В 1827 году обсуждался вопрос об улучшении духовного управления, в 1828 году − об обеспечении приходского духовенства. С 1830 года ежегодно отпускалась из казны на жалование духовенству сумма 500 000 рублей; был подтвержден прежний закон о наделении землей церквей, монастырей и архиепископских домов. В 1826 году окончательно закрыли Русское Библейское общество, а его имущество в 2 млн рублей передали Синоду. С 1836 года на должность обер-прокурора Синода назначается Н. А. Протасов, который сразу обратил внимание на то, что в среде духовенства процветают невежество и грубость нравов. Он начал проводить реформы. Одной из них была реформа духовного образования.
В царствование Николая I учредили несколько новых епархий: среди них − Олонецкая, Новочеркасская (Донская), Симбирская, Томская, Полоцкая, Херсонская, Литовская, Варшавская, Камчатская, Кавказская, Рижская и Самарская. Важные преобразования последовали и в центральном управлении духовного ведомства. В итоге получилась такая система: во главе Русской православной церкви стоял царь, ему подчинялся обер-прокурор Синода и собрание Синода. Обер-прокурор и его канцелярии контролировали церкви и священнослужителей.
Таким образом, забота о порядке и реформы в духовной сфере говорят о том, что правительство возлагало на православие большие надежды в области контроля над общественным мнением. Власть поддерживала церковь экономически и политически. Православие становилось снова доминирующим вероисповеданием, устанавливающим свои правила в отношении остальных вероисповеданий, в том числе сектантов и старообрядцев. Сам император, глубоко преданный православию, не поощрял другие религиозные идеи и считал их ересью. Нехристианские религии − ислам, буддизм, иудаизм, язычество − не преследовались, так как император и правительство понимали, что у каждого народа свои особенности, а утеснение их веры вызовет протест и в итоге может привести к развалу Российской империи. Но что касается христианства, то здесь приоритет, конечно, отдавался православию, а к тем людям, которые впадали в ересь, противились и не признавали православие, обращали других людей в свой толк, правительство применяло санкции. К тому же неофициально считалось, что русский человек должен быть православным. Русские люди, которые уходили в сектантство и старообрядчество, считались отступниками от истинной веры, соответственно, противниками царя и самодержавия, ведь православная церковь признавала императора помазанником Божьим. Не надо забывать и главный постулат власти в этот период: "Самодержавие, православие, народность". Данной формуле старались следовать весь период царствования Николая Павловича.
Надо также отметить, что отношения правительства и церкви не были столь гладкими. Реформы власти в духовной сфере привели почти к полному подчинению ей церкви, что не нравилось многим церковным иерархам, таким, например, как Филарет (Дроздов) и Филарет (Амфитеатров). Возможно, Николай Павлович считал, что светская власть с ее военной организацией и порядками в тот период скорее наведет порядок в духовной сфере, чем иная структура. Но неправильно думать, что подобная ситуация приводила к конфликтам между светской и духовной властью. Церковь в итоге признавала главенствующую роль государства и сотрудничала с ним. Союз церкви и государства оставался непоколебимым все царствование императора Николая.
Правительство императора Николая Павловича не желало идти на компромисс со старообрядчеством и сектантством, в отличие от веротерпимого императора Александра. Конечно, сектанты, как и старообрядцы, не преследовались за веру, если держали ее при себе. Однако правительственные указы и постановления запрещали им проповедовать веру, склонять в свой толк православных христиан, высказываться против власти, печатать свои листовки и книги и продавать их; также запрещалось строить свои поселения и жить рядом с православными и прочими гражданами. Так, в одном из постановлений говорилось: "Обнаружение совратившихся от православия делается из основания общих уголовных законов об открытии преступлений. Наблюдение за сим и все по таковым делам распоряжения возлагаются на Министерство Внутренних дел". В указе о предупреждении распространения расколов и ересей между православными сказано: "Раскольники не преследуются за мнения их о вере: но запрещается им совращать и склонять кого-либо в раскол свой… Кто откроет споры, противные православию, на того без суда наложить молчание. Кто правоверных тайно или явно совратит в расколы, того предавать суду.
