Осажденные во главе с Фернандо Писарро замечали как редели массы индейского войска. Пользуясь передышками, испанцы совершали в окрестности вылазки. Одна из них оказалась настолько удачной, что испанцы смогли захватить и пригнать в город около 2000 лам, что могло обеспечить их мясом на длительный срок. Рейды теперь стали более регулярными, но каждый из них был сопряжен с боевыми схватками с индейскими воинами или вооруженным населением, что вело к потерям убитыми и ранеными среди осажденных. Ободренные улучшением своего положения испанцы решили теперь попробовать захватить Манко в его крепости в Тамбо и тем самым, возможно, положить конец осаде Куско, а может быть, и всему восстанию в стране. Но эта дерзкая попытка ночного нападения окончилась серьезной неудачей, и испанцам пришлось быстро отступать перед преследовавшими их инками и вернуться в Куско. Индейцы во главе со своим предводителем Манко торжествовали победу, но она оказалась недолгой.
Решающее изменение в положение в Куско совершенно неожиданно внесло возвращение в него отряда Альмагро, который прибыл обратно после очень далекого и трудного похода в Чили. Экспедиция прошла свыше 2000 миль тяжелого пути через горы и пустыни, дойдя до южного конца королевской дороги инков, где начинались владения арау- канос - самых воинственных индейцев Южной Америки, с которыми не удалось справиться даже мощным армиям перуанцев в период расцвета их могущества. Попытки испанцев преодолеть невероятное сопротивление смелых и прекрасно организованных арауканос, чтобы пройти в их пределы, на этот раз оказались безуспешными. Эти индейцы не позволяли даже брать себя живыми в плен, предпочитая совершать самоубийство. Но один ночной патруль пришельцев сумел захватить двух спящих арауканос, которых под пытками заставили ответить на вопрос, что находится за их армией, чтобы защищать с такой самоотверженностью. Арауканос одинаково отвечали: "Чили! Чили!", что на их языке означало "край земли". Именно это название потом закрепилось за их землями и возникшей впоследствии на них страной.
Испытывая страшный голод и страдая от сурового климата, участники экспедиции единодушно решили, что они были жестоко обмануты братьями Писарро. Альмагро и его люди кипели жаждой мщения. Глава отряда, получивший титул аделантадо новых провинций, был твердо убежден, что согласно королевскому указу Куско принадлежал ему, и сейчас он был готов взять то, что ему принадлежало по праву, что бы ни утверждали его соперники. Теперь, остановившись на окраинах бывшей имперской столицы, "чилийцы" увидели сами то, о чем до них доходили только неуверенные слухи: инки во главе с Манко вели войну против Куско с находившимся там отрядом под командованием Фернандо Писарро.
По не совсем ясным причинам, одной из которых могло быть неучастие Альмагро в расправе с Атауальпой и в других одиозных действиях испанцев ввиду его позднего появления на перуанской сцене, некоторые индейские военачальники и сам Манко относились к нему с определенным доверием, хотя он был такой же безжалостный покоритель их страны, как и остальные. Как бы там ни было, но по прибытии в Куско вождь "чилийцев" вступил в переговоры с Манко, которые привели к тому, что индейцы сняли осаду города и отступили в горы. История не сохранила сведений о том, почему и в обмен на какие обещания Альмагро Манко прекратил многомесячное окружение старой столицы. После ухода перуанцев Фернандо Писарро поехал на встречу с главой "чилийцев", который разбил свой лагерь в 20 милях от города
В ходе напряженного разговора Альмагро твердо заявил, что Куско принадлежит ему и что он его возьмет себе, несмотря на всеобщую войну индейцев против испанцев и угрозу со стороны недалеко расположившегося войска Манко. На этот момент стороны пока условились о перемирии, и Фернандо Писарро вернулся в лагерь, сразу же приступив к укреплению обороны города против ожидаемого нападения крупного отряда Альмагро. Под покровом ночи 8 апреля 1537 года "чилийцы" ворвались в центр города и окружили здание, где размещались братья Писарро со своими людьми. Не имея возможности взять его штурмом без больших потерь, Альмагро приказал поджечь его крышу. Разгоревшийся пожар заставил группу Писарро выйти на улицу, где все они были схвачены и посажены в кандалы. Теперь вождь "чилийцев" наконец стал полным хозяином Куско и стал налаживать в нем жизнь, укрепляя его одновременно от возможных нападений со стороны ожидавшихся подкреплений для братьев Писарро из Лимы или отрядов Манко, который уже начал проявлять признаки враждебности и к Альмагро.
