Але не тільки суспільне життя Грушевського було насиченим. 1896 рік став для нього роком заснування власного родинного гнізда. У травні Михайло Сергійович одружився з перекладачем та педагогом Марією Вояківською, донькою священика. Свій шлюб молоді зареєстрували у церкві Св. апостолів Петра і Павла. Сучасники свідчать, що у шлюбі Михайло Сергійович був щасливий, в його родині панувало тепле відношення один до одного.
Свою дружину Грушевський залучав до громадських занять та роботи в академічних установах. Марія належала до найактивніших перекладачів кінця ХІХ – перших десятиліть ХХ ст. Багатьма мовознавцями було визнане її перекладацьке обдарування, що виявлялося не тільки у високій якості її перекладів, а й у вимогливому відборі літературних творів, що призначалися для перекладу. Ймовірно, ця вимогливість передалася їй від чоловіка, який підтримував Марію у її бажанні працювати з усією серйозністю та відповідальністю. Можна сказати, що сім’я Грушевських була сім’єю однодумців. Михайлу Сергійовичу пощастило з жінкою, в нього був міцний тил, який дозволяв вести активне наукове й суспільно-політичне життя.
В 1898 році на археологічний з’їзд у Києві Наукове товариство ім. Шевченка надало тридцять цікавих наукових праць, але російський уряд не дозволив зробити промову українською. Тоді Грушевський разом із галицькими вченими відмовився брати участь у з’їзді, що вразило наукові кола Росії. Питання української науки та мови почали активно обговорювати…
Наприкінці 1898 року, з нагоди святкування столітнього ювілею української літератури, Михайло Сергійович Грушевський запропонував новий проект: заснувати видавниче товариство для публікацій творів белетристичних і науково-популярних, тих, що не входили в круг діяльності Наукового товариства ім. Шевченка. Так навесні 1899 року з’явилася «Українсько-руська видавнича спілка», яка популяризувала кращі твори світової та української літератури. До 1912 року її редакторами були І. Франко та В. Гнатюк. З моменту заснування й до 1917 року завдяки спілці було надруковано понад 300 видань, серед них твори українських письменників та переклади найкращого з іноземної літератури. Метою видавництва, так само як і інших проектів Грушевського, стало поширення культури, як української, так і західної, внесення свіжих думок та політичних поглядів до українського суспільства на Галичині.
Пізніше Грушевський заснував «Товариство прихильників української науки, літератури й мистецтва», що опікувалося становленням саме української культури та науки. Окрім друкування книжок товариство організувало першу велику виставку картин українських художників з усіх українських земель, що також впливала на об’єднання української народності.
21 червня 1900 року народилася єдина і улюблена дитина Михайла Сергійовича і Марії Сильвестрівни – Катерина, Кулюня, як її тепло називали батьки та інші родичі. Донька народилася в атмосфері нескінченної любові, її появи батьки очікували з великим нетерпінням. Маленьку дівчинку охрестили за греко-католицьким обрядом саме у тій церкві Св. апостолів Петра і Павла, де чотири роки тому Михайло та Марія зареєстрували свій шлюб. Після народження доньки Грушевський намагався створити найкращі умови для ії розвитку, тому в 1901 році купив землю на Софіївці (тепер це верхня частина вул. І. Франка). Коштів вистачило і на те, щоб побудувати дім, оскільки того часу професори входили до числа найзаможніших міщан Львова. Нині в цьому будинку розташовано музей М. Грушевського.
Як згадує дослідник Василь Горинь, «это была не просто вилла, а творческая лаборатория историографии Украины, дом ученого, профессора университета и общественного деятеля, место ежедневного творческого труда великого историка в своем кабинете с богатейшей библиотекой, где за чашкой чая почти каждый вечер вела разговоры-дискуссии львовская элита».
