Через пять дней после "Тоттенхэма" пришел черед теплохода "Бальзак" (5372 брт, 1920 г.) британской "Лэмпорт энд Хольт" - последней жертве "Атлантиса" в Атлантическом океане. Следуя своей обычной тактике Рогге дождался наступления сумерек и сумел подобраться на расстояние 8200 м. В этот момент британцы заметили рейдер и успели отправить сообщение о нападении. Впрочем, немцы смогли заглушить его своим более мощным передатчиком. Тем временем транспорт повернул на обратный курс и стал зигзагами уходить. Канонирам "Атлантиса" пришлось потратить 192 150-мм и 53 75-мм снаряда, добившись всего четырех попаданий, после чего беглец остановился. При этом из-за столь частной стрельбы механизм наката орудия № 5 левого борта перегрелся, и его стало заклинивать. Рогге даже на стал тратить время на то чтобы добить "Бальзак", шедший из Рангуна в Ливерпуль с 4200 т риса, пчелиным воском и другим генеральным грузом. Как только абордажная команда перевезла на борт 48 из 51 члена команды теплохода, "Атлантис" покинул ставший опасным район. Вскоре один из раненных скончался в лазарете.
Понимая что экипаж очень устал, капитан-цур-зее решил дать ему небольшую передышку. Он увел рейдер в район свободный от торгового судоходства - там корабль находился в дрейфе несколько дней. 1 июля в зоне "Андалузия", приблизительно в 300 милях к северу от островов Тристан-да-Кунья, состоялось рандеву с "Орионом". РВМ приказало Рогге передать на него топливо и провизию. Командир "Атлантиса" смог выделить для фрегаттен-капитана Вайера только 581 т соляра, чем тот был не очень доволен. На следующий день начали заправку, которую закончили уже в сумерках. 6 июля командиры рейдеров и их команды дружески расстались. После этого Рогге решил сменить театр боевых действий - теперь путь HSK-2 лежал в Тихий океан. "Атлантис" уже в третий раз обогнул мыс Доброй Надежды и, держась "ревущих сороковых", прошел Индийский океан. Затем он далеко с юга обогнул Австралию с Новой Зеландией и 25 августа 1941 г. вышел в район предполагаемого оживленного судоходства.
Больше двух недель "Атлантис" бесцельно прочесывал торговые маршруты, пока 10 сентября уже после захода солнца впередсмотрящий не заметил судно, появившееся из дождевого шквала и двигавшееся противоположным курсом. Рейдер в этот момент находился в семистах милях севернее острова Кермадек, где-то на полпути между Новой Зеландией и островами Общества. Рогге начал преследование. На торговце также заметили приближение неизвестного корабля и в эфир полетели сигналы тревоги с координатами, которые немецким радистам не удалось заглушить. Тем не менее, капитан-цур-зее хотел захватить транспорт противника, не причинив ему повреждений. Поэтому он приказал сигнальщику передать приказ - остановиться и не пользоваться радио. Капитан норвежского сухогруза "Сильваплана" (4793 брт, 1938 г), принадлежавшего "Чуди & Эйцен", Нильс Станге Нильсен тут же подчинился (26°16′ ю.ш./164°25′ з.д.). Забегая вперед, отметим, что этот транспорт стал 22-й и последней жертвой "Атлантиса". Поднявшись на борт, абордажная команда с помощью судовой рации дала отбой сигналу тревоги. Изучив документы, немцы выяснили, что судно шло из Сингапура в Нью-Йорк с очень ценным грузом каучука, саго, олова, меди, кофе, дерева и специй. Узнав об этом, Рогге решил оставить "Сильваплана" в качестве приза. Он отослал трофей в условленную точку, находившуюся в 400 милях южнее островов Тубуаи, а сам продолжил крейсерство, впрочем, оказавшееся безрезультатным. Вновь встретившись с призом, немцы перегрузили в трюмы "Атлантиса" 120 т сырого каучука вместо песчаного балласта. После этого рейдер и его трофей вновь расстались, так как Рогге направился на рандеву с судном снабжения "Мюнстерланд", которое вышло из Иокогамы 25 августа.
