Сподіваючись на допомогу Речі Посполитої, Хмельницький відправив до Варшави кілька посольств, про які говорилось вище. Так, із своїм листом до короля ще від 24 березня 1662 р. гетьман послав до Варшави чотирьох козацьких старшин, щоб відібрати в уніатів єпископські кафедри, церкви, маєтності. З аналогічною вимогою він звернувся тоді й до польного гетьмана коронного Любомирського. Але ні король, ні уряд Речі Посполитої цим питанням всерйоз не займалися. І в цьому, і в деяких інших принципових питаннях Річ Посполита не йшла назустріч вимогам та проханням України–Гетьманщини. Річ Посполита розуміла тяжке становище України і тому зайняла вичікувальну позицію, чекаючи остаточного занепаду Гетьманщини. Таємні спроби налагодити стосунки з царським урядом виявилися також невтішними. Політика царського уряду щодо України суттєво не відрізнялася від політики уряду Речі Посполитої, а до того ж цар мав для вибору аж трьох претендентів на гетьманську булаву (Яким Сомко, Василь Золотаренко, Іван Брюховецький), котрі заявляли про свою прихильність до царського уряду. Пізніше внаслідок Чорної ради 1663 р. у Ніжині тут до влади прийде Іван Брюховецький, відвертий прихильник промосковської орієнтації. Не було надії і на допомогу Кримського ханства, яке вимагало за це великих грошей. Коли ж орда стала домагатися грошей за допомогу в кампанії 1662 року, то Юрій Хмельницький не знайшов нічого кращого, як дозволити ординцям брати ясир у Каневі та його околицях (усього до 120 тис. душ!), чим зганьбив своє ім’я навіки. На зміну ж політики, яка поступово вела до посилення козацької старшини та загострення соціальних суперечностей в Україні, Юрій Хмельницький та його уряд не спромоглися.
Тим часом на Правобережній Україні посилився визвольний та антифеодальний рух, вибухнули повстання проти польсько–шляхетських військ у Білій Церкві, Трипіллі, Ржищеві. Соціальна база гетьманату Юрія Хмельницького катастрофічно міліла… Він пробував якось зупинити стихію, навіть застосовував часом репресії (так, у грудні 1662 р. наказав розстріляти кількох старшин, які хотіли перейти на бік Москви), але все більше переконувався, що «шапка Мономаха» для нього завелика і що йому вже не гетьманувати.
Восени 1662 року Юрій Хмельницький скликав старшинську раду в Корсуні. Пославшись на заслуги Богдана Хмельницького, він сказав, що не може йти його шляхом через молодість та недосвідченість, через брак фортуни, яка рідко покидала батька. Він заявив також про бажання скласти гетьманські повноваження, а самому піти в ченці. У відповідь на запитання: «Що робити?», він порекомендував шукати щастя з допомогою турецького султана. Про нехіть Юрія Хмельницького до гетьманства і його хворобу згадував і протопіп Симеон Адамович. У листопаді–грудні 1662 р. Тетеря не раз писав до Варшави, що Юрій Хмельницький не дорожить гетьманством і через це втратив повагу у старшини, робить усе, щоб скласти булаву. Про це ж писав хану у січні 1663 р. і Батирша–мурза. Польський дипломат–агент у Чигирині Ян Свідерський писав до Варшави 26 грудня 1662 року про усобиці, які розгорілися знову в Україні, і прогнозував жорстоку боротьбу між чотирма кандидатами на гетьманську булаву, з яких троє (Гуляницький, Ханенко й Дорошенко) — «всі добрі», бо всі, на його думку, будуть прихильні до Речі Посполитої.