У побуті Грушевський цінував затишок та можливість спокійно працювати, але донька могла у будь-який час переступити поріг його кабінету, вона зростала в унікальній на той час атмосфері. Дні народження Катрусі завжди святкувалися пишно, з великою кількістю гостей та подарунків. Дитина росла розумною та кмітливою, проте хворобливою, тому батьки дуже переживали за доньку та піклувались, дарували їй всю свою ласку і ніжність, оберігали, як тільки могли.
Але стан здоров’я Катрусі не поліпшувався. Дійшло до того, що Михайло Сергійович вирішив припинити навчання дитини у школі. Перед батьками постав обов’язок навчати Катрусю самостійно, вдома. Вони з гідністю вирішили цю проблему: батько так організував освіту дочки, щоб найповніше реалізувати її здібності та знання, а мати, як педагог та знавець багатьох іноземних мов, навчила доньку французькій, польській, німецькій та англійській мовам. Катерина читала та малювала, захоплювалася літературою та історією.
Мати часто брала доньку до Києва, у гості до родин Черняхівських, Стешенків та Лисенків. Повсюди друзі Грушевських захоплювалися Кулюнєю. Влітку ж Катерина їздила з родиною до села Криворівні, що на Гуцульщині, де Грушевський побудував невелику хату над Черемошем і виїздив туди кожного літа. Там дівчина спілкувалася з Іваном Франком, Михайлом Коцюбинським та іншими представниками української інтелігенції. Тож не дивно, що в неї з ранніх років сформувалися певні патріотичні почуття, захоплення українською мовою та культурою.
Приїжджати до Криворівні любив і сам Михайло Сергійович. У своєму щоденнику він із захопленням пише про неї: «Мені цього року вдалася Криворівня, я так багато написав».
Це село і справді надихало українське письменництво. Свого часу тут полюбляли відпочивати Михайло Коцюбинський, Іван Франко, Леся Українка, Гнат Хоткевич, Володимир Гнатюк, Володимир Шухевич. Криворівня перетворилася на осередок українського літературного світу. Тут постійно йшли розмови на теми мови й літератури, історії та політики, з’являлись плани наукової та культурної роботи.
Усе літо 1903 року Грушевський присвятив публічним курсам у Львові, слухачами яких була українська молодь. Саме з цього часу Михайло Сергійович уперше в українській історіографії починає застосовувати історико-соціологічний метод, розроблений на межі XIX—XX століть європейським позитивізмом. Можливо, на це вплинуло перебування Грушевського у Парижі в 1903 році, куди його запросили читати лекції з історії України.
У своїх виступах в Парижі Грушевський намагався донести до слухачів особливість політики Росії щодо України. Зі своїх лекцій Михайло Сергійович склав російську книжку «Очерки истории украинского народа». Вийшов стислий підручник української історії, який Грушевський видав у Петербурзі. Науковцю було дозволено навіть взятися до написання історії Росії.
В 1905 році Грушевський активно виступив проти нехтування реальними потребами українського народу. Але, як він сам вказував, «національне і спеціяльно українське питання не мало симпатії в російських ліберальних кругах, і писати в чужих газетах було трудно: прийшлося стрінутися з браком співчуття у редакціях і залишити їх. Вирисувалася крайня потреба в російськім органі для українського питання, і сю потребу я дуже пропагував в листах до земляків, а під осінь 1905 p. вибрався на Україну, щоб позондувати український рух і поагітувати за заложення органу. Побувавши в Київі, Одесі й Харкові, я набрав надії на можливість зреалізування сього плану і збирався виїхати в сій справі до Петербургу».
Ці плани перекреслили страйки та маніфест 17 жовтня, тому з осені 1905 pоку Грушевський повертається до наукової праці та займається організацією роботи щодо спорядження корпусу актів до історії козаччини. Молоді археографи, що їх вивчив на своїх семінарах Грушевський, мали розібрати між собою поодинокі партії в історії козаччини й зайнятися збиранням до них матеріалу у невикористаних або мало використаних рукописних збірках Києва, Харкова, Петербурга, Москви, Кракова, Варшави. Влітку 1905 року було організовано археографічні експедиції до Харкова, Москви, Кракова, Варшави, Петербурга, їх учасники мали зібрати, обробити та приготувати до друку здобутий матеріал.
