Первоначально противостояние руководящих работников Высшего военного совета и Наркомвоена протекало особенно остро. В одном из неопубликованных очерков строительства Красной Армии, датированном 1941 годом, Н.И. Подвойский вспоминал: "Мне, тов. Мехоношину, отчасти тов. Антонову пришлось впоследствии (т. е. после создания Высшего военного совета. – С.В.) не только оспаривать права народного комиссара по военным делам, его более широкие полномочия и целесообразность[…], но и ставить вопрос о своей работе в Народном комиссариате по военным делам под тем давлением, которое со стороны Высшего военного совета ежедневно проявлялось – по части игнорирования работ народного комиссариата и захвата того круга работ, который только принадлежал Народному комиссариату по военным делам". Правда, первоначально включенный в состав Высшего военного совета Н.И. Подвойский резко воспрял духом. Об этом свидетельствует составленная, явно по его заданию, 27 марта "Записка о порядке формирования Народной армии". Вероятно, ее автором был кто-то из близких бывшему и.д. наркома военных специалистов – на это указывает основная идея документа: основой формирования армии должна стать "защита российской государственности от ее порабощения и дальнейшего распада". Взгляд автора документа на организацию высшего военного управления приведен в разделе "Порядок формирования армии". За описанием состава ВВС следуют конкретные предложения: "Сверх того (председателя и четырех постоянных членов. – С.В.) в качестве совещательных членов входят: управляющий военным ведомством, инспекторы армий и народные комиссары по внутренним делам, путей сообщения, продовольствия и представитель Высшего совета народного хозяйства – последние четыре – каждый по предметам его ведения. Председателю Высшего военного совета предоставляется приглашать на заседания совета сведущих лиц, участвующих в заседании, однако с правом совещательного голоса. Все вопросы разрешаются в совете простым большинством голосов председателя и постоянных членов совета. В случае несогласия с мнением большинства – первому предоставляется право перенести вопрос, вызвавший разногласия, на рассмотрения Правительства (подчеркнул Н.И. Подвойский. – С.В.). При Высшем военном совете состоит канцелярия в составе: управляющего делами, двух делопроизводителей, двух помощников делопроизводителей, журналиста и соответствующего низшего технического персонала. Высший военный совет рассматривает и утверждает все основные положения по воссозданию сухопутной вооруженной силы государства и ее снабжению; он направляет деятельность всех причастных к этому делу лиц и ведомств, которым дает руководящие указания и от которых вправе требовать исчерпывающих отчетов и справок"; "на утверждение совета восходят все назначения, перемещения и увольнения лиц высшего командного состава до начальников дивизий включительно".
Далее автор записки выявил полное непонимание сути постановки Высшего военного совета над коллегиями двух наркоматов – военного и морского: "Если для воссоздания военного флота будет признано необходимым образование особого военно-морского совета по типу предлагаемого для сухопутной армии, то надлежит предвидеть необходимость в некоторых случаях соединенных заседаний обоих советов, постоянное слитие коих, однако, нецелесообразно по различию специальностей и характера работ" (это соображение не помешает активной работе в Высшем военном совете контр-адмирала Е.А. Беренса; морского отдела, а затем и командующего всеми морским силами республики В.М. Альтфатера в составе РВСР). В записке предлагалось, ограничившись оформлением канцелярии, сделать рабочим аппаратом Высшего военного совета "Управляющего военным ведомством" (фактически Управление Наркомвоена во главе с Н.М. Потаповым) и существовавшие на тот момент главные управления Наркомвоена. То обстоятельство, что документ был составлен по заданию Подвойского, подтверждает мелочное штатное расписание рабочего аппарата Высшего военного совета в таком важном документе, упоминание о требовании "отчетов и справок" (канцелярщиной Николай Ильич увлекался до умопомрачения), стремление подчинить волю председателя совета "коллективному руководству": в случае несогласия с мнением большинства Троцкий был бы вынужден апеллировать к СНК, и таким образом, проект повлек бы за собой расширение "системы сдержек и противовесов" ленинского соратничка в его новой вотчине. Впрочем, если Подвойский отослал документ Ленину, то он был еще большим идиотом, чем его считал Ильич. Подвойский нашел такого выразителя его гениальных идей, который по незнанию предложил: назначить, сверх начальника Генерального штаба – 1-го помощника – еще двух помощников: "одного для заведывания делами Главного штаба и главных управлений Военно-учебных заведений и Военно-судным и другой – для объединения деятельности всех" главных довольствующих управлений и "Канцелярии Военного министерства". Автор документа запамятовал, что Главное военно-судное управление подлежало расформированию, и приличия ради, о его существовании не следовало лишний раз напоминать. Предложение ввести в совет с провом совещательного голоса 3−5 инспекторов армии, в задачу которых входил "контроль за формированием и боевой подготовкой войск на местах", указывает на стремление Подвойского уже тогда создать свое "мертворожденное детище" – Высшую военную инспекцию. Когда 1 апреля – в свой профессиональный праздник – Подвойский направил свою записку о "коренной реорганизации" бывшего аппарата Военного министерства в составную часть ВСНХ Ленину, тот не стал ввязываться в дискуссию с "идиотом" (так Ленин аттестовал Николая Ильича в 1919 году).
