Смута поколебала авторитет церкви. Духовенство сознавало необходимость реформы церковной жизни, но среди пастырей церкви не было единодушия. Споры о вере и обрядах стали прологом к церковному расколу. Царь Алексей был человеком глубоко религиозным. Особым влиянием на государя пользовался его духовник Стефан Вонифатьев, собравший подле себя кружок "боголюбцев". В него входили священники, выделявшиеся своим благочестием и даром красноречия. Царь собрал их из разных городов России. Вонифатьев, Иван Неронов, Аввакум Петров, Никон и другие "боголюбцы" заботились об упорядочении церковных дел и обрядов, об исполнении церковью ее высокой нравственной миссии, исправлении книг на Печатном дворе. После Смуты Печатный двор возобновил и расширил масштабы своей деятельности. В свое время Максим Грек пытался исправлять московские рукописные книги по греческим оригиналам, но он кончил свою жизнь в тюрьме. Среди московского духовенства прочно утвердилась мысль о том, что греки не смогли сохранить свою веру в чистоте под властью турок. Тем не менее Печатный двор не мог обойтись без услуг ученых греческих монахов. Ревнители московского благочестия с недоверием следили за их деятельностью. Они были твердо убеждены в том, что после падения Византии на долю Москвы выпала задача сохранения чистоты православной веры, из чего следовало, что при исправлении богослужебных книг за образец должны быть взяты не греческие, а московские рукописные книги. Претензии такого рода, естественно, не встречали сочувствия греков. В середине XVII в. русские люди были потрясены известием о сожжении московских богослужебных книг на Афоне. Напряжение во взаимоотношениях грекофилов и их противников постоянно нарастало. Официальное руководство церкви отвергало любые попытки реформы московских обрядов и обычаев. "Боголюбцы", рассчитывая на поддержку царя, не побоялись вступить в конфликт с главой церкви. Поначалу их усилия сосредоточились на том, чтобы упразднить многогласие в церковной службе, когда несколько священнослужителей пели и читали молитвы одновременно, из–за чего прихожанам трудно было что–нибудь понять. Вонифатьев и его окружение требовали введения "единогласия". Патриарх воспринял новшества как покушение на московскую старину. Созванный им в 1649 г. собор наложил запрет на "единогласие". Когда же Вонифатьев заявил, что в Московском государстве нет более Божьей церкви, собор пригрозил царскому духовнику судом и казнью.
Никон разделял взгляды "боголюбцев", по их взаимоотношения подверглись суровому испытанию, когда он занял патриарший престол и приступил к реформе. Восточные иерархи, зачастившие в Москву, охотно обсуждали с царем и его окружением планы возрождения Византии под эгидой России. Один из таких иерархов предсказал Никону, что после освобождения Константинополя от турок он вернет православию храм святой Софии и станет главой мировой православной церкви. Идеи подобного рода высказывались неоднократно, и московские умы были давно подготовлены к их восприятию. При патриархе Иове теория "Москва - третий Рим" подкрепила претензии московской церкви на равное положение с восточными патриаршествами. При "великом государе" Никоне названная теория получила новую имперскую направленность. Идея мирового православного царства, усвоенная царем Алексеем и Никоном, стала одной из главных причин раскола русской церкви. Поставив под свою власть Украину и имея в виду перспективу дальнейшего объединения православных народов Восточной Европы и Балкан, царь и его советники должны были позаботиться о достижении религиозного единства, без чего империя лишилась бы прочного фундамента. Достичь такого единства можно было двояким способом. Первый заключался в том, чтобы взять за образец московские обряды и переводы и навязать их грекам, украинцам и всему прочему православному миру. Другой путь состоял в том, чтобы внести исправления в московские обряды и книги, следуя новогреческим образцам. Никон избрал второй путь, признав, что русской церкви следует поучиться у более образованных греков и ученых киевских монахов. Ближайшим помощником Никона выступил известный украинский богослов Епифаний Славинецкий. Исправление книг патриарх поручил Арсению Греку. В прошлом Арсений не раз менял веру, был униатом, принял ислам, за что в России был сослан на покаяние в Соловецкий монастырь. Никон освободил Арсения, вызвал с Соловков и определил на Печатный двор. Следуя приказу патриарха, Печатный двор начал исправлять московские книги по греческим оригиналам, а затем церковные власти внесли изменения в обряды. При Грозном митрополит Макарий с собором приговорили креститься двумя перстами, как в Москве, а не тремя - как в Новгороде, повторять возглас "Аллилуйя" дважды, а не трижды, служить литургию на семи, а не на пяти просфорах, писать имя Исус, а не Иисус и пр. Никои, обнаружив расхождения русского обряда с греческим, решительно стал на сторону греков и единоличным приказом велел прихожанам креститься тремя перстами, потому что так крестятся греки.
