Апологету главы военного ведомства Льва Троцкого Исааку Дойчеру показалось, что арест И.И. Вацетиса (и, соответственно, его сотрудников) был задумкой главного противника Л.Д. Троцкого - И.В. Сталина. Арест Главкома, предположил Дойчер, должен был в очередной раз унизить Троцкого. На наш взгляд, такое объяснение - результат поздней (1929 г.) положительной оценки Троцким Вацетиса в мемуарах. Версия И. Дойчера представляется малоубедительной: отношения Вацетиса и Троцкого были натянутыми. Показательна телеграмма председателя Президиума ВЦИК Я.М. Свердлова Л.Д. Троцкому от 2 декабря 1918 г., из которой следует, что последний унизил Вацетиса перед его подчиненными. Главком даже подал в отставку, заявив своим коллегам, что не останется на занимаемом посту - даже под угрозой ареста за саботаж. Поставившие об этом в известность Свердлова коллеги Вацетиса опасались, что Главком покончит жизнь самоубийством. Председатель Совета рабочей и крестьянской обороны Ленин и Свердлов сочли уход Вацетиса нецелесообразным и поручили Троцкому "устранить конфликт, чтобы не осталось и следа от него". Сам Вацетис этот эпизод описывал впоследствии иначе: "Л. Троцкий подал жалобу на меня во ВЦИК. На что он жаловался - не знаю. Я заявил… Аралову, что без должной самостоятельности я не считаю возможным продолжать работу по должности Главнокомандующего до разрешения инцидента с Л. Троцким. Я перестал посещать штаб, а свои объяснения и всю переписку направил председателю Совета Обороны т. Ленину. В связи с… инцидентом произошел забавный случай. Телеграмма Л. Троцкого была разослана в незашифрованном виде и сделалась известной в штабе, где вызвала различные толки. Между прочим, до меня дошли сведения, что Л. Троцкий ищет другого Главнокомандующего. Я решил оставить должность Главнокомандующего и послал телеграмму в Наркомвоен Советской Латвии тов. Петерсону К.А. с просьбой предоставить мне место командира полка в Латышской стрелковой дивизии. Петерсон показал эту мою телеграмму Ленину, что вызвало его вмешательство в создавшийся инцидент. Троцкий остался крайне недоволен моей телеграммой Петерсону и решил сорвать свою злобу на комиссаре штаба тов. Гиршфельде, сдавшему означенную мою телеграмму на аппарат, и посадил его на гауптвахту. Получилась какая-то комедия в духе Priegelknabe". Что касается позиции Исаака Дойчера, навряд ли устранение такого сотрудника стало бы унижением для Троцкого, хотя (отдадим ему должное) предположение И. Дойчера о заступничестве Троцкого за Вацетиса полностью подтверждается источниками. Тот факт, что Сталин умело воспользовался ситуацией, еще не означает, что за "заговором" стоял именно он. Сам Троцкий в мемуарах высказал 2 предположения о возможных причинах ареста Вацетиса (с оговоркой - "ничего серьезного за этими обвинениями не крылось"): неосторожные разговоры с "двумя-тремя молодыми офицерами" и чтение биографии Наполеона Бонапарта "на сон грядущий" ("предположения" Троцкого - намеренное искажение фактов).
Я.Ю. Тинченко выдвинул, на первый взгляд, достаточно аргументированную версию подоплеки ареста сотрудников Полевого штаба - необходимость найти виновных в неудачах Красной армии летом 1919 г.. Кстати, именно эту версию можно назвать "официальной": даже в 1922 году на "процессе организаторов Донской повстанческой армии" помощник комиссара Штаба РККА А.Р. Орлинский (представитель общественного обвинения на процессе) упомянул "эпоху 1919 г., когда был открыт врагам наш Южный фронт". И в развитие добавил: "Важность дела не только в том, чего достигли и чего фактически свершили обвиняемые, а в той атмосфере, которую они создали". Вероятно, "заговор в Полевом штабе" стал чем-то вроде "судебного прецедента".