О вкладе в руководство армией членов коллегии Наркомвоена позволяет судить анализ приказов наркомата, правда, с очень серьезными оговорками. Приказы Наркомвоена – весьма специфический источник. Фактически было три варианта их создания. Наиболее распространенный – опубликование подписанных одним из членов коллегии Наркомвоена (как правило, Э.М. Склянским) постановлений Военно-законодательного совета. Но это не единственный вариант. Была также распространена непосредственная законотворческая деятельность членов коллегии Наркомвоена. Причем в этом случае авторство документа определить сложнее всего. Почему? – приведем конкретный пример. Перед нами изданный типографским способом "Сборник приказов Наркомвоен за 1918 год". Приказ № 226 подписан Н.И. Подвойским и Э.М. Склянским. Казалось бы, приказ должны были составить под руководством именно этих членов коллегии наркомата. Но в действительности приказ был составлен по итогам телефонного разговора Н.И. Подвойского и М.С. Кедрова (Москва) с секретарем Подвойского С.А. Баландиным (Петроград). Реже всего встречается третий вариант – объявление приказом Наркомвоена постановлений Высшего военного совета. В этом случае очень трудно обнаружить подлинник. Подлинное постановление Высшего военного совета должно находиться в фонде Высшего военного совета (РГВА. Ф. 3), коллегии Наркомвоена – в фонде Управления делами Наркомвоена (РГВА, Ф. 1). Копии принятых постановлений направлялись либо управляющему делами Наркомвоена Н.М. Потапову, либо непосредственно в Военно-законодательный совет. В сборнике приказов Наркомвоена можно найти два приказа, вводивших в действие постановления Высшего военного совета. Это не случайность: таким образом, были объявлены права и обязанности вспомогательных органов Высшего военного совета как высшего военного коллегиального органа управления и начальников этих управлений, а также централизация военного управления на железных дорогах – болезненный вопрос для воюющей страны. Оба этих приказа были составлены, по военным меркам, очень поздно. Так, решения Высшего военного совета, принятые на важнейшем заседании Совета, состоявшемся 10 июля, были объявлены только 18 августа. Из этого следует, что приказами Наркомвоена объявлялись те постановления Высшего военного совета, которые уже были проведены в жизнь. Управляющий делами Наркомвоена Н.М. Потапов приказал объявить все указанные выше распоряжения за время с 15 марта нового стиля в приказах "Народного комиссариата по управлению армии" (так, генерал окрестил Наркомвоен) и уточнил, что все приказы Наркомвоена следует "сдавать для печатания исключительно только в Управление по командному составу" Всероссийского главного штаба в 3 экземплярах, где они и будут нумероваться, издаваться и рассылаться во все части войск, управления, учреждения и заведения военного ведомства. Однако при всех недостатках анализ приказов Наркомвоена дает ценные представления о распределении нормативно-распорядительной работы среди членов Высшего военного совета.
Первоначально в Высшем военном совете не было военных специалистов, кроме военного руководителя М.Д. Бонч-Бруевича. 19 марта объявили о назначении в Высший военный совет двух военных специалистов и одного морского, но только 1 апреля в состав Высшего военного совета ввели начальника Морского Генерального штаба контр-адмирала Е.А. Беренса, 4 июня – Н.М. Потапова.
