Учитывая это обстоятельство, возвратившийся из Китая Владиславич-Рагузинский подал 27 декабря 1731 года записку, в которой признал вооружённую борьбу за Амур нецелесообразной. По его мнению, напряжённая обстановка в Дайцинской империи, занимавшая умы пекинских вельмож, позволяла России без особого труда занять Приамурье. Но для его удержания стране потребовалось бы нести чрезмерные расходы на строительство крепостей и содержание войск. К тому же она лишалась возможности вести торговлю с Китаем и должна была бы постоянно ожидать нападения со стороны сильного соседа. Владиславич-Рагузинский считал, что с амурским вопросом не следует спешить, продвигаясь к цели преимущественно дипломатическим путём. Рекомендации бывшего посла, хорошо изучившего предмет, оказывали влияние на политику российского правительства вплоть до середины XIX века.
Впрочем, даже оно не всегда удерживалось на столь осторожной позиции. Тем более этого нельзя было ожидать от рядовых рыбаков и охотников, то и дело вольно или невольно нарушавших положения Нерчинского договора. Причём, если описанное матросом И. Скурихиным в 1735 году плавание из Большерецка на Камчатке к амурскому устью не затрагивало их прямо, то полученное в июне того же года Сенатом от Лифаньюаня (цинского ведомства иностранных дел) уведомление о необходимости возобновления работ по разграничению ссылалось на участившуюся охоту российских промысловиков в пределах китайской территории. Сенат не отмстил на него. Годом позже геодезисты П. Скобельцын и В. Шетилов проплыли по Зее и Амуру, встречая на его берегах соотечественников, добывавших пушного зверя. Они установили, что гиляки (нивхи) низовий Амура никому ясак не платят, и в их земле никогда не было маньчжурских пограничных постов. Основываясь на этих известиях, императрица Анна Иоанновна указом от 16 мая 1739 гола разрешила плавание по морю от Удского острога до устья Амура.
К тому времени началось обследование Курильской гряды, Японских островов и берегов Охотского моря до амурского лимана судами отряда капитана М.П. Шпанберга, входившего в состав Второй Камчатской экспедиции командора В. Беринга. Одному из её учёных сотрудников, Г.Ф. Миллеру, императорским указом от 11 февраля 1740 года было помелено составить описание Приамурья, для справок при подготовке трактата о границе с Китаем. В результате к декабрю увидела свет "Ведомость о реке Амуре и особливо о стороне её полунощной...". Будучи убеждён в праве России на земли, отошедшие по Нерчинскому договору Дайцинской империи, Миллер не ограничился географическим описанием этой территории. В 1754 голу он опубликовал "Историю стран при реке Амуре лежащих, когда оные состояли под российским владением" и "Изъяснение сумнительств, находящихся при поставлении границ между Российским и Китайским государством 7198 (1689) года", которыми доказывал неправомерность претензий маньчжуров на власть над племенами северного Приамурья и разъяснял несоответствие указанных в договорных статьях ориентиров действительным географическим объектам. Исследования Миллера обосновывали право русских на плавание по Амуру. О том же писал и другой участник Второй Камчатской экспедиции, капитан А.И. Чириков.
Походы экспедиционных отрядов в Тихий океан выявили крайнее неудобство их снабжения через единственный тогда российский дальневосточный порт - Охотский. Поэтому в 1753 году, приняв решение возобновить Камчатскую экспедицию, начальство над которой поручалось сибирскому генерал-губернатору контр-адмиралу В.А. Мятлеву, правительство вновь попыталось открыть амурский водный путь. Оно учло соответствующие проекты Мятлева и вице-адмирала Ф.И. Соймонова. 25 декабря 1753 года Соймонову поручили руководство особой Нерчинской экспедицией для изучения Амура и его притоков. Адмирал устроил в городе речную верфь, сразу же приступившую к постройке судов, основал навигацкую школу. Но начать исследования без ведома Пекина в Петербурге не сочли возможным.