20 сентября, придя в назначенную точку "Ромулус" (28°44′ ю.ш./152°16′ з.д.), Рогге с удивлением обнаружил там не "Мюнстерланд", а вспомогательный крейсер "Комет" под командованием контр-адмирала Роберта Айссена и его трофей голландское судно "Кота Нопан". Младший по званию Рогге приказал отдать адмиральский салют флагами расцвечивания и залпом из зенитного автомата. По свидетельству Мора, Айссен воспринял эти почести как должное, считая себя командующим всеми германскими рейдерами в океане, и дородный контр-адмирал был очень важен, принимая на борту своего "флагмана" офицеров с "Атлантиса". На следующий день пришел "Мюнстерланд", после чего дружеские отношения между двумя командирами несколько охладели, так как Айссен начал претендовать на часть свежих продуктов и пива из доли "Атлантиса". В ходе долгих переговоров он неохотно согласился с доводами Рогге касательно продуктов, но пиво так и не уступил. Взамен контр-адмирал снабдил коллегу боеприпасами, горючим для гидросамолета, рентгеновской установкой, одеждой и некоторым снаряжением, взяв немного риса для своих военнопленных. Кроме этого на "Комет" и "Кота Нопан" перешли 63 пленника с "Атлантиса". 24 сентября рейдеры расстались и HSK-2 вместе с "Мюнстерланд" двинулся на рандеву с "Сильваплана" к банке Орне. Встретившись с призом, Рогге обеспечил сухогруз всем необходимым и 27-го приказал его командиру лейтенанту Диттману отправиться к берегам Франции. На следующий день снабженец ушел обратно в Японию.
"Атлантис" в течение двух недель следовал вдоль маршрута "Сильваплана", который узнали с помощью карты, найденной на норвежском судне. Однако, похоже, что удача постепенно начала отворачиваться от капитана-цур-зее. Тогда Рогге, что бы поднять моральный дух команды, весьма понизившийся из-за долгого нахождения в море, решил сделать высадку на сушу. Для этого он выбрал небольшой атолл Вана-Вана (20°72′ ю.ш./139°82′ з.д.), принадлежащий к островам Туамоту. 10 октября "Атлантис" бросил якорь в лагуне атолла и находился там два дня. За это время весь экипаж побывал на берегу и смог немного отдохнуть. Покинув этот райский уголок, рейдер двинулся дальше на юго-восток. Очередными пунктами его маршрута стали знаменитый остров Питкэрн и остров Хендерсон, причем у последнего "Атлантис" сделал короткую остановку, и на берегу побывала небольшая десантная партия. 18 октября рейдер поднял якорь и вновь двинулся на юго-восток по направлению к мысу Горн. На его борту царило радостное настроение, так как все понимали, что теперь корабль идет к родным берегам. Через 11 дней "Атлантис" проливом Дрейка, пройдя в 95 милях к югу от мыса Горн, вышел в Атлантику.
Теперь путь корабля лежал на север. Однако, 8 ноября, когда он фактически совершил кругосветное путешествие, от РВМ поступил приказ передать часть топлива подводной лодке U-68 (корветтен-капитан Карл-Фридрих Мертен). Встреча крейсера и лодки состоялась 13 ноября в 530 милях к юго-западу от острова Св. Елены, но из-за плохой погоды им пришлось перейти на 80 миль к северу. Через три дня Мертен, пополнив запасы топлива, свежей воды и продовольствия, ушел в сторону африканского побережья, а Рогге двинулся на запад - теперь ему предстояло обслужить U-126 (капитан-лейтенант Эрнст Бауэр), рандеву с которой было назначено на 22 ноября. На следующий день на рейдере начались работы по превращению его в голландский теплоход "Полифемус" (6269 брт) компании "Океаан", а механики занялись ремонтом и профилактикой двигателей. Так как у Рогге имелся небольшой запас времени, то он решил поохотиться в здешних водах, для чего начал отправлять на разведку гидросамолет. 18-го летчики доложили о контакте, который при ближайшем рассмотрении оказался "нейтралом". На следующий день они вновь обнаружили какое-то судно, однако цель оказалась слишком быстроходной и рейдер не смог ее догнать. 21-го при посадке "Арадо" потерпел аварию, что весьма огорчило капитана-цур-зее.
Ранним утром 22 ноября 1941 г. "Атлантис" дрейфовал в условленном месте (4°21′ ю.ш./18°50′ з.д.). Ждать U-126 пришлось недолго, и сразу же после ее появления началась заправка. Рогге пригласил Бауэра на завтрак в свою каюту, желая услышать последние новости. Вскоре Кильхорн попросил разрешения начать ремонт одного из дизелей из-за заевшего клапана. Никто из немцев и не подозревал, что до гибели рейдера, прошедшего три океана, оставалось всего несколько часов - к месту рандеву 25-узловым ходом шел английский тяжелый крейсер "Девоншир". Его гидросамолет "Уолрус" заметил лежавшее в дрейфе неизвестное судно и доложил об этом на крейсер, который в этом момент находился в сорока милях. "Девоншир" оказался здесь не случайно - британцы уже могли читать немецкие сообщения и знали, что в этом районе находится судно снабжения подводных лодок.
