При зовнішній благопристойності відносини Юрія–Гедеона з гетьманом Петром Дорошенком не склалися, і взагалі колишній гетьман тенденційно змалював їх пізніше виключно чорними фарбами. Він докоряв Дорошенку, що коли вийшов з прусської неволі до своїх, «то мої мене не пізнали. Замість добродійства і батьківського хліба і мого власного нагодував мене (Дорошенко. — Ю. М.) жовчу. Я думав, що він буде пам’ятати, що його паном поставив, але замість честі і опам’ятання він мав мене у себе у малій повазі, більше того, важився на моє життя, що йому не новина вбивати Божих ченців і священиків, а котломийців (тут Юрій Хмельницький вживає гру слів, називаючи так принизливо «коломійців», тобто найманців Петра Дорошенка. — Ю. М.) своїх таких, як сам, присилати, цілком забрав у мене у своє володіння Суботів, не втішившись моїми скарбами, котрі хитрістю, ніби на Військо забрав у мене, ще й удовині перли з кров’ю моєю злучити приневолив; таких, дуже твердих страв мій шлунок не витримав, будучи дуже пещеним, однак, якби на моєму місці був хтось інший з утричі кращим шлунком, сумніваюсь, що від такого єретика, безчесно уродженого, міг врятуватись, а це було не без шкоди моїй чернечій справі; тікаючи від нього, я потрапив у неволю…»
Ще не визначився остаточно результат боротьби за Лівобережну Україну, а Хмельницький уже задумав тікати з Суботова. Ще перед Петрівкою (Петрівський піст) він обідав у Дорошенка в Чигирині, а за кілька днів таємно виїхав із Суботова до Петра Суховія, до речі, родича Івана Брюховецького. Юрій–Гедеон навіть скинув чернечий клобук, щоб активно поринути в політичну боротьбу. Автор Віршованої хроніки вважав, що це сталося з намови козаків, і архімандрит Гедеон, «покинувши молитви, з ченця став освічений рицар». З–під Комончі Суховій і Юрій–Гедеон вирушили до Умані, де 2 серпня 1669 р. відбулася рада головних сил опозиції проти Дорошенка. Деякі представники козацької старшини висували кандидатуру саме Богданового сина. Але ні йому, ні Суховію гетьманська булава не дісталася. Коли ж до Умані прибув уманський полковник Михайло Ханенко (прихильник пропольської орієнтації), то більшість козаків схилилася на його бік. Юрію–Гедеону тільки повернули начебто батьківське майно та скарби.
Ханенко налагодив союз із Кримським ханством, також і з лівобічним гетьманом Дем’яном Многогрішним. Після свята Покрови Пресвятої Богородиці до Ханенка прибула кримська орда і він разом із Суховієм та Юрієм–Гедеоном виступив проти Дорошенка, на шляху до Стеблева спалив Торговицю, Звенигородку й Тарасівку. Юрій–Гедеон відігравав тут пасивну роль, очевидно, чекаючи слушного моменту. Врешті ханенківці обложили Дорошенка у Стеблеві, де зав’язався жорстокий бій. Коли Ханенко став уже штурмувати табір Дорошенка, тому на поміч прийшли козаки його брата Григорія, Івана Сірка та білгородська орда. Ситуація кардинально змінилася, і опозиціонери мусили тікати, але під Уманню на них знову вдарила білгородська орда. Суховій з недобитками зумів утекти на Січ, а Юрія–Гедеона орда полонила. Літописець Величко дещо по–іншому розповідає про полонення Юрія–Гедеона, плутаючись у хронології і наводячи різні версії. За першою з версій, якій Величко, очевидно, віддає перевагу, Юрій–Гедеон з ігуменом Уманського монастиря Філаретом і братом гетьмана Михайла Ханенка, боячись потрапити до рук Петра Дорошенка, виїхали до Києва. Але по дорозі вони несподівано напоролись на ординський загін, який узяв їх усіх у полон. Ординці запропонували жителям Умані викупити бранців, але ті відмовилися це вчинити. Тоді татари переправили полонених до Криму, а вже потім кримський хан Аділь–ірей «Чабан» відіслав Юрія–Гедеона до Стамбула, де султан і візир виявили до нього належну повагу і дали йому змогу вільно жити в одному з константинопольських монастирів. Згідно з другою версією («інші повідають»), всіх трьох товаришів по нещастю взяв у неволю Батирча–мурза, що трапилося в день св. архістратига Михайла. Потім ординці повезли полонених до Умані, де запропонували уманцям викупити їх на волю, але, не діставши сподіваних грошей, забрали з собою. Юрій–Гедеон