После длительного обсуждения достоинств возможных руководителей направляемой с этой целью дипломатической миссии, весной 1756 года остановились на кандидатуре В.Ф. Братищева. Ещё полгода ушло на согласование инструкции, предписывавшей Братищеву настаивать на обмене постоянными представительствами и предоставлении права сплавлять по Амуру баржи с продовольствием и припасами для тихоокеанских портов. В крайнем случае, он должен был заявить донским сановникам, что такой сплав начнётся и без их разрешения. 27 января 1757 года миссия покинула Москву, а 26 сентября прибыла в Пекин. Однако к тому времени российско-китайские отношения успели заметно испортиться. Правительство Небесной империи требовало выдачи беженцев из разгромленного пинскими войсками Джунгарского ханства. В погоне за ними маньчжурские вооружённые отряды вторгались на российскую территорию, доходя до приграничных укреплённых пунктов. Твёрдая позиция Петербурга, отказавшегося выдать джунгарцев, привела императора Цяньлуна в ярость, а военные успехи настолько вскружили голову, что он не удержался от угроз в адрес России. Все представления Братищева были отвергнуты. Караулам на Амуре дали указание не пропускать российские суда. В результате многолетние труды Соймонова пропали втуне. Нерчинская экспедиция была ликвидирована, а к 1765 году прекратила существование и навигацкая школа.
На какое-то время разговоры об использовании Амура затихли. Но через три десятилетия возобновились. Так, в 1789 году об этом писал Г.А. Сарычев, помощник начальника экспедиции по изучению северных районов Тихого океана, капитана 1 ранга И.И. Биллингса. Спустя тринадцать лет он опубликовал книгу "Путешествие флота капитана Сарычева по северо-восточной части Сибири, Ледовитому морю и Восточному океану...", в которой высказал те же идеи, находившие отклик и в правительственных сферах. 20 июля 1802 года император Александр I назначил главного распорядителя Российско-американской компании, камергера Н.П. Резанова послом в Японию. Посольству предстояло отправиться к месту назначения на судах кругосветной экспедиции под руководством капитан-лейтенанта И.Ф. Крузенштерна, шлюпах "Надежда" и "Нева", принадлежавших Российско-американской компании. По первоначальному проекту, разработанному Крузенштерном, экспедиция должна была определить возможность морского сообщения между Кронштадтом и российскими портами Тихого океана, а также завязать торговлю со Страной восходящего солнца. Однако в инструкцию посольству Резанова, утвержденную 20 февраля 1803 года, помимо предписания установить дипломатические отношения и снять запрет с торговли, вошло ещё и поручение собрать сведения об острове Сахалине и устье Амура.
27 июля 1803 года корабли экспедиции покинули Кронштадт и летом следующего года достигли Гавайских островов. Там пути шлюпов разошлись. Крузенштерн повёл "Надежду", с посольством на борту, к берегам Японии, а капитан-лейтенант Ю.Ф. Лисянский на "Неве" взял курс на Аляску. Спустя несколько недель, "Нева" подошла к берегам острова Ситха, где команде шлюпа пришлось сразиться с ополчением враждебных индейцев тлинкитов. Разгромив его, моряки восстановили сожженную индейцами два года назад крепостицу, назвав её Новоархангельской. "Надежда" же в сентябре бросила якорь в Нагасакской бухте. Передав пожелания российского правительства, Резанов более шести месяцев дожидался ответа, но в итоге получил отказ. В апреле 1805 года посольство покинуло Японию, а в мае Крузенштерн приступил к обследованию Сахалина и вошёл с севера в Татарский пролив. Надо полагать, над командиром "Надежды" довлело мнение авторитетных предшественников, француза Ж.Ф. Лаперуза, в 1787 году измерившего глубины в южной части пролива, и англичанина У.Р. Броутона, повторившего его промеры в 1797-м. Оба мореплавателя сделали вывод, что постепенное уменьшение глубин к северу свидетельствует о существовании перемычки, связывающей Сахалин с материком, и о недоступности устья Амура для крупных судов. К такому же заключению пришёл и Крузенштерн, хотя его промеры оказались недостаточно тщательными: под влиянием слухов о появлении в амурском лимане сильной китайской речной флотилии, ради сохранения тайны экспедиции, он свернул работы.
