М.Д. Бонч-Бруевичем были подобраны такие же реакционеры, как он сам. Почти через полтора года В.В. Даллер, в 1918 году занимавший должность начальника Организационного управления Высшего военного совета, получит от своего тогдашнего политического комиссара следующую характеристику: "реакционер, которого "только могила исправит"", примирившийся с Советской властью "как с победившей силой" и затаивший в душе злобу. В Административно-учетном управлении Полевого штаба РВСР, начальником которого в 1919 году он состоял, В.В. Даллер "всеми силами" старался поддержать влияние и власть военных специалистов, в то же время максимально парализовав влияние военных комиссаров.
В июле-августе 1918 года перед руководством Красной Армии встали масштабные и сложные проблемы, требовавшие централизованного и целенаправленного решения (организация снабжения, военных перевозок, мобилизационной работы). Это привело к росту функций и значения советского военного ведомства. Стало ясно, что для реализации стоявших перед ним задач децентрализованный военный аппарат не годился. Высший военный совет справился со своими первоначальными задачами, но реально возглавить военное ведомство был бессилен, необходим авторитетный орган, способный согласовать действия всех ответственных партийных организаторов, имеющих опыт военного управления, объединить полевое управление войсками и тыл (на деле соединить дореволюционные Ставку ВГК и Военное министерство).
Сложившаяся в стране к осени 1918 года ситуация требовала незамедлительного создания высшего военного органа для объединения управления боевыми действиями войск и всеми учреждениями военного ведомства, поскольку существовавшие к тому времени органы военного управления не могли обеспечить действенного руководства операциями на фронтах республики и управления военными учреждениями.
Инициатором организации высшего оперативного центра по управлению войсками в историографии считается Н.И. Подвойский, предложивший 8 августа вручить общее руководство всеми фронтами на правах Ставки Верховного главнокомандующего Высшему военному совету. Однако в фонде Управления делами Наркомвоена отложилась "Объяснительная записка к схеме организации главных управлений Комиссариата по военным делам". Она не датирована, но, судя по окружающим документам, вероятнее всего, составлена в конце июля – начале августа 1918 года. Автором предположительно был К.А. Мехоношин. Документ свидетельствует о поисках путей организации высшего военного руководства с опорой на обобщение накопленного опыта военного строительства. Всё управление военным ведомством предполагалось разделить на три "инстанции": "законодательную", "распределительную", "исполнительную" − соответственно, "трем основным принципам, лежащим в основе власти". При этом разработку всех важнейших решений и издание нормативно-правовых актов (приказов) сосредоточить в Высшем военном совете; Наркомвоен сделать "распределительным" аппаратом и "ближайшим исполнителем предначертаний Верховной военной власти"; а хозяйственные органы (главные управления Наркомвоена) – непосредственными исполнителями "предначертаний" Высшего военного совета, передаваемых через "распределительный" Наркомвоен. Наркомвоен как исполнитель "распадался" на четыре отдела ("по числу главных функций" наркомата) и канцелярию Высшего военного совета. Соответственно, четыре основных направления деятельности Наркомвоена, это: подготовка военных операций (планов будущей или текущей войны в смысле расположения армий, их состава, возможного плана войны; выяснения положения противника, обсуждение его планов и т. п.); организация армии (ее личный состав, распределение и формирование частей войск, статистика и агитационная часть); вооружение (снабжение оружием, артиллерией, средствами "пассивной обороны" и воздушный флот); снабжение (интендантское, конское, продовольственное, саперное и квартирное).
Автор записки пытался определить компетенцию Наркомвоена, принципы его взаимоотношений с иными госорганами. Говорится о необходимости "самой тесной связи" Наркомвоена, с одной стороны, с Высшим военным советом, с другой – с высшими органами государственной власти.
Главные управления Наркомвоена в свою очередь должны были давать непосредственно принимающим от них указания хозяйственным органам "общие директивы хозяйственной политики страны", воздерживаясь при этом от "вторжения в детали и в хозяйственные распорядки этих органов" и "оставляя за собой лишь право общего контроля результатов их деятельности".