спочатку зимував у Кальнику, і лише потім його було відіслано до Криму й Стамбула. Згідно з достовірнішим варіантом цієї версії, Юрій–Гедеон спочатку потрапив до ув’язнення в замку Акермана (Білгорода–Дністровського), а потім турки викупили його і доставили у Стамбул, де кинули у в’язницю в замку Єдикуле. За менш вірогідними даними, його хотів викупити в ординців Дорошенко, але Юрій–Гедеон відмовився від викупу, і тоді татари начебто повезли його до Криму, а вже звідти він потрапив до Єдикуле. Дізнавшись про це, великий коронний гетьман Ян Собеський — майбутній польський король — розгадав наміри турків, які, за його словами, «будуть держати Хмельниченка у себе для того, щоб скинути Дорошенка і посадовити на його місце», бо така практика у них існує щодо Кримського ханства і придунайських держав. Тепер же вони застосували її і щодо України, бо хочуть мати кілька найавторитетніших старшин, щоб тримати їх про всякий випадок, як у родоському (на острові Родос) засланні, де турки держать про запас кількадесят Ґіреїв, щоб у разі потреби заміняти з їх числа непокірних ханів. Як свідчили самі турки, уже у 1670 р. вони «аж пальці собі гризли, гніваючись на Дорошенка… за те, що одурив Порту». Ймовірно, прогноз Яна Собеського був точний тому, що він мав досить повну інформацію від Дорошенка. Останній надіслав королеві листа від 10 січня 1670 р. і додав до нього чиюсь «цидулу», в якій говорилось, що «Хмельницький є цілком обдарований обіцянкою гетьманства не тільки від мурзів, але й самого старшого (хана? — Ю. М.); мотивує це тим, що береться погодити білгородські орди з кримськими, запорозьких козаків із городовими та задніпрськими, а при цьому таким же зичливим слугою султанові… до того ж воювати поляків з москалями».
Маючи в руках Юрія–Гедеона Хмельницького як полоненого, турки шантажували його, вимагаючи, щоб він виступив проти Дорошенка як відвертий прихильник орієнтації на Османську імперію. Полонений і сам був не проти повернути собі гетьманську булаву і просив у султана підтримки, обіцяючи йому, що за ним масово підуть козаки. Уже 11 січня 1670 р. під тиском білгородського паші Юрій–Гедеон написав листа до козаків–низовців (Петра Суховія, Богаченка, Кудлая, Бобра та Івана Носа). Він запропонував їм свою кандидатуру на гетьмана Війська Запорозького, пояснюючи своє рішення необхідністю повернутися до світського життя («для цього треба стати над моїм духовним поволанням»), додає, що коли його підтримають у цьому намірі, то турки звільнять його з полону, пропонує адресатам зв’язатися з цього приводу з кримським ханом. Він підкреслює вимушеність цього кроку і навіть посилається на давню українську приказку: «Лихо дуді, хоч ногами (треба їй) помагати». Але це послання не знайшло належного відгуку в козацьких серцях, надто вже низько впав авторитет Юрія Хмельницького в їхніх очах. За деякими даними, запорожці відмовили Юрію–Гедеону, пропонуючи йому самому прибути на Січ, на раду (насправді начебто для того, щоб захопити його). Дорошенко, який боявся можливого повернення Юрія Хмельницького на політичну сцену, домагався від турків його видачі, але безуспішно. Тоді він вжив активних дипломатичних заходів, щоб змінити ситуацію на свою користь: до Стамбула вирушило посольство Половця та Білогруда, зав’язалися інтенсивніші контакти з Москвою, Варшавою та Бахчисараєм. Одночасно гетьман доклав усіх зусиль, щоб руками турецького султана нейтралізувати свого політичного противника, подавши Юрія як небезпечного авантюриста, що мало певні підстави. Восени 1670 р. пішла чутка, що кримський хан хоче посадити на гетьманстві Юрія–Гедеона замість Дорошенка, що теж насторожило Стамбул. Врешті Дорошенко добився бажаного: турки знову розглядали його як союзника чи султанського підданого, в усякому разі кандидатуру Юрія–Гедеона було тимчасово відставлено. На вимогу султана Мухамеда ІV Юрія привезли у Стамбул і посадили у фортецю–в’язницю Єдикуле. Про це з єхидством писав автор Віршованої хроніки: «Юрася — до Порти, хай скуштує, які є турецькі торти». Він же додав, що Юрій–Гедеон у Єдикуле «вчився турецьких звичаїв, хворіючи».