Эти предосторожности оказались совершенно не напрасными, так как три месяца спустя после нахождения в Куско "чилийцы" успешно отразили на перевале попытку отряда губернатора пройти к городу, а затем совершали вылазки против поднявшего голову войска Манко. Сейчас верховный руководитель перуанцев занимал скорее выжидательную позицию, ожидая, когда испанцы ослабят друг друга в междоусобных кровопролитиях. У Франсиско Писарро по-прежнему не хватало людей, чтобы предпринять успешное нападение на Куско, и он терзался от невозможности помочь своим братьям.
Время шло, но тупиковая ситуация в Перу продолжала сохраняться без перемен. Альмагро приступил к созданию собственного порта на побережье для связи своей столицы с внешним миром и для этого переехал в замечательное индейское поселение в южной части Перу, которое он переименовал в "Альмагро". За эти месяцы его верный сторонник и ветеран многих войн в Европе жестокий вояка Ор- гоньес несколько раз уговаривал Альмагро отрубить головы двум пленным братьям Писарро, убеждая его, что пока они остаются в живых, его собственная жизнь будет находиться в постоянной опасности. Хозяин Куско не соглашался, и оба брата продолжали оставаться в тюрьме. Затянувшийся и чреватый опасными последствиями для всех испанцев тупик в восставшей стране инков заставил более трезвые среди них головы подвигнуть соперников к перемирию и нахождению мирного решения их конфликту.
Им удалось организовать встречу руководителей двух кланов 13 ноября 1537 года в небольшом городке Мала. Первым условием для встречи со стороны Писарро было освобождение его братьев, которых Альмагро отпустил на свободу, несмотря на решительные протесты своих офицеров. Дом, где происходила встреча, находился прямо на берегу реки, в камышах которой освобожденные братья с ведома или без ведома губернатора подготовили засаду для Альмагро. Соперники начали беседу при посредничестве назначенного для этого монаха, но скоро она перешла в громкие взаимные обвинения, которые были прерваны условным сигналом об опасности солдата Альмагро, поставленного на улице для наблюдения. Услышав сигнал, Альмагро мгновенно выскочил в окно со второго этажа дома и, обманув засаду, умчался со своими сопровождающими в сторону строившегося порта, а затем вернулся в Куско. С этого момента судьба вождя "чилийцев" стала складываться чрезвычайно неблагоприятно.
Вне Перу союзников у него не было, да даже если бы они оказались и готовы были предоставить ему помощь, ее направить было практически невозможно из-за отсутствия коммуникаций, так как Писарро плотно перекрыли ему проход через перевалы в Андах. Куско был отрезан от внешнего мира, а 6 апреля 1538 года Фернандо Писарро занял боевые позиции на подступах к этой старой столице. Альмагро был слишком болен, чтобы участвовать в сражении, и был вынесен на поле боя на носилках. Начавшаяся битва продолжалась всего два часа и закончилась полным разгромом отряда "чилийцев", оставив на земле почти двести убитых и много раненых, которые были жестоко уничтожены индейцами. Сам Альмагро был взят в плен Фернандо Писарро, которого он освободил из заключения и который 8 июля 1538 года приговорил его к смерти и казнил. Диего Альмагро - одному из главных организаторов завоевания империи инков - было 63 года.
Теперь братья Писарро избавились от своего главного соперника в претензиях на земли империи инков, но они знали, что ее огромные и трудно контролируемые пространства, особенно на далеких окраинах, служили большим соблазном для немалого числа авантюристов установить в них собственную власть и отделиться в самостоятельные провинции. В то время никто еще не знал о точных размерах Южной Америки или о том, что находилось за пределами известных границ владений инков, и эти неведомые края продолжали манить к себе первооткрывателей и конкистадоров. Такие новые авантюристы и ветераны перуанских экспедиций ждали только удобных обстоятельств, чтобы заявить о себе: они уже тогда вынашивали планы открытий и завоеваний, как мы увидим ниже.
В стремлении предотвратить подобные попытки на их территории братья Писарро от имени губернатора начали избавляться от возможных соперников из числа активных военачальников, посылая их в опасные экспедиции в еще не открытые или малоисследованные земли, но пытаясь сохранять над ними контроль. К их числу относились Педро Вальдивиа, Алонсо де Альварадо, Педро Ансурес, Педро де Кандиа, Гонсало Диас де Пинеда и Алонсо де Меркадильо. За исключением Вальдивиа почти все такие походы отправлялись за восточную гряду Анд в тропические джунгли, куда редко отваживались выступать даже крупные армии инков и о которых почти ничего не было известно.