Автор записки признавал возможность корректирования намеченной им схемы. Об этом свидетельствует предположение о возможности восстановления Ставки Главковерха. В документе сказано, что "в случае назначения" Главковерха и выезде его на ТВД все четыре отдела полностью или частично отправятся вместе с ним, образуя "комиссариаты": оперативный (бывший генерал-квартирмейстер), организационный (бывший дежурный генерал), вооружения; Ставка же, таким образом, должна была стать "организацией, существующей еще в мирное время"; при переходе на военное положение в этом случае, по замечанию автора документа, не пришлось бы заново ее формировать, теряя тем самым "время на организацию работы нового учреждения в самую трудную минуту развития военных операций".
Схема предусматривала установление рассмотренного выше порядка на всех уровнях военного управления (в губернских, уездных и волостных комиссариатах по военным делам). Это следует из заключения, что хозяйственные органы военного ведомства в целом должны были на основании указаний соответствующих коллегий подготавливать "сметы и проекты снабжения, вооружения и стратегической обороны государства в хозяйственном, промышленном и научном отношениях". Предполагалось, что представления хозяйственных органов будут рассматриваться соответствующими комиссариатами и утверждаться Высшим военным советом.
По свидетельству Иоакима Вацетиса, к 20-м числам августа 1918 года Реввоенсовет Восточного фронта стремился к объединению высшего военного руководства под своей эгидой, добиваясь учреждения должности Главнокомандующего всеми вооруженными силами республики; "Кобозев говорил, что вопрос этот увязан был с тов. Лениным и что от него есть указание Реввоенсовету Восточного фронта войти с конкретно разработанным представлением на имя председателя Совнаркома. Были запрошены некоторые учреждения и отдельные лица и получены ответы, два из коих приводятся ниже. "…в высших правительственных сферах деятельность Л. Троцкого на посту наркомвоенмора считалась неправильной, но там не имелось конкретного контрпредложения. Нужен был импульс снизу. Этот импульс, вернее тревожный сигнал, был дан Реввоенсоветом Восточного фронта и, как мы видели, воспринят в центре. Тов. Ленин и Свердлов стояли за скорейшую необходимость полной ликвидации Высшего военного совета и заведенного им разнобоя в деле обороны страны".
20 августа по инициативе Подвойского председатель Высшей аттестационной комиссии А.И. Егоров направил Ленину доклад, в котором доказывал необходимость "единоличного управления делом войны", критикуя параллелизм работы Высшего военного совета (ориентированного на борьбу с внешним врагом) и Оперативного отдела Наркомвоена (Оперода, направленного на ведение Гражданской войны) и непоследовательность Высшего военного совета. Егоров предложил назначить ответственного перед СНК Верховного Главнокомандующего, подчинив ему главнокомандующих фронтов и военных руководителей участков Завесы; создать, слив воедино Штаб Высшего военного совета и Оперода Наркомвоена, Штаб Верховного главнокомандующего. Ленин запросил мнение Троцкого, добавив: "Не назначить ли [Главнокомандующего Восточным фронтом] Вацетиса Верховным Главнокомандующим?"
21 августа Подвойский, узнав о принятой отставке М.Д. Бонч-Бруевича, разослал телеграммы Ленину, Троцкому, Склянскому, Антонову-Овсеенко, главе Оперативного отдела Наркомвоена С.И. Аралову, Г.Г. Ягоде (сотруднику возглавляемой Подвойским Высшей военной инспекции, остававшемуся за Подвойского на время его отсутствия) с просьбой не назначать нового военного руководителя Высшего военного совета до своего приезда в Москву. "Весь состав Высвоенсовета, – телеграфировал Подвойский, – подбирался Бонч-Бруевичем из подобострастных, холопски настроенных, бездарных людей, хороших канцеляристов, которые обратили Высвоенсовет в бумажную мельницу, ничего реально не издавшую". Заканчивалось послание просьбой поручить составление нового Высшего военного совета самому Подвойскому.
25 августа за объединение деятельности всех высших военных органов в одних руках высказался и член коллегии Наркомвоена, старый соратник и свояк Подвойского М.С. Кедров. На следующий день уже ознакомившийся с предложением Егорова Подвойский телеграфировал в Москву, что также считает необходимым объединение командования военными силами республики и их снабжения. Подвойский также поддержал идею объединения Штаба Высшего военного совета и Оперода Наркомвоена и высказался за освобождение новоучреждаемого органа от "канцеляристов" и наделение его самыми широкими полномочиями.