Жидовствующим, скопцам, молоканам, духоборцам, а равно и тем раскольникам беспоповщинской секты, кои не молятся за царя и не приемлют браков, и потому признаются особенно вредными, запрещается принимать к себе в семейство, под каким бы то видом ни было. Молокане ни под каким предлогом не могут иметь в делах своих, на фабриках и заведениях, людей Православного исповедания, ни в услужении, ни в работниках, и сами молокане, на том же основании, не могут вступать в домы, или к хозяевам Православного исповедания. Полиция обязана наблюдать за точным исполнением сего правила, а в случае нарушения оного, действовать по законам, налагая взыскания, определенные в статье 307 Уложения о наказаниях". Как видно из постановлений, правительство было решительно настроено на борьбу с сектантством и ересью. Многим сектантам (скопцам, жидовствующим, молоканам, духоборцам, хлыстам) не выдавали паспорта. Священникам местных церквей предписывалось доносить епархиальному начальству о состоянии раскола. Далее этим занимались уже не только духовные власти, но и гражданские.
В законах было прописано: "Всех духоборцев, иконоборцев, молокан, иудействующих и других наставников и последователей ересей, особенно вредными признанных, кои изобличены в распространении своей ереси и привлечении к оной других, также в соблазнах, буйствах и дерзостях против церкви и духовенства Православной веры, предавать суду".
Мы видим, что за сектами строго следили, но в православную веру насильно никого не обращали, что весьма показательно. В законах говорилось, что "господствующая церковь не дозволяет себе ни малейших понудительных средств при обращении последователей иных исповеданий и вер к Православию, и тем из них, кои приступить к нему не желают, отнюдь ничем не угрожает, поступая по образу проповеди Апостольской. Исповедующим иную веру и желающим присоединиться к вере Православной никто ни под каким видом не должен препятствовать в исполнении сего желания, под опасением ответственности".
Что же конкретно происходило с сектами в данный период? Как действовало законодательство о сектантах на практике?
В отношении сект и их лидеров применялись репрессивные меры. В 1830 году объявлены вредными секты духоборов и молокан. Главной причиной тому были представления правительства о них как о сектах, противящихся государственным порядкам, не признающим императора, не желающим исполнять воинскую повинность. Как мы помним, в царствование императора Александра они были поселены в Таврической губернии, где им предоставили во владение землю, налоговые льготы, ссуды. Теперь их стали переселять в менее плодородные края Закавказья. Причиной тому было показание специальной правительственной комиссии, которая в течение 4 лет накапливала материал о быте сектантов на Молочных Водах. Комиссия выяснила, что среди духоборов и молокан творились страшные преступления, связанные с истязанием, убийствами, укрывательством злодеев. Также отмечалось непокорное отношение к самодержавной власти. В Закавказье переселили около 5000 человек. Вожаки этих сект подвергались пыткам, ссылкам в Сибирь и на Кавказ, на каторгу. Духоборцы и молокане лишались гражданских прав: без разрешения полиции им нельзя было отлучаться более 30 верст от места жительства, покупать землю в собственность, нанимать слуг. Проповедников иногда даже засекали кнутом до смерти. Так погиб один из многих, Исаев. Его дело продолжил духоборец Трофим, но и он вскоре разделил участь Исаева. От таких гонений многие сектанты бежали за границу, в том числе Турцию, Иран. Но все равно появлялись новые общины. В начале 1830-х появилась духоборческая община Михаила Акинфеевича Попова. Под влиянием гонений он с последователями переселился в Ленкоранский уезд Бакинской губернии, где основал село Николаевка. Со своими учениками они устроили жизнь на началах коммунизма: земля обрабатывалась сообща, были общие склады, столовые, общая касса. Село представляло собой одну гигантскую семью. Власть была сосредоточена в руках 12 членов и судьи.
Правительство обратило внимание на данную общину в 1844 году, и многие вместе с Поповым оказались в ссылке в Сибири, а молодых забрали в солдаты.
Правительственная политика привела к тому, что влияние секты пошло на убыль. Секты духоборцев и молокан стали дробиться на толки.