Собор 1654 г. одобрил новшества и внес изменения в богослужение, из–за чего сократились литургия, обряды крещения и покаяния. Собор предписал ходить вокруг аналоя не по солнцу ("посолонь"), а против солнца, отменил поклоны на коленях, когда молившиеся били челом о землю, запретил иконы, написанные не в византийской, а в западноевропейской манере. Еретические иконы подверглись публичному поруганию: с досок соскабливали лики святых и в таком виде носили по городу.
Столкнувшись с сопротивлением бывших друзей, Никон подверг разгрому кружок "боголюбцев": Аввакум был сослан в Сибирь, Неронов - в Каменский монастырь на Кубенском озере. Епископ Коломенский, осмелившийся усомниться в некоторых из нововведений, лишился сана. Священный собор отлучил от церкви всех противников реформ.
Глава церкви вел дело торопливо, самовластно и круто. Он требовал немедленного отказа от старых обрядов и точного исполнения новых. Печатный двор спешно напечатал исправленные книги. Их рассылали по епархиям, а старые изымали. Константинопольский патриарх благословил и одобрил все начинания Никона. Грекофильство Никона не знало предела. Он велел духовенству сменить традиционное русское облачение на греческое. На патриаршей кухне была заведена греческая еда. Старорусские обряды предавались осмеянию с неуместной запальчивостью и резкостью. Грекофильство имело в основе не преклонение перед эллинистической культурой и византийским наследием, а провинциализм патриарха, выбившегося из простых и претендовавшего на роль главы вселенской греческой церкви (С. Зеньковский).
Ревнители московского благочестия не сразу сложили оружие. Они опирались на силу традиции. У них были влиятельные покровители при дворе, множество приверженцев среди стрельцов и в народе. Про царицу Марию Милославскую говорили, что она спасла Аввакума от казни. Непримиримыми противниками реформы выступили боярыня Морозова и ее сестра княгиня Урусова (первая из них была свояченица Б. И. Морозова). После удаления Никона в монастырь Аввакум и Неронов вернулись в Москву и пытались с помощью царя добиться отмены нововведений. Однако глава Святорусского православного царства нанес их надеждам жестокий удар. Порвав с Никоном, он продолжил его дело.
Призванные на собор Неронов и другие приверженцы старых обрядов (старообрядцы) принесли повинную. Лишь Аввакум остался верен себе и продолжал решительно отстаивать на соборе старину. Многие священники, монахи и столичные юродивые повторяли речи Аввакума и убеждали народ в его правоте. Собор предал Аввакума анафеме. После ареста его вторично отправили в ссылку.
Собор 1666–1667 гг. довершил торжество никониан и грекофилов. Добрую половину епископата на соборе составляли иерархи, прибывшие с Востока. Собор отменил решения московского Стоглавого собора, признав, что митрополит Макарий с иными московскими иерархами "мудроствовал невежеством своим безразсудно". Собор положил начало расколу русской церкви. Все, кто отказался подчиниться его решениям, были отлучены от церкви. Преданные анафеме ревнители московского благочестия получили название раскольников и староверов. Раскольники подвергались жестоким преследованиям со стороны светских властей. Аввакум после многолетнего заточения в тюрьме был сожжен, боярыня Морозова с сестрой умерли в тюрьме. Однако никакое насилие не могло положить конец церковному расколу. Огромное впечатление на народ произвела трагедия одного из главных центров русской духовности - Соловецкого монастыря. Монахи этой обители выступили на защиту русского благочестия и отказались подчиниться постановлениям собора 1666–1667 гг. Царские войска в течение 8 лет осаждали монастырь. Большинство соловецких монахов погибло в годы осады, прочие подверглись жестокой казни после падения крепости. Соловецкий монастырь издавна пользовался большим авторитетом на русском Севере, который с этого времени стал оплотом раскола.
