Почавши зі стародавніх часів, Грушевський доводив, що предками українців були племена антів. Потім він переходив до питання про виникнення Київської Русі. На відміну від більшості представників російської науки, спадкоємицю Київської Русі Грушевський вважав не Володимиро-Суздаль-ську землю, а Галицько-Волинську, яка потім поступово почала втрачати незалежність і інкорпорувалася сусідніми державами – Литвою, Польщею та Угорщиною.
Роль Великого князівства Литовського, на думку Грушевського, була певною мірою рівнозначною з Москвою, тобто існувало два центри об’єднання староруських земель. Але з причини його покатоличення і полонізації посилилися суперечності між католиками-литовцями і православними східними слов’янами (білорусами та українцями), внаслідок чого останні переорієнтовувалися на Московську Русь. Поступово і східні, і західні українці втратили самостійність та виступали опозицією до Московської Русі та Речі Посполитої відповідно. З особливою прикрістю Грушевський в своїй роботі визнавав, що всі українці були пасивним об’єктом управління протягом довгих років.
Треба зазначити, що вивчення Грушевським соціологічної теорії мало вплив на зміну методологічної орієнтації «Історії України-Руси» у бік соціологізму. Як зазначають дослідники, починаючи з 1903 року Михайло Грушевський вперше в українській історіографії застосовує історико-соціологічний метод, розроблений на межі XIX—XX століть європейськими позитивістами. Після перебування в Парижі у 1903 році він з історика, що досліджував соціально-економічні та суспільні явища, перетворився на історика-соціолога.
Основою соціологічних інтересів Грушевського стали фактори соціальної еволюції та закони суспільного розвитку. Михайло Сергійович вважав, що соціальний прогрес однаковою мірою визначається біологічними, економічними та психологічними чинниками. Значне місце в його дослідженнях відведено вивченню історії України, історичного процесу взагалі, генезису східнослов’янських народів. На особливу увагу заслуговують погляди Грушевського щодо виникнення і розвитку української та російської народностей, становлення державності в Україні.
Після переїзду Грушевського на Галичину помер професор Омелян Михайлович Огоновський, відомий український мовознавець, етнограф, педагог, громадський діяч, засновник товариства «Просвіта» у Львові. Ця людина очолювала наукове представництво Галицької України. Після його смерті це почесне місце посів Грушевський, що постійно вів публічні лекції. Паралельно з цим взявся за організацію наукової роботи в щойно реформованім Науковім товаристві імені Шевченка. Ця науково-культурна громадська організація довгі роки фактично виконувала функції всеукраїнської академії наук і мала великий вплив на розвиток української мови, культури та науки.
«За приїздом моїм до Галичини слідом умер проф. Огоновський, і на мене спало, так сказать, наукове представительство Галицької України, – писав Грушевський в автобіографії. – Окрім університетських курсів, які мусіли забирати на перших роках дуже багато часу, я повів публічні виклади, взявся за організацію наукової роботи в недавно зреформованім, але зовсім ще не виведенім на наукову дорогу Науковім товаристві імені Шевченка. Перейняв на себе редакцію Записок (формальним редактором став з 1895 р., фактичним же – скоріше), зреформував їх з однорічника на квартальник, потім двомісячник, сам давав до них багато праць, справоздань і рецензій, а поруч них заложив (1895 р.) в товаристві інші, спеціальні публікації – Жерела до історії України-Руси, Етнографічний збірник й ін., сам займаючись редакцією їх перших томів. При тім показалося, що надії на участь українських учених з Росії в сій (мовляв так пожаданій для російської України і потрібній) науковій роботі були марні: одні обіцяли й не давали нічого, інші викручувалися різними вимівками. Навіть книжки чи справки тяжко було допроситися, хоч як смертельно тяжко було працювати в тодішнім Львові, при браку якої-небудь бібліотеки з порядним добором літератури й періодик до української історії чи іншої української дисципліни».