До генеральної ради справа дійшла у першій половині січня 1663 року. Щоправда, дехто на раді пропонував Юрію Хмельницькому залишитися гетьманом, але більшість недвозначно висловилася проти цього: «Хай іде до чорта, як з нами не хоче жити, а злякавшись, клобуком покриває голову. Ми знайдемо такого, що сам буде держати наші вольності». 17 січня 1663 р. (очевидно, за новим стилем) Юрій Хмельницький написав з Кам’янки листа до короля Яна–Казимира. У ньому він повідомляв про свою відставку («звалив зі своєї шиї досить прикрий тягар»), підкреслював, що вчинив це добровільно, вказував на погіршення здоров’я і нарікав на відсутність підтримки; залишатися далі на цьому уряді було неможливо, бо те, що робив гетьман, не всім було до вподоби.
Гетьманом тоді став Павло Тетеря, який завдяки підтримці Кримського ханства переміг на виборах свого головного суперника — Григорія Гуляницького. Сам Юрій Хмельницький не хотів обрання гетьманом Тетері, пізніше він докоряв тому, що той, «не йдучи батьківським шляхом, як святої пам’яті мій родитель, не пам’ятаючи про хліб та сіль, так сильно прагнув держави і… ставши гетьманом, пограбував наш дім, клейноди, золото, срібло забравши на військо, а мене самого вкинув у Мальборкську неволю». Але було вже пізно. Що зроблено, то зроблено… І все ж має рацію дослідниця діяльності Юрія Хмельницького Надія Савчук, оцінюючи результати його короткотривалого гетьманату: «Під час гетьманства Юрія Хмельницького Українська держава, хоч і обмежена автономними рамками Переяславського 1659 р. та Чуднівського 1660 р. договорів, зберігала форми влади і управління, народжені Національною революцією», водночас «утверджується олігархічно–республіканська форма правління, тенденції до встановлення якої започаткувалися ще за гетьманування І. Виговського… Суб’єктивні фактори: молодість та відсутність політичного досвіду Ю. Хмельницького — сприяли тому, що важливі питання державної політики вирішувалися вузьким колом старшини — олігархами, без поради яких Юрій не вирішував жодного питання державної вартості». Дослідниця вважає, що на першому етапі гетьманату Юрія Хмельницького (вересень 1659 — жовтень 1660 р.) центральний уряд та рада старшини займають практично однакові позиції в державній структурі. На другому ж етапі (листопад 1660 — кінець 1662 р.) спостерігається різке падіння авторитету гетьмана в ході Чуднівської кампанії, його невдачі в походах на Лівобережжя висувають старшинську раду керівним інститутом козацької України. Більше того, частину функцій гетьмана перебирають на себе генеральний обозний (Тиміш Носач), генеральний суддя (Григорій Лісницький), корсунський полковник (Григорій Гуляницький), які не скликають навіть старшинську раду. Цей сумний досвід української історії виразно підкреслює, на наш погляд, небезпеки «сеймикування», анархії та егоїстичної, вузько кланової політики, необхідність сильної центральної, навіть одноосібної влади, яка б послідовно, оперативно та енергійно втілювала в життя програму розбудови Української держави.
