Вслед за урегулированием этого опасного конфликта Альмагро поспешил совершить уполномоченное королем завоевание новых южных территорий и, легко собрав несколько отрядов жадных до ожидаемой богатой добычи добровольцев, направился в земли сегодняшнего Чили. Отъезд в далекую и небезопасную авантюру столь трудного соперника принес большое облегчение губернатору, который затем вернулся в Лиму, где с удовольствием занялся организацией гражданской жизни страны, строя свою столицу, закладывая новые города и порты, один из которых он назвал в честь своего родного поселения Трухильо, раздавая своим людям земли и индейцев в стремлении как можно быстрее провести испанизацию покоренной им империи инков.
Междоусобный конфликт в испанском лагере не прошел незаметно для самого населения Перу. За исключением отдельных вспышек сопротивления захватчикам и восстаний в некоторых местах, страна была покорена Однако население в целом и немалое число бывших сановников, вельмож и вождей неизбежно испытывали на себе тяжелое бремя разгрома старого привычного порядка и потерю независимости, что особенно остро ощущалось при возраставшей испанизации страны, ширившихся бесчинств оккупантов и их эксплуатации перуанцев. Такое скрытое недовольство получило наибольшее распространение в южных провинциях и в столице, являвшихся колыбелью бывшей империи инков. Совершенно устраненный от власти и ее символических атрибутов местный правитель страны Манко неоднократно упрашивал губернатора вернуть ему более весомые полномочия, но они просто противоречили собственным планам дона Писарро, который их оставлял без внимания.
Возникший среди испанцев серьезный конфликт открывал перед Манко и его единомышленниками определенную возможность осуществить надежду на освобождение путем проведения подготовленных разгромов разбросанных по огромной территории немногочисленных отрядов испанцев со стороны многотысячных армий индейцев с последующим всеобщим восстанием населения против ненавистных оккупантов. Такие планы были подготовлены в условиях чрезвычайной секретности в нескольких провинциях, и теперь они должны были быть скоординированы вместе с участием номинального правителя Манко.
К этому времени испанцы настолько перестали с ним считаться, что он уезжал из Куско на короткое время и возвращался в него практически бесконтрольно. Наступил день условленной встречи Манко с участниками заговора в окрестностях Куско, и он выехал с этой целью из города. Вместе с испанцами тогда в старой столице находился также тысячный гарнизон индейцев из не столь давно покоренных инками северных провинций, которые всегда были настроены к ним очень враждебно и служили здесь надежной опорой завоевателей. Именно эти люди отнеслись довольно подозрительно к выезду Манко из города на сей раз и об этом уведомили Хуана Писарро. Последний тут же бросился с небольшим отрядом кавалерии в погоню за беглецом и легко обнаружил его спрятавшимся в зарослях тростника около дороги недалеко от города. После этого Манко был посажен в крепость под усиленной охраной, что опрокинуло планы восстания индейцев на неопределенное время.
Эти события совпали с возвращением в Лиму Фернандо Писарро с королевскими грамотами, из которых губернатор с огромной радостью узнал о расширении его территории на 70 лиг к югу от Куско и о предоставлении ему императором аристократического титула Маркиза де лос Атавильос (по названию одной из перуанских провинций), а также о новых полномочиях Альмагро. Пользуясь отсутствием своего партнера-соперника в далеком чилийском походе, он решил не передавать ему пока королевские послания, а для укрепления собственного положения в Куско направил туда брата Фернандо, которого он считал самым способным из своих многочисленных родственников, умевшим к тому же хорошо улаживать дела с индейцами. В отличие от большинства испанских руководителей Фернандо более сочувственно и гуманно относился к местным людям, многие из которых, в том числе и казненный в его отсутствие Атауальпа, и оказавшийся теперь в тюрьме Манко, считали его своим другом.
После некоторого времени пребывания во главе управления Куско Фернандо освободил Манко из заключения, а потом даже сблизился с ним. Такие дружеские отношения были еще больше укреплены раскрытием Манко для Фернандо двух крупных тайных кладов перуанских драгоценностей, которые затем и были переданы испанцам, что повысило доверие главы города к бывшему заключенному "правителю" инков, который с невероятной осмотрительностью и осторожностью в совершенной тайне возрождал свой план изгнания пришельцев из страны. Следуя избранной тактике, Манко однажды поведал Фернандо о секретной пещере в соседних Андах, где была скрыта статуя его отца императора Уайана Капака, сделанная из чистого золота, и предложил привезти ее из тайника. Потрясенный такой возможностью получить золотую статую и ослепленный неизбывной алчностью конкистадора Фернандо согласился отпустить Манко за бесценным изделием в сопровождении двух солдат, даже не столько с целью его охраны, сколько для оказания ему помощи в его перевозке.
