Вервечку провінційних типів продовжує кюре Бурнізьєн, змальований Флобером з вбивчою іронією. Як священик він мав би бути найбільш причетним до духовності, насправді ж він найтупішій серед обивателів Йонвіля і найбільш «матеріалістичний» за своїми нахилами й інтересами. Суспільна функція священика бути духовним наставником своєї пастви, вміти зціляти людські душі. Але добродій Бурнізьєн менше всього до цього вдатний, він погано знається в людських душах, зате вміє непогано лікувати корів і серед фермерів має репутацію гарного ветеринара. Коли Емма, переживаючи душевну кризу, прийшла за розрадою до свого духовного пастиря, він порадив їй, повернувшись додому, випити холодної води з цукром. Невипадково роман Флобера викликав обурення в клерикальних колах Франції, де образ Бурнізьєна був сприйнятий як карикатура на духовенство. Та письменник такого завдання перед собою не ставив, Бурнізьєн в його романі не є сатиричним образом, це, власне, одна з гримас «побуту провінції», зображена у відповідності з «об'єктивним методом». З рідкісною силою передана в цьому образі втрата духовності буржуазно-міщанським світом.
По-своєму виразні й типові в «побуті провінції» коханці головної героїні Леон і Родольф. Перший із них клерк нотаріальної контори, людина дрібна й практично обережна, що приймає романтичні пози, скаржиться на розчарування, самотність, невдоволення життям тощо. На той час (дія роману відбувається десь у 3040-і роки XIX століття) романтизм ввійшов у моду й «спустився» в міщанське середовище, де й став набутком Леонів і Родольфів. При цьому відбувається його неминуче зниження і вульгаризація, що іронічно обігрується Флобером в романі «Пані Боварі». Романтичним кліше користується не тільки Леон, а й зовсім вульгарний Родольф, провінційний дамський «серцеїд», спокусник головної героїні.
Та найзначніша й найколоритніша фігура йонвільського середовища аптекар Оме, якого дослідники визначають як образ грандіозний за своїм соціальним значенням (Б. Реїзов). На відміну від інших обивателів містечка, Оме нібито не замикається в побуті, його інтереси широкі й різноманітні. Він схиляється перед наукою й сам займається «дослідженнями», він поборник прогресу й освіти, «філософ» і «вільнодумець», що висміює релігію; за політичними поглядами він ліберал: перебуває в опозиції до уряду; йому не чужа громадянськість, він співробітничає в місцевій газеті й нерідко виступає з критикою властей. При цьому Оме не мольєрівський Тартюф, по-своєму він вірить у те, що велемовно проголошує, хоч і щирість його віри, відданість «принципам» не слід перебільшувати. Та справа передусім у тім, що за всім цим ховається поверховість розуміння проблем, міщанська самовдоволеність і тривіальність, а головне дріб'язковий егоїстичний розрахунок. На думку аптекаря, уряд не здатен цінувати достойних людей та відзначати їх, а найдостойніша у світі людина в очах Оме це він сам. І коли з'явилася можливість одержати орден, він «примирився» з урядом. Значимість образу Оме в тому, що в ньому втілений характер епохи, одна з характерних тенденцій її життя, і невипадково роман завершується рядками про повний його «тріумф».
Особлива роль належить в романі лихварю Лере, який зіграв лиху роль в долі головної героїні. Лихварі належать до репрезентивних образів «Людської комедії» Бальзака, і в змалюванні Лере з особливою виразністю розкривається згадувана відмінність Флобера від його попередника. Лере менше всього схожий на бальзаківських «тигрів» фінансового світу, всіх цих Нусінгенів, Тайеферів, на того ж Гобсека, в якому поєднуються скнара й філософ. У Флобера ж лихвар Лере дуже пересічний, дуже «сірий» і буденний. Це дрібний хижак, павук, що тихенько й облесливо тче павутину, в яку потрапила недосвідчена Емма й безнадійно в неї заплутується. Вибравши момент, він накидається на свою жертву і стає безпосередньою причиною її самогубства. Лихвар Лере важливий штрих, що доповнює картину «побуту провінцій», без нього вона була б неповною, дещо площинною.
Центром роману є образ Емми Боварі, до якого стягуються сюжетно-тематичні ниті твору, зосереджується його ідейний сенс. У героїні особлива позиція в романі: вона належить до буржуазно-міщанського світу і водночас протистоїть йому. Притаманне Флоберу зображення персонажів у суперечливій життєвій повноті, в поєднанні «плюсів» і «мінусів», без умовного поділу на «позитивних» і «негативних» тут проявляється цілком наочно. Цим унеможливлюється однозначність підходу й витлумачення цього, на перший погляд нескладного образу провінційної міщанки.