Наукове товариство ім. Шевченка заснували у Львові в грудні 1873 року (спершу як Літературно-наукове товариство ім. Шевченка) силами свідомої інтелігенції з Наддніпрянської України та Галичини. Головною метою товариства було «вспомагати розвою руської (малоруської) словесності».
Першими головами товариства були К. Сушкевич (1874—1885), С. Громницький (1885—1886), Д. Гладилович (1886—1892). У цей період вийшли два річники журналу «Правда» та «Дослідження у галузі руської мови» О. Огоновського. З 1885 року товариство перебрало на себе видання журналу «Зоря», який став всеукраїнським літературним органом і поширювався у Наддніпрянській Україні. Наприкінці 1880-х років товариство перетворилося у виключно наукову установу та було перейменоване у Наукове товариство імені Шевченка.
З 1892 року почав виходити головний друкований орган товариства – «Записки Наукового товариства ім. Шевченка». Але період найвищого розвитку Наукового товариства ім. Шевченка розпочався лише у 1894 році – після переїзду до Львова Михайла Сергійовича Грушевського. У 1894 році він очолив історично-філософську секцію. Всього у товаристві їх існувало три: історично-філософська, філологічна та математично-природознавчо-лікарська. Сходини секції відбувалися два або три рази на місяць, теж під керівництвом Грушевського.
Михайло Сергійович став душею секції: він завжди брав участь у дискусіях, мав тези майже до кожної теми, бо був надзвичайно освічений щодо питань української історії. Праці, що зачитувались на зібраннях товариства, потім друкувались у його «Записках».
З 1895 року Михайло Сергійович Грушевський стає редактором «Записок Наукового товариства ім. Шевченка». Згодом він бере на себе всю відповідальність за видавничу діяльність товариства.
«Записки Наукового товариства ім. Шевченка» стали першим українським виданням, що привернуло увагу до України не тільки українців, а й у всьому світі, їх можна знайти у бібліотеках Європи, Америки, і навіть Австралії.
Найсерйозніші наукові праці друкувалися окремими книжками – збірниками. До них увійшла і головна праця Грушевського – «Історія України-Руси». Перший том вийшов 1898 року на честь століття появи «Енеїди» Котляревського.
«Історія України-Руси» мала надзвичайний успіх, тому що була першою національною історією України. Грушевський працював над нею все своє життя, але так і не закінчив її, зупинившись на смерті Б. Хмельницького.
Щоб зацікавити широкі маси українців, Грушевський видавав історичні праці давніших істориків в Українській історичній бібліотеці, яка була заснована ще у 80 роках XIX століття Олександром Барвінським в Тернополі, а потім у Львові її перебрало на себе Наукове товариство імені Шевченка.
За роки керівництва Грушевського Науковим товариством ім. Шевченка було видано більш ніж 800 томів наукових праць.
Саме у працях Михайла Грушевського процес формування української академічної соціології набув класичних форм. Соціологічні принципи, методи та концепції були вже досить відомими серед українських науковців. Визначальною рисою соціологічної думки в Україні того часу було освітлення суспільно-політичних проблем, боротьба за незалежність та національно-культурне відродження. Тобто специфічною ознакою української вітчизняної соціології було її самовизначення як одного з засобів державотворення та розвитку національної самосвідомості. Тому перші українські соціологи, і Грушевський зокрема, були, передусім, громадськими діячами, а вже потім – науковцями.
Серед друзів Михайла Сергійовича на той час було чимало відомих постатей української культури, серед яких треба відзначити Івана Франка. З ним Грушевський познайомився одразу ж по приїзді до Львова, і вже на початку 1895 року Михайло Сергійович як член університетської комісії львівських професорів активно підтримав висунення кандидатури І. Я. Франка на вакантну посаду приват-доцента Львівського університету.