Староверы считали, что измена царя и патриарха московскому благочестию превращала светлое православное царство в царство Антихриста. Последователи учителя раскола Капитона укрывались в глухих лесах и доводили себя до смерти голодом, другие устраивали "гари" - массовые самосожжения. Раскол церкви имел серьезные последствия, так как произошел в условиях кризиса русского общества. Последствия разрухи, воцарившейся в Русском государстве в годы гражданской войны, не были преодолены ни при царе Михаиле, ни при его сыне Алексее. Даже к 1670‑м годам в Замосковном крае оставались невозделанными более трети старопахотных земель. Крепостнические меры государства не дали желаемых результатов. Крестьяне продолжали покидать центральные уезды и переселялись на необжитые степные окраины в Среднем Поволжье и к югу от Белгородской черты, а также в Западную Сибирь. Создание новых крупных очагов земледелия в черноземной полосе потребовало много сил и времени. Мелкие помещики не имели средств для распашки новых земель, розыска беглых крестьян и населения царской службы.
Продолжавшееся дворянское "оскудение" тревожило правительство. В интересах дворянства власти после издания Соборного Уложения 1649 г. стали посылать для сыска беглых крестьян воинские команды. Сыск распространился на огромную территорию, в результате чего землевладельцы вернули себе десятки тысяч крепостных.
Стремительный рост государственной земельной собственности привел к тому, что свободное крестьянское землевладение почти целиком исчезло в Центре. Большие массивы "черносошных земель сохранились лишь в Поморье и Западной Сибири, куда поместное землевладение не проникло.
Общая численность населения России, по самым примерным расчетам, не превышала 9–10 млн. человек, а его плотность оставалась самой низкой в Европе. Подавляющая часть народа жила в крохотных деревнях. Как крестьянское, так и помещичье хозяйство носило преимущественно натуральный характер. Из–за частых неурожаев население голодало. Товарные излишки хлеба были невелики.
Крупнейшим торговым городом России оставалась Москва. Но в силу неразвитости товарного производства и плохого состояния путей сообщения Москва в XVII в. еще не могла превратиться в центр всероссийского рынка. Обмен между изолированными местными рынками носил сезонный характер и осуществлялся через ярмарки. Самыми крупными ярмарками были Макарьевская в окрестностях Нижнего Новгорода на Волге, Ирбитская на Урале и Свенская под Брянском. Первая из них привлекала массу купцов как из Центра России, так и из азиатских областей. Свенская ярмарка играла важную роль в торговле России с Украиной. Казна установила монополию на экспорт товаров (пушнины, поташа и др.), пользовавшихся наибольшим спросом на зарубежных рынках. Это неизбежно замедляло процесс накопления капитала. Наиболее прибыльным товаром на внутреннем рынке оставались соль, вино, металлические изделия. В наибольшем количестве соль добывалась в Поморье и Приуралье, а также в Старой Руссе и Балахне. Железнодорожным промыслом славились Тульско - Каширский район под Москвой, Тихвин и Устюжна Железопольская.
К XVII в. относятся первые попытки освоения природных богатств Урала. Небольшой медеплавильный завод был основан тут уже в 1631 г., однако он просуществовал недолго. Отсутствие капиталов и местной рабочей силы помешало наладить выплавку уральской меди и железа. Более удачным оказался опыт крупных мануфактур, основанных под Москвой с привлечением иностранного капитала и техники. Три завода были основаны в 1636 г. голландским купцом Андреем Виниусом в Тульско - Каширском районе, давнем центре железоделательных промыслов. Армия остро нуждалась в оружии, а потому заводовладельцы получали крупные правительственные субсидии. К мануфактурам приписывали дворцовых крестьян, которые в счет отбывания государственных повинностей должны были заготовлять руду и древесный уголь и возить их на заводы. Помимо Тулы центром вновь возникшей металлургической промышленности стал Олонец, где датчанин А. Бутенант построил несколько предприятий. На заводах применялась современная западноевропейская техника - доменные печи. Мануфактуры работали почти исключительно на казенные заказы.
