М. С. Грушевський тримався гідно та сприйняв переворот досить спокійно. Він розумів, що введення німецький військ було єдиною можливістю повернути владу Центральній Раді, а в тому, що окупаційні війська підтримали переворот, не звинувачував ані себе, ані жодного члена Центральної Ради.
Зрештою колись амбітний Михайло Сергійович не переоцінював власної ролі. Пробувши головою Центральної Ради тринадцять місяців (до кінця її існування), він гідно тримався у тяжку хвилину. Грушевський писав: «Вороги українства, які й давніше пеклом на мене дихали, у своїм засліпленні вважали мене автором і українського руху й винахідником української мови, тепер особливо всіли на мене зі своїми лайками й погрозами. А найтяжче ставало, коли не було згоди й між своїми, – а так мусило бути в міру того, як приходилося вирішувати різні питання дальшого життя».
Усю ж відповідальність зазвичай звалили на Грушевського, у той час як він сам вважав, що мав дуже обмежений вплив, і то лише моральний, бо юридично його роль була чисто формальною. Як голова Центральної Ради, тобто законодавчої гілки влади, він лише проводив збори та оголошував їх результати. Зі слів самого Грушевського, фактична ініціатива була в руках Генерального Секретаріату, тобто виконавчої гілки влади.
Слід зазначити, що переворот пройшов майже без пострілів та крові, лише у сутичці із січовими стрільцями, що обороняли Центральну Раду та Грушевського зокрема, загинуло троє вірних гетьманові офіцерів.
Але доля приготувала для Михайла Сергійовича чергове випробування. 30 квітня якийсь молодик, розмахуючи багнетом, намагався завдати шкоди Грушевському, але постраждав не сам Михайло Сергійович, а його кохана людина – дружина Марія Сильвестрівна. То був значно важчий удар для Грушевського, ніж його можливе поранення.
Багатьох істориків дивував той факт, що після гетьманського перевороту Грушевський не виїхав за кордон заради власної безпеки, а залишився у Києві інкогніто. Деякий час він ховався під Києвом, потім в самому місті по знайомих.
Хоча Михайлові Сергійовичу доводилося часто змінювати місце проживання, він не припиняв літературно-наукової праці, бо знаходив у ній спочинок від тяжких переживань останніх років. За той період він написав 4, 5 та 6 частину «Всесвітньої історії», а також книги «Старинна історія. Античний світ» і «Середні віки Європи».
Цікаво, що одразу ж після перевороту він не писав про Україну – ані про державність та самостійність, ані про культуру та історію. У той час Грушевський замислювався над більш широкими темами всесвітньої історії. Можливо, аналізуючи історію інших народностей, він шукав відповіді на болючі запитання – чому не зміг він створити сильну та незалежну українську державу?
До уряду гетьмана Павла Скоропадського Грушевський ставився вороже, але у відносини з ним не входив, зовсім усунувшись від політичного життя. Він відмовився від співробітництва з новою адміністрацією та не увійшов до комісії з організації Української академії наук, мотивуючи це тим, що не може співпрацювати з режимом, що знищив українську державу. Навіть коли повстав Український національний союз, Грушевський у цьому участі не брав, хоча цей Союз був координаційним осередком українських політичних партій й був в опозиції до політики гетьманського уряду. Навіть після скасування гетьманату Грушевський не повернувся на політичну арену. Мабуть, причина була у тім, що на початковому етапі існування Директорії у формуванні її політичного курсу активну роль відіграв Володимир Винниченко, якого у свій час Грушевський відправив у відставку разом з усім Генеральним секретаріатом.
Але Михайло Сергійович брав активну участь у науковому житті, наприклад, в засіданнях Наукового товариства, де тоді дебатувалось питання про реорганізацію академії, був вибраний членом Трудового конгресу.
