С 1816 г. в лицее был введен специальный курс военных наук. В 18201821 гг. его читал дальний родственник поэта, выпускник Пажеского корпуса, участник Отечественной войны 1812 г. Алексей Михайлович Пушкин (17931821). После его безвременной смерти этот курс стал вести капитан А. В. Устинов. Лицеисты, выбиравшие для себя военную карьеру, дополнительно изучали оружие, тактику, стратегию, историю войн, военную топографию и военное искусство.
В первые годы существования лицея его преподаватели пользовались относительной свободой в выборе методов обучения. Обязательными были лишь некоторые общие положения, изложенные в постановлении о лицее или выработанные его педагогическим коллективом. Так, например, параграф 36 постановления о лицее, определяя «главное правило доброй методы или способа учения», указывал, что оно «состоит в том, чтобы не затемнять ум детей пространными изъяснениями; но возбуждать собственное его действие». Кроме этого в лицее запрещалась диктовка преподавателем нового материала: он подлежал тщательному разбору и должен был быть усвоенным всеми учащимися. Большое значение придавалось индивидуальной работе с лицеистами, текущему контролю за знаниями. С отстающими проводились дополнительные занятия. Все уроки сопровождались опросами учащихся в устной или письменной форме.
По каждому разделу программы обучения в лицее устанавливались методические правила, которым четко следовали. Грамматику русского, французского и немецкого языков, например, рекомендовалось изучать с того уровня, которого достигли ученики до поступления в лицей. Этим языкам в отличие от латыни уделялось особое внимание. На изучение латыни отводилось гораздо меньше учебного времени, чем на «живые языки». Преподавателями использовался такой прием: лицеистам давали переводить целые главы рекомендованных книг последовательно с латинского языка на французский или немецкий, а затем на русский.
Весьма существенную роль в жизни учебного заведения играла лицейская библиотека. Начало ее было положено коллекцией из 1670 изданий, переданной лицею владельцами Александровского дворца. Впоследствии в библиотеку поступали все лучшие отечественные и зарубежные книги по многим отраслям знания, новинки художественной литературы. Достойное место среди прочих сочинений занимали работы лицейских профессоров, пользовавшиеся среди воспитанников неизменным спросом. Прекрасно подобранным был отдел периодики. Лицейская библиотека выписывала «Вестник Европы», «Исторический и статистический журнал», «Военный журнал», «Русский Инвалид», «Сын Отечества», «Друг юношества», другие журналы и газеты, издававшиеся в России и за рубежом. Знакомство с научной литературой способствовало восполнению пробелов учебной программы, придавало подготовке лицеистов энциклопедический характер.
От Московского благородного пансиона и других учебных заведений в лицей перешла традиция выпуска ученических литературных журналов. Здесь они были исключительно рукописными и издавались отдельными дружескими объединениями. Во времена Пушкина в лицее выходили журналы «Вестник», «Для удовольствия и пользы», «Неопытное перо», «Юные Пловцы», «Лицейский мудрец», «Мудрец-Поэт, или Лицейская антология» и другие.
Журналы являлись одним из наиболее излюбленных видов литературного творчества лицеистов. Наряду с поэтическими и прозаическими опытами воспитанников на их страницах размещались материалы, отражавшие повседневную жизнь лицея, взаимоотношения между учащимися и педагогами, события, происходившие за стенами учебного заведения. Некоторые журналы были иллюстрированы забавными и выразительными акварельными карикатурами и рисунками, отражавшими лицейскую жизнь. Их автором был один из первых лицейских стихотворцев, сын томского губернатора Алексей (Олёсенька, как называл его Пушкин) Илличевский, сочинитель торжественных од и едких язвительных эпиграмм, один из главных соперников Пушкина в поэтических дуэлях.
Сохранившиеся выпуски лицейских журналов содержат ценный материал для характеристики литературных вкусов, умственных интересов, быта лицеистов. Эти журналы свидетельствуют о том, что юным обитателям Царскосельского дворца были чужды светский тон и житейское благоразумие. Они чутко реагировали на несправедливость, свято верили в дружбу, метко подмечали и остро высмеивали пороки, бурно радовались жизни, не забывая при этом об обязанности учиться, готовить себя к будущему служению «любезному отечеству».