В 1906 році на честь десятиріччя наукової й громадської діяльності Михайла Сергійовича Грушевського в Галичині вийшла розкішна збірка, куди увійшло краще з накопиченого матеріалу. Грушевський був тим дуже задоволений: «Велика честь і утіха в тім часі стріла мені зі сторони моїх учеників і прихильників…»
Треба зазначити, що з 1906 року діяльність Грушевського розгорталася головним чином у Києві. Під його керівництвом до Києва перенесли «Літературно-науковий вісник» та багато інших видань. Потім почалося переселення молодих галицьких вчених, дослідників та письменників. Через деякий час у Києві було відкрито відділ львівської книгарні Наукового товариства ім. Шевченка.
Грушевський намагався також розширити свої політичні зв’язки. Влітку 1906 року він мав поїздку до Петербурга, де тоді засідала Державна дума. У цей час він брав активну участь в діяльності Української фракції та Українського клуба. У своїй книзі «Освобождение России и украинский вопрос» Михайло Сергійович зібрав свої статті, що були надруковані у 1905—1906 роках окремими виданнями. Книга визвала чималий інтерес серед українських читачів.
Грушевський писав: «Проблема настоящего исторического момента – освобождение России из пут старого режима и претворение ее в свободное и благоустроенное государство – не исчерпывается созданием условий свободного гражданского существования, ни даже переустройством, точнее сказать – улучшением ее социально-экономического строя. Рядом с этими задачами стоят другие, без удовлетворительного разрешения которых ее освобождение будет весьма неполным. Россия – «империя народов», среди которых государственная народность составляет только меньшинство – не может развиваться свободно и успешно, пока в этом переустройстве не будет обеспечено свободное и нестесненное существование и развитие ее составных частей – ее народов, пока в ее развитии, движении, прогрессе эти народы не будут видеть залога своего развития и прогресса. Без превращения России в свободный союз народов немыслимо полное обновление ее, полное освобождение от мрачных пережитков прошлого. […] Особыми общеимперскими законами должны быть установлены права, которыми пользуются языки и наречия не государственные в учреждениях, находящихся в ведении общеимперских министерств, а также обеспечены права национальностей, находящихся на известной территории в меньшинстве, по отношению к учреждениям общим и местным, и указаны нормы, гарантирующие им возможность нестесняемого существования и осуществления своих национальных и культурных запросов. В первую очередь в разрешении этого вопроса должно быть поставлено введение народных языков, в том числе и украинского среди украинского населения, в народную школу как языка преподавания, а в школу среднюю и высшую – украинских дисциплин как предметов преподавания. Также принятие мер к тому, чтобы не было недостатка в учителях народных школ, которые могли бы вести преподавание на украинском языке, а в различных учреждениях украинской территории – в чиновниках, владеющих этим языком для сношения на нем с местным населением».
У другій своїй праці «Украинство в России, его запросы и нужды» Грушевський звертає увагу на те, що пригнічення в Росії народів та їх денаціоналізація стають причиною їх політичної та громадської деморалізації: «Серед націй, позбавлених умов правильного розвитку і самовизначення, є й українці Росії. У нинішній тривожний час у Росії подавляються всілякі форми культурно-національного життя: українська вища освіта, школи, книги, журнали, газети. Уряд не має конкретної програми, яка б ураховувала історичний розвиток українства в Росії. Оскільки немає української історичної концепції про становлення українства в Росії, то прохання останніх не задовольняються та ігноруються. За таких обставин російський уряд, який проводить щодо українців жорстоку політику асиміляції, не дає розвиватися українству. Таку жорстоку поведінку уряду щодо українців у Росії не можна ніде оскаржити. За таких умов українці не мають у Росії перспективи національного розвитку. Український національний рух у Росії приречений на загибель».