Масштабы мануфактурного производства были незначительны. К концу XVII в. Россия выплавляла едва десятую часть железа, производимого Швецией. Доход промышленников был неустойчивым, и заводы часто меняли своих владельцев. Недостаток средств побудил А. Виниуса принять в компаньоны датчанина П. Марселиса и голландца Ф. Акему, которые устранили его от дел. Новым заводовладельцам удалось расширить тульские мануфактуры и основать 4 железоделательных предприятия под Каширой. Помимо того они взяли в аренду завод, выстроенный боярином Милославским в его вотчине. После смерти Марселиса казна передала его тульско–каширские заводы в собственность боярину Л. Нарышкину.
Единственным морским портом России оставался в XVII в. Архангельск. Навигация на северных морях прекращалась на зимний период. Даже в конце столетия в Архангельск прибывало не более 70 кораблей в течение летней навигации. Россия ввозила из Западной Европы оружие, сукна, вина, стекло, бумагу. Предметом вывоза были пушнина, сало, пенька, кожи, лес, холстина. Внешняя торговля находилась всецело в руках иностранных купцов, что вызывало естественное недовольство русского купечества. В 1653 г. власти ввели повышенные пошлины на иностранные товары. Протекционистская политика получила подтверждение в Новоторговом уставе 1667 г. Правительство удвоило пошлины на товары иноземных купцов, проданные ими за пределами Архангельска, и запретило этим купцам розничный торг по всей России.
Длительная война с Речью Посполитой подорвала экономические силы Русского государства и расстроила денежное обращение в стране. Чтобы покрыть военные расходы, казна приступила к выпуску медных денег, принудительно приравняв курс медных денег к курсу серебряных.
Появление в обороте массы обесцененных денег дезорганизовало внутренний рынок. Курс медных денег резко упал, а цены многократно поднялись. Товары стали исчезать с рынка один за другим. Власти собирали налоги серебром, а выплачивали жалованье медью. Приказные люди использовали неразбериху, чтобы набить себе карманы. В обороте появилось много фальшивых денег. С помощью взяток мошенникам–финансистам удавалось избежать какого бы то ни было наказания. В аферах и взятках заподозрена была родня царя - бояре Милославские. В 1662 г. в Москве произошли беспорядки. Толпа москвичей явилась в село Коломенское, где находился царь, и потребовала выдачи бояр Милославских и других изменников. Народ был разогнан вызванными из Москвы стрельцами. Бунт вынудил правительство вернуться к серебряному денежному обращению.
Время правления Алексея Михайловича вошло в историю как "бунташное время". Из всех народных выступлений той эпохи самым разрушительным и кровавым был бунт Разина. Донской атаман Степан Разин совершил разбойный поход на Каспийское море. Казачье войско разграбило несколько провинций на южном берегу Каспия и нанесло поражение персидскому флоту. На Дон разинцы вернулись с богатой добычей. Их столицей стал земляной Кагальницкий городок. К началу 1670 г. под знаменами Степана Разина собралось несколько тысяч казаков, беглых холопов и "гулящих людей" (вольницы). Когда в Черкасск прибыл царский посол Евдокимов, общевойсковой атаман К. Яковлев собрал казачий круг и заявил о своей верности государю. Однако на другой день в столицу Войска Донского явился Разин, добившийся от круга решения о казни Евдокимова, объявленного боярским лазутчиком. По возвращении в Кагальницкий городок разинцы выступили на Москву для искоренения "злых" бояр. Донские казаки попытались воскресить идею "доброго" царя, чтобы взбунтовать народ. "Добрым" царем должен был стать наследник престола царевич Алексей, которого в действительности уже не было в живых. Мятежники утверждали, будто "добрый" наследник спасся от бояр и отца и находится в казацком войске. Роль царевича исполняли поочередно пленный черкесский князь и один из казачьих атаманов. Разин объявил также, будто с ним идет на Москву патриарх Никон, гонимый царем Алексеем. Казаки перешли с Дона на Волгу и захватили Астрахань. Разин обещал народу волю и призывал к поголовному истреблению бояр и чиновников. Мятежных казаков поддержали нерусские народности Среднего и Нижнего Поволжья. Восстание охватило огромную территорию. Но Разину не удалось пробиться к Москве. После поражения под Симбирском Разин был схвачен и казнен в 1671 г. Мятеж Разина сопровождался истреблением дворян и приказных людей. В ответ власти казнили много тысяч повстанцев. Самозванческая интрига не получила развития в движении Разина и не привела к расколу российского дворянства, из–за чего бунт казаков так и не превратился в гражданскую войну.