Після обрання Тетері гетьманом Юрій Хмельницький зразу відійшов на другий план. Польський резидент Мрочковський писав з Канева 18 січня 1663 р., що «пан Хмельницький найпізніше за тиждень виїжджає зовсім до скиту, до монастиря». У жовтні 1663 року він постригся в ченці й під іменем Гедеона знайшов притулок в Ірдинському монастирі в Корсуні, де невдовзі досяг навіть звання архімандрита. Невідомий автор «Історії Русів» місцем постриження Юрія Хмельницького називає чомусь Лубенський монастир, а літописець Величко помилково вважав, що це сталося у Києві. Останнє було практично неможливо, враховуючи перебування у древній столиці московського гарнізону, через що й сам митрополит Діонисій не міг прибути до Києва. Є дані, що Юрій–Гедеон взимку 1663/1664 р. жив у монастирі у Смілі. Ставши ченцем, він, однак, не розірвав зв’язків із зовнішнім світом і політичною боротьбою. Це виявилося вже під час виборів нового Київського митрополита по смерті Діонисія Балабана у 1663 р., коли знову завирували політичні пристрасті. Частина духовенства та старшини підтримувала Йосипа Нелюбовича–Тукальського, а частина, в тому числі й Тетеря, — Антонія Винницького. Незадовго до виборів чимало козацької старшини (Тетеря, Гоголь, Богун, Гуляницький та ін.), духовенства (Йосиф Тукальський, Антоній Винницький) прибули до Білої Церкви, де, між іншим, збиралося коронне військо, бо Ян Казимир починав похід на Лівобережну Україну, щоб повернути її під владу Речі Посполитої. Сам король прибув сюди між 24 і 27 жовтня і його привітав при в’їзді до міста 24 жовтня Юрій–Гедеон спеціально написаною промовою. 27 жовтня у спеціальному наметі король прийняв гетьмана Павла Тетерю та групу старшин. Був тут серед оточення нового гетьмана Павла Тетері і Юрій–Гедеон Хмельницький, «вже як архімандрит» і чільник депутації православного духовенства. Ян Казимир цілий тиждень відпочивав у Білій Церкві. Там сталася важлива подія у духовному житті тогочасної України — богословський диспут відносно церковної ієрархії (власне про роль Римського Папи) між православною та католицькою сторонами. Першу представляв ректор Києво–Могилянської академії Йоаникій Галятовський, а другу — ксьондз Андріян Пекарський, єзуїт і королівський проповідник. Серед грона авторитетних слухачів були присутніми король Ян Казимир, коронний канцлер Миколай Пражмовський, деякі православні єпископи, архімандрит Гедеон Хмельницький та чимало інших світських і духовних осіб. Диспут тривав протягом цілого дня аж до другої години ночі, а його матеріали пізніше були надруковані окремою книгою!
Потім Ян Казимир вирушив на Сіверщину, а Павло Тетеря з Військом Запорозьким — на Полтавщину. Всупереч сподіванням лівобічні гетьманці чинили запеклий опір. Коли ж Глухів витримав тривалу облогу, стало ясно, що ця спроба Речі Посполитої відвоювати Лівобережну Україну провалилася. Більше того, на Правобережній Україні почали вибухати антипольські повстання, найпотужніше з яких очолив Сулимка (Сулима?). Тетеря жорстоко придушив виступ Сулимки, одночасно розправившись із реальними чи потенційними конкурентами в боротьбі за гетьманську булаву, звинувативши їх у державній зраді. Зокрема, було розстріляно Івана Богуна та Івана Виговського, заарештовано Гедеона Хмельницького, митрополита Йосипа Нелюбовича–Тукальського і полковника Григорія Гуляницького — героя оборони Конотопа від московських військ. Хмельницького взяли, коли той повертався до монастиря від своєї сестри в Городищі. Прямих доказів його вини, як і митрополита Йосипа Тукальського, не було, але це не завадило Тетері на підставі королівського наказу навесні 1664 р. відіслати їх до Львова, а звідти — до фортеці Мальборк (Марієнбург) у Пруссії — колишньої столиці Тевтонського ордену. Там архімандрит Гедеон і митрополит Йосиф були змушені скласти присягу на вірність королю Яну Казимиру і гетьману Тетері 9.12.1665 року. Щоправда, сам Тетеря, а потім і Петро Дорошенко посилено клопотались про звільнення цих в’язнів з весни 1664–1667 рр., але без особливого успіху.
