Ряд руководителей католической церкви в Польше выдвигал идею союза двух церквей. Целью этого союза было подчинение высшего православного духовенства католической церкви и обращения в римскую веру части священников, которые могли бы повлиять на настроения городских и сельских жителей православных провинций страны. Казалось, что этот план будет успешно осуществлен, поскольку многие православные иерархи рассчитывали разбогатеть, а другие выступали за унию из-за желания исправить нравы своей церкви. Унию планировалось осуществить в умеренной, мягкой форме на основе решений Флорентийского собора 1439 г.; православная церковь должна была сохранить свои восточные обряды, а за священниками сохранялось право вступать в брак. Католиков интересовали не столько различия в догматах, сколько признание верховенства папы православными священниками и их паствой. Епископы, одобрившие унию, получали право заседать в сейме вместе с католическими прелатами, а все православные, признавшие ее, получали равные с католиками права на получение государственных должностей.
Указ об унии двух церквей, который в 1594 г. был представлен на рассмотрение короля Сигизмунда III и папского нунция в Кракове, был подписан четырьмя православными епископами. Киевский митрополит Михаил Рагоза, человек слабого характера, тоже склонялся к принятию унии. На следующий год папа Климент VIII официально признал Новую объединенную церковь и, желая увековечить это событие, приказал отчеканить медали с надписью "Rutenis receptis".
Казалось, что усилия католиков завершились успехом, но последующие события показали, что они рано радовались. Православная шляхта, возглавляемая князем Константином Острожским, выступила с протестами; среди жителей Львова, Вильно и Киева начались волнения, ибо здесь существовали возникшие на добровольной основе организации, называвшиеся братствами (это были союзы православных купцов и ремесленников), которые обладали значительными средствами.
По указу короля дело об объединении церквей передали на рассмотрение церковного собора в Бресте, состоявшегося в конце 1596 г. Но вместо того чтобы прийти к согласию, православные и униаты окончательно разругались. Еле-еле удалось избежать вооруженного конфликта, поскольку дворяне, поддерживавшие обе стороны, явились в Брест со своим войском и артиллерией. Православная церковь разделилась, и вскоре между униатами и приверженцами истинного православия началась непримиримая вражда. В ходе борьбы православная церковь духовно возродилась. В русскоговорящих православных людях пробудилось национальное сознание; появились православные ораторы и борцы за веру, которые обрели материальную поддержку и горожан, и крестьян. В конце концов даже униатская церковь, по словам Дубовского, "превратилась в крепость украинского сепаратизма против Польши", и все это произошло главным образом из-за нелиберальной узколобости иерархов польской церкви, которые даровали украинским прелатам привилегии своего класса и тем самым превратили униатскую веру в церковь простонародья, [борющуюся] против римского католицизма как религии правящего класса. Аристократы, отказавшиеся от восточного христианства, стали в большинстве своем католиками, а не униатами, углубив тем самым социальный и национальный раскол".
Уже в 1590 г. вспыхнуло мощное казацкое восстание против польских властей. Поляк по происхождению, авантюрист Кристофер Косинский убедил запорожцев последовать за ним, но не в набег на земли татар, турок или молдаван, как было принято в ту пору, а в поход против волынской шляхты, чтобы пограбить ее поместья и сжечь ее дома. Самым ужасным было то, что большое число крестьян, которые только назывались казаками, присоединились к Косинскому в его укрепленном лагере в Триполье. В это же время во многих частях Волыни и Подолии и за Днепром вспыхнули крестьянские восстания. Весь 1592 г. украинские крестьяне грабили и жгли барские поместья. На следующий год Косинский снова вторгся в Волынь, но на этот раз испуганные дворяне, православные и католики, взялись за оружие и под Житомиром старый князь Константин Острожский и Александр Вишневецкий разгромили казачье войско, убив 2 тысячи человек и захватив 25 пушек. Косинский был взят в плен, но его отпустили на свободу. Вскоре после этого он погиб, однако никто не знает как.
Восстание Косинского не приняло огромных масштабов и не привлекло внимания королевского двора, в особенности потому, что в нем не принимали участия "реестровые" казаки. Это были беспорядки, которые устроила необычно большая группа недовольных. Тем не менее они показали, что на Украине существуют люди, способные с оружием в руках выйти на борьбу с польскими помещиками.
В 1594 г. разразилась Долгая война, в ходе которой австрийцы, турки, трансильванский князь Сигизмунд Баторий и валашский господарь Михаил Храбрый втянулись в бессистемную, но кровавую четырехстороннюю борьбу. Это привело к новым восстаниям казаков, с более значительным числом участников.
