Часто императрица объявляла свою волю в отношении городских дел в указах Сенату. Четыре из шести департаментов Сената при Екатерине размещались в Санкт-Петербурге, и сенаторов то и дело привлекали к участию в комиссиях по решению различных проблем, возникавших в управлении столичным городом. Почти все важные законы, касающиеся города, проходили через Сенат. Кроме того, он осуществлял надзор над учреждениями, чья юрисдикция действовала в Петербурге. Государственные учреждения низшего уровня обращались через Сенат за денежными средствами. Благодаря своему праву отклонять подобные запросы, Сенат мог контролировать основные расходы казны и тем самым различными путями влиять на управление столицей. Таким образом, если роль Сената в жизни и развитии города не была прямо зафиксирована в законе, то она тем не менее систематически отражалась в протоколах и документах, отлагавшихся в архивах, подобно осадочным слоям городской жизни. Словом, Сенат играл гораздо более важную роль в управлении Петербургом, чем предусматривалось в законодательстве.
В силу особенностей исторического развития Петербурга в управление городом вовлекались также и другие органы центральной власти. В первые десятилетия его существования несколько государственных учреждений, нуждавшихся в рабочей силе, заложили на окраинах свои собственные слободы, в том числе Адмиралтейство, Контора от строений её императорского величества домов и садов, а также Почтовое ведомство. Ко времени Екатерины II эти учреждения продолжали сохранять полную власть над своими слободами, несмотря на то что город разросся им навстречу, а некоторые даже совсем поглотил. Слободы напоминали большие деревни внутри города, а так как управление ими было не главной заботой создавших их организаций, то и дела в них, конечно, обстояли не лучшим образом, и особенно потому, что существование слобод как источника рабочей силы, которой в своё время не хватало на рынке, уже потеряло смысл.
Различные коллегии и канцелярии, сверх своих прямых обязанностей, решали ещё и конкретные задачи в сфере городского управления и контроля. Так, Коммерц-коллегии полагалось следить за тем, чтобы на рынках не обманывали покупателей и соблюдали чистоту. На Адмиралтейство после разрушительного наводнения 1777 г. возложили обязанность предупреждать город об угрозе подъёма воды и инспектировать частные мосты через Неву. Военная коллегия содержала будки для часовых на перекрёстках по всем центральным районам города. Мануфактур-коллегия до своей ликвидации в 1779 г. силами Мануфактур-конторы контролировала все виды промышленной деятельности (хотя и не все предприятия) в городе. Даже у Медицинской коллегии в столице имелись определённые обязанности, в том числе надзор над аптеками, фабрикой по изготовлению хирургических инструментов, госпиталями и медицинскими училищами, а также проведение прививок и предотвращение инфекционных болезней. Многие из этих задач, наряду с другими, не приведёнными здесь в качестве примеров, совпадали с обязанностями местных административных органов, усугубляя царивший в делах хаос.
Военный губернатор Петербурга командовал многочисленным гарнизоном, постоянно находившимся в городе. Как военному коменданту ему полагалась резиденция в Петропавловской крепости, и там же размещалось его ведомство. Этому воинскому начальнику подчинялись некоторые важнейшие промышленные предприятия в городе – Монетный двор, Литейный завод. Он также ведал продовольственным снабжением значительной части столичного населения и командовал войсками, которые исполняли церемониальные обязанности и несли караульную службу в столице и её окрестностях.
Ещё более важную роль в надзоре за работой городских органов местного управления играли гражданский губернатор и губернская канцелярия. До губернской реформы 1775 г. санкт-петербургский губернатор и его штат редко занимались повседневными проблемами столицы, хотя их конторы размещались именно здесь, а кроме Петербурга во всей губернии не имелось ни одного сколько-нибудь крупного города. Однако их присутствие всё же ощущалось. В 1765 г., определяя обязанности санкт-петербургского и московского губернаторов, Екатерина напомнила им, что, хотя столичные города и не находятся под их прямым контролем, они вправе судить о том, насколько хорошо и справедливо поставлено управление столицами, и вмешиваться, если оно кажется им неудовлетворительным. Она также предписала губернаторам постоянно координировать свою деятельность с полицмейстерами, стараясь при этом не вторгаться в сферу прав и обязанностей полиции. Губернатор, впрочем, имел полномочия арестовывать членов городского магистрата в случае налоговых недоимок с этого органа и, в сущности, мог отменить буквально любой его приказ.
Реформы 1775 г. не оставили никаких сомнений в том, что отныне губернатору принадлежал решающий голос во всех делах города. Его новые полномочия охватывали все функции местного городского управления, не исключая и полицейских. Губернатор вместе с губернской канцелярией решительно взялся за административные дела в Санкт-Петербурге. После 1780 г., когда, согласно положению 1775 г., была организована новая Санкт-Петербургская губерния, именно губернская канцелярия стала тем органом, который представлял сторону государства в строительных контрактах и в проектах общественных работ. Заново выстраивая отношения с магистратом, губернские власти требовали от него пунктуальности, тщательности и ответственности и вообще проявляли упорство, редкое для административных органов в России XVIII в..
Ещё одна задача выпала на долю губернской администрации после учреждения полицейского управления (Управы благочиния) в 1782 г. Третий департамент Сената, отвечавший за общественный порядок и благопристойность, был не в состоянии разрешать все неизбежные споры между горожанами и полицией. Когда его портфель переполняли подобные дела, он передавал их на рассмотрение в губернскую судебную систему. Таким образом, губернская администрация помогала поддерживать отношения между населением и полицией в рамках закона.