У Мальборку вони провели кілька літ аж до укладення Андрусівського перемир’я в 1667 році. Після цього перемир’я уряд Речі Посполитої мусив особливо дбати про поширення соціальної бази свого панування і дещо пом’якшив свою лінію в українському питанні. Юрія–Гедеона Хмельницького та Йосипа Нелюбовича–Тукальського перевели до королівського двору у Варшаві, але звідти вони невдовзі втекли поодинці. Ця втеча не обійшлася без допомоги майбутнього короля Речі Посполитої Яна Собеського, котрий виклопотав амністію для Юрія–Гедеона і той невдовзі виїхав з Варшави на арабському скакуні, дістався до Прип’яті човном, а вже за два тижні (наприкінці 1667 р.) його бачимо знову в рідному Чигирині. Тут гетьманував уже Петро Дорошенко, і прибуття сина славного Богдана і митрополита Йосипа сприяло зміцненню його позицій. Слуцький архімандрит, колишній ректор Києво–Могилянської академії, Феодосій Василевич–Баєвський відзначав, що митрополита Йосипа було з великими почестями прийнято у Чигирині і що він «з отцем Хмельницьким живе у Суботові… всі до отця Хмельницького горнуться посполиті зі старшиною і ордою». Як влучно відзначав видатний український історик Дмитро Дорошенко, «Тукальський і Хмельницький привезли з собою різко антипольські настрої. Хмельницький ще у 1669 р. не міг забути своєї неволі в Марієнбурзі і в листі до Яна Собеського 16.04.1669 р. писав, що воліє пити каву турецьку, ніж «Bier niemiecki», і гірко витикав, як його, «вбогого мніха, невідомо за що, панове поляки або скоріше католики, або кати мордували», так що тепер нема чого йому лякатись найгіршого поганина, коли поляки далися йому взнаки гірше плюгавого бусурманина. Жив він кілька літ, як пан, без польської амністії, а коли її діждався, то зазнав ласки, як пес від вовків. Безумовно, присутність у Чигирині Тукальського й Хмельницького паралізувала заходи, які робив польський уряд восени 1667 р., щоб прихилити до себе Дорошенка…». 25 грудня 1667 р. до Чигирина прибув представник царського боярина Шереметєва Василь Дубенський, котрий сповіщав гетьмана про затвердження у Москві Андрусівського договору і намовляв його розірвати союз із турецьким султаном та прилучитися до польсько–московської ліги. Наступного дня Дубенський вів переговори з цього приводу і з митрополитом Йосипом та архімандритом Гедеоном Хмельницьким і дістав від них обіцянку діяти у цьому напрямку і навіть інформувати Шереметєва «о всяких тайных вістях». Але навряд, щоб така обіцянка була щирою. Як Дорошенко, так і митрополит Йосип і архімандрит Гедеон були тяжко вражені вістю про затвердження у Москві Андрусівського договору і про те, що цар Олексій збирається до Києва. У цьому міг переконатися К. Тютерев — гонець московського посла Василя Тяпкіна, котрий був у Чигирині наприкінці грудня 1667 року. Однак про око все було начебто спокійно, навіть у церкві, де правили службу Божу митрополит Йосип Нелюбович–Тукальський та архімандрит Гедеон Хмельницький, поминали польського короля (на єктеніях) і московського царя (під час перенесення Святих Дарів). Інші московські дипломати–агенти доносили Тяпкіну про прибуття до Чигирина польських послів, яких гетьман і Гедеон Хмельницький «многими грубыми словами безчестили, и никакой им учтивости в Чигирині не было». Цікаво, що в цей час у Чигирині під арештом сидів один з представників промосковської партії — ніжинський протопіп Симеон Адамович. Його провідували в тюрмі митрополит Йосип та архімандрит Гедеон, які питалися у нього: чому він не хоче добра своїй Батьківщині, а хоче добра Москві? Адамович брехливо запевняв їх у своїх патріотичних почуттях, що не завадило йому невдовзі втекти і знову прислужувати Москві.