У казаков появился новый лидер - Северин Наливайко, молодой офицер, служивший в войске князя Острожского. Он родился в обеспеченной семье, умел читать и писать и прославился как опытный артиллерист. Резня, которую устроили турецким гарнизонам и поселенцам в Валахии и Молдавии господари этих княжеств, Михаил Храбрый и Аарон Тиран, а также захват Сигизмундом Баторием Рущука, Силистрии и других городов на правом берегу Дуная, стали для казаков сигналом к истреблению турецких гарнизонов в городах Нижнего Днестра. Наливайко прислал в Запорожскую Сечь письмо, призывая казаков присоединиться к нему в Молдавии и начать священную борьбу против турок. Его призыв сделал больше, чем долгие переговоры императорского посла Эрика Лассоты, состоявшиеся ранее в том же году, и не только из Сечи, но из всей Киевской земли несколько тысяч казаков под руководством запорожского гетмана Григория Лободы отправились на Дунай бить турок.
Набеги на Молдавию имели для казаков особую притягательность. Они испытывали сочувствие к православным молдаванам, а частые стычки между соперниками, претендовавшими на троны двух румынских княжеств, давали прекрасную возможность пограбить. В 1577 г. казак Иван Подкова стал фактически господарем Молдавии. Полякам очень не нравилось вмешательство казаков в молдавские дела, поскольку это ухудшало их отношения с Портой, и Стефан Баторий, чтобы умиротворить султана, поспешил казнить Подкову.
Теперь 12 тысяч казаков пересекли реку Прут, разгромили турок у Сусеавы и заняли Яссы; их вмешательство, скорее всего, стало решающим фактором в великой победе Сигизмунда Батория над турками под Мантином и в разгроме Михаилом Храбрым Синан-паши в Бухаресте. Сигизмунд III рассердился, узнав о переговорах императора Рудольфа с Сечью; он опасался, что австрийские интриги поддерживают сопротивление, которое оказывает церковной унии православная аристократия, что в ту пору обсуждалась в Бресте.
Одаренный, но полубезумный император осуществлял сложную политическую игру. Ведя, с одной стороны, войну против турок с целью остановить их продвижение в Центральную Европу, закончившуюся в 1606 г. Цитватёрёкским миром, он пытался натравливать православных магнатов и казаков в Малороссии на католическую польскую династию и использовать блестящую, но ненадежную мощь Михаила Храброго Валашского против Баториев в протестантской Трансильвании. В то же самое время Михаил, ставший на несколько месяцев господином всех румынских земель, надеялся, что совместная угроза, исходившая от Бориса Годунова и украинских казаков, не позволит полякам вторгнуться в Молдавию, а противоречия между Габсбургами и мадьярскими магнатами помогут ему захватить Трансильванию (где в 1599 г. его казацкий телохранитель помог ему победить Шелленберга).
А тем временем поляки приступили к борьбе с казацкими бунтами. В 1596 г. на Брацлавщине вспыхнуло крестьянское восстание. Отряды Наливайко начали опустошать Волынь, сжигая польские и униатские поместья. Они полностью разорили земли одного из главных вдохновителей унии - печально знаменитого негодяя Кирилла Терлецкого, луцкого епископа. Как защитник православия и русскоговорящих крестьян, Наливайко пошел на север и взял города Слуцк, Бобруйск и Могилев, опустошая польские поместья и сжигая на своем пути все униатские церкви. В это же время Лобода и его казаки овладели Восточной Волынью и Киевской областью.
Помещики толпами бежали со своих новых земель на юго-востоке, а по всей стране распространялась паника. Тем временем небольшой польский отряд под командованием прославленного Жолкевского искал встречи с казаками. Наливайко стал отступать на юг, в сторону Умани, а потом повернул на север, надеясь соединиться с Лободой у Белой Церкви. Здесь казаки устроили табор - лагерь из повозок, за которыми они установили множество пушек, и Жолкевский после небольшой стычки вынужден был отступить навстречу приближавшемуся подкреплению.
Однако Наливайко и Лобода не нашли у местного населения той поддержки, какую они имели в Подолии и Волыни. Местные казаки, в основном относившиеся к числу "реестровых", решили не присоединяться к восставшим.
Наливайко и Лобода перешли на левую сторону Днепра и вступили в Переяславскую землю. Жолкевский гнался за ними. Местные крестьяне, опасаясь мести поляков, ушли вместе с казаками в степь, расстроив их боевые порядки и замедлив движение. Около 12 тысяч человек, включая женщин и детей, покинули свои дома, куда им было уже не суждено вернуться.
