Между тем, о событиях на Амуре узнали в Москве, и задумали послать туда войско князя Н.Н. Лобанова-Ростовского, численностью 3000 человек, а для подготовки похода направили головной отряд дворянина Д.И. Зиновьева, которому поручили наградить Хабарова и вместе с тем собрать сведения о Даурии и упорядочить присоединение новых земель. Прибыв на место в августе 1653 года, Зиновьев немедля потребовал от атамана устройства острогов и распашки казённой десятины. Хабаров воспротивился было, но Зиновьев обвинил строптивца в нераспорядительности и растрате казенных средств. Затем он освободил Полякова с Ивановым и, возвращаясь в Москву, забрал всех троих с собой, назначив начальником О. Степанова Кузнеца, позднее официально утвержденного приказным человеком реки Амура. Однако Степанову, как и его предшественнику, было не до развития собственного производства. Недостаток продовольствия в опустошенных Хабаровым местностях заставлял приказчика думать только о грабеже дауров. Пять лет канаки Степанова совершали походы по Амуру, Сунгари и Уссури, собирая ясак, отнимая хлеб, сражаясь с местным населением и маньчжурами, разоряя улусы и закладывая собственные острожки, пока 30 июня 1658 года очередная маньчжурская рать на 47 судах не окружила их в Корчеевской луке, ниже устья Сунгари. В бою погибли или были пленены 270 человек, сложил свою голову и Степанов. Остальные либо вскоре пали от рук инородцев в низовьях Амура, либо разбежались. На некоторое время русские почти исчезли с берегов реки.
Возвратились они туда спустя семь лет, когда на пепелище Албазина явилась группа казаков во главе со смотрителем Усть-Кутской соляной варницы Н.Р. Черниговским, бежавшим от наказания после убийства илимского воеводы Л. Обухова, обесчестившего его жену. К тому времени маньчжуры, основные силы которых с 1644 года ушли на завоевание Китая и не могли надежно защитить собственные земли от проникновения пришельцев с севера, попытались создать на подступах к своим границам буферную зону. Приняв в расчет образ действий Хабарова и Степанова, они решили подорвать основу "продовольствования" казачьих отрядов в тех местах и переселили дауров и дючеров на реку Нонни (Наньцзян). Люди Черниговского застали Амур опустевшим. Но намерения их были иными, нежели у предшественников, и вскоре на месте прежнего Албазина вырос новый большой острог с тремя башнями, а вокруг него появились избы и пашни. Через шесть лет Черниговский отправил в Нерчинск и Москву богатый ясак, был прощён и назначен албазинским приказчиком.
Год от года множилось число заимок и деревень близ устья Зеи. В трех днях пути от Албазина возникла Покровская слобода, где вскоре насчитывалось более 80 крестьян пахавших государеву десятину. Опираясь на крепкую продовольственную базу, Черниговский и его преемники ходили в низовья Амура за ясаком. В 1677 году выше по течению Зеи был срублен Верхозейский острог, в 1679 - Селемджинский и Долопский. Постепенно по берегам Зеи и Амура сложилась довольно густо заселенная волость. Впрочем, главным городом Забайкалья стал к тому времени Нерчинск, заложенный десятником М. Уразовым на берегу Шилки ещё в 1653 году, но сожжённый инородцами через четыре года и восстановленный спустя год воеводой А.Ф. Пашковым на новом месте - при впадении в Шилку реки Нерчи.