Андрусівське перемир’я, укладене між Росією та Річчю Посполитою, мало деякі позитивні моменти (об’єднання зусиль для боротьби проти агресії Османської імперії), але негативів було значно більше: воно узаконило й закріпило розчленування України, тому це викликало обурення й широке невдоволення українців. У цей період гетьман Правобережної України виступив виразником загальнонаціональних інтересів, прагнучи об’єднати Україну і відновити союз з Росією як рівноправний, у дусі договору 1654 року. Юрій–Гедеон підтримав таку політику Дорошенка. Почувши, що Гедеон хоче покинути чернечий стан і починає діяти проти короля та Речі Посполитої, польські дипломати вимагали від Петра Дорошенка припинити цю сваволю. Гетьман же у свою чергу не вірив цим словам, він запевняв, що Юрій–Гедеон присвятив своє життя Богу і не думає ні про які злі речі. У січні 1668 р. Дорошенко скликав раду, на якій був присутнім поміж інших і Юрій–Гедеон. Тут мова йшла про ставлення до лівобічного гетьмана, було стверджено, що він є московським ставлеником і тому його треба змістити, а московське військо, що стояло в українських містах, бити. На раді ухвалили також з’єднати Гетьманщину в одну державу і добиватись такого її статусу, як Молдавія у складі Османської імперії. На цій раді Юрій–Гедеон заявив, що він відкопає батьківські скарби і заплатить татарам, аби тільки не бути Україні під владою ні царя, ні короля. На початку 1668 р. на Лівобережній та Слобідській Україні вибухнуло антимосковське повстання, і Дорошенко повів війська на допомогу братам–українцям. Коли ж війська правобічних та лівобічних гетьманців злилися, серед останніх виникли заворушення, внаслідок чого було вбито Івана Брюховецького, а Петро Дорошенко став одноосібним гетьманом «обох боків Дніпра». На жаль, зміцнити своє становище на лівому боці Дніпра йому не вдалося. Після того як гетьманом там було проголошено Дем’яна Многогрішного, який увійшов під «царську руку», Україна знову розкололася.
На цей час припадає і погіршення стосунків між Дорошенком та Юрієм–Гедеоном. Початок охолодження, очевидно, слід пов’язувати з Корсунською радою 21 березня 1669 р., на якій було переобрано гетьманом Петра Дорошенка й ухвалено орієнтуватися на Османську імперію. Уточнимо, що ця рада відбувалася не в самому Корсуні, а в полі під містом. Саме там зібралися козаки й зарубіжні дипломати. Митрополит Йосиф і архімандрит Гедеон перебували тоді в місті, але в поле не виїжджали. Неприсутність останнього слід, очевидно, пояснити розбіжністю у поглядах щодо політичного курсу Гетьманщини. Ще до ради частина козаків хотіла бачити гетьманом саме Юрія–Гедеона, навіть сказала про це Дорошенку. За деякими даними, це була та частина козацтва, яка хотіла орієнтуватися на Московську державу, а не на Османську імперію. Невдоволені непоступливістю Дорошенка, турецькі дипломати повели закулісні переговори з Юрієм–Гедеоном, пропонуючи йому свою підтримку у разі, якщо він погодиться почати боротьбу за гетьманську булаву. Один із свідків ради казав навіть, що турки «взяли були Юраска Хмельницького й обирали його гетьманом», але той відмовився, кажучи, що він є ченцем, але якщо збереться Чорна рада наприкінці Великого посту або після Великодня, тоді він скине з себе чернечий одяг і хай тоді його обирають. Якщо його оберуть, то він не буде воювати проти Московії, а піде на Січ і буде воювати проти татар. Туркам це не сподобалося, і вони віддали перевагу Дорошенку. Але інші джерела дають протилежну картину: Юрій–Гедеон в їхньому світлі виглядає більш ревним прихильним протурецької орієнтації. Турки казали йому, що коли він стане гетьманом, то «хай чинить так, як його батько Богдан Хмельницький чинив з московським царем, з польським королем і з турецьким султаном», і були не проти його кандидатури, однак більшість козаків підтримала Дорошенка.