На початку 1919 року значна територія України, включно з Києвом, була захоплена більшовиками, які почали відбирати в селян землі і передавати їх в «совхози» та сільськогосподарські «комуни». Селянство зобов’язали здавати державі всю сільськогосподарську продукцію, залишаючи певну обмежену норму для особистого споживання. Обмануті селяни почали усвідомлювати, що обіцяних більшовицькою владою «золотих гір» вони не побачать, і навіть навпаки – влада відбере в них останнє. Запізно почали повертатися симпатії до УЦР, до Директорії. По всій Україні вибухнули повстання проти більшовиків.
З 1919 року Грушевський вирішив «перевести свою роботу за кордон», щоб далі працювати для України. Почалися роки еміграції. Родина Грушевських кочувала з Чехословаччини у Швейцарію, а звідти – в Австрію. Катерині, доньці Михайла Сергійовича, довелося покинути Київський університет, до якого вона вступила і де вже почала свою наукову діяльність, надрукувавши перші статті з літературної критики. Навчання вона продовжувала у Женевському університеті.
Перебуваючи в еміграції, Грушевський багато працював. У закордонних часописах він помістив низку статей про Україну, писав про сумну долю Галичини. Окрім публіцистики займався науковою працею. Виїхавши до Кам’янця, він працював у газеті «Голос Подiлля», писав українські підручники з історії для шкіл. Під час життя у Кам’янці Грушевський зрозумів, що не може лишатися осторонь громадської діяльності. Тож у складі делегації від УПСР (Української партії соціалістів-революціонерів) через Галичину він виїхав на конференцію II Інтернаціоналу, а також взяв участь в Люцернській конференції.
Врешті-решт Грушевський створив таку громадську організацію, як Український соціологічний інститут. Вона фінансувалася за рахунок доволі скромного спонсорства. У цій організації навколо Михайла Сергійовича зібралося багато науковців та громадсько-політичних діячів, серед яких був син його колишнього наукового керівника Дмитро Антонович, а також В. Старосольський, М. Шраг, М. Чечель, М. Шаповал, В. Мазуренко, І. Штефан, П. Христюк, В. Липинський та інші. До роботи Українського соціологічного інституту у Відні долучилась і дочка Грушевського Катерина.
Метою інституту Грушевський вважав інтеграцію українського суспільства до європейського та американського, поширення інформації про Україну по всьому світові. Як провідний історик та соціолог Михайло Сергійович склав доволі прогресивну програму діяльності інституту: по-перше, слідкувати за світовим соціальним процесом та за соціологічними дослідженнями і популяризувати їх серед українців; по-друге, представляти українців у інтернаціональних та національних організаціях, які відображають соціальний рух, а крім того, інформувати світову та українську громадськість про український соціальний рух та українську літературу.
План організації інституту Грушевський виклав у проекті «Про Український соціологічний інститут» від 20 жовтня 1919 року. У першому пункті проекту зазначалося, що професору М. Грушевському асигнуються кошти (1 872 000 швейцарських франків) на користь інституту. На ці кошти Михайло Сергійович планував побудувати бібліотеку, архів, типографію, відкрити філії у європейських культурно-наукових центрах. Значних витрат вимагали участь у конференціях та конгресах.
Грушевський виділив два основні напрямки діяльності Українського соціологічного інституту: лекційний та видавничий. «Насамперед, – говорив Михайло Сергійович, – слід було спростувати фальшиву репутацію некультурності українства».
За умов, коли розвиток суспільних і гуманітарних наук в Україні фактично припинився, працівники інституту намагалися не втрачати міжнародних наукових контактів і працювати на рівні світових стандартів. Звичайно, умови еміграції, конфлікти й непорозуміння між представниками різних політичних організацій, брак коштів не можна вважати сприятливими для повноцінної наукової праці. Але навіть за таких вкрай несприятливих умов науковці інституту підготували й видали 13 наукових праць, у тому числі дослідження М. Грушевського «Із починів українського соціалістичного руху. М. Драгоманов і Женевський соціалістичний гурток», де вперше побачили світ невідомі праці М. Драгоманова, а також книги «Теорія нації» В. Старосольського, «Держава і соціалістичне суспільство» М. Шрага та «Україна на переломі» В. Липинського. Під грифом інституту вийшла в світ і одна з перших власне соціологічних українських праць «Початки громадянства. Вступ до генетичної соціології» Михайла Грушевського.