В 8.16 наблюдатели обнаружили появившийся на горизонте корабль, и уже через три минуты Рогге знал, что перед ним тяжелый крейсер. Для того, чтобы скрыть силуэт и представить как можно меньшую цель для снарядов, он приказал срочно развернуть корабль к противнику кормой. U-126 настолько быстро погрузилась, что ее командир остался на борту рейдера. В это же время с "Девоншира" вновь взлетел гидросамолет для обследования неизвестного судна. К несчастью для немцев, пилот сразу заметил тянувшийся за кормой заправочный шланг, нефтяные пятна, и погружавшуюся подводную лодку. Он тут же условленным сигналом известил об этом командира крейсера кэптена Р. Д. Оливера. В 8.37 "Девоншир" выпустил в сторону рейдера два предупредительных снаряда, упавших рядом. Рогге понимал, что уйти не удастся, даже если бы работали оба дизеля, но надеялся потянуть время, чтобы лодка смогла выйти в атаку на крейсер. Капитан-цур-зее приказал остановиться и развернуться бортом к противнику, передавая при этом стандартные сигналы бедствия от имени "Полифемуса" - "RRR… неизвестный корабль приказывает мне остановиться…". Эта тактика принесла свои плоды: Оливер не исключал возможности, что перед ним действительно мирное союзническое судно, остановленное немецкой лодкой. Тогда он запросил у Адмиралтейства информацию, где в этот момент находится "Полифемус", а в ожидании ответа продолжал держать "Девоншир" на расстоянии семи с половиной миль, постоянно меняя курс и скорость. К тому же, своим сигналом немцы добавили подозрений, так как к этому времени он уже изменился и состоял из четырех букв "R", а не трех как ранее. Вскоре с "Уолруса" доложили, что неизвестный является тем самым кораблем, чьи фотографии были опубликованы в журнале "Лайф" и который потопил "Замзам". Наконец, в 9.34 Фритаун ответил, что остановленное судно не может быть "Полифемусом", и через минуту "Девоншир" открыл огонь на поражение.
Уже третьим залпом англичане добились попадания - снаряд угодил в крышку люка трюма, где находился гидросамолет, разрушив ее и вызвав несколько пожаров. С этого момента участь "Атлантиса" была решена. Последующие снаряды вывели из строя электрическое управление рулем, в результате пришлось перейти на ручное. Затем последовали попадания в торпедный отсек и кормовую рубку. Рогге приказал поставить дымовую завесу и под ее прикрытием сбросить скорость на полтора узла, в надежде хоть на время обмануть противника. Как только рейдер окутали густые клубы дыма, командир отдал приказ покинуть судно, а Фелеру и его людям подготовить корабль к взрыву. В 9.43, когда завеса практически рассеялась, и на борту уже почти никого не осталось, "Девоншир" продолжил стрельбу, сделав в общей сложности 30 залпов. Последовали попадания в трюмы №№ 4 и 5, шлюпочную палубу и мостик. После этого второй штурман Пигорс и Рогге последними, как они думали, покинули "Атлантис". Однако через некоторое время на палубе показался один из радистов, остававшийся на посту чуть ли не до самого конца корабля. В 9.58 взорвался носовой погреб боезапаса и рухнула фок-мачта. Через шестнадцать минут сработали подрывные заряды и "Атлантис" начал тонуть кормой вперед. В 10.16 он навсегда скрылся под волнами в точке с координатами 04°20′ ю.ш. и 18°35′ з.д.