Успехи каждого лицеиста постоянно фиксировались преподавателями и лицейскими надзирателями по учебной и нравственной части. На всех воспитанников раз в полгода составлялись «Ведомости о дарованиях, прилежании и успехах», а также довольно подробные характеристики, которые зачитывались и обсуждались на конференции Царскосельского лицея. Это был коллегиальный педагогический орган, состоявший из лицейских профессоров и работавший под председательством директора. Он периодически собирался для обсуждения вопросов совершенствования системы преподавания, подготовки к экзаменам, избрания лицейских наставников и других текущих дел. Из числа профессоров лицея избирался конференц-секретарь, который вел журнал заседаний и заменял директора во время его отсутствия.
Вот типичный образец лицейской характеристики: «Бакунин (Александр), 13 лет. Не без дарований и довольно добродушен, словоохотен, смешлив, пылок и жив, как живое серебро, оттого и неосмотрителен, нетерпелив, переменчив, чувствителен с гневом и упрямством, малейшая трудность его останавливает, которую он мог бы преодолеть терпеливостью, если бы имел ее. Начинает более прилежать к учению. Примечая свои ошибки, он охотно исправляется. Нельзя сказать, чтобы нравственные его поступки были предосудительны, но они требуют прилежного наблюдения руководителей, пока благородные качества, которыми он старается украшать себя, сделаются собственными свойствами его сердца».
Как бы ни ругали некоторые авторы лицейские порядки и их носителей (а такое нередко случалось в пушкинистике), но ни одна из лицейских характеристик не походила на другую. Как ни один лицеист не походил на своих сотоварищей. Давая оценки воспитанникам, лицейские педагоги рассматривали индивидуальные черты каждого как присущие исключительно только ему. И это, несомненно, свидетельствовало о том, что лицейские наставники не были формалистами, в чем их нередко обвиняли, а принимали заинтересованное участие в судьбах своих подопечных, следили за их развитием, становлением юношеских характеров.
Знакомство с педагогическими характеристиками лицеистов, собранными Я. К. Гротом и опубликованными его сыном, позволяет достаточно определенно судить о том, какие именно качества воспитанников особенно ценились педагогами и на исправлении каких недостатков они сосредоточивали свои усилия. В почете, например, были такие качества личности, как благонравие, проницательность, рассудительность, вежливость и искренность в общении, добродушие, прилежание и трудолюбие, дружелюбие, живость воображения, скромность, порядок и опрятность. К числу отрицательных качеств лицейские педагоги относили властолюбие, своенравие, вспыльчивость, легкомыслие, склонность к праздности, бессистемное чтение литературы.
Центральными событиями лицейской жизни являлись публичные экзамены. К ним тщательно готовились и воспитанники, и педагоги. Экзамены проходили в яркой и торжественной обстановке, хорошо знакомой нам по памятному событию в жизни Пушкина 8 января 1815 г., когда в присутствии Г. Р. Державина он прочил свои знаменитые «Воспоминания в Царском Селе». Впоследствии, вспоминая это событие, Пушкин писал: «Как узнали мы, что Державин будет к нам, все мы взволновались Державин был очень стар. Он был в мундире и плисовых сапогах. Экзамен наш очень его утомил; лицо его было бессмысленно, глаза мутны, губы отвисли. Он дремал до тех пор, пока не начался экзамен русской словесности. Тут он оживился: глаза заблистали, он преобразился весь. Разумеется, читаны были его стихи, разбирались его стихи, поминутно хвалили его стихи. Он слушал с живостью необыкновенной. Наконец, вызвали меня. Я прочел мои Воспоминания в Царском Селе, стоя в двух шагах от Державина. Я не в силах описать состояния души моей: когда дошел я до стиха, где упоминаю имя Державина, голос мой отрочески зазвенел, а сердце забилось с упоительным восторгом Не помню, как я кончил свое чтение; не помню, куда убежал. Державин был в восхищении: он меня требовал, хотел меня обнять. Меня искали, но не нашли».
Уже первые месяцы работы лицея показали, что уровень первоначальной подготовки воспитанников был весьма различным и что требовались большие усилия педагогов для ликвидации пробелов в знаниях отдельных учеников. Это обстоятельство, безусловно, усложняло учебный процесс. В 1812 г. при очередном докладе Александру I о работе учебного ведомства министр просвещения граф А. К. Разумовский высказал мысль о необходимости организации при Царскосельском лицее благородного пансиона. Условия военного времени на некоторое время отодвинули решение этого жизненно важного для лицея вопроса. Однако в декабре 1813 г. к нему вернулись, и было объявлено высочайшее постановление о благородном лицейском пансионе в Царском Селе.