Ув’язнення тривало майже десять років, що значно погіршило і без того слабке здоров’я молодшого Богданового сина. Він сидів у тюрмі у кайданах, його утримували в поганих умовах, на їжу давали всього дві «гривні» на день. В Україні, Росії, Польщі знали про його трагічну долю і здогадувалися, що Османська імперія використає Юрія в політичній боротьбі в Україні, тим більше, що час від часу поширювалися відповідні чутки. Згідно з ними турки мали взяти його з собою у черговий похід на Україну, щоб зробити його там гетьманом. Цікаво, що про це свідчив також Іван Мазепа — майбутній гетьман, коли потрапив у полон і опинився в Батурині у 1674 році. Про це писав і Дорошенко у своїх листах до Самойловича, додаючи дуже важливі свідчення: турки виділили 15 тисяч червінців, щоб переманити запорожців на бік Юрія–Гедеона; в останнього є чимало приятелів, навіть рідні, у самому Чигирині, також Жаботині й Ведмедівці. Не випадково чутки про Юрія Хмельницького періодично поширювалися по Східній Європі, привертаючи неабиякий інтерес і західноєвропейської громадськості, про що свідчить тогочасна преса.
Османська імперія готувала велику війну на українських землях, намагаючись у такий спосіб досягти гегемонії у Східній Європі. Гетьман Петро Дорошенко, хоч і був союзником султана, однак не збирався потрапляти у його васали, тим більше бути його маріонеткою. За таких умов турецький султан усе частіше подумував про використання в своїх інтересах Юрія–Гедеона Хмельницького. Тому 1670 року Юрія знову перевозять до Білгорода, дозволивши йому спілкуватися з Україною. У своїх листах, зокрема в листі на Січ, ймовірно до Сірка, турецький бранець вітає своїх приятелів (Суховія, Богаченка, Носа) й закликає січовиків до боротьби проти Дорошенка та підтримки своєї кандидатури. Однак ці політичні інтриги провалилися, а зміна ситуації на Правобережжі (наступ польських військ) змусила султана віддати наказ про повернення Хмельницького до стамбульської в’язниці Єдикуле.
Лише після складення Дорошенком гетьманських повноважень у 1676 р. турецький уряд звільнив свого бранця. Юрія–Гедеона вивели із замку Єдикуле, і великий візир проголосив його гетьманом і «князем малоросійської України» (за іншими даними — «князем сарматським і гетьманом Війська Запорозького»). Тут треба пояснити термін «Сарматія», бо нерідко дослідники трактують його з недоречною іронією. Так, справжня «Сарматія» — держава племені сарматів, які ще до Різдва Христового потіснили скіфів, давно вже не існувала. Але у середньовіччі виник т. зв. «сарматський міф», який особливо поширився в різних варіантах в Речі Посполитій XVІ–XVІІІ ст. завдяки деяким хроністам та публіцистам. Згідно з ним Сарматія поділялась на європейську (власне Річ Посполита) та азіатську, а сармати були предками слов’ян, отже їм і мали належати землі між Віслою і Доном. Слід відзначити, що турки в переговорах з дипломатами Речі Посполитої (Ян Гнинський та ін.) займали вигіднішу для України позицію, визнаючи, наприклад, окремішність України як самодостатньої країни, відмінної від Польщі. Таким чином, Юрій–Гедеон проголошувався потенційно (в разі успіху турецької зброї) правителем України і навіть значно ширшої території на сході Європи. Не випадково, що дипломатія Речі Посполитої протестувала проти такого титулування Юрія–Гедеона.
Цікаво, що «сарматський князь» цього разу став відмовлятися від заманливих пропозицій, посилаючись на своє чернецтво, але його звільнив від чернечих обітниць Константинопольський патріарх, який діяв тут за наказом великого візира. «Сарматський князь» був прийнятий самим султаном Мухамедом І V, і той дав йому інсиґнії влади: булаву й «санджаки», тобто прапори. Ібрагіму–паші (за деякими даними, це був трапезундський паша) було доручено провести колишнього в’язня на гетьманство. Очевидно, єдине, чого спромігся добитись Юрій–Гедеон, це звільнення багатьох козаків з турецького полону (більшість з них потрапила в неволю під час уманської катастрофи 1674 року). Турецька хроніка Рашид–ефенді, яку цитує в одній із своїх монографій сучасний український дослідник Тарас Чухліб, подає стислу згадку про аудієнцію Юрія–Гедеона: він «був запрошений до великого візира, убраний оксамитовим ковпаком і шубою, підшитою соболями». Йому були вручені (чи султаном, чи візиром) булава, один чи два бунчуки, прапори, барабан, фірман (письмовий привілей) султана на володіння Правобережною Україною, врешті печатка. Остання відрізнялася від печаток попередників Юрія–Гедеона, бо на ній не знаходимо традиційного зображення козака з шаблею та мушкетом. На ній зображувався кінний вершник з булавою у піднесеній руці, над кінською головою було намальовано яблуко з мечем, а вже біля вершника стояв козак з мушкетом і напис довкола: «Печать князівства Малоруського» (за іншими даними: «Юрій Хмелницкий, князь удільний руський». Цю печатку потім дістав у свої руки лівобічний гетьман Іван Самойлович, але її не використовував.