Заявлению капитан-лейтенанта, будто Амур не может служить никаким полезным целям, легко было поверить, ведь оно подтверждало отзывы известных иностранных географов. С тех пор Сахалин, показанный на составленной участником Второй Камчатской экспедиции С.П. Крашенинниковым и изданной в 1756 году карте островом, всё чаще изображался как полуостров, а в устье Амура показывался очень мелководный бар. Тем не менее, даже после столь разочаровывающих известий мысль о плавании по реке не угасла. В 1804 году с поручением исходатайствовать на этот предмет разрешение китайского правительства в Пекин был послан сенатор граф Ю.А. Головкин. В задачу его посольства входили переговоры о расширении торговли, повышении статуса духовной миссии в Пекине, подготовка конференции для рассмотрения пограничных вопросов. Однако успеха оно не имело. В октябре 1805 года Головкин прибыл на границу у Кяхты, но пока шла переписка об условиях приема посольства, в китайский порт Кантон (Гуанчжоу) зашли возвращавшиеся на родину "Надежда" и "Нева". Сам факт их появления там и продажа русскими пушнины, как и просьба откочевавших в 1771 году в Китай волжских калмыков разрешить им вернуться обратно, были извращены католическими миссионерами Кантона и Пекина, указывавшими на связь этих событий с посольством Головкина. По их утверждению, Россия намеревалась добиться исключительного права торговли в Кантоне и проведения границы по Амуру. Цинский двор, и без того с подозрением относившийся к северному соседу, внял их инсинуациям. От Головкина, как и от его предшественников, потребовали исполнения обряда "коутоу" - девяти земных поклонов перед алтарем, олицетворявшим императора, тем самым, приравнивая Россию к данническим государствам. Он отказался и не был пропущен в Пекин.
Впоследствии, основываясь на подготовленных его сотрудниками материалах, Головкин составил две записки, в которых ставил вопрос о необходимости ограничить претензию на бассейн Амура пространством между верхним течением реки, Зеей и Удью. Однако войны с Францией, Швецией и Турцией надолго отвлекли внимание российского правительства от дальневосточных проблем. К тому же, заметное влияние на позицию Петербурга оказывала боязнь Министерства финансов за успешно развивавшийся кяхтинский торг, обороты коего выросли за первую четверть XIX века с 8,2 до 12,3 миллионов рублей, достигая 8,3 % всего объёма внешней торговли России. Впрочем, 13 сентября 1828 года Министерство иностранных дел запросило у Главного управления Восточной Сибири подробные сведения об амурской навигации. Представленная записка включала показания удского крестьянина Кудряшова, беглого ссыльного Г.Васильева и других лиц. Все они свидетельствовали, что Сахалин - остров и морское сообщение с Амуром возможно. Тогда же предложение об использовании этой возможности высказали служивший в Российско-американской компании штурман П.Т. Козьмин и генерал-губернатор Восточной Сибири А.С. Лавинский. В 1832 году Лавинский направил в Азиатский департамент Министерства иностранных дел записку, доказывавшую, что Амур глубок и судоходен, гиляки его низовий и сахалинские айны не зависят от Китая, что позволяет приступить к изучению и освоению реки. Это утверждение, казалось, подкрепил переход М.В. Ладыженского с 15 казаками по Амуру от Усть-Стрелки до Албазина весной того же года. Однако министерство оставило предложения губернатора без последствий.
Между тем, в 40-е годы XIX века в Охотском море всё чаще стали появляться иностранные китобойные суда. В ноябре 1839 года англичане развязали Первую опиумную войну с Китаем и, одержав победу, заставили Пекин передать им во владение остров Гонконг, вскоре ставший оплотом британского влияния на Дальнем Востоке. Исследуя окрестные моря, английские корабли вскоре добрались до побережья Японского моря к северу от Корейского полуострова, где обнаружили обширный залив, названный ими заливом Виктории, а от русских впоследствии получивший имя Петра Великого. Тогда же в Китай устремились американские предприниматели. Но Россия, из-за трудностей со снабжением собственных владений, не могла должным образом ответить на усиление позиций других держав на подступах к её дальневосточным границам. Более того, в 1841 году Российско-американской компании пришлось отказаться от своих калифорнийских факторий. Сложившееся положение заставило Петербург в который уже раз вернуться к идее использования Амура. Решающую роль на этот раз сыграло повеление императора Николая I выяснить, возможно ли проникновение морских судов в реку.
