За своїми жанровими ознаками «Пані Боварі» ближче всього до соціально-психологічного роману, який виходить на перший план в реалістичній літературі другої половини XIX століття. Але психологізм цього твору своєрідній і виявляється він не у формі психологічного аналізу, що здійснюється з зовнішньої позиції і всюдисущим автором, як це маємо у Л. Толстого, сучасника Флобера. В романі «Пані Боварі» психологізм виявляється в інших формах, тут все, що зображається, постає як сприйняте й пережите кимось із персонажів, частіше всього Еммою. Зовнішнє і внутрішнє, фізичне й психологічне тут зливаються й течуть єдиним потоком, психологізмом проймається вся тканина твору.
Найбільш адекватну форму художнього вираження психологізм Флобера знаходить у невласне прямій мові, яку він вперше широко вводить у літературу, що переконливо показав Б. Реїзов у своїй монографії «Творчість Флобера». Це така форма мовлення, де голос автора й голос персонажа переплітаються, причому автор постійно приходить на поміч персонажу, допомагає висловити те, що тому важко або й неможливо оформити словом. В результаті авторське мовлення ніби усувається і слово віддається самому герою це вже він виражає себе, передає свої потаємні думки й почуття, свою ментальність і психологію.
Формально, як поборник «об'єктивного методу», Флобер займає відсторонену позицію в нарації, але насправді, сповнений амбівалентних емоцій, він втягнутий в дійство, що розгортається в романі. «Звідси його вражаюча проникливість, що виникає із відчуттів відрази й ненависті, до яких домішується співчуття, яке властиве людині. Ця суміш почуттів придає роману «Пані Боварі» вражаючу силу й надзвичайну тонкість» (Н. Саррот).
Наступним твором Флобера був історичний роман «Саламбо», який вийшов 1863 року. Якоюсь мірою цей роман був втечею письменника від міщанської сучасності в глибину віків аж у III століття до нової ери. Разом з тим, у цьому зверненні до історичного сюжету з глибини віків шукав вихід, можливо й неусвідомлюваний самим письменником, його неподоланий романтизм. Там, у глибині віків, його вабили сильні й цілісні характери, могутні пристрасті, потужна динаміка і яскраві барви, занурені в світ загадкової давньосхідної культури, оповитої містичною таємничістю. Варто ще сказати, що на відміну від більшості романтиків, які облюбували в минулому середньовіччя, а окремі, як то Гельдерлін чи Кіте, античність, Флобер тягнувся до стародавнього Сходу, точніше Близького Сходу. Він зізнався у листі до Жорж Санд: «Я до такої міри напоєний красотами стародавнього світу, що німий подив перед тим, що тільки що народжується, тільки що виникає, чужий мені. Мене з такою силою приваблює щось загадкове в глибинах історії, що ніби я сам присутній при його звершенні. Я міг би вести бесіди зі східними жрецями».
Дія роману «Саламбо», над яким Флобер працював чотири роки, відбувається в стародавньому Карфагені, між першою і другою Пунічними війнами, тобто війнами цієї купецької республіки з Римом. В основі сюжету повстання вояків-найманців, яких карфагенські купці ошукали й не виплатили належну їм винагороду. Головним джерелом для письменника послужила книга давньоримського історика Полібія, в якій досить докладно описане це повстання і його жорстоке придушення.
Цей твір Флобера був історичним романом нового типу, що поривав з моделлю жанру, яка була витворена Вальтер Скоттом і домінувала в європейських літературах першої половини XIX століття. У французькій літературі цей «вольтерскоттівський роман» виродився ще в 3040-і роки і з історичного перетворився, власне, в пригодницький роман, розрахований на «середнього» невибагливого читача (такими, зокрема, були численні романи О. Дюма). Флобер ставив перед собою завдання створити історичний роман нового типу, який він називав «натуралістичним», роман, що засновується на відкриттях та методах сучасної науки, і не тільки історичної, на ґрунтовному вивченні минулого, і прагне до його достовірної реконструкції. Але в творі він відступав від цих «наукових» принципів і давав волю своїй інтуїції та уяві.
В романі «Саламбо» маемо дві сюжетні лінії, що непросто співвідносяться між собою. Перша з них це повстання найманців, яке переростає в масштабну й криваву «внутрішню війну» Карфагена, поразку повстанців і жорстоку розправу над ними. Розробляючи цю лінію, автор дотримувався історичної канви подій, розповіді Полібія, зайнятий він тут головним чином сумлінною «реставрацією історії». Ця лінія вільно вписується в реалістичний дискурс. Друга сюжетна лінія, кохання лівійця Мато, вождя найманців-повстанців, і молодої дівчини Саламбо, дочки карфагенського полководця Гамількара й жриці богині Таніт, є витвором уяви автора, романічним вимислом, що має яскраво виражений романтичний характер, хоч автор ставив перед собою й інші завдання. Вона також була його спробою проникнути в таємничий світ давньосхідної культури, в загадкову ментальність і психологію її носіїв. Іншими словами, це було «наукове завдання» по реконструкції далекого минулого, але мало хто наважиться сказати, що воно було здійснене письменником. Натомість йому справді вдалося вкласти містичну одухотвореність і своєрідний шарм «в ці чудові й далекі образи, що майже втрачають людські риси».