Самійло Величко й тут подав деякі оригінальні, хоч і досить тенденційні, відомості. За його версією, султан наказав привести з одного із константинопольських монастирів у диван (султанську раду) ченця Гедеона Хмельницького, звелів йому скинути чернечий одяг і «нарік його… очевидно через волосся нестрижене й неголене в чернецтві, князем назорійським». Назорей — це назва людини, яка дала Богу обітницю не пити алкогольних напоїв, не їсти винограду, не стригти волосся тощо. Деякі були назореями від народження, як–от: старозавітні Самсон, Самуїл, новозавітний св. Іоанн Предтеча. Тут можна відчути іронію літописця, який зазвичай негативно трактував Юрія Хмельницького. Однак слід згадати, що інколи у давньоєврейських текстах слово «назорей» вживається в сенсі «вождь», «князь», і тоді можна припустити, що Величко не зовсім вірно розтлумачив слова султана. Адже Юрію–Гедеону було дійсно надано гучний титул «князя». Але взагалі зовнішній вигляд Юрія–Гедеона і стан його здоров’я аж ніяк не можна було назвати задовільними. Вищезгаданий Ян Гнінський відзначав, що «сарматський князь» «три рани має в грудях, із котрих проступає кров, та й іншими хворобами недугує».
Мухамед ІV наказав новопризначеному гетьману виступити з турецькими військами в Україну. Юрій–Гедеон негайно став посилати в Україну свої «зазивні універсали». Стривожена цим Москва стала розпитувати Дорошенка, який уже склав булаву і перебував у Москві (фактично у засланні), про можливі заходи проти Юрія–Гедеона. Дорошенко порекомендував зігнати населення Жаботина й Ведмедівки до Чигирина, щоб турецький ставленик не міг дістати звідти підтримки і взагалі не мав би де притулитися в осінню пору. Дорошенко додав також, що його тесть Павло Яненко–Хмельницький є дядьком Юрія–Гедеона, а жінка його брата (Григорія Дорошенка) теж доводиться йому ріднею. В результаті цих порад цар наказав перевести Павла Яненка–Хмельницького та Григорія Дорошенка із сім’ями на Лівобережну Україну.
Повернення Юрія Хмельницького з політичного небуття викликало широкий розголос, що зафіксувала тогочасна преса, зокрема газети Бремена, Цюриха, Лейпцига, Гданська: «Хмельниченко отримав свою колишню булаву й дії при турецькій армії, що стоїть на Дунаї. Передбачають, що таким чином він знову повернеться на батьківщину». Цікаво, що свої документи Юрій Хмельницький підписував так: «Юрій Гедеон Венжик Хмельницький, князь України», з чого видно, що він намагався пов’язати свій рід з одним із перших козацьких гетьманів. Титулувався Юрій Хмельницький з волі султана також «князем Молдавії і гетьманом Війська Запорозького», «сарматським князем», а потім і «руським монархом». Літописець Величко висміяв наміри Юрія–Гедеона, якого обізвав «розстригою–венжиком» (тут гра слів, бо «венжик» означає те саме, що і «вуж»), який «мав надію, що скоро приповзе на Україну з турецькими військами і звістить про себе козаків, то не тільки через достойність і заслуги його батька, старого Богдана Хмельницького, але й зі страху перед превеликою бусурманською силою Чигрин з усією Україною знову схилиться під турецьку владу, а його, Хмельниченка, легко зволить прийняти собі за гетьмана». Однак рукою літописця водила у даному разі нехіть до Юрія–Гедеона, і тому він його дії подав у дещо карикатурному вигляді. Між тим, справа виглядала куди серйозніше. Про потенційний перехід на бік Юрія–Гедеона у разі взяття Чигирина у 1677 р. подумували, наприклад, подільський полковник Остап Гоголь (предок знаменитого письменника), кошовий отаман Іван Сірко та деякі інші авторитетні старшини. Юрій–Гедеон мав якісь обнадійливі листи з України і обіцяв султану, що в разі його повернення на Батьківщину до нього масово приєднаються козаки і можна буде навіть без війни оволодіти Чигирином та Києвом.