Жолкевский догнал казаков на реке Солонице, около Лубен, и окружил их лагерь, где разразился голод из-за огромного количества лишних ртов. Между Наливайко и Лободой вспыхнула ссора, в которой Лобода был убит. Запорожцы, желая отомстить за его смерть, согласились сдаться на условиях, предложенных Жолкевским. Они обещали выдать полякам Наливайко и всю его артиллерию, с тем чтобы оставшимся казакам разрешено было идти куда глаза глядят. Однако, получив 20 пушек и гетманский жезл (булаву), поляки набросились на сдавшихся украинцев и устроили резню. Погибло около 4 тысяч казаков и еще больше беглецов, ушедших за ними в степь, включая женщин и детей. Только 1500 казаков добрались до Сечи. Наливайко доставили в Варшаву и подвергли пыткам. Одна украинская легенда гласит, что его зажарили внутри медного быка, а другая утверждает, что его усадили на раскаленного добела железного коня. На самом деле его четвертовали во время заседания сейма в 1597 г.
На том же самом сейме, на котором Наливайко приговорили к казни, поляки решили раз и навсегда покончить с казаками. Их объявили "врагами государства", и литовскому гетману Жолкевскому было поручено их уничтожить. Однако этот опытный военачальник отказался от такого задания, поскольку понимал, какие опасности и трудности таит в себе война с Сечью. Он считал, что надо успокоить "реестровых" казаков, которые и сами горели желанием доказать свою преданность. Они заявили, что не поддерживали никаких отношений с лидерами недавнего восстания, и пообещали, что сами уничтожат восставших. Это обещание оправдывало отказ Жолкевского вмешиваться в дела Сечи, которая, по указу сейма, считалась распущенной. Однако эта политика привела лишь к тому, что число "нереестровых" казаков, принимавших участие в восстаниях за порогами, сильно возросло, а когда появился бывший ее атаман Самойло Кишка (Кошка), очень популярный среди запорожцев, которому удалось бежать из многолетнего турецкого плена, на Сечи началась новая жизнь.
Не успел Польский сейм принять решение о роспуске казаков, как трудности, с которыми столкнулся король Сигизмунд III Ваза в Европе, заставили его искать помощи у запорожцев. В 1598 г. Сигизмунд попытался предъявить свои права на шведский престол, но был с позором изгнан из Швеции протестантами, которые хотели видеть на троне его кузена, Карла, герцога Зюдермании. Так была утеряна возможность объединения Польши и Швеции под властью короля Сигизмунда III, наследника одновременно Ягеллонов и Ваза. Сигизмунд надеялся, что, став королем Швеции, сумеет создать в Восточной Европе союз Швеции и Польши, который станет доминировать в этом регионе и проложит в Скандинавию дорогу контрреформации. Однако этого не случилось; Швеция и Польша завязли в войнах, в результате которых Московия превратилась в балтийскую и черноморскую державу.
Династическая война между польскими и шведскими представителями династии Ваза оказала решающее влияние на внутренние неурядицы в России, где в 1603 г. началась Смута. Если бы шведы и поляки объединились под властью одного из представителей дома Ваза, им удалось бы уничтожить Московское государство, но так получилось, что Швеция и Польша в российской гражданской войне осуществляли разные задачи. Польские католики поддерживали Лжедмитриев, а позже - Владислава Вазу в его попытке осуществить заветную мечту Витовта и установить польское владычество над всей Русской равниной. Протестантские шведы, захватившие ненадолго Новгород, "на мгновение поверили в возможность создания трансбалтийской державы, протягивающейся от озера Ильмень до Архангельска и далее на восток до Вологды", и стали поддерживать Василия Шуйского.
В 1600 г., когда Сигизмунд III был занят войной со шведами, великий канцлер Польши Ян Замойский преследовал свои собственные интересы, поддержав требования своего кузена Иеремии Мовилы на молдавский трон. И на Балтике, и в Молдавии потребовалась поддержка казаков, главным образом потому, что польское войско содержалось в основном на личные средства короля или крупных военачальников вроде Замойского, Жолкевского и Ходкевича. Выбить деньги из сейма на нужды армии оказалось очень трудно, и это ограничило число солдат, служивших короне, - даже в годы войны их было не более 20–30 тысяч. Поэтому поляки предпочитали призывать под свои знамена казаков, которые сражались "из чистой любви к войне" и надежды обогатиться.
В 1600 г. Ян Замойский обратился к сечевикам с просьбой помочь ему в Молдавии, но Самойло Кишка убедил их не помогать тем, кто объявил их вне закона. Король прислал Кишке письмо, написанное им собственноручно, но и оно его не тронуло. Кишка потребовал, чтобы все несправедливые законы против казаков были отменены, а их прежние привилегии восстановлены. Король прислал письмо со всяческими уверениями и пообещал, что на следующем заседании сейма все меры против казаков будут официально отменены. Тогда к Замойскому в Молдавию пришло четырехтысячное войско, но только после того, как на заседании сейма в 1601 г. все обещания короля были выполнены, казаки двинулись на север, в Ливонию, на помощь Ходкевичу. Здесь их ждала очень тяжелая, но победоносная кампания 1601–1602 гг. Кишка был убит под стенами Феллина.