Наиболее умело проведенной и результативной экспедицией на восток оказалась авантюра Алонсо де Альварадо, который пересек Кордильеры к востоку от Кахамарки, основал в пограничной области с границей империи инков город Чачапойяс и спустился через девственные леса к берегам реки Уальага - главным притоком Мараньон-Амазонки. Он был первым, кто установил, что немалое число рек, стекающих с обильных снегами Анд, несли свои воды на восток и предположительно впадали в Атлантический океан. Это было важное открытие для последующего исследования центральных и восточных районов обширного бассейна Амазонки с запада. Алонсо Альварадо вернулся из похода в Чачапойяс, где вскоре был назначен губернатором открытых им земель под контролем Лимы.
Опытный и способный Педро де Вальдивиа был отослан в отдаленные и, как тогда еще считалось, бесплодные земли Чили с их воинственными арауканос для продолжения исследования, начатого Альмагро. Этот упорный конкистадор вступил в чилийские земли в 1540 году, где через год основал форт Сантьяго, но вынужден был задержаться в своем продвижении на юг перед лицом ожесточенного сопротивления арауканос на рубеже реки Био-Био. В течение последующих 10 лет Вальдивиа даже не решался продолжать свои завоевания, и лишь после 1550 года ему с большим трудом и ценой немалых потерь удалось основать несколько изолированных фортов, в том числе Консепсьон. Но уже в 1553 году непокорные арауканос во главе со своим блестящим военным вождем Лаутаром снова поднялись против испанцев.
Эта воина была очень подробно и поэтично описана в большом классическом произведении испанской литературы эпохи Ренессанса "Араукана", автор которого Хуан дель Энсина, хотя и был ее непосредственным участником на стороне завоевателей, со всей силой своего огромного таланта воспел в стихах благородство и бесстрашие арауканос В ходе войны смелые местные воины смогли захватить и разрушить несколько испанских поселений, а в 1553 году им удалось взять в плен, а затем казнить самого Вальдивиа, который стал одним из немногих испанских конкистадоров высокого ранга, погибших от рук индейцев. Завоевание Чили удалось несколько закрепить к концу 1550-х годов лишь новому губернатору маркизу Гарсиа де Мендоса. Впоследствии Мендоса был назначен вице-королем Перу, а его аристократический титул дал название целой группе островов Тихого океана-Маркизам, случайно открытым тогда же отважным испанским мореплавателем Менданья на пути из Перу в поисках легендарного и еще не найденного тогда европейцами Южного континента-Новой Голландии, переименованной впоследствии в звучную Австралию. Умело приспосабливаясь к изменяющимся обстоятельствам и меняя военную тактику, арауканос продолжали свою вооруженную борьбу до 1880-х годов-уникальное явление в истории колонизации Америанского континента.
Педро де Кандиа - первый человек из экспедиции Писарро, который в 1527 году имел смелость высадиться один в Тумбесе среди индейцев империи инков и проложить путь для входа в Перу всей экспедиции, получил разрешение на совершение похода в неизведанные земли к востоку от андийского хребта и известных границ Перу. Талантливый военачальник с разносторонними способностями, честолюбивый грек де Кандиа закончил этот тяжелейший поход полным провалом, но сумел вывести обратно почти всех испанцев живыми, что не помешало Фернандо Писарро обвинить старого надежного соратника в заговоре против него и отстранить от важных дел. Меркадильо вернулся из экспедиции узником своих собственных людей, которые восстали против его настойчивых попыток продолжать труднейший переход и посадили под арест, чтобы направиться обратно. В авнтюре Педро Ансуреса погибло 143 испанца и 4000 индейцев, а голод заставил выживших убить для пропитания 220лошадей. Все вернувшиеся участники упомянутых походов на восток рассказывали о непроходимых джунглях, обширнейших болотах, широких и глубоких реках, бесконечных скользких впадинах и оврагах, а также о постоянных потоках дождей, диких зверях и тучах насекомых, которые так затрудняли их продвижение. Они не находилили там каких-либо ценностей, но приносили с собой рассказы индейцев об очень богатых золотом, серебром и драгоценными камнями землях в нескольких днях или неделях пути от их мест. Люди хотели верить в такие рассказы, и не только верили в них, но и вдохновлялись ими для все новых и новых авантюр.
Воинственный и непоседливый Беналькасар, присоединившийся к Писарро со своим отрядом из Гватемалы еще на самом начальном этапе перуанской экспедиции и внесший немалую долю в ее успешное проведение, сейчас по поручению Писарро управлял северной провинцией из Кито. Здесь он активно занялся организацией управления вверенной ему территорией и создал в ней собственный прекрасный порт в городе Гуаякиль. Вслед за этим он начал постепенное продвижение на север в надежде открыть и покорить новые земли, а одновременно и избавиться от угнетавшей его самостоятельность власти Писарро. Уже в конце 1537 года у Франсиско Писарро возникли, и не без основания, подозрения, что Беналькасар зашел слишком далеко в своей автономии и вел дело к отделению от его владений. Не теряя времени, он посылает на север капитана Лоренсо де Алдана с солидным отрядом конницы с приказом догнать и арестовать ушедшего в далекий поход Беналькасара, а затем привести его в Лиму.