Военный руководитель Высшего военного совета приходился родным братом управляющему делами СНК В.Д. Бонч-Бруевичу. Во время своей первой аудиенции у председателя СНК, состоявшейся в конце ноября 1917 года, М.Д. Бонч-Бруевич предложил свои услуги для организации отпора внешнему врагу (немцам), но поставил Ленину условие – "не принуждать" его к борьбе с внутренними врагами, в данном случае со "многими контрреволюционными генералами". Ленин условие Бонч-Бруевича не принял. Организатор аудиенции – В.Д. Бонч-Бруевич – после ее окончания выразил брату свое недовольство. Сам генерал был известен большевикам как "отъявленный черносотенец" (выражение наркома труда А.Г. Шляпникова). 22 ноября 1917 года против назначения Бонч-Бруевича начальником штаба Верховного главнокомандующего высказались в заявлении четыре видных большевика – А.Г. Шляпников, его заместитель Г.Ф. Федоров, комиссар по обследованию частных банков А.Н. Падарин, временный зам. наркома земледелия А.Г. Шлихтер. С Троцким у Бонч-Бруевича поначалу сложились довольно натянутые отношения, хотя мало кто из исследователей не поверил лживой телеграмме Наркомвоена, согласно которой он не хотел в августе 1918 года отпускать генерала в отставку, считая якобы незаменимым руководителем. С Бонч-Бруевичем не сработался Н.И. Подвойский, чем, в том числе, объясняется его фактический уход из высшего военного руководства в апреле 1918 года. Подвойский ненавидел генерала, а тот, похоже, презирал Подвойского. А отношения с В.А. Антоновым у генерала не сложились еще в марте 1918 года: в докладной записке М.Д. Бонч-Бруевич просил председателя СНК решить вопрос о подчиненности "Главнокомандующего всеми войсками Украинской народной республики" Высшему военному совету. Бонч-Бруевич заявил об отсутствии общего плана ведения военных операций на Украине; просил уточнить права Высшего военного совета в отношении руководства советскими украинскими войсками и Антонова-Овсеенко лично; поставил в известность Ленина о безрезультатном двукратном запросе Антонова "относительно ориентировочных военных данных" и решении совета о немедленном командировании на Украину, к Антонову, генштабиста и двух комиссаров "для связи" и выяснения положения дел в войсках В.А. Антонова.
М.Д. Бонч-Бруевич сохранял определенную независимость от политического руководства Высшего военного совета, направляя свои доклады по наиболее важным вопросам в три адреса: помимо Высшего военного совета в Совнарком (председателю В.И. Ленину и управляющему делами – своему брату В.Д. Бонч-Бруевичу). Это явно не устраивало фактического руководителя центрального военного аппарата – Э.М. Склянского. И М.Д. Бонч-Бруевич и начальник Оперативного управления Н.А. Сулейман неоднократно апеллировали к Ленину. 11 декабря 1918 года Н.И. Подвойский заявил Н.А. Сулейману, ссылавшемуся на декреты Совнаркома и постановления ВЦИК: "Пусть бы попробовал вам начальник фронта сказать, что я вам не дам сведений, да вы в тот же день были бы у т. Ленина, как это делал Раттэль, который шпигует Бонч-Бруевича и тот 30 раз ночью звонит по пустому делу. Вы тогда (весной-летом 1918 г. – С.В.) не были так щепетильны к полевому уставу. Все это нужно осуществить не только для того, чтобы пригвоздить начальника или комиссара, а чтобы пригвоздить и меня, и Троцкого, и Совет Обороны (Ленина!. – С.В.), если он будет грешить". Вероятно, М.Д. Бонч-Бруевич и его ближайшие соратники неоднократно жаловались Ленину на большевиков – членов Высшего военного совета.
Н.М. Потапов сотрудничал с большевиками еще в июле 1917 года. Основной причиной его включения в руководство Наркомвоена, а затем и в состав Высшего военного совета стал авторитет среди офицеров бывшего Военного министерства. Вероятно, причины введения в Высший военный совет Е.А. Беренса идентичны (только контр-адмирал, а никак не матрос Дыбенко мог пользоваться авторитетом среди служащих бывшего Морского министерства). Потапов отстаивал перед Троцким интересы своих коллег – военных специалистов, в случаях столкновений с комиссарами.
31 марта ЦК РКП(б) "признал желательным" введение в состав Высшего военного совета бывшего морского министра Временного правительства контр-адмирала Д.Н. Вердеревского, но адмирал так никогда и не участвовал в заседаниях совета.