Подобная политика проводилась и в отношении хлыстов и скопцов. Во-первых, им запрещалось иметь паспорта. Во-вторых, им запрещалось усыновлять детей. (Это естественно, ведь власть беспокоилась о воспроизводстве народа − скопцы могли оскопить усыновленных детей.) Во всех видах и свидетельствах, выдаваемых скопцам для наблюдения за ними, должно быть обозначено оскопление. Если в данных свидетельствах не обозначалось оскопление, то скопец подвергался взысканию. С 1842 года за оскопление другого человека скопцу по уголовному законодательству полагалось несколько лет каторги. Также власть ссылала их в Сибирь, Якутскую область и т. д. Существует свидетельство о том, как скопцы обживали суровый Якутский край. По прибытии в Олекминск, город в Якутской области, их устраивали на работу за малые деньги. Скопцы довольствовались харчами и куском хлеба. Но по истечении нескольких лет упорного труда скопческие деревни выделялись своим благоустройством. Однако при отсутствии естественного прироста населения скопцы постепенно вымирали, что происходило и в других областях, если им не удавалось совратить в свое учение молодых людей. А этого старалось не допускать правительство.
В правление императора Николая репрессиям подвергалась и секта хлыстов. Комиссия по изучению хлыстов, открытая в Москве в 1837 году, говорит о происхождении данной ереси от староверов − беспоповцев. Сведения о них приходили правительству от чиновников. Коллежский асессор Арнольди изучал раскольников в Костромской губернии. Так, он докладывал, что в селе Болотове священник Алексей Дорофеев принадлежал хлыстам. Он был в сношениях с наставницей Ульяной Васильевой и совратил в эту секту жену и двух сестер. В Юрьевском уезде обнаружил хлыстовскую секту "Купидоны". Они на собраниях сидят голые и ходят в церковь. Пишет также о сотнях хлыстов в г. Кинешме и селах Батмак, Филяй. Подворный советник Брянчанинов в своих исследованиях о расколе отмечает, что "все раскольники беспоповщинских сект, будучи исправными плательщиками окладов правительства, оброков помещичьих, наружно тихие и покорные, питают религиозное отвращение от всякого начальства, считая всех, от государя до помещика и последнего чиновника, порождением Антихриста. Осуждение государя слито с их верой, упорного, хитрого, пронырливого…". Естественно, подобные сведения не могли радовать царя и его правительство, и оно было вынуждено принимать против секты хлыстов (как антиправительственной) жесткие меры. Указом от 3 ноября 1838 года было положено начало открытию Секретно совещательных комитетов по делам о раскольниках. Они отслеживали все секты, в том числе и хлыстов.
Комитеты создавались во многих городах в период 1838–1856 годов − в Петрозаводске, Тамбове, Чернигове, Твери, Саратове, Вятке, Иркутске, Екатеринбурге, Харькове, Костроме, Ярославле, Вологде, Курске, Уфе и т. д. В 1840 году вышло распоряжение правительства относительно следствий по делам о раскольниках: "Во всех губерниях, где уже существуют или будут учреждены секретно-совещательные комитеты по делам о раскольниках, предоставить начальникам губерний все вообще следствия, произведенные по раскольническим делам, предварительно передачи оных в судебные места, представлять на рассмотрение помянутых комитетов и согласно положениям оных, давать дальнейшее движение судебным порядком таким лишь следствиям, по коим обнаружено явное нарушение существующих законов, сопровождаемое вредными последствиями…" Секретно-совещательные комитеты, следовательно, выполняли такие задачи: выявление секты, ее изучение, классификация, передача данных о вредной секте в суд. Борьба с расколами и ересями не стихала весь период царствования Николая, видевшего в ней залог процветания России. Под конец его правления отмечается расширение полномочий внутренних органов в отношении сектантов и старообрядцев. Так, высочайшее повеление 10 июля 1853 года усиливало полномочия полиции в отношении сектантов, разрешало закрывать все возможные их места собраний. Надо отметить, что контроль над расколами вырос не только со стороны государственных внутренних органов власти, но и со стороны церкви. Власть активно способствовала деятельности церкви в религиозном вопросе. Выделялись средства на подготовку специальных миссионеров для борьбы с ересями, на издание православных книг, журналов, направленных против раскола. Все это вело к тому, что о сектах и других раскольниках стал набираться обширный материал, который постепенно оказывался в руках исследователей − историков. С этого времени стало издаваться множество трудов по старообрядчеству и сектантству. Общественный интерес к сектам стал выше. Самим же сектантам от этого легче не стало. В 1853 году началось следствие в отношении главного хлыста Радаева из Арзамасского корабля Нижегородской губернии. Его обвинили в хлыстовстве и разврате. Следствие установило, что он жил одновременно с 13 женщинами, за сношения с ним обещал им благодать и святость. Он был заключен в тюрьму. Авторитет Радаева был настолько высок, что с его заключением под стражу влияние секты на народ стало падать.