Именно в Нерчинск, к воеводе Д.Д. Аршинскому, послали маньчжуры в 1669 и 1670 годах под видом чиновника разведчика Шаралдая с жалобой на казаков, собиравших ясак с дауров и дючеров, и требованием выдать перешедшего в подданство царю эвенкийского князьца Гантимура, называвшего себя властителем племён, живших по Шилке. В действительности же задачей этой миссии была рекогносцировка российских владений. Маньчжуры, занявшие на тот момент значительную часть Китая, но ещё не утвердившиеся в нём, старательно скрывали подготовку внезапного удара по своему северному соседу. По восшествии в 1662 году на китайский престол второго представителя новой, цинской династии, малолетнего императора Канси (Сюань Е), регентский совет, всерьёз опасавшийся продвижения русских к югу от Амура, повелел готовить войска для захвата уже освоенного казаками левого берега реки. При этом маньчжуры, недружелюбно принявшие в 1656 году российское посольство во главе с Ф.И. Байковым, в 1657 и 1668 годах радушно встречали посланных в Китай с торговыми караванами И. Перфильева и бухарца С. Аблина, а в 1670 году оказали почести направленному в Пекин воеводой Аршинским казачьему десятнику И. Милованову. На обратном пути он привёз в Нерчинск грамоту императора Канси. Вместе с тем, весной 1672 года в окрестностях острога появился с вооружённым отрядом сановник Монготу, распространявший среди ясачных инородцев слух о грядущем изгнании русских и пытавшийся заставить их уйти в Маньчжурию.
Оттого-то и не удалось цинам убаюкать сибирских воевод. Получавшие из разных источников сведения о военных приготовлениях на сопредельных землях, они настойчиво просили у Москвы подкреплений, но правительство, занятое урегулированием проблем на западных границах и подавлением бунтов, так и не смогло их выделить. Вместо усиления сибирских войск, оно попыталось защитить свои владения дипломатическими манёврами. В феврале 1673 года в Китай было отправлено посольство Н.Г. Спафария, достигшее Пекина 15 мая 1676-го. Однако миссия эта провалилась, так как цинское правительство под предлогом нарушения церемониала и невыдачи русскими Гантимура отказалось от переговоров. Оно делало ставку на силу, хотя, будучи занято подавлением антиманьчжурского восстания на юге Китая, ещё пять лет воздерживалось от выступления. За это время на подступах к землям, освоенным русскими, выросли Айхуньская и Кумарская крепости, были выстроены речные суда, собран запас продовольствия и подготовлены войска. Наконец, 16 сентября 1682 года император Канси приказал послать разведывательный отряд под командованием фудутуна Лантаня и гуна Пэнчуня к Албазину.
Рейд продолжался более трёх месяцев. Разведчики под предлогом переговоров о выдаче перебежчиков даже встречались с приказчиком острога И. Семёновым и осмотрели укрепление. По их мнению, для овладения им было достаточно 3000 воинов и 20 пушек, но ради обеспечения успеха пекинские власти решили удвоить силы. В результате сформированная к весне 1685 года Хэйлунцзянская армия насчитывала свыше 4000 пехотинцев и 1000 кавалеристов при 45 пушках. Командование ею поручили Пэнчуню. В мае войска выступили из Айхуня и через месяц подошли к стенам Албазина. Острог, в конце 1682 года объявленный центром отдельного уезда, оказался в осаде. Для его защиты воевода А.Л. Толбузин располагал 450 служилыми людьми и крестьянами, 300 мушкетами и тремя пушками с весьма малым боезапасом. Выручки ждать не приходилось, потому что маньчжуры успели к тому времени разорить Долонский, Селенбинский, Верхозейский и Тугурский остроги. 11 июня Толбузин получил от неприятеля требование сдать острог, но не ответил на него. Тогда маньчжуры начали обстрел Албазина, а затем попытались штурмовать, но неудачно. Лишь после того, как им удалось поджечь деревянные стены, уцелевшие защитники запросили пощады и были отпущены в Нерчинск. Однако когда они появились там, воевода И.Е. Власов приказал Толбузину вернуться обратно.