А. Колпакиди и Д. Прохоров связали события "заговора" (по сборнику "В.И. Ленин и ВЧК") и арест создателя советской разведки и военной контрразведки консультанта Регистрационного управления генштабиста Г.И. Теодори. Авторы "Империи ГРУ" выдвинули 2 версии. Вторая более простая: сам Дзержинский, ободренный легкостью, с которой ему удалось в начале 1919 г. увести у военного ведомства контрразведку, решил повторить этот номер и с разведкой. К сожалению, авторы "Империи ГРУ" не учли заявление М. Алексеева, рассмотревшего июльские события в контексте истории органов руководства советской разведкой: аресты в Полевом штабе привели "к созданию специальной комиссии для проведения чистки разведорганов". А. Колпакиди и Д. Прохоров, таким образом, поменяли причину со следствием. Первая версия этих исследователей более сложна и несколько приближена к действительности: смерть в начале 1919 г. Я.М. Свердлова разрушила баланс сил в партии большевиков. Пока все логично. Далее начинается вымысел: в итоге, по мнению А. Колпакиди и Д. Прохорова, "малоавторитетный в партийной элите", но занимавший ключевой в период Гражданской войны пост Л.Д. Троцкий фактически занял место Свердлова, что вызвало "ревность" к нему большевистских лидеров Г.Е. Зиновьева и И.В. Сталина. Они использовали Дзержинского для травли Троцкого: с одной стороны, под арестом оказался "близкий" Троцкому Вацетис, а с другой - военная разведка перешла из военного ведомства в ВЧК. Здесь логика идет вразрез с фактами. Во-первых, практический вес Я.М. Свердлова в рядах партийных организаторов был чуть ниже, чем у Ленина: после смерти Якова Михайловича председатель СНК признался, что в руках Свердлова было сконцентрировано руководство советским и партийным аппаратом. Во-вторых, исследователи взяли за основу (естественно, без ссылки) следующий пассаж из монографии М.А. Молодцыгина: Троцкий в заявлении ЦК РКП(б) (март 1919 г.) подчеркнул, что "компартия не монолит, прежде всего, в ее руководящем звене. Если все признавали лидером Ленина, то за второе место шла борьба между Троцким, Зиновьевым и Сталиным. Лидер умело пользовался этим, выступая в роли примирителя, борца за единство". Это высказывание Льва Троцкого в тщательно отредактированном им документе - относиться к нему надо предельно осторожно. Троцкий, которого в партии никогда не считали своим, по определению не мог занять его место. Сталин и Зиновьев хотели его уничтожить как чужака и выскочку, а Ленин всячески разжигал страсти для уничтожения руководимого Троцким альтернативного Совнаркому центра власти - Реввоенсовета Республики. Позиции Сталина вплоть до 1922 г. Ленин укреплял именно для сдерживания властных амбиций Троцкого. Совершенно не понятно, какую выгоду летом 1919 г. мог извлечь из перестановок в высшем военном руководстве Г.Е. Зиновьев: ни одного из его сторонников не ввели в Реввоенсовет. Относительно военной контрразведки вопрос был решен еще до смерти ЯМ. Свердлова - в начале февраля 1919 г. Действительно, указанный вопрос был камнем преткновения ведомств Троцкого и Дзержинского. В конце января 1919 г. состоялось совещание по вопросу об объединении двух органов военной контрразведки - отдела военного контроля (ОВК) Регистрационного управления ПШ (в структуре военного ведомства) и армейских и фронтовых ЧК (в ведомстве ВЧК). Для решения вопроса Дзержинский лично 31 декабря 1918 г. настаивал на приезд в Москву Троцкого. В конце января 1919 г. состоялось совместное заседание руководства ПШ (заведующий большевик С.И. Аралов и консультант генштабист Г.И. Теодори), ОВК (зам. начальника большевик В.Х. Штейнгард) и ВЧК (Ф.Э. Дзержинский и заведующий Особым отделом большевик М.С. Кедров) - председательствовал Дзержинский, Троцкого на совещании не было. ОВК подвергся мощной критике Кедрова, не желавшего делить военную контрразведку с военным ведомством. Штейнгард даже не смог возразить на замечание Кедрова: дескать, в отделе военного контроля "очень мало" большевиков. К концу января 1919 г. РВСР согласился уступить военную контрразведку ВЧК: соответствующее постановление 6 февраля утвердил ВЦИК. В феврале же по военной контрразведке Полевого штаба был нанесен мощнейший удар: находившийся еще на стадии формирования ОВК был изъят чекистами в их ведомство и получил название Особого отдела (ОО ВЧК). Как видим, к смерти Я.М. Свердлова и заговору в ПШ описываемые события никакого отношения не имеют.
В.Г. Краснов и В.О. Дайнес продвинулись дальше остальных: они впервые связали споры в высшем политическом и военном руководстве по поводу стратегических планов летом 1919 г. с арестом Вацетиса и нескольких его сотрудников. Исследователи ввели в научный оборот ряд документов Троцкого и фрагмент обнаруженных ими показаний арестованных генштабистов. Вместе с тем, имевшиеся у исследователей источники позволяют лишь отчасти осветить одну из нескольких причин ареста Главкома - а именно стратегические разногласия Вацетиса с рядом политических лидеров того времени. К тому же не всегда понятно, на чем исследователи базировались и какие конкретно документы цитировали. Книга В.Г. Краснова и В.О. Дайнеса фактически представляет собой аннотированную публикацию документов РГВА и РГАСПИ. Трудности в работе с ней создает то обстоятельство, что архивные документы опубликованы без контрольно-справочных сведений, а литература используется без сносок. Так, упомянув сборник "Реввоенсовет Республики", авторы ограничились некими лирическими отступлениями об историографии исследования. В частности, повествуя о направлениях деятельности РВСР, исследователи не сочли необходимым даже упомянуть о предисловии к сборнику протоколов Реввоенсовета и соответствующей монографии М.А. Молодцыгина, хотя активно использовали и то, и другое.
А.В. Ганин в совсем свежей статье о генштабистах и чекистах во время Гражданской войны обнаруживает незнание даже имеющейся литературы. Исследователь пишет: "Часто в арестах трудно отыскать какую-то логику или необходимость. В 1918 году подвергся аресту один из крупнейших советских военспецов - Ф.В. Костяев, арестованный без причины и без предъявления обвинений"; "непонятно зачем 97 дней пробыл в заключении летом - осенью 1919 года и сам главком И.И. Вацетис, много сделавший для победы большевиков".