Комиссия о каменном строении Санкт-Петербурга была органом центрального подчинения, стоявшим вне административной иерархии. Созданная через несколько месяцев после прихода Екатерины к власти, эта комиссия ведала исключительно планировкой столицы и её будущей застройкой. Она просуществовала с 1762 по 1796 г., причём основная её деятельность пришлась на период до 1785 г. По сути дела, больше всего планировкой города занимались в Петербурге в середине 1760-х гг.. После 1768 г. комиссию расширили, чтобы она могла охватывать своей деятельностью все города России. В неё дополнительно набрали архитекторов, землемеров, чертежников и других специалистов по городской планировке. Комиссия разработала и получила утверждение свыше четырехсот планов. Лишь небольшая часть этих документов относилась к Санкт-Петербургу, но так как от комиссии исходили и генеральные планы развития, и конкретные решения о величине зданий, о правилах строительства, об использовании земли и прокладке улиц, на неё также следует обратить внимание как на ещё одно центральное учреждение, стремившееся распоряжаться в столичном городе.
Органы местного управления
Магистраты
Весьма примечательно, что посадская община – первичный орган самоуправления русских городов – так и не укоренилась в Петербурге. Причина, как отмечено выше, заключалась в том, что столица была основана слишком поздно, чтобы преодолеть все стадии развития, пройденные старыми русскими городами. К тому же настоящего стремления пересадить институт посада на почву невской дельты не существовало. Петру I гораздо больше нравились шведские и германские образцы городского устройства. Кроме того, влиятельное иностранное меньшинство, чьё участие в столичной экономике было необходимо для её благополучия, выступало противником традиционной русской модели администрации. Правда, после смерти Петра петербургскому магистрату, который государь учредил в значительной мере на замену посадской общине, позволили зачахнуть. Возродился столичный магистрат только в 1743 г., при императрице Елизавете.
Как и посад, магистрат охватывал своей юрисдикцией только часть городского населения, а именно ремесленников, купцов и людей других коммерческих занятий. Магистрат, который выбирали те группы, чьим интересам он служил, состоял из президента, четырёх бургомистров и двух советников. Все они избирались на трёхлетний срок. Магистрат, который иногда воспринимали как своего рода городской совет, на деле играл несколько другую роль и имел гораздо меньше власти. Главные его функции заключались в том, чтобы служить судом первой инстанции (о чём речь пойдет ниже), собирать некоторые налоги, контролировать регистрацию купцов и ремесленников в гильдиях и предоставлять, по возможности, любую информацию коммерческого характера по запросам со стороны высших органов центральной власти. Кроме того, столичный магистрат имел одну уникальную функцию. И Пётр I, и Елизавета, возродившая начинание отца, придали этому учреждению, полное название которого было "Санкт-Петербургский Главный магистрат", своего рода верховный статус: оно являлось контролирующим органом и высшей инстанцией по рассмотрению апелляций на магистраты всех остальных российских городов.
Губернская реформа 1775 г. изменила роль магистратов в управлении. В связи с тем, что в провинции была введена более развитая система местного управления, связавшая воедино города и сельскую местность, Главный магистрат постепенно утрачивал свои контрольные и апелляционные функции по отношению к магистратам других городов империи и к 1782 г., по мнению Дж. М. Хиттла, перестал их исполнять. Да и сам Главный магистрат теперь попал в гораздо более строгое подчинение к Санкт-Петербургскому губернскому правлению, чем было раньше. Сохраняя ещё некоторые властные функции в отношении своих избирателей в Петербурге (включая регистрацию документов и контрактов), после 1775 г. он превратился в основном в посредника, облегчающего контакты губернской администрации с купцами и ремесленниками столицы. Главный магистрат также по-прежнему имел голос в вопросе об основании промышленных предприятий, определяя, кому можно, а кому нельзя заниматься предпринимательством в городе. Он же руководил Партикулярной верфью, названной так потому, что на ней частные лица могли подрядить корабельных мастеров и купить материалы для постройки мелких судов. Но в основном магистрат теперь превратился в глаза и уши других, высших инстанций, нуждавшихся в информации для выработки своей политики. Так, в начале 1780-х гг. губернская канцелярия несколько раз обращалось в Главный магистрат за перечнями цен в городе и сведениями об их колебаниях. Магистрат также предоставлял по различным запросам информацию о мерах и весах, используемых в столице, о численности купеческого и ремесленного населения.
Полиция
Возможно, что в царствование, ставившее задачу создания Rechtsstaat – правового государства, важнее магистратов была полиция. Если магистраты занимались почти исключительно вопросами, касающимися торгового и ремесленного сословий, то деятельность полиции, охватывая все сословия, касалась каждого человека, жившего в городе. В известном смысле, полиция была первым органом местного управления, вышедшим за сословные рамки, т. е. предшественницей будущей городской администрации, призванной заниматься городом в целом. М. Раев в своей новаторской статье, посвящённой центральнои восточноевропейским корням идеи модернизации, указал, что полиция была учреждена, а концепция Polizeistaat – полицейского государства – разработана для того, чтобы правители могли усилить эксплуатацию ресурсов населения путем регулирования жизни подданных со стороны властей. В самом деле, поразительно, как много экономических занятий было отдано под контроль полиции. Не следует забывать и о том, что профессиональная полиция была учреждена в Санкт-Петербурге на сто лет раньше, чем в Лондоне.