Свою героїню Флобер не наділив ні розумом, ні освітою, ні гарним смаком, в духовному відношенні вона не піднімається над йонвільським рівнем. Все те, про що вона думає, чим вона захоплюється, до чого поривається, позначене тривіальністю і може викликати лише іронічну посмішку. Виховувалася вона в пансіоні при монастирі, де зачитувалася романами, в яких «тільки й мови було, що кохання, коханці, коханки, переслідувані дами, що мліють у відлюдних альтанках. дрімучі ліси, сердечні жалі, клятви, ридання, сльози й цілунки, човни при місячному світлі, соловейки в гаях, кавалери, хоробрі, як леви, сумирні, як ягнята, доброчесні, як ніхто, завжди гарно вбрані й сльозоточиві, як урни». Під впливом цих романів формулюється ідеал Емми, головними складниками якого є кохання, кавалери, красиве «романтичне» життя в дусі тривіальної романтики.
Але їй судилося жити в сонному провінційному Йонвілі, в середовищі ситих тілом і душею обивателів, з чоловіком, який щовечора, написавши свої рецепти, «задоволений із самого себе, доїсть рештки печені, погризе шматочок сиру, схрумає яблуко, доп'є графинчик вина, а потім піде в спальню, ляже горілиць і захропе». Але Флобер наділив героїню також невдоволенням навколишнім, душевним неспокоєм, пориванням до іншого життя, тобто й тими рисами, які він найбільше цінував у людині. І вони не тільки виділяють Емму в середовищі самовдоволених обивателів, але й протиставляють її цьому середовищу; в цьому основна драматична колізія твору. Звичайно, ідеал Емми, її мрії й пориви банальні, в чомусь навіть смішні й безглузді, але річ у тому, що вона вкладає в них душу, вона справді страждає, по-своєму протестує проти «життя кольору плісняви» аж до своєї недоладної смерті.
Але все це не піднімається у неї на рівень свідомості й не осмислюється нею, такою її створила природа, що вона не може задовольнитися тим існуванням, яке їй нав'язує Йонвіль. Жити їй тим нестерпніше, що навколо неї немає жодної людини, здатної хоч якоюсь мірою її зрозуміти. Не може вона розібратися і в тих імпульсах, які наражають її на конфлікт з середовищем і приводять до принижень та смерті. Її доля в сутності трагічна, хоч те середовище, що її оточує і є її антагоністом, безмежно далеке від того, що має бути в трагедії у класичному розумінні слова. Та про все те, що відбувається з Еммою, розповідається в романі так, що нагадує скоріше історію невдалого життя з жорстокою розв'язкою.
Автор роману приголомшив читачів і критиків, заявивши: «Емма Боварі та це ж я!» В одній паризькій газеті з'явилася карикатура, де Флобер, мужчина майже двометрового росту, з широчезними плечами й могутніми вусами, схожий на древнього вікінга, був зображений в легковажному дамському наряді своєї героїні. Власне, це був не жарт і не містифікація читачів, а зізнання автора в тому, що, створюючи образ Емми Боварі, він спирався й на свій психологічний досвід. Він теж переживав розлад з навколишнім світом, невдоволення життям, бажання іншого, того, що реально не існує, але все це, зрозуміла річ, переживав на іншому, незрівнянно вищому духовному й душевному рівні.
Роман «Пані Боварі» був новаторським твором за своєю художньою структурою, її основними складовими та їхніми співвідношеннями. В епічних жанрах такими складовими як відомо, є оповідь, писання і діалог. Характерною рисою розвитку роману в XIX столітті було те, що в його структурі дедалі більшого значення набував показ, який тіснив оповідь та описання і водночас синтезував їх; свого завершення ця тенденція досягала в флоберівській «Пані Боварі». Розпочинається цей роман в традиційній нараційній манері, ми чуємо голос оповідача, який розповідає про життя Шарля Боварі до одруження з Еммою. Далі ж розповідь стишується, замінюючись неопосередкованим показом, коли дійсність ніби сама себе подає у творі. Одночасно Флобер відмовляється і від докладних описів, враховуючи ту психологічну закономірність, що чим детальніше письменник описує, тим менше читач бачить. Він замінює описання показом, при цьому цей показ розрахований не на суто візуальне сприймання, а на «внутрішній зір» читача.
За своїми жанровими ознаками «Пані Боварі» ближче всього до соціально-психологічного роману, який виходить на перший план в реалістичній літературі другої половини XIX століття. Але психологізм цього твору своєрідній і виявляється він не у формі психологічного аналізу, що здійснюється з зовнішньої позиції і всюдисущим автором, як це маємо у Л. Толстого, сучасника Флобера. В романі «Пані Боварі» психологізм виявляється в інших формах, тут все, що зображається, постає як сприйняте й пережите кимось із персонажів, частіше всього Еммою. Зовнішнє і внутрішнє, фізичне й психологічне тут зливаються й течуть єдиним потоком, психологізмом проймається вся тканина твору.