Кілька років Франко був заступником голови Наукового товариства імені Шевченка, а також разом з Осипом Маковеєм та Володимиром Гнатюком очолював «Літературно-науковий вісник». На сторінках цього видання друкувалися найкращі класичні твори української та зарубіжної літератури тієї доби, серед авторів ми знаходимо Лесю Українку, Василя Стефаника, Ольгу Кобилянську, Михайла Коцюбинського, самого Франка і його однодумця Грушевського, а також Альфонса Доде, Антона Чехова, Максима Горького та багатьох інших видатних письменників.
Окрім літературної діяльності Грушевський та Франко мали ще й спільну рису. Обидва були представниками Національно-демократичної партії, заснованої 26 грудня 1899 року. До неї входило чимало представників української інтелігенції: Кость Левицький, Юліан Романчук, Василь Охримович, Іван Белей.
У листах Грушевського до Івана Франка, написаних у 1900—1914 роках, йдеться про безліч спільних інтересів. «Нам пора для України жить» – це був їхній спільний девіз.
Вони обидва були представниками лівих поглядів, взірцем справжніх націонал-демократів. Є також певна методологічна схожість в наукових підходах обох учених. Зокрема, це видно, коли вчитатись у такі слова Грушевського: «Наука – це постійний скептицизм, але лише такий, що веде за собою роботу синтетичну». І ще: «Суспільність, що має віру в себе, мусить мати і відвагу глянути на неприкрашену правду свого минулого, щоб зачерпнути в ній не зневіру, а силу». Можна стверджувати, що унікальна наукова спадщина Івана Франка також служила досягненню саме цієї мети. Як Франко, так і Грушевський увійшли до проводу Національно-демократичної партії як визначні, патріотично налаштовані представники західноукраїнської інтелігенції.
Звісно, були випадки, коли вони вступали в доволі гострі дискусії один з одним, а в деяких листах Івана Франка є певні закиди щодо нелегкого характеру Грушевського. Але важливіше інше: обидва вони були людьми виняткової, універсальної обдарованості. Так склалося, що й останні роки їхнього життя однаково позначені високим трагізмом і стоїчною мужністю: попри все незламний Франко працював буквально до останніх днів життя, а Грушевський, майже втративши зір і перебуваючи під щохвилинним наглядом відповідних «органів», продовжував писати черговий том фундаментальної «Історії України-Руси».
Але повернемося у ті часи, коли у 1898 році за підтримки Івана Франка та Володимира Гнатюка Грушевський провів реформу статуту Наукового товариства ім. Шевченка. Відтепер звання «дійсного члена» товариства присвоювалося лише на підставі наукової кваліфікації. Дехто вважав цю реформу жорсткою, але Грушевський на той час вже добре знав собі ціну і прагнув оточити себе справжніми професіоналами, щоб разом іти до великої мети – всебічного відокремлення та незалежності української нації, її мови та культури.
Як професійний керівник та адміністратор, Грушевський умів віднайти для товариства джерела доходів. Саме за часи його роботи на посаді голови були створені друкарня та палітурня, куплено два великі доми. Грушевський робив усе, щоб Наукове товариство стало осередком наукової роботи саме українською мовою, особливо у галузях, безпосередньо пов’язаних з українським краєм.
Намагаючись зробити з Наукового товариства наукове середовище європейського рівня, Грушевський поклав початок для успішного розвитку музею, а бібліотека товариства за його часів стала одною з найбільших у Львові і зав’язала стосунки з усіма культурними країнами.
У1899 році Грушевським був обраний перший академічний корпус учених – членів Наукового товариства ім. Шевченка у складі 32 науковців з західноукраїнських та східноукраїнських земель, ау 1903—1914 роках було прийнято 19 членів-іноземців, науковців зі світовим ім’ям, серед них А. Єнсен, Я. Бодуен де Куртене, О. Брюкнер, В. Бехтерев, О. Пипін, О. Шахматов.
Але сталося так, що вимогливість Грушевського врешті-решт обернулася проти нього. Його прагнення подальшого вдосконалення організаційної структури Наукового товариства ім. Шевченка призвело до дискусій та затяжної кризи. Між членами товариства назрівав конфлікт, у результаті загострення якого в 1913 році Грушевський полишив посаду голови.