Предпринятая Министерством иностранных дел в 1840 году попытка открыть доступ к Амуру дипломатическими средствами провалилась: воюя с Англией на юге, цинский двор не мог допустить продвижения русских к своим тылам на севере. А через три года уже российское Министерство финансов, стремясь сохранить приходившую в упадок кяхтинскую торговлю, блокировало подготовку экспедиции во главе с контр-адмиралом Е.В. Путятиным, предназначавшейся для изучения юго-восточных берегов Охотского моря, северной оконечности Сахалина и устья Амура. В такой обстановке решено было отказаться от официальных путей достижения цели и прибегнуть к помощи Российско-американской компании. По повелению императора Николая I, компания в 1845 году снарядила небольшой бриг "Константин", под командованием поручика корпуса флотских штурманов A.M. Гаврилова. Высочайше утверждённая инструкция предписывала ему устроить стоянку севернее амурского лимана и исследовать вход в реку шлюпками, отвечая на возможные вопросы китайцев, что судно случайно занесено в эти места бурями и течениями. Поднимать русский флаг запрещалось. Команде брига не разъясняли задач плавания. Впрочем, отыскание истины к ним, очевидно, не относилось, так как компанейское начальство распорядилось провести экспедицию в одну навигацию.
5 мая 1846 года "Константин" вышел из Новоархангельска и 29 июля достиг места назначения. В соответствии с инструкцией Гаврилов приступил к описи и промерам лимана со шлюпок, однако из-за частых туманов, ветреной погоды и всё укорачивавшихся дней исполнил лишь часть программы, отказавшись от обследования южного фарватера. 22 августа бриг вернулся обратно. На основании представленных поручиком материалов главный правитель Русской Америки М.Д. Тебеньков составил "Записки об экспедиции поручика Гаврилова". Ознакомившись с ними, директор компании, контр-адмирал Ф.П. Врангель сделал вывод о несудоходности Амура и полуостровном положении Сахалина. Такое заключение, на первый взгляд, противоречило карте, опубликованной в 1832 году голландским учёным Ф.Ф. Зибольдом в приложениях к своей книге. Карта, подготовленная японцами Могами Токунаем и Мамия Риндзоо, в 1808 году прошедшим на лодке между Сахалином и материком, показывала там именно пролив, а не перешеек. Примирить противоречие помогла гипотеза о существовании осушки, в пользу которой говорили небольшие глубины у входа в Амур. Согласно промерам Гаврилова, они менялись в пределах от 5 до 1,5 футов (1,5-0,5 м).
Выводы Врангеля, основанные на результатах поверхностного исследования, конечно, не могли быть основательными, однако они соответствовали наблюдениям Лаперуза, Броутона и Крузенштерна, не подвергавшимся сомнению. Когда о недоступности амурского устья доложили императору, Николай I ответил резолюцией: "Весьма сожалею. Вопрос об Амуре, как реке бесполезной, оставить". С этого момента российское правительство, прежде стремившееся добиться права владения рекой, представлявшейся важной коммуникацией, повело дело к соглашению с Китаем о проведении границы в соответствии с его версией Нерчинского договора. В 1847 году даже наметили линию, соответствовавшую маршруту экспедиции академика А.Ф. Миддендорфа, прошедшей в 1844-1845 годах вдоль южного склона Станового хребта и обнаружившей, как казалось академику, китайские пограничные знаки. На следующий год в Петербурге снарядили особую разграничительную партию, во главе с подполковником генерального штаба Н.Х. Агте, однако пока она добиралась до Иркутска ситуация изменилась. У сторонников разграничения в интересах Китая, среди которых ведущую роль играл руководитель Министерства иностранных дел, канцлер К.В. Нессельроде, появился энергичный оппонент - новый генерал-губернатор Восточной Сибири Н.Н. Муравьёв.
Незадолго до отъезда Муравьёва в Сибирь, в декабре 1847 года, к нему обратился командир строящегося военного транспорта "Байкал", капитан-лейтенант Г.И. Невельской, лелеявший план исследования амурского лимана и Сахалина. Эту идею капитан-лейтенант воспринял от бывшего преподавателя Морского корпуса А.П. Баласогло, вышедшего в отставку и изрядно поработавшего в архивах над историей Амура. 29 ноября 1846 года Баласогло встретился с Невельским на заседании Русского географического общества, поделился замыслом экспедиции и пригласил участвовать в ней. Невельской с удовольствием согласился. Однако вскоре Баласогло, входивший в кружок М.В. Буташевича-Петрашевского, был арестован, и от обширного плана осталась лишь морская часть, реализацией коей и занялся Невельской. Муравьёв принял его, выслушал и одобрил. Убеждение капитан-лейтенанта в том, что вопреки всем авторитетным заключениям проникновение крупных судов в Амур возможно, повлияло на генерал-губернатора. Поэтому позднее, отправляясь из Иркутска на Камчатку, Муравьёв распорядился задержать партию Агте в городе. По возвращении же, он своей властью поручил ей обследование Амура и прилегающих земель.