Прошла неделя со дня отъезда Манко, но он так и не появился. Спохватившись, что он совершил очень серьезную ошибку, которую подтвердили и его северные союзники в городе, Фернандо срочно отправил на поиски Манко своего брата Хуана во главе отряда конницы численностью в 60 всадников. Хуан Писарро тщательно прочесал все окрестности Куско, которые выглядели подозрительно безлюдными и даже покинутыми их обитателями, но следов беглеца не было нигде. Однако у самых предгорьев Анд на расстоянии около шести лиг от города ему попались два воина, которые сопровождали Манко в поисках золотой статуи. Солдаты сообщили, что вся страна поднимается на войну против испанцев и что сам вождь перуанцев, отпустивший их с миром, встал во главе крупных армий, которые готовятся к походу на Куско.
Полученная новость еще больше повысила тревогу Хуана и его людей, и, желая получше выяснить обстановку в предгорной долине, они направились к протекавшей по ней реке Юкай, которая одновременно служила барьером на подступах к поднимавшимся к горам холмам. Когда испанцы оказались на ее берегу, на другой стороне реки они сразу увидели многотысячное и хорошо вооруженное войско инков во главе с их молодым вождем Манко в готовности сразиться с пришельцами, если они захотят пересечь водную преграду.
Глава отряда решил принять бой превосходящего по численности противника, и вся конница бросилась в воду. Река оказалась глубокой, но кони вынесли всадников к противоположной стороне вплавь, где их встретили ливни стрел и камней, которые, однако, причиняли мало ущерба защищенным броней седокам и лошадям. Сначала конница смогла отогнать массы метавших свои примитивные снаряды индейцев, но потом индейцы вернулись и вступили в жестокий и смелый бой. У инков в качестве нового оружия появились длинные пики, булавы с острыми металлическими наконечниками и боевые топоры. Их защитная броня пополнилась более надежными жилетами и туниками из укрепленных слоев хлопка и звериных шкур, а также металлическими шлемами. Но самым неожиданным был совершенно незнакомый испанцам преисполненный мужества, смелости и решимости боевой дух индейцев, которые раньше или быстро разбегались с поля боя, или после нескольких столкновений отступали с него. К концу дня Манко отвел свои армии в предгорные холмы, понеся большие потери. Хуан Писарро выиграл нелегкую битву, потеряв несколько человек убитыми при очень многих раненых. Погибло несколько лошадей. Он перевел свой окончательно измотанный отряд на ровную местность у самого подножия гор.
Командир отряда теперь полагал, что после этого жестокого урока понесший крупные потери противник не сможет больше собраться с новыми силами. Но на следующее утро испанцы пришли в ужас от увиденных бесконечных масс противника, которые заполнили все видимые горные проходы, вершины и склоны в готовности обрушиться на них сверху всей своей бешеной силой. И через несколько мгновений индейцы действительно смело бросились вниз, осыпая встрепенувшихся от неожиданности пришельцев стрелами, камнями, пиками, булавами, дубинами и всем другим, что им попадалось под руку. Позиция испанской кавалерии была очень неудобна для необходимых маневров, но ее командир все равно несколько раз пытался предпринимать безуспешные попытки отбросить наступающих, но они снова возвращались и продолжали атаковать. Бой затих только с наступлением ночи. Стороны остались на прежних позициях. Индейцы снова понесли большие потери, но и у испанцев было немало раненых людей и коней. Все они чувствовали себя предельно измотанными. Через день новых схваток положение для них лишь усугубилось. В этой трудной ситуации их неожиданно застал приказ командующего Куско срочно вернуться в город, который подвергся осаде.
Хуан Писарро без промедления начал отступление, преследуемый победными криками и возгласами ликующего противника, впервые осмелившегося оказать серьезное сопротивление испанцам, которые впервые уходили от спешивших за ними индейцев. Преодолев большое расстояние, утомленная, но очень торопившаяся конница достигла окраин Куско только перед самым наступлением ночи. Представшая перед спутниками картина поразила их своим неожиданным изменением: по всем сторонам, куда мог простираться взгляд, они видели невероятные бесконечные цепи, группы, отряды и батальоны хорошо вооруженных индейцев. Это был тоже первый раз, когда испанцы увидели перед собой настоящую армию инков во всей ее устраивающей мощи.