Оливер, помня о том, что поблизости находится подводная лодка, не стал спасать находившихся в воде людей. Крейсер остановился только для того, чтобы подобрать свой гидросамолет, и ушел. Тем временем Рогге приказал собраться вокруг него всем спасшимся, среди которых, кроме экипажа "Атлантиса", находились семеро подводников, пленный американец с "Замзама" и один скотч-терьер. Перекличка позволила установить, что погибло пятеро моряков. Вскоре рядом всплыла U-126, и Бауэр устроил головомойку своему первому помощнику Нойберту за то, что тот не атаковал крейсер. Оказалась, что Нойберт принял первый залп по рейдеру, за атаку лодки глубинными бомбами и увел ее на глубину. Теперь перед Рогге стояла проблема - что делать дальше. Капитан-цур-зее принял решение идти к побережью Бразилии, до которого было 950 миль, располагая моторным вельботом, двумя стальными спасательными шлюпками и несколькими надувными плотами. Бауэр смог впихнуть внутрь субмарины 55 человек, еще 52 разместил на палубе в спасательных жилетах, после чего взял на буксир целый караван и в 16.00 двинулся на запад со средней скоростью в шесть-семь узлов. В ходе это путешествия, длившегося 74 часа, умерло еще два человека. Наконец, 26-го на горизонте показалось судно снабжения подводных лодок "Питон" и через час экипаж "Атлантиса" разместился на его борту. Вечером следующего дня U-126, пополнив запасы продовольствия, воды и топлива, ушла к берегам Франции, а снабженец двинулся на север. Но уже с наступление новых суток РВМ прислало приказ его командиру корветтен-капитану Людерсу повернуть обратно и идти в точку, расположенную в 700 милях к югу о. Святой Елены для рандеву с лодками U-68 и U-A (корветтен-капитан Ганс Экерман). Так что возвращение домой для моряков с "Атлантиса" откладывалось.
30 ноября в назначенном месте появилась U-68, а на следующий день - и запоздавшая U-A. Тут же началось снабжение лодок всем необходимым. Но англичане уже знали и об этой операции. В 15.30 на горизонте снова показался тяжелый крейсер. Теперь это был "Дорсетшир" под командованием кэптена Э. У. С. Эгара. История повторилась, и в 18.21 уже "Питон" затонул, оставив на воде 414 человек (27°53′ ю.ш. и 03°55′ з.д.). Как и в случае с "Атлантисом", лодки не смогли защитить своего снабженца - на U-68 возникли проблемы при аварийном погружении, a U-A хоть и произвела два залпа, выпустив пять торпед, но в цель не попала. И вновь немецким субмаринам пришлось исполнять несвойственным им функции спасательных судов. Они приняли на борт приблизительно по сто человек, а также разместить на палубах семь надувных плотов с находившимися на них людьми. Кроме этого каждая тянула по пять спасательных лодок. Поздно ночью того же дня караван двинулся к берегам Франции. При этом у Рогге, который находился на U-68, периодически возникали проблемы с Экерманом, который вначале пытался назначить себя командиром спасательной операции, а затем бросил буксируемые средства и начал преследовать замеченное на горизонте судно. Во время этого очень тяжелого плавания психика одного из моряков с "Атлантиса" не выдержала, и он выпрыгнул за борт.
Когда информация о гибели "Атлантиса" и "Питона" дошла до вице-адмирала Карла Дёница, в полночь 2 декабря он отдал приказ U-124 (капитан-лейтенант Йохен Мор) и U-129 (капитан-лейтенант Нико Клаузен) принять участие в спасении экипажей потопленных судов. Клаузен появился на следующий день и принял почти всех моряков с "Питона". Мор же присоединился к каравану только перед рассветом 5 декабря, получив от Рогге выговор за опоздание. В итоге все люди смогли разместиться на борту лодок. 12 декабря пришел очередной приказ из Берлина, согласно которого субмаринам следовало идти к островам Зеленого Мыса, где их будут ожидать итальянские подводные лодки. Свидания с союзниками произошли в период с 14 по 18 декабря. При этом U-A передала на "Луиджи Торелли" 55 человек, a U-68, U-129 и U-124 - по 70 на "Энрико Тацолли", "Джузеппе Финци" и "Пьетро Кальви" соответстенно. Первой в Сен-Назер после полудня 23 декабря пришла "Торелли". Следом за ней 25-го поочередно с разницей в несколько часов - "Тацолли", U-68 и U-A. Через два дня объявились U-129 и "Кальви". Последними прибыли "Финци" (28-го) и U-124 (29-го). Одиссея капитана-цур-зее Бернхарда Рогге и его команды окончилась.
По прибытии в рейх на экипаж "Атлантиса" пролился дождь из наград и поощрений. 31 декабря в берлинском отеле "Кайзерхоф" состоялась официальное чествование моряков, на котором гросс-адмирал Редер объявил о награждении Рогге Дубовыми листьями к Рыцарскому кресту за номером 45. Весь экипаж был удостоен знаками участника похода на вспомогательном крейсере (Hilfskreuzer Kriegsabzeichen). Тогда же командир рейдера отдал свой последний приказ "Экипаж распущен". По окончании приема моряки отправились в почти двухмесячные отпуска, по окончании которых вновь собрались вместе уже в Вильгельмсхафене. Там все получили повышения в чинах и были распределены в другие подразделения. Так окончилась официальная история HSK-2 "Атлантис" и его экипажа.