Окрім Грушевського інші співробітники Українського соціологічного інституту також поєднували видання наукових праць з лекційною діяльністю. Для українських емігрантів ними були організовані безплатні курси із суспільних наук, що охоплювали різноманітні питання соціології, політології, політекономії, історії. Наприклад, Грушевський вів початковий курс суспільного і громадського життя, або генетичну соціологію; соціальні основи розвитку мистецтва викладав Д. Антонович; історію української революції – П. Христюк; теорію нації – В. Старосольський; курс «Держава і державне право» – М. Шраг.
Грушевський докладав надзвичайно багато зусиль для розвитку інституту. Він навіть відмовився від посади ректора Українського вільного університету, аби повністю сконцентруватися на науково-видавничій діяльності інституту.
Український вільний університет був приватним українським університетом, який заснували 17 січня 1921 року у Відні. Ініціаторами його заснування були українські професори університетів Австро-Угорської і Російської імперій, письменники, журналісти і студенти, які після Першої світової війни й українських визвольних змагань опинились в еміграції. Але Грушевський обрав Український соціологічний інститут.
Саме в Українському соціологічному інституті Грушевський оприлюднив курс генетичної соціології та почав впроваджувати її в українознавство, яке прагнув довести до європейського рівня. На думку Михайла Сергійовича, українське суспільство треба було досліджувати у взаємозв’язку з політичними, економічними, культурними, релігійними, фольклорними, етнографічними та психологічними чинниками. А особливого значення він надавав дослідженню психології народного життя, її залежності від соціальних явищ. Значення соціології в цілому Грушевський вбачав, перш за все, в тому, щоб допомогти кожній людині зрозуміти суспільство, в якому вона живе.
Щоб мати уявлення про погляди Грушевського на предмет соціології, треба прочитати його працю «Початки громадянства». Михайло Сергійович дає в ній таке визначення соціології: це наука про загальні і постійні тенденції і форми соціального розвитку.
Проаналізувавши основні ідеї позитивізму, еволюціонізму, соціології та марксизму, Грушевський помітив, що прихильники цих напрямків мають переконання, ніби соціальне життя можливо звести до формул, які описують явища природи. Але сам він тримався думки, що соціальне життя має історичний характер, тому жоден із соціальних законів не володіє тими прогресивними функціями, що притаманні законам природи. Якщо в окремих сферах соціального життя – економічній, демографічній, психологічній та інших – можна зафіксувати постійність у змінах або описати зміни якоюсь функцією, то комбінації різних рядів змін та їх перетинання роблять прогнозування соціальних явищ майже неможливим.
«Потрапляючи в потік історичних змін, соціальні форми, при всій своїй тенденції до одностайності, піддаються дуже різнопорядним впливам зовнішніх обставин і основних факторів соціального життя – біологічних, економічних та психологічних», – писав Грушевський. У його уявленні «кожна з цих функцій мала тенденцію створювати певні соціальні форми у певній послідовності і однозначності так само, як мінерал кристалізується згідно зі своїми властивостями у певний многогранник. Але складність соціального прогресу на кожному кроці порушує процеси кристалізації цих форм, впливи різних функцій соціального життя перехрещуються, нейтралізуються, викликають регресивні рухи або зміни у формах соціальної еволюції». Таким чином виходило, що, наприклад, біолог може дати приблизну картину анатомічного та фізіологічного стану людини на певній стадії її життя, а соціолог стосовно стану суспільного життя цього зробити не може.