Возвращение подготовили без спешки. Прежде всего, отправили казаков на разведку, и лишь получив донесение, что маньчжуры дотла сожгли все строения, но не тронули посевов, собрались в дорогу. В конце августа Толбузин и служилый немец А.И. Бейтон во главе 669 человек при трех железных и пяти медных пушках прибыли на пепелище Албазина. Собрали с полей урожай и взялись за восстановление острога. До зимы успели возвести новые стены, на этот раз двойные, засыпанные в промежутке землей и обмазанные снаружи глиной, срубить дома, амбары. Жизнь постепенно возвращалась в прежнее русло. Но в феврале 1686 года слух о возрождении Албазина достиг ушей императора Канси, и он повелел Лантаню истребить русских там, а затем и в Нерчинске. Из Нингуты, Гирина и других городов были двинуты около 5000 человек при 40 пушках. Руководил операцией цзянцзюнь Сабсу. В июле эта армия стала лагерем под албазинскими стенами. Началась вторая осада, с обстрелами, вылазками, голодом, болезнями, потерями. Не прошло и двух месяцев, как погиб Толбузин. Командование обороной принял на себя Бейтон. Ему удалось продержаться почти полгода, вынудив маньчжуров перейти от осады к столь же долгой блокаде. И хотя от 830 защитников острога к маю 1687 года осталось всего 66 человек, взять Албазин маньчжуры так и не сумели.
Сознавая недостаток военных сил на востоке Сибири, царское правительство надеялось добиться дипломатического урегулирования конфликта. После первого же разорения Албазина из Москвы с грамотой, в которой от имени царей Петра и Ивана китайскому императору предлагалось отвести войска от острога и начать переговоры о разграничении, были отправлены подьячие Н. Венюков и И. Фаворов. Государевым уполномоченным для ведения переговоров назначили стольника Ф.А. Головина, а местом их проведения - Селенгинск, который, однако, пришлось переменить па Нерчинск из-за угрозы со стороны халхинских монголов. Получив конвой в 500 казаков полковника Ф. Скрипицына и присоединяя по дороге тобольские и енисейские стрелецкие и драгунские полки, Головин отправился в Сибирь. На пути к Амуру он встретил возвращавшихся из Пекина Венюкова и Фаворова и узнал, что они достигли соглашения о прекращении блокады Албазина, правда, ценой обязательства не позволять сбор ясака с приамурского населения. Тем не менее, цинское правительство, ещё недавно полное решимости отбросить русских к Якутску, о чём свидетельствовал февральский 1685 года указ императора Канси, под впечатлением стойкой обороны албазинцев явно умерило свои притязания.
В сентябре 1687 года посольство прибыло в Удинский острог, где Головину пришлось задержаться, чтобы организовать оборону от набега одного из властителей Халхи - Тушету-хана. В начале 1688 года стрельцы нанесли поражение монголам под Удинском, а в марте, при помощи бурят, отбросили их и от Селенгинска. Однако обстановка в Забайкалье и после этих побед оставалась тревожной: к югу от Удинска собиралось враждебное русским ополчение табунитских тайшей. Поэтому Головин двинул против них свои войска и в сентябре разбил, побудив некоторые табунитские и бурятские роды принять российское подданство. Вместе с тем, неизбежные потери в боях снизили число головинских стрельцов и казаков. К Нерчинску же направлялось цинское посольство во главе с сановником Сонготу, сопровождаемое войском, численностью свыше 5000 человек, иод командованием Лантаня и Сабсу. 17 июля 1689 года посольский караван с конвоем из 800 отборных солдат появился в окрестностях острога. Спустя три недели, 9 августа, в Нерчинск приехал и Головин.
На согласование протокола, места переговоров, численности эскорта ушли два дня, и 12 августа стольник встретился с Сонготу. В свите маньчжура особую роль играли иезуиты, француз Ф. Жербийон и португалец Т. Перейра, выступавшие в роли советников и переводчиков, так как переговоры велись на латыни. Поначалу цины заявили претензию на всю территорию по левому берегу Амура и его притоков до Байкала и "хребта Носсы" (видимо, Станового), включающую не только Албазин, но и Нерчинск. Однако Головин отказался даже обсуждать этот вариант, настаивая на границе по Амуру. Лишь переход на сторону маньчжуров более 2000 бурят и онкотов, а также угроза нападения цинского войска, превосходящими силами окружившего Нерчинск, заставили Головина предложить в качестве рубежа ближайшую к реке с севера горную цепь. Но посланцы Дайцинской империи на это не согласились. Впрочем, они также сделали шаг навстречу российской делегации, выдвинув проект границы по реке Аргунь, верховьям левого притока Шилки - Горбицы и далее - от "вершины скалы или каменной горы" в её истоках до моря, который и стал окончательным. 29 августа 1689 года Нерчинский договор, на полтора столетия определивший основы российско-китайских отношений, был подписан.