Михайло Сергійович завжди дивився далеко вперед, тому він активно займався підготовкою та вихованням нових кадрів українських істориків. Викладаючи в університеті, особливу увагу Грушевський приділяв семінарським заняттям, бо сподівався виявити на них найздібніших слухачів та приохотити їх до самостійної наукової праці. Інколи Михайло Сергійович вів навіть приватні наукові заняття поза університетом, як зі своїми слухачами, так і сторонніми. Він роздавав літературу до рефератів, його слухачі мали все це прочитувати. Так здібні студенти призвичаювалися до наукової роботи. Поступово вони переходили від роботи з рефератами до серйозних наукових праць, а далі – до самостійних дослідів та наукових висновків, репрезентували українську наукову національну історіографію.
Грушевський виявився не тільки великим вченим, а й великим педагогом. До молодих студентів не звертався інакше, як «пане-товаришу». І справді, він був для них товаришем. Михайло Сергійович вмів заохочувати молодь до праці, давав поради у важливих питаннях, запрошував студентів до себе, дозволяв користуватися своєю чудовою бібліотекою. Грушевський ніколи не шкодував свого часу для студентів. Гурток слухачів вченого спершу був невеликий, але з року в рік число їх зростало, і за двадцять років професор виростив мало не сотню своїх учнів, що допомагали і йому в науковій праці.
Грушевський з радістю помічав, що українські наукові сили все більше зростають. Але в той же час він переживав з того, що молоді вчені не мають де розвинути свої таланти. Для того був потрібний український університет у Львові. Це питання все частіше підіймали самі студенти. Грушевський з великим співчуттям стежив за цими змаганнями молоді, був вірним її порадником.
В ті часи українці мали тільки один літературно-науковий журнал «Зоря». Його теж видавало Наукове товариство імені Шевченка. В 1897 році Грушевський виступив із проектом реформування ілюстрованого тижневика «Зоря» на літературно-науковий місячник європейського зразку. Цей план Наукове товариство прийняло, і з 1898 року почав виходити «Літературно-науковий вісник». В число редакторів вступив від початку сам Грушевський. До того ж він приєднав до цього журналу літературні сили, намагався розвивати письменницький «молодняк», дбав про наукові статті, сам писав огляди культурного життя.
Зрозуміло, як багато давав тодішній «Вісник» нового й цікавого читачам, який він мав вплив на молодь, на все суспільство, як дуже поглиблював погляди своїх читачів на світ, на людей. Але, як влучно вказував пізніше Крип’якевич, цей журнал до того ж мав єднати галицьких та буковинських українців із наддніпрянськими. «Правда, вже «Зоря» під редакцією Василя Лукича це робила, робило це «Життя і слово», – писав Крип’якевич, – але ж ні один, ні другий журнал не міг цього робити з такою великою мірою, як «Вісник». В кожному зшитку були огляди життя з усіх українських земель. Щонайкращі й найліпші письменники з-перед і з-поза Збруча, пишучи у «Віснику», єдналися між собою. А коли цензура заборонила «Вісник» у межах колишньої Росії, то Грушевський усе ж придумував способи, щоб його читали на Наддніпрянщині. А коли з першою російською революцією (1905 р.) впали з українського слова кайдани, він переніс (1907 р.) «Вісник» до Києва. Цей журнал мав об’єднувати передзбручанських і зазбручанських українців уже з Києва…»
Михайло Грушевський робив чимало зусиль заради об’єднання синів свого народу. На той час лівобережні українці жили окремим життям від правобережних, чому сприяли довгі роки поневолення українського народу різними країнами. Різниця у мові, побуті, праці, політичних поглядах ставала дедалі все більшою, і у перспективі мала стати причиною виникнення двох окремих народностей. У своєму виданні Грушевський демонстрував, що по обидві сторони Дніпра живе одна нація, що певною мірою допомогло зберегти Україну цілісною, такою, якою вона є сьогодні.