Розглядаючи суспільну еволюцію, Грушевський стверджував, що головними її тенденціями є диференціація і інтеграція, або, іншими словами, вічна зміна, чергування індивідуального самозадоволення і колективізму. На його думку, соціологія може визначити типові ситуації і типові тенденції цього життя, і вони відчуваються у постійних повторюваннях певних взаємовідносин між явищами. Ці взаємовідносини можуть бути підведені під категорію емпіричних законів. А в людському суспільстві діють біологічні закони самозбереження роду, постійної диференціації, спадковості, виживання найбільш пристосованих та інші. Можна вказати і на аналогічні психологічні закони – наслідування і вибору, економічні закони – залежність рівня виробництва від попиту і пропозиції, розподілу праці тощо.
Грушевський підмічав, що в межах кожної з цих сфер існує власна необхідність і власні причинно-наслідкові зв’язки, які дають можливість конструювати окрему науку, скажімо, політичну економію або соціальну психологію. Завдяки цьому і весь соціальний процес, детермінований цими факторами, набуває певного ритму і певних рис загальності, наявність яких виводить соціологію за рамки чистої описовості і робить її наукою.
Праця М. Грушевського «Початки громадянства» містить розділ, присвячений «початкам генетичної соціології в українознавстві», в якому дано огляд історико-етнографічних досліджень М. Зібера, Ф. Вовка, М. Чернишова, М. Сумцова та В. Охрімовича з точки зору їх соціологічного змісту, а також проаналізовано перші розділи «Повісті минулих літ» як документального джерела з історичної соціології.
У передмові до праці Грушевський висловлював жаль з приводу того, що соціологічні дослідження, що так активно розпочалися в українській науковій літературі, згодом були згорнуті й заглухли під натиском інших інтересів. Він висловлював надію на відродження інтересу до таких досліджень. Але пауза у розвитку української соціології виявилась значно довшою, аніж міг передбачати Михайло Сергійович. Однак те, що було ним зроблено, не пропало марно. Наукові результати українських учених класичної доби та Грушевського зокрема складають міцні підвалини для відродження і дальшого розвитку їх традицій сьогодні.
Грушевський неодноразово звертався до української громадськості за кордоном з проханням матеріально допомогти Українському соціологічному інституту, і люди, що мали гроші, не могли відмовити такій людині, як Михайло Сергійович.
14 березня 1924 року Грушевський звітував із доповіддю «Український соціологічний інститут і дослідча кафедра історії культури – загальної і української». У цій роботі Михайло Сергійович зазначив, що він щорічно інформував закордонну громадськість (в основному – американську), та на Науково-технічному з’їзді у 1922 році у Харкові звітував про роботу інституту. Офіційно інститут існував до 1924 року, однак через брак коштів фактично вже у 1922 році припинив своє функціонування.
У 1924 році Грушевський повернувся в Україну – він мав намір створити тут систему соціологічних інституцій і тому ознайомив радянських науковців з основними результатами роботи інституту і виразив сподівання, що надалі буде продовжувати працю у цьому напрямку на рідній землі. Незважаючи на те, що ці спроби не дістали підтримки з боку офіційних кіл, Грушевський нарешті отримав дозвіл на створення кафедри історії України та секції методології і соціології при ній. В цей час на Україні повним ходом йшла українізація, було визнано українську мову як державну мову республіки.
Грушевському вдалося згуртувати круг себе понад півтораста людей, які теж мали бажання працювати над історією України. Михайло Сергійович засновував спеціальні комісії для різних окремих досліджень, наприклад, культурно-історична комісія займалася дослідженнями первісної культури, розглядала давні способи життя, повір’я, обряди, а комісія історичної пісенності збирала українські народні пісні. Чотири окремі комісії розглядали історію різних частин України: Правобережжя, Лівобережжя, степової України й західних земель. Почали виходити книги, присвячені історії України: збірки козацьких дум, історія Києва, історичні дослідження про Галичину, Холмщину, Закарпаття й Буковину.
Грушевському знову довелося працювати без відпочинку. Михайло Сергійович одночасно керував низкою наукових тематичних комісій з дослідження нової української історіографії, історії козаччини, історії освіти, історії України. Нарешті він відчув себе потрібним українському народові.