Третій роман Флобера, «Виховання почуттів» (1869), був поверненням до «буржуазної сучасності». Щоправда, його дія відсунута в недалеке минуле, в 3040-і роки, в часи молодості письменника; він змальовує в ньому «романтичне покоління», до якого належав сам, і виносить йому суворий вирок. Входить у роман і найзначніша історична подія того часу, революція 1848 року, але зображена вона без героїчного ореолу, в знижено-буденному плані, з відвертим наміром дезавуювати те, що називають «романтикою революцій».
«Я хочу написати моральну історію людей мого покоління, точніше кажучи, історію їх почуттів», заявляв Флобер про свій новий роман. Якщо говорити ще точніше, йдеться в романі про романтичне «виховання почуттів», як досить приблизно, калькуючи російський переклад, передається в українському виданні назва твору. В оригіналі це «L'education sentimentale», тобто «почуттєве» чи «сентиментальне виховання», поняття з іншою семантикою. Саме воно піддається в романі критичному аналізу й рішучому осудженню при всій формальній об'єктивності письма.
Треба тут сказати, що романтизм розуміється автором широко, не як літературна течія чи художній стиль, а як особливий тип світосприйняття і життєдіяльності, притаманний цілій епосі. Таке розуміння властиве було не одному Флоберу, це була загальна реакція на «романтичну епоху, реакція, що набула у Франції великого поширення у другій половині XIX століття, коли стало звичайним звинувачувати романтизм в усіх бідах і провалах, що спіткали країну протягом століття. Не можна сказати, що ці звинувачення були зовсім безпідставні, адже романтизм не замикався в рамках мистецтва, він був великим рухом, що охопив різні сфери духовного життя і ставив перед собою далекосяжні завдання його оновлення, створення нового світогляду, нової етики й моралі, зрештою суспільства.
Герой роману Фредерік Моро та інші його персонажі й представляють тип світосприймання й самосвідомості, що називали тоді романтизмом. Визначальні його риси, за Флобером, це перебільшена самооцінка особистості й індивідуалізм, нехтування розумом і культ почуття, неспроможність бачити реальне і підміна такого бачення ілюзіями, мрії і прожекти замість вольових акцій, цілеспрямованої діяльності. Носієм цього «романтичного комплексу» виступає у творі не якась визначна особистість, не поет чи мислитель, а рядова, пересічна людина. Це типовий персонаж в повному значенні слова, все, що з ним відбувається і ким він стає, мотивовано середовищем, в якому він живе, духовною й моральною атмосферою епохи, вихованням, яке він отримує в найширшому значенні слова.
В свідоме життя Фредерік вступає з перебільшеним уявленням про себе і свої можливості, з певністю, що йому доля судилася незвичайна. Він вирішує стати письменником і пише роман, але не завершує його, компонує вальси, вивчає китайську мову, пробує свої сили в живописі, але ні в чому не знаходить свого покликання. Він не може зрозуміти свою звичайність, бо мислить романтичними штампами епохи, її загальниками. Так, він вірить у те, що необхідно любити, щоб створити шедевр, і береться за перо, покладаючись на своє кохання до мадам Арну. Розорившись, він радіє тому, вважаючи, що бідність творить великих людей. Врешті-решт, ні в чому не проявивши себе, Фредерік перетворюється на дрібного рантьє, розчарованого і невдоволеного життям. Але в тому, що йому не пощастило «здійснитися», він готовий обвинувачувати кого завгодно і що завгодно, тільки не самого себе. Флобер назвав свого героя «пустоцвітом», тим самим винісши йому справедливий вирок. Таким же «пустоцвітом» виявились й Дєлор'є, Пелерен та інші персонажі роману, що представляють «романтичне покоління».
До пізніх творів Флобера, написаних в 70-і роки, належать драматична феєрія «Спокуса святого Антонія» (1874), роман «Бувар і Пекюше», що не був завершений і побачив світ після смерті автора (1881) і збірка «Три повісті» (1877). Щодо «Спокуси святого Антонія», то це була третя редакція твору, задуманого Флобером ще в часи романтичної молодості; тоді ж була написана перша його редакція (1849), фрагменти другої редакції публікувалися в 1856 році. Зберігши фабульну основу драми, письменник в третій, остаточній редакції скоротив її і надав ідейно-художньої завершеності. Цей твір відзначається складністю змісту, в ньому трактуються філософські, моральні й психологічні проблеми, що знаходять вирішення в символіко-алегоричній формі.
Роман «Бувар і Пекюше» автор визначив як «критичну енциклопедію у формі фарсу». В ньому розповідається про те, як два приятелі Бувар і Пекюше, які своїм обмеженим обивательським мисленням нагадують аптекаря із «Пані Боварі», вийшовши на пенсію, зайнялися вивченням філософії, наук, всієї суми знань, набутих людством. Та критика в романі спрямована не тільки на потворні деформації знань в свідомості «біснуватих міщан», а й на самі знання, на здобутки людського розуму. Останній великий твір Флобера особливо відзначається глибоким скепсисом і песимізмом.