После некоторых размышлений Хуан Писарро приказывает коннице совершить мощный прорыв в город. К удивлению испанцев индейцы, разомкнув ряды, пропускают отряд к осажденным Фернандо Писарро с радостью встретил вернувшийся отряд брата, вместе с которым силы осажденных возросли почти до двухсот человек при тысячном гарнизоне индейцев. Было начало февраля 1536 года, которое стало одновременно началом исторической осады и обороны старой имперской столицы инков.
Наступившую тьму ночи вскоре разорвали взметнувшиеся в небо столпы пламени тысяч зажженных осаждавшими костров. Костры продолжали гореть всю ночь, а наступившее утро взорвалось пронзительными, угнетающими звуками тысяч вопивших, визжавших, трубивших и скрежетавших труб, ракушек, трещоток и других шумовых инструментов, сопровождавших боевые вопли и крики индейских воинов, которые стали посылать на город тучи самых разных, но в основном бесполезных снарядов. Однако, за ними сразу последовали гораздо более опасные, разрушительные и смертоносные массы огненных стрел, вместе с раскаленными камнями, обернутыми в хлопок, которые вызывали большие пожары в разных местах города. Раздуваемые и переносимые поднявшимся утренним ветром, языки пламени поднимаясь воющими и трещащими стенами в темных тучах едкого дыма над всем пространством великолепного города, завладели им
Испанцам чрезвычайно повезло с местом их расположения, которым были широкая площадь с целом рядом навесов и просторные помещения находившегося на ней бывшего каменного храма Виракочи, недавно превращенного в католический собор. Крыша собора загоралась три раза подряд, но огонь затихал сам по себе, не причинив серьезного ущерба зданию и людям Удаленность площади и собора от других городских построек помогла осажденному отряду не столкнуться впрямую с разрушающей яростью дикой бушующей стихии пожарища. Масштабы города были столь огромны, а мощь огненного урагана столь велика, что пламенный смерч неистовствовал несколько дней, прежде чем истощил питавшие его силы. Когда он утих, половина самого великолепного и богатого города Нового Света превратилась в груды развалин и тлеющего пепла от рук его создателей.
Испанцы быстро поняли бессмысленность попыток тушить пожары, охватывавшие ближайшие к ним строения, но, несмотря на пылающие вокруг них стены, несколько раз предпринимали стремительные вылазки конницы, чтобы отбросить постепенно приближавшиеся к ним силы противника. Для этого им приходилось открывать путь для всадников, освобождая улицы от горящих обломков и устраиваемых наступавшими препятствий под непрекращающимися потоками стрел, камней и других снарядов противника. Конница косила индейцев беспощадно, но они бросали в бой новые толпы воинов. Инки не переставали проявлять изобретательность в борьбе с конницей, всаживая в землю острые колья, увеличивая длину своих копий с металлическими наконечниками и ловко применяя лассо, которыми они успешно ловили всадников и валили лошадей. Кроме того, с помощью плененных испанцев, которым была дарована жизнь, индейцы научились применять пока еще очень немногие захваченные у противника мечи, броню, аркебузы и даже коней. Сам их предводитель Манко сейчас уже довольно умело распоряжался своим скакуном, увлекая на нем в атаку своих воинов.
Немногочисленные ряды испанцев и число их коней уменьшались. Осажденным приходилось спать в полном вооружении с рядом стоявшими лошадьми в готовности вступить в бой в любое время дня и ночи. По ошибке командира при начальном приближении к ним перуанцев они освободили стоявшую на холме над площадью надежную крепость, из которой индейцы теперь подвергали их время от времени шквалам стрел и камней, доставлявших испанцам много хлопот и неприятностей.
Тревожное настроение и растрепанные чувства осажденных усугублялись постоянно доходившими до них слухами об ухудшении положения в стране в целом По этим слухам, восстание против испанцев охватило всю территорию империи, островки испанских поселений уничтожались, все крупные города, включая порты и новую столицу, были окружены и должны были скоро попасть в руки повстанцев, все горные переходы были блокированы индейцами, что отрезало гарнизон от получения помощи или сообщений от соотечественников. Как бы в подтверждение этих слухов перуанцы время от времени выбрасывали перед испанцами на площадь отрезанные головы их сородичей.
На фоне сложившегося положения и мрачных слухов часть отряда стала предлагать прорыв из окружения к побережью для поиска спасения и соединения с оставшимися силами в тех местах. Но братья Писарро и ряд офицеров решительно возражали, утверждая, что выход из главного города страны будет означать бесчестную капитуляцию и поражение испанцев, но что далее такое решение было невозможно, поскольку все пути были перекрыты, а противник прекрасно знал местность и располагал неисчислимым преимуществом в людях. После проведенных обсуждений все решили продолжать оборону, рассчитывая, что со временем придет помощь с побережья или из самой Испании.