Однако продвижение Алдана сильно сдерживалось отсутствием провианта, который он рассчитывал получать у населения по пути следования, но шедший впереди него Беналькасар своими грабежами и боевыми действиями против сопротивлявшихся индейцев ничего не оставлял преследователям. Кроме того, чтобы обеспечить свое войско пропитанием, он гнал перед собой стадо в 2000 свиней, которые сметали на своем пути буквально все живое. Экспедиция Беналькасара продвигалась все дальше вперед и дошла до высокогорных земель старой, но исчезнувшей цивилизации в районе Попаян, а затем оказалась в плодородной долине Нейва, находящейся в верховьях могучей реки Магдалены, устье которой находилось на карибском побережье и было уже хорошо знакомо испанцам.
После длительного отдыха в этих краях Беналькасар двинулся на северо-восток, где вышел на великолепное и просторное горное плоскогорье, которое настолько ему понравилось, что он пожелал в нем обосноваться как в центре открытых им земель. Но, к своему невероятному удивлению, он вскоре обнаружил, что в этом его опередили соотечественники во главе с капитаном Гонсало Кесади- льей, которые совершили чрезвычайно трудный переход через болота и джунгли вверх вдоль долины Магдалены от побережья Карибского моря. Эта новая территория стала вотчиной Кесадильи, который основал в долине встречи с Беналькасаром столицу Новой Гренады и будущей Колумбии Боготу. Усилия Беналькасара найти собственную колонию не оправдались, и он вынужден был вернуться в Кито, откуда за проявление самоуправства он был наказан Писарро и назначен на более скромный пост управляющего тогда еще совсем небольшого Гуаякиля. Вместо него на пост губернатора Кито был назначен Гонсало Писарро, который вскоре тоже приступил к поиску и открытиям новых земель, что он считал для себя гораздо более важным и перспектвным делом, чем управление провинцией.
Гонсало был просто взбудоражен слухами и рассказами местного населения о богатой стране корицы и золотоносного Эльдорадо - озера, где будто бы скопились большие запасы драгоценного металла, который туда поколениями сбрасывали местные индейцы, следуя своим религиозным ритуалам. Он отправился в эту экспедицию с 220 испанскими всадниками и 4000 индейцев, но длительные и мучительные поиски в восточных районах Анд и джунглей в притоках Амазонки окончились полной неудачей. Все сопровождавшие его отряд индейцы и половина испанцев погибли, а оборванные и измученные оставшиеся в живых люди едва добрались до Кито в сплошных лохмотьях.
Пока развивались эти события по захвату новых территорий на границах бывшей империи Перу после разгрома Альмагро предводитель инков Манко все еще сохранял довольно значительные силы численностью около 80 000 человек и неоднократно пытался атаковать теперь уже постоянно возраставшие отряды испанцев, но ему не удалось одержать ни одной победы. После сдачи крепости в Тамбо недалеко от Куско и ряда последующих поражений в долине реки Урубамба Манко в 1537 году увел свой сильно поредевший отряд в далекую и очень труднодоступную горную область Вилкабамба. Здесь он провел большую работу по укреплению своей армии, в том числе с помощью небольшой группы "чилийцев", потерявших все во владениях Писарро и перешедших на службу к их врагам инкам. Отсюда Манко совершал неоднократные набеги на небольшие отдельные испанские отряды, но не был в состоянии вступать в серьезные битвы и не искал их, кроме одной попытки вернуться в Куско, когда ему стало известно об отъезде из города Гонсало Писарро с большей частью гарнизона в Лиму, но был разбит еще на подступах к старой столице. Не будучи в состоянии подняться в неприступную вотчину Манко в Вилкабамба и предотвратить его вылазки, испанцы некоторое время были вынуждены просто их терпеть.
Во время своего пребывания в Вилкабамба Манко научился у испанцев игре в шары, похожей на кегли, и увлекался ею настолько, что входил в азарт. Во время одной их таких игр между ним и его испанскими партнерами возник жаркий спор, переросший в потасовку, в результате которой Манко получил сильный удар шаром по голове. После этого испанцы попытались сразу же скрыться и уйти в Куско, но были схвачены и казнены. Через три дня Манко умер, назначив перед смертью своим наследником старшего сына Сайри Тупака, который был еще несовершеннолетним. Все вылазки против испанцев теперь прекратились, а когда Сайри вырос, то совершенно не проявлял интереса к ведению военных действий. Благодаря этому в течение многих лет данная часть Перу оставалась относительно спокойной.