Несколько месяцев Рузвельт размышлял и, в конце концов, разрешил начать проект по созданию атомного оружия в США. Проект получил название «Манхэттен» и участие в нем принимали самые выдающиеся физики мира.
Эйнштейн к работе в проекте напрямую не привлекался. Когда американцы под самый конец войны все же сконструировали и сбросили две атомные бомбы на японские города Хиросиму и Нагасаки, он был очень расстроен, что оказался косвенно причастным к страданиям и гибели тысяч человек. До конца своей жизни ученый сожалел о том, что подписал то письмо Рузвельту.
Война в целом причиняла Эйнштейну много душевных страданий, ведь он был пацифистом и мечтал, чтобы на всей Земле был мир, а люди занимались не так политикой, как наукой. Во время Второй мировой ученый потерял нескольких родственников – его двоюродная сестра Лина стала одной из жертв жуткого концлагеря Освенцим, который находился на территории современной Польши (сейчас там всемирно известный музей). Еще одна кузина гения, Берта, погибла в Чехии – в концлагере Терезиенштадт. Они были еврейками, а нацисты планировали всех евреев уничтожить. И не только евреев – многие народы казались Гитлеру и его сторонникам «неправильными», «неугодными», «недостойными». Вот почему так много людей, спасаясь, бежали в военные годы в США.
Эйнштейн взялся помогать переселенцам всеми своими силами. Кому-то ученый посодействовал в поиске работы, кому-то помог с жильем. Кроме того, он был консультантом Военно-морских сил США и помогал американским военным решать технические вопросы, чтобы скорее достичь победы над Гитлером.
В 1945 году нацизм был побежден: Германия капитулировала 8 мая, а Япония (самый большой союзник Гитлера) сдалась последней – почти через полгода, 2 сентября. Разрушенные страны взялись восстанавливать свои города и богатства. Позднее (в 1955 году) Эйнштейн вместе с британским философом Бертраном Расселом изложили свою позицию в отношении войн в специальном манифесте, который назвали Манифестом Рассела-Эйнштейна. Этот документ положил начало Пагуошскому движению ученых за мир. Движение действует до сих пор, стремясь добиться всеобщей безопасности и предотвратить если не вообще любую, то хотя бы атомную войну. Кстати, в 1995 году это движение получило Нобелевскую премию мира.