Сейчас перед Фернандо Писарро стояла в первую очередь задача облегчить положение своих людей. С этой целью он принял решение, поддержанное офицерами, нанести по лагерю осаждавших такой сокрушительный удар, который отобьет у них желание продолжать выбранную ими тактику. Неожиданное нападение трех отрядов испанской конницы при поддержке огнестрельного оружия пехоты на сосредоточение сил индейцев столкнулось с их бешеным сопротивлением, но эта жестокая боевая схватка увенчалась очевидным успехом гарнизона Писарро при больших потерях осаждавших.
Вслед за этим на очередь встал захват возвышавшейся над площадью неприступной крепости, единственным входом в которую были ворота с противоположной от площади стороны гор. Поскольку инки ночью не вели боевых действий и не выставляли часовых, Фернандо направил своего брата Хуана во главе небольшого отряда конницы под покровом темноты в противоположную от крепости сторону, якобы за очередным поиском продовольствия. Обманный маневр удался, и испанцы после невероятно тяжелого боя смогли захватить столь важный военный объект, но и сами понесли потери, главной из которых оказался тяжело раненный камнем в голову Хуан Писарро. Он умер через две недели к великой горечи его братьев и всего гарнизона, люди которого любили его как прекрасного командира и отзывчивого человека Фернандо Писарро успешно продолжил начатое погибшим братом дело и отбил у осаждавших еще несколько крепостей.
Проходили дни и недели, но осада Куско не ослабевала Несмотря на то, что у испанцев с самого начала были солидные запасы провианта, уже некоторое время они испытывали недостаток в продуктах, которые с немалым трудом восполняли за счет остававшихся в соседних домах продуктовых запасов. В таком труднейшем положении осажденные провели уже несколько месяцев не только без какой-либо поддержки извне, но и без каких-либо сообщений от своих соотечественников. Но они продолжали верить, что если губернатор жив, то он не оставит их и, преодолев временные трудности, которые он, видимо, тогда испытывал, вызволит их из мучительного окружения.
Вся страна, а точнее, та ее часть, которая была оккупирована испанцами, в этот период действительно восстала против них. Основные города, где находились пришельцы, подверглись осаде, а небольшие их поселения были уничтожены вместе с сотнями их обитателей. Лима была окружена большой армией, но ее открытая местность позволяла проводить активные нападения конницы губернатора на осаждавших, вызывая среди них большие потери и оттесняя их на значительное расстояние от города, что, однако, все равно сохраняло невозможность его связи с внутренними провинциями. Франсиско Писарро был больше всего обепокоен судьбой гарнизона в Куско и четыре раз посылал отряды конницы и пехоты в общем числе около 400 человек ему на помощь, но ни один из них не дошел до цели, так как индейцы громили и уничтожали их на горных переходах, и лишь отдельным выжившим воинам удалось вернуться обратно в Лиму и рассказать о случившемся.
У Писарро были самые мрачные предчувствия и относительно судьбы испанцев, оказавшихся в небольших поселениях, и он направил письма в ближайшие города с предложением их оставить, а в порт Трухильо им была послана каравелла, чтобы вывезти оттуда поселенцев в Лиму. Однако, как выяснилось, обитатели Трухильо, спасаясь от надвигающейся опасности, захватили находившиеся там парусники и ушли в Панаму. Возмущенный этим бегством губернатор приказал вывести из портов все суда Понимая, что собственными силами его людям невозможно подавить восстание и даже удержать Лиму, не говоря уже о всей стране, Франсиско Писарро отправляяет с задержанными судами срочные письма губернаторам Панамы, Никарагуа, Гватемалы и Мексики с просьбами о скорейшей помощи для спасения Перу.
Прошло более пяти месяцев с начала осады Куско, но армия инков оставалась на месте. Столь длительное пребывание огромной армии на боевых позициях истощило ее запасы продовольствия. Наступил август месяц, то есть местный сезон весеннего сева, но без роспуска большей части войска для проведения посевных работ индейцы не могли рассчитывать на получение следующего урожая. Поэтому Инка Манко приказал основной массе воинов вернуться в свои дома на период посевной, а затем присоединиться к остававшимся с ним отрядам, которые он перевел теперь в загородную резиденцию своих королевских предков в Тамбо в южной части реки Юкай, оставив при этом достаточные силы для ведения наблюдения за действиями испанцев.