Формулировки договора, и без того довольно расплывчатые, в русском, латинском и маньчжурском текстах различались. К тому же, весьма поверхностное представление обеих сторон о географии пограничной полосы помешало им указать конкретные ориентиры, исключающие произвольное толкование договорных статей. Так, маньчжуры назвали "каменную гору", через вершину которой границу следовало проложить до моря, "Большим Хинганом" и одновременно "Хинганским хребтом". При определенном понимании этого ориентира, граница могла быть проведена и по Малому Хингану, захватывая часть территории в междуречье Сунгари и Уссури. По крайней мере, установленная первой статьей договора неразграниченность земель "между рекой Удью и вершиной горы" оставляла за Россией право претендовать на все пространство к югу и востоку от указанной черты. Во всяком случае, этот пункт, появившийся в статье благодаря усилиям российских дипломатов, не поддавшихся на ухищрения Жербийона и Перейры, позволял вернуться к обсуждению пограничных вопросов и определить рубежи в более благоприятных условиях.
Нерчинский договор, предававший забвению старые ссоры, предусматривавший взаимовыгодную торговлю, выдачу преступников и перебежчиков, обеспечил России спокойные тылы в период Азовских походов. Сонорной и доследующих войн Петра I и его преемников. Уже в 1696 году наказные статьи предписывали нерчинским воеводам строго соблюдать его, что было совсем не просто в отсутствие копии текста договора. Только весной 1700 года с ним ознакомились власти и население приграничных районов, а в 1701 и 1706 годах Петр I указами дважды запрещал нарушать границу с Китаем. Отношения между двумя странами постепенно налаживались. Росли торговые обороты нерчинских купцов, получавших в обмен на меха, скот и ремесленные изделия, китайские ткани и чай. Отсутствие постоянных дипломатических представительств, характерное в предшествовавший период и для отношений России с западными странами, отчасти компенсировалось духовной миссией, пребывание которой в Пекине было в 1712 году разрешено императором Канси. Спустя три года миссия, возглавляемая архимандритом Илларионом, отправилась в Китай. К сожалению, ей приходилось действовать под строгим контролем цинского правительства, и она невольно стала проводником взглядов последнего по некоторым вопросам, в первую очередь пограничным.
Положительные стороны Нерчинского договора перевешивали отрицательные в течение нескольких десятилетий после его подписания. Однако с течением времени положение изменилось. Всё более стали сказываться неудобства, связанные с потерей наилучшего водного пути в Тихий океан. Тем не менее, хотя ещё при императоре Канси, в 1668 году были отменены указы, разрешавшие китайцам переселение в Маньчжурию, что надолго остановило освоение её северной окраины, а тем более буферных земель по левому берегу Амура, российское правительство не решалось даже на более тщательное изучение обстановки в тех местах. Правда, уже в 1713- 1714 годах сподвижник Петра I Ф.С. Салтыков подал государю две записки, включавшие и предложение об обеспечении свободного плавания но Амуру. Притязания же цинов на территории к северу от предполагаемой пограничной черты, заявленные во время переговоров 1720-1721 годов в Пекине с Л.В. Измайловым, заставили Петербург внимательнее отнестись к делам Дальнего Востока. Но до окончания Северной войны нельзя было предпринять сколько-нибудь серьезную попытку пересмотра невыгодного соглашения.