Саме у цей час Грушевський написав популярну історію України – «Про старі часи на Україні». Ця книга неодноразово передруковувалась і перекладалась на інші мови, визиваючи чималий інтерес не тільки серед українських читачів.
До того ж Грушевський розпочав активну підготовку до видання ілюстрованої історії України, яка побачить світ лише у 1911 році і матиме надзвичайний успіх. Перше видання протягом півроку розійшлося в 6 тисячах примірників, а через деякий час було повторене ще з більшою кількістю ілюстрацій.
У 1908 році Грушевські купили садибу на Паньківській у Києві і розпочали будування великого прибуткового будинку з шістьох поверхів. У мансарді цієї споруди з’явилась майстерня самобутнього митця Василя Кричевського. Саме він оздобив фамільний дім Грушевських та приміщення історичної секції під керівництвом Михайла Сергійовича на Володимирській, 35.
Грушевський багато працює, значну увагу приділяючи галицькій школі. 1908 року за його почином у Львові створюється організація українського вчительства середніх шкіл «Учительська громада». Він стає першим її головою та редактором журналу «Наша школа». В 1910 році він ініціює створення «Українського шкільного союзу», що ставить собі за мету опікуватися розбудовою української приватної середньої школи. І знову професор Грушевський стає його першим головою.
У передмові до своєї праці «Про українську мову і українську школу» Михайло Сергійович писав: «В сій книжечці зібрав я статті про українську мову і шкільну науку чи освіту, що друкував у газеті «Село» в роках 1909 і 1910, головне для читачів селян». Саме в ній він чітко висловив своє переконання, що «вчити добре можна тільки такою мовою, котру ученики добре знають і розуміють». «Треба доконче вчити дітей рідною мовою, щоб наука йшла добре – значить на Україні треба вчити по школах українською мовою. Інакше український народ не вийде з теперішньої темноти», – стверджував вчений.
Розповідаючи про багатостраждальний шлях розвитку української мови, Грушевський зауважував: «Доля неоднаково служила мові українській і мові великоруській. Великоруській було легше. Великороси мали свою державу, мали повну змогу розвивати свою мову і письменність. Українці жили під Польщею. І було їм з тим далеко тяжче. Але ще тісніш стало українській мові, як українську церкву піддано московському патріархові, після того як Україна з’єдналася з Москвою. Московське духовенство завело цензуру над українськими книжками, а далі від царя Петра почалися заборони – заборонено друкувати книжки українською мовою, а в школах українських почали заводити великоруську мову… Заводжувано всякі російські порядки на Україні, і з ними великоруська мова стала все більше ширитися на Вкраїні, а книжня українська мова мусила завмирати… Правда, не вгасла в українцях любов до своєї мови. Супроти… нової… мови… українці далі розвивають свою народну мову…»
У численних працях з цього ж приводу М. С. Грушевський висловлює обурення тим, що російські чиновники («російське начальство») робили все для того, аби діти «инородцев» не навчались в сільських школах рідною мовою; спростовує тенденційні твердження, що, мовляв, «наші селяни самі не хочуть того, щоб їх дітей учили українською мовою, а хочуть мови руської». На багатьох прикладах історії українського народу учений демонструє, як колись на Україні процвітала широка освіта, були «усі діти письменні, навіть дівчатка, навіть сирітки». «Український народ, як порівняти його до московського, приміром, – був тоді далеко розумніший, освіченіший, проворніший… З України потім ціле століття находили на Московщину люди, що там заводили школи, бібліотеки, вчили, писали і друкували», – стверджує Грушевський.
А далі на противагу становищу народної освіти українців в Росії Михайло Грушевський наводить приклади галичан, які в умовах австрійського панування успішно борються за народну українську освіту в школах, гімназіях і навіть «добиваються тепер… щоб у Львові був осібний український університет».