Гражданская война в России вспыхнула из-за того, что в 1603 г. в Польше появился человек, называвший себя младшим сыном Ивана Грозного "царевичем Дмитрием", которого на самом деле убили в 1591 г., предположительно по приказу Бориса Годунова. Кандидатуру Лжедмитрия одобрили русско-литовские магнаты: Острожские, Вишневецкие и Сапеги. Однако дело оказалось весьма непростым. Сам Сигизмунд III сильно сомневался в том, стоит ли участвовать в авантюре, которая могла погубить польскую монархию (что в действительности и произошло), но его сын Владислав мечтал о создании империи и имел для этого все данные. Иезуиты, в свою очередь, надеялись с помощью Владислава и одаренного молодого человека, вошедшего в историю под именем Лжедмитрий I, установить латинско-польскую власть в Московии и добиться объединения Русской православной церкви с католической. В то же самое время Смута впервые показала ужасную анархическую мощь русского народа, которая нашла свое выражение сначала в поддержке первого Лжедмитрия, которого простые люди считали защитником бедных, а потом - во всенародном восстании против иноземных захватчиков.
Совершенно естественно, что буйное и воинственное население Польской Украины приняло самое активное участие в русской Смуте, пролив немало крови. Многие польские, русско-литовские и украинские дворяне решили поискать счастья в войске Лжедмитрия I. Вместе с ними отправилось большое число "реестровых" казаков, а еще больше слетелось в армию "царевича" всяких авантюристов и безземельных крестьян, называвших себя казаками. В разгроме армии Бориса Годунова под Новгородом-Северским участвовало 12 тысяч "запорожцев", большинство которых и близко Сечи не видали. В битве под Кромами на стороне Лжедмитрия сражались донские казаки. Их явилось 6 тысяч, чтобы "посадить его на трон". В последующие годы число вооруженных людей, уходивших с Украины воевать в Московию, росло вместе с разрастанием анархии. Около 30 тысяч воевали под польскими знаменами под Смоленском, и примерно столько же рассеялось по русским землям в виде небольших отрядов, которые грабили города, богатые монастыри и разоряли поместья бояр. За период между правлением Ивана III и Бориса Годунова Московия накопила огромные богатства, и в Смутное время все это было разграблено. Значительная часть сокровищ увезли на Украину и Дон. Чтобы отличать украинцев от донских казаков, московиты называли их "запорожскими черкассами".
Смута на Руси и слухи об огромной добыче, захваченной казаками, способствовали быстрому росту числа "нереестровых" казаков и возрастанию военного и политического значения Сечи. За десять последующих после 1606 г. лет запорожские казаки в ряде смелых набегов на Крымский полуостров и побережье Малой Азии перехватили у крымских татар и турок боевую инициативу.
В 1606 г. флотилия казацких судов появилась под стенами Варны, утопила девять турецких галер, взяла город и разграбила его. Было освобождено большое количество рабов - не только украинцев, но и венгров, поляков, немцев.
Зимой 1608/09 г. запорожцы взяли Перекоп и ворвались в Крым. Той же самой зимой они сожгли турецкие города в дельте Дуная - Килию и Измаил. В этих морских походах они продемонстрировали необыкновенную храбрость и находчивость. Они смогли на своих легких суденышках (чайках) незаметно проскочить мимо турецких фортов в устье Днепра, которые построили специально для того, чтобы не пропускать казаков в море. Самым трудным было вернуться домой живыми и не растерять богатую добычу, но обычно это казакам удавалось.
Выдающимися по своему бесстрашию оказались казацкие походы под командованием гетмана Петро Сагайдачного, который стал самым прославленным героем Запорожской Сечи.
В 1614 г. Сагайдачный совершенно неожиданно появился в богатом порту Синоп, расположенном на побережье Малой Азии. Синоп был разграблен; турки оценивали свои убытки в миллионы дукатов. Турецкий флот, посланный в погоню, не сумел захватить Сагайдачного, и на следующий год казацкие чайки неожиданно появились в Босфоре. Султан Ахмет I подвергся огромному унижению - он своими глазами наблюдал, как горят дома в ближайших пригородах Стамбула, подожженные казаками. На этот раз турецкая эскадра заперла казацкую флотилию в устье Дуная, но запорожцы, воспользовавшись темнотой, забрались на суда турок и захватили их адмирала. Потом они отвели захваченные корабли к турецкой крепости Очаков и сожгли их на глазах у гарнизона.