Между тем, мысль о необходимости возвращении Амура продолжала посещать умы государственных деятелей России. В 1725 году она прозвучала в инструкции Коммерц-коллегии С.Л. Владиславичу-Рагузинскому, отправлявшемуся в Пекин для переговоров о границе и торговле с Китаем. Коммерц-коллегия усматривала прямую выгоду от торговли с Японией через Амур, но сам Владиславич-Рагузинский сомневался в возможности добиться соответствующего разрешения цинского правительства. 18 июня 1725 года посольство, сопровождаемое полком пехоты под командованием И.Д. Бухгольпа, отправилось в Сибирь. Спустя год оно достигло китайской границы в районе Кяхты, недалеко от того места, где полковник Бухгольц позднее построил Троицкосавскую крепость. А 21 октября Владиславич-Рагузинский въехал в Пекин.
Длительные и весьма трудные переговоры поначалу не дали положительных результатов. Цинские сановники требовали отодвинуть рубежи до озера Байкал и реки Ангары. Всего было предложено 20 проектов договора о границе, но ни один из них не отвечал интересам России. Упорство Владиславича-Рагузинского, неизменно отвергавшего эти проекты, озлобило цинов. Российское посольство практически оказалось под арестом. Его почти перестали снабжать продовольствием, выдавали тухлую воду, отчего половина людей переболела. Но сломить дипломатов не удалось. В марте 1727 года переговоры перенесли на пограничную реку Буру, в десятке верст от Кяхты, где и состоялось 20 августа подписание Буринского предварительного договора, определившего линию границы от Кяхты до перевала Шабин-Дабага, близ Аргуни. Провели её по расположению российских и монгольских караулов, по крайним селениям, приметным сопкам и рекам. Позднее, 21 октября 1727 года был подписан Кяхтинский договор, объединивший положения Буринского и статьи, регулировавшие торговые отношения двух стран. Согласно шестой статье этого договора Приамурье осталось неразграниченным.
Казалось бы, ситуация складывалась в пользу Китая: огромные человеческие ресурсы позволяли ему в короткие сроки заселить и тем самым закрепить за собой всю территорию в пределах, указанных Нерчинским договором. Первый шаг по этому пути был сделан пинским правительством в 1726 году, когда оно разрешило китайцам, долго жившим в Южной Маньчжурии, переселяться на север, в провинцию Гирин. Однако указ, вызвавший волну самовольных переселений из собственно китайских провинций, не привёл к сколько-нибудь существенным результатам. Маньчжуры, вполне обоснованно опасавшиеся наплыва китайцев на свои исконные земли больше, чем проникновения русских в Приамурье, вскоре стали сдерживать первых. В 1740 году император Цяньлун запретил китайцам селиться на Ляодунском полуострове. Спустя двенадцать лет вышел аналогичный указ относительно Нингуты, а в 1776 году - относительно провинций Гирин и Хэйлунцзян, примыкавших к Амуру. В 1812 году китайское население Маньчжурии составляло всего 1.249.784 человека. Правда, оно значительно превосходило русское население Забайкалья.
Крепостное право, связывавшее добрую половину русских крестьян, тяготы дальнего пути через всю страну в Восточную Сибирь, боязнь правительства спровоцировать отлив рабочих рук и плательщиков податей из европейских губерний, как и отсутствие у большинства потенциальных переселенцев необходимых средств мешали освоению пограничных с Китаем районов. Сравнительно быстро развивались лишь торговые пункты, причём после 1728 года значение Нерчинска понемногу сошло на нет. а роль центра российско-китайской торговли перешло к Кяхте. Расположенная в семистах верстах юго-западнее Нерчинска, на впадающей в Байкал реке Селенге, Кяхта оказалась гораздо более удобным местом, как для организации караванов, так и для приграничного торга. Но на всём пространстве к востоку от неё, до берегов Тихого океана, редкие деревни и остроги отстояли